요지

매각대상기업 주식의 양수자와 재투자 대상 벤처기업이 동일한 경우에도 조특법 제46조의8에 따른 과세특례가 적용됨

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계의 경우, ⁠「기획재정부 금융세제과-204, 2022.8.09.」를 참고하시기 바랍니다.

「조세특례제한법」 제46조의8제1항의 주주가 보유 주식의 30% 이상을 양도하고 그 양도대금의 50% 이상을 특수관계가 없는 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업에 재투자한 경우로서 재투자로 취득한 벤처기업 주식을 3년 이상 보유한 경우에는 기존 벤처기업 주식의 양도차익은 같은 항에 따른 과세이연 적용 대상이며(질의1 관련), 그 양도차익 과세이연 특례는 양도차익 중 전체 양도가액에서 재투자한 부분에 해당하는 금액에 대해 적용하는 것입니다(질의2 관련).

1. 사실관계

 ○ A매각대상기업^*의 주주인 신청인(甲)은 보유하고 있는 매각대상기업의 지분 전부를 B벤처기업에게 현물출자 형식으로 재투자하면서

  * ⁠「조세특례제한법」제46조의8①에 따른 매각대상기업

  - 양도대가 중 일부는 B벤처기업의 신주로 발행받기로 하고(쟁점1거래) 나머지는 현금으로 대가를 지급받기로(쟁점2거래) 계약하였음

 ○ 주식매매계약의 거래상대방(양수자)인 B벤처기업은 조특법§46의8①(1)라목에 따른 벤처기업 등에 해당

  * 쟁점1·2거래에서 특수 관계는 성립하지 않는 것으로 전제

 ○ 한편, 쟁점1거래는 신청인이 ➊ 주식에 대한 양도대금을 B벤처기업으로부터 지급받고, ➋ B벤처기업에게 신주인수대금을 납입하여 B벤처기업의 신주를 발행받는 절차를 거치는 대신

  - 신청인과 B벤처기업 간 ➊ 양도대금을 지급받을 권리와 ➋ 신주인수대금 납입채무를 상계하는 방법으로 거래하기로 계약

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) 매각대상기업 주식의 양수자와 재투자 대상 벤처기업이 동일한 쟁점1거래가 과세특례 적용 대상인지

     (제1안) 과세특례 적용 불가

     (제2안) 과세특례 적용 가능

 ○ ⁠(질의2) 쟁점1이 제2안에 해당하는 경우의 과세이연금액 범위

     (제1안) 전체 양도소득

     (제2안) 재투자분에 해당하는 양도소득

3. 관련법령 및 관련사례

 조세특례제한법 제2조 【정의】

 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

 ② ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

 조세특례제한법 제46조의8 【주식매각 후 벤처기업등 재투자에 대한 과세특례】

 ① 벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 이후 7년 이내 기업(이하 이 조에서 "매각대상기업"이라 한다)의 주주로서 대통령령으로 정하는 주주가 2023년 12월 31일 이전에 그가 보유한 매각대상기업의 주식 중 대통령령으로 정하는 일정비율 이상을 대통령령으로 정하는 특수관계인 외의 자에게 양도하고 그 양도대금 중 100분의 50 이상을 다음 각 호의 요건을 갖추어 출자 또는 투자(이하 "재투자"라 한다)를 한 경우에는 매각대상기업의 주식의 매각으로 발생하는 양도차익에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 처분(재투자 대상기업이 사업을 폐지한 경우 등을 포함한다)할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 재투자하는 경우 또는 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 처분한 후 다시 재투자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 제1항에 따라 주식을 양도한 날부터 대통령령으로 정하는 기간 내에 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재투자를 할 것

   가. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우

   나. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

   다. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제12조에 따른 조합에 출자한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업 또는 이에 준하는 창업후 3년이내 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "벤처기업등"이라 한다)에 투자하는 경우

   라. 벤처기업등에 투자하는 경우

  2. 매각대상기업의 주주 1인과 대통령령으로 정하는 특수관계인이 제1호 다목 및 라목의 벤처기업등의 대통령령으로 정하는 최대주주와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아니할 것

  3. 재투자로 취득한 주식 또는 출자지분을 3년 이상 보유할 것

 ② 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받으려는 자는 예정신고 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

 ③ 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 자는 제1항제1호 또는 제3호를 위반하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이연받은 양도소득세를 납부하여야 하며, 제1항제1호를 위반하는 경우 예정신고 기간 내에 신고는 했으나 양도소득세는 납부하지 아니한 것으로 간주하여 납부할 세액을 계산하되 대통령령으로 정하는 사유로 재투자를 하지 않은 경우는 제외한다.

 조세특례제한법 시행령 제43조의8 【주식매각 후 벤처기업 등 재투자에 대한 과세특례】

 ① 법 제46조의8제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 이후 7년 이내 기업(이하 이 조에서 "매각대상기업"이라 한다)의 창업주 또는 발기인으로서 매각대상기업의 주주인 자(이하 이 조에서 "매각대상기업의 주주"라 한다)를 말한다.

 ② 법 제46조의8제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 일정비율"이란 매각대상기업의 주주 본인이 보유한 주식의 100분의 30을 말한다.

 ③ 법 제46조의8제1항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 각각 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 제2항에 따른 관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)을 말하며, 법 제46조의8제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 특수관계"란 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 제2항에 따른 관계를 말한다.

 ④ 법 제46조의8제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 최대주주"란 법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 주주 1인과 그의 특수관계인이 보유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 그 주주 1인을 말한다.

 ⑤ 법 제46조의8제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 매각대상기업의 주식매각으로 발생하는 양도소득에 대한 「소득세법」 제105조에 따른 예정신고 기간의 종료일부터 1년을 말한다.

 ⑥ 법 제46조의8제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁"이란 제14조제1항에 따른 벤처기업투자신탁을 말한다.

 ⑦ 법 제46조의8제1항제1호다목에 따른 재투자는 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 개인투자조합(이하 이 조에서 "개인투자조합"이라 한다)이 거주자로부터 출자받은 금액을 해당 출자일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 종료일까지 같은 법에 따라 벤처기업등에 투자하는 것을 말하며, 법 제46조의8제1항제1호다목에서 "창업후 3년이내 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업"이란 창업 후 3년 이내 중소기업으로서 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2제1항제2호다목의(3)에 따라 기술성이 우수한 것으로 평가받은 기업을 말한다.

 ⑧ 법 제46조의8제1항에 따라 매각대상기업 주식의 양도에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 재투자로 인하여 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 양도(재투자 외의 다른 방법으로 취득한 주식등이 있는 경우에는 재투자로 인하여 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 본다)한 때에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 ⑨ 매각대상기업의 주주가 법 제46조의8제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 후 같은 항 제1호를 위반하는 사유가 발생한 때에는 매각대상기업의 주주가 예정신고는 했으나 양도소득세를 납부하지 아니한 것으로 본다.

 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】

 ① 법 제2조제20호가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

  1. 6촌 이내의 혈족

  2. 4촌 이내의 인척

  3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

  4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

 ② 법 제2조제20호나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

  1. 임원과 그 밖의 사용인

  2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

  3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

출처 : 국세청 2022. 08. 11. 사전-2022-법규재산-0224[법규과-2320] | 국세법령정보시스템