요지

내국법인이 종업원 등의 주식매수선택권 행사에 따라 지급하는 주가차액보상금액에 대해 손금으로 인정되는 주식매수선택권은 해당 내국법인의 발행주식총수 100분의 10 범위 내의 주식매수선택권으로서 퇴직 등으로 소멸한 주식매수선택권은 제외하고 산정함

회신

「법인세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것) 제20조제1항제3호를 적용함에 있어서 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여한 주식매수선택권에는「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것)의 시행일(2009.1.1.) 전에 부여한 주식매수선택권도 포함하여 누계로 판단하는 것이며
해당 누계에는「상법 시행령」제30조제6항에 따라 이사회 결의에 의하여 주식매수선택권의 부여가 취소된 것등은 제외되는 것임

1. 사실관계

 ○갑법인은 ’99.8.26. 설립된 통신기기 및 방송장비를 제조하는 비상장법인으로

  -’01.8.21.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 ⁠“벤처기업육성법”) 제25호에 따라 벤처기업으로 확인(’00.7.20.~’02.7.19.)받은 후 갱신을 거쳐 ’19.9.20.까지 유효한 상태임

 ○갑법인은 ’05.3.29.부터 임직원 등에게 벤처기업육성법제16조의3에 따라 주식매수선택권을 부여하였으며

  -’15~’17사업연도에는 ’08~’13사업연도에 부여한 429,600개의 주식매수선택권 중 125,473개(’14년 3배의 무상증자 및 ’17.8.23. 합병 1:8718 반영 시 877,315개)의 행사가 이루어졌고

  -주식매수선택권 행사 시 舊｢법인세법 시행령｣(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)제20조제1항제3호나목에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행함에 따른

  -행사가액과 시가의 차액 3,289백만원에 대해 손금산입의 경정청구를 ’18.11.26. 제기하였음

2. 질의내용

○(질의1)’09.2.4. 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 부칙 제8조를 해석함에 있어 ⁠‘발행주식총수 10% 범위에서 부여한 주식매수선택권’은 ’09.1.1. 후 최초로 부여받은 주식매수선택권만 누계하여 판단하는지

  (질의2)’10.2.18. 개정된 ｢법인세법 시행령｣ 제20조제1항제3호의 ⁠‘발행주식총수 10% 범위에서 부여하거나 지급한 경우의 주식매수선택권’은 퇴직 등으로 그 부여가 취소된 선택권을 차감하여 판단하는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제19조【손비의 범위】

    (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

○ 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

    (2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것)

  다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1.잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액.

    다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

  2. 건설이자의 배당금

  3. 주식할인발행차금

○ 법인세법 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

    (2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것)

다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1.잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액

    다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.➡’17.12.19. 단서삭제됨

○ 법인세법 시행령 제20조【성과급의 범위】

    (2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것)

①법 제20조제1호에서 ⁠“대통령령이 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

  3.「조세특례제한법」 제15조제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액

○ 법인세법 시행령 제20조【성과급의 범위】

    (2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)

①법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  3.다음 각 목의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

  가.「중소기업창업 지원법」에 따른 창업자, ⁠「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 「상법」 제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권

  나.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 주식매수선택권

  다.「부품・소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 부품・소재전문기업이 같은 법 제15조에 따라 부여한 주식매수선택권

○ 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

    (2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 것)

①법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  3.자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

  6.금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.

    다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가.제20조제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권의 행사에 따라 금전을 제공하는 경우

   나.주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

  8의2.제8호 외의 경우로서 증자・감자, 합병(분할합병을 포함한다)・분할,「상속세 및 증여세법」제40조제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환・인수・교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우.

      다만, 제20조제1항제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

○ 조세특례제한법 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】

    (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) ➡’08.12.26. 본 조항 삭제됨

①창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는「부품・소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조제2호의 규정에 의한 부품・소재전문기업(이하 "부품・소재전문기업"이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 ⁠「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "창업법인등"이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품・소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 "종업원등"이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 「법인세법」 제52조의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.

④제1항 및 제2항의 규정은 종업원 등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 주식의 매수가액이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금 또는 창업법인 등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제13조【주식매수선택권에 대한 과세특례】

    (2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)

 ⑥법 제15조제2항제5호에서 "벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위 안에서 대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 10을 말한다.

 ⑧법 제15조제1항・제2항 및 제4항에 따른 종업원등에는 임원을 포함하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다.

  1.부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

  2.당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

  3.제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」제87조제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자.

    이 경우「법인세법 시행령」제87조제1항제6호의 규정을 적용함에 있어서 동 호 중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

○ 상법 제340조의2【주식매수선택권】

①회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다.

  다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

 ②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 제1항의 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

  1.의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식을 가진 주주

  2.이사ㆍ집행임원ㆍ감사의 선임과 해임 등 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자

  3.제1호와 제2호에 규정된 자의 배우자와 직계존비속

 ③제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.

○ 상법 시행령 제30조【주식매수선택권】

 ③법 제542조의3제2항에서 "대통령령으로 정하는 한도"란 발행주식총수의 100분의 15에 해당하는 주식 수를 말한다. 이 경우 이를 산정할 때에는 법 제542조의3제3항에 따라 부여한 주식매수선택권을 포함하여 계산한다.

 ④법 제542조의3제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 한도"란 다음 각 호의 구분에 따른 주식 수를 말한다.

  1.최근 사업연도 말 현재의 자본금이 3천억원 이상인 법인: 발행주식총수의 100분의 1에 해당하는 주식 수

  2.최근 사업연도 말 현재의 자본금이 3천억원 미만인 법인: 발행주식총수의 100분의 3에 해당하는 주식 수

⑥상장회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 정관에서 정하는 바에 따라 이사회 결의에 의하여 주식매수선택권의 부여를 취소할 수 있다.

1.주식매수선택권을 부여받은 자가 본인의 의사에 따라 사임하거나 사직한 경우

2.주식매수선택권을 부여받은 자가 고의 또는 과실로 회사에 중대한 손해를 입힌 경우

3.해당 회사의 파산 등으로 주식매수선택권 행사에 응할 수 없는 경우

4.그 밖에 주식매수선택권을 부여받은 자와 체결한 주식매수선택권 부여계약에서 정한 취소사유가 발생한 경우

○ 상법 제542조의3【주식매수선택권】

 ①상장회사는 제340조의2제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8제2항제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

 ②상장회사는 제340조의2제3항에도 불구하고 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 주식매수선택권을 부여할 수 있다.

③상장회사는 제340조의2제1항 본문에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 이사회가 제340조의3제2항 각 호의 사항을 결의함으로써 해당 회사의 집행임원ㆍ감사 또는 피용자 및 제1항에 따른 관계 회사의 이사ㆍ집행임원ㆍ감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다.

  이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3【벤처기업의 주식매수선택권】

    (2014.12.30. 법률 제12927호로 개정된 것)

①주식회사인 벤처기업은「상법」제340조의2부터 제340조의5까지의 규정에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의가 있으면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 자에게 특별히 유리한 가격으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 이 조에서 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는「상법」제434조를 준용한다.

1.벤처기업의 임직원(대통령령으로 정하는 자는 제외한다)

2.기술이나 경영능력을 갖춘 자로서 대통령령으로 정하는 자

3.대학 또는 대통령령으로 정하는 연구기관

4.벤처기업이 인수한 기업(발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 경우만 해당한다)의 임직원

②제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에는 다음 각 호의 사항을 포함하여야 한다.

1.일정한 경우 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻

   2.주식매수선택권의 행사로 내줄 주식의 종류와 수

   3.주식매수선택권을 부여받을 자의 자격 요건

   4.주식매수선택권의 행사 기간

   5.일정한 경우 주식매수선택권의 부여를 이사회의 결의에 의하여 취소할 수 있다는 뜻

  ④제3항에도 불구하고 제2항제2호에 따른 주식 총수의 100분의 20 이내에 해당하는 주식을 해당 벤처기업의 임직원 외의 자에게 주식매수선택권으로 부여하는 경우에는 주주총회의 특별결의로 제3항제1호 및 제4호의 사항을 그 벤처기업의 이사회에서 정하게 할 수 있다

  ⑥제1항 또는 제4항에 따라 주식매수선택권을 부여받은 자는 산업통상자원부령으로 정하는 경우를 제외하고는 제1항에 따른 결의가 있는 날 또는 제4항에 따라 이사회에서 정한 날부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 이를 행사할 수 있다.

  ⑦주식매수선택권은 타인에게 양도할 수 없다. 다만, 주식매수선택권을 부여받은 자가 사망한 때에는 그 상속인이 이를 부여받은 것으로 본다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조의3【주식매수선택권의 부여방법 등】

    ⁠(2008.11.4. 대통령령 제21100호로 개정된 것)

①법 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권의 부여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법에 따른다.

1.주식매수선택권의 행사가격으로 새로 신주를 발행해서 주거나 자기주식을 주는 방법

2.주식매수선택권의 행사가격과 시가(時價)와의 차액(행사가격이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금이나 자기주식으로 주는 방법

⑦주식매수선택권을 부여할 수 있는 주식의 총한도는 해당 벤처기업이 발행한 주식총수의 100분의 50으로 한다.

⑨주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 주식매수선택권 부여를 취소하는 경우에는「상법 시행령」제30조제6항을 준용한다.

○ 법인세법 시행령 제20조【성과급의 범위】

    (2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 것)

①법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각 목의 금액

   가.주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

   나.주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액 ➡신설

○ 법인세법 시행령 제20조【성과급의 범위】

    (2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

①법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  3.기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액

  가.주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

  나.주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

  다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

출처 : 국세청 2019. 06. 05. 기준-2019-법령해석법인-0306[법령해석과-1430] | 국세법령정보시스템