요지

조세특례제한법 제70조의2 제1항의 ⁠‘임차기간 내에 환매한 경우’에는 과세특례 적용하여 해당 농지 등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있으며 부과제척기간을 적용하지 않음

회신

이 건 사례의 ｢조세특례제한법｣ 제70조의2 및 같은 법 시행령 제67조의2 요건을 충족한 환급신청서에 따른 환급에 대하여는 ｢국세기본법｣ 제26조의2 국세의 부과제척기간 규정을 적용하지 않는 것입니다.
다만, ｢조세특례제한법｣ 제70조의2 및 같은 법 시행령 제67조의2에 따른 환급신청 여부는 사실판단 할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○납세자 甲은 농지법상 농업인으로서, 2014. 10. 23. 농지 3필지(A)를 한국농어촌공사(乙)에 ⁠‘경영회생지원 농지매입사업’에 따른 매매계약에 의하여 양도하고 양도소득세 예정신고․납부함

 ○甲은 한국농어촌공사와 2014. 10. 24.부터 2021. 10. 23.까지 농지A에 대하여 임대차 계약함

 ○甲은 2021. 9. 2. 농지A를 환매하고 2021. 12. 2. 조특법§70의2 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례 적용 받기 위하여 예정신고․납부한 양도소득세액을 환급신청함

2. 질의내용

 ○조세특례제한법 제70조의2 및 동법 시행령 제67의2조의 요건을 충족한 경우로서, 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례 적용 받기 위한 환급신청 시 국세기본법 제26조의2 국세의 부과제척기간 적용 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제70조2【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

 ①「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

 ②제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대하여 「소득세법」 제95조에 따른 양도소득금액을 계산할 때 취득가액은 같은 법 제97조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시 같은 법 제97조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 하고, 취득시기는 같은 법 제95조제4항 및 제98조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일로 한다.

 ③제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

조세특례제한법 시행령 제67조2【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

 ①법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

  1.농지등을 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

  2.해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

 ②제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

    (이하 생략)

국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】개정 2018.12.31., 2020.12.22.

 ①세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

 ②세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. ⁠(단서 이하 생략)

 ③제2항제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세 및 강제징수비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다.

 ④납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다.

 ⑤원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당(다른 세목의 원천징수세액에의 충당은 ⁠「소득세법」에 따른 원천징수이행상황신고서에 그 충당ㆍ조정명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다)하고 남은 금액을 환급한다.(단서 생략)

 ⑥국세환급금 중 제2항에 따라 충당한 후 남은 금액은 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 지급하여야 한다.

 ⑧제6항에도 불구하고 국세환급금 중 제2항에 따라 충당한 후 남은 금액이 10만원 이하이고, 지급결정을 한 날부터 1년 이내에 환급이 이루어지지 아니하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제2항제1호의 국세에 충당할 수 있다. 이 경우 제2항 단서의 동의가 있는 것으로 본다.

 ⑨세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 ⁠「국세징수법」의 고지ㆍ독촉 및 강제징수의 규정을 준용한다.

 ⑩제1항에도 불구하고 제47조의4제6항 본문에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 ⑪과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자(이하 이 항에서 "실질귀속자"라 한다)가 따로 있어 명의대여자에 대한 과세를 취소하고 실질귀속자를 납세의무자로 하여 과세하는 경우 명의대여자 대신 실질귀속자가 납부한 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제하고 남은 금액이 있는 경우에는 실질귀속자에게 환급한다.

국세기본법 시행령 제33조 【국세환급금 등의 환급】

 ③법 제51조제1항 후단에 따른 환급청구를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

국세기본법 제26조의2 【국세의 부과제척기간】

 ①국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

농지법 제2조 【정의】

  2."농업인"이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

농지법 시행령 제3조 【농업인의 범위】

 법 제2조제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  1.1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

  2.농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

  3.대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금(家禽: 집에서 기르는 날짐승) 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

  4.농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자

한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

 ①공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

 ②공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

 ③제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(還買)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

 ④제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의4 【경영회생 지원을 위한 농지의 매입 등】

 ①법 제24조의3제1항에 따라 자기 소유의 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 "농지등"이라 한다)을 공사에 매도하고 이를 임차하려는 농업인 또는 농업법인은 공사에 농지등의 매도 및 임차를 신청하여야 한다.

 ②공사는 제1항에 따른 신청을 받은 경우에는 해당 농업인 또는 농업법인에 대하여 경영위기의 정도, 경영회생 가능성 및 경영능력 등 농림축산식품부령으로 정하는 평가기준에 적합한지를 종합적으로 검토한 후, 적합한 경우에는 신청 대상 농지등을 매입할 수 있다.

 ③공사가 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매입하는 경우 그 매입가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1.농지: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 평가한 금액

  2.농지에 딸린 농업용시설: ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 임대기간 만료 시점을 기준으로 평가한 금액

한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의5【임대기간․임대료】

 ①공사가 법 제24조의3제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

 ②공사는 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기간을 연장할 수 있다.

 ③공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림축산식품부장관이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할(月割) 또는 일할(日割)로 계산할 수 있다.

한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의6 【농지등의 환매】

 ①법 제24조의3제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매(還買)를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

 ②환매권자가 제1항에 따라 환매신청을 하는 경우에는 매도한 농지등의 전부에 대하여 환매를 신청하여야 한다. 다만, 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 있는 농지등은 제외하고 환매를 신청할 수 있다.

 ③제2항 본문에도 불구하고 환매권자는 제2항 단서에 따라 수용된 농지등을 제외한 면적 중에서 매도 당시의 매도가격(제2항 단서에 따라 수용된 농지등을 제외한 면적의 매도가격을 말한다)의 100분의 50 이상에 해당하는 면적에 대하여 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매를 신청할 수 있다.

 ④공사가 법 제24조의3제3항에 따라 매입한 농지등을 환매하는 경우 그 환매가격은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

  1.농지: 다음 각 목의 금액 중 낮은 금액. 다만, 제3항에 따른 환매의 경우에는 가목에 따른 금액으로 한다. ⁠(생략)

  2.농지에 딸린 농업용시설: 해당 농업용시설의 매입가격

 ⑤환매권자는 제19조의5제1항 또는 제2항에 따른 임대기간 중에 제1항에 따라 환매를 신청하는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 환매대금을 분할하여 납입 할 수 있다. ⁠(이하 생략)

한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행규칙 제19조의6 【환매신청】

 ①영 제19조의6제1항에 따른 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)은 임차기간 만료일(영 제19조의5제2항에 따라 임차기간을 연장한 경우에는 그 연장한 임차기간의 만료일을 말한다)까지 공사에 환매(還買)를 신청하여야 한다.

 ②영 제19조의6제3항에 따라 환매를 신청하려는 경우 필지단위로 신청하여야 하고, 환매하려는 농지에 시설물이 있는 경우에는 농지와 시설물을 함께 환매신청 하여야 한다.

 ③그 밖에 환매의 신청에 관하여 필요한 사항은 농림축산식품부장관이 정한다.

출처 : 국세청 2022. 04. 12. 기준-2022-법무재산-0056[법무과-1857] | 국세법령정보시스템