요지

비영리내국법인이 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 법인에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 하는 전임목사에게 사택으로 제공하는 부동산은 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하는 것임

회신

(질의1) 비영리내국법인이 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 법인에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 하는 전임목사에게 사택으로 제공하는 부동산은 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하는 것이나, 교화업무를 전업으로 하지 아니하는 자에게 사택으로 제공하는 부동산은 이에 해당하지 아니하는 것으로 동 사택이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용되지 아니한 경우에는 각사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되는 것입니다.
(질의2) 내국법인이 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 주택(이에 부수되는 토지 포함)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는「법인세법」제55조의2 제1항 제2호를 적용하지 아니 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 종교의 보급 기타 교화사업을 고유목적으로 하는 비영리법인으로

- 2009.3.18.(등기이전)에 증여로 취득한 대전광역시 중구 소재 아파트(이하 ⁠“쟁점주택”이라 함)를 2017.5.4. 양도함

○ 한편, 질의법인과 증여자 간 쟁점주택에 대하여 아래와 같은 조건으로 증여가 이루어졌으며

- 쟁점주택이 질의법인의 명의로 이전 된 후에도 증여자의 사망일(2015.7.10.)까지 증여자와 배우자가 쟁점주택에 거주하고 있었고

- 전임목사가 쟁점주택에 거주한 기간은 증여자의 사망일 이후 2015.11.26.∼2017.2.15.(1년 2개월)임

2. 질의내용

○ 비영리종교법인이 전임목사가 3년 미만 거주하던 주택을 처분하는 경우

- 각 사업연도 소득금액 및 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

② ⁠(생략)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

① ⁠(생략)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 대통령령으로 정하는 것이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 토지등 이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. ⁠(생략)

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 별장 이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만,「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 비사업용 토지 란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. ∼ 4. ⁠(생략)

5.「지방세법」제106조 제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. ∼ 7. ⁠(생략)

(이하생략)

○ 부칙 ⁠(제9673호, 2009.5.21.)

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례)

제55조의2의 개정규정은 2009년 3월 16일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제4조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례)

2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 삭제

② 법 제55조의2 제1항 제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택” 이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. ⁠(생략)

2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

(이하생략)

4. 관련사례

○ 법인-6029, 2017.4.7.

내국법인이 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 주택(이에 부수되는 토지 포함)과 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는「법인세법」제55조의2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니하는 것임

○ 법령해석법인-0589, 2016.12.23.

「국세기본법」제13조 제2항 및 제4항에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교단체가 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해 단체에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 선교사에게 사택으로 제공한 부동산을 처분하는 경우「법인세법」 제3조 제3항 제5호와 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 사전답변 신청의 경우 주택을 당해 단체의 정관에 규정된 사업을 전업으로 하는 선교사만이 이용하였는지는 여부는 사실 판단할 사항이며,

위와 별도로 해당 주택(부수토지 포함)의 양도소득에 대해 같은 법 제55조의2 제1항 제2호에 따라 양도소득에 100분의 10(미등기 양도의 경우 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 납부하여야 함

○ 법인-22340, 2015.7.21.

종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 성직자에게 사택으로 제공한 부동산은「법인세법 시행령」제2조 제2항의 규정에 의한 ⁠“고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”에 해당되는 것이나, 교화업무를 전업으로 하는 성직자가 아닌 자가 사택으로 사용하는 부동산은 이에 해당하지 아니하는 것임

○ 법인-598, 2009.5.21.

비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은「법인세법 시행령」제2조 제2항의 규정에 따라 법인세가 과세되지 않는 것임

○ 법인46012-987, 1998.4.22.

【질의】1) 감독, 스테이크부장, 성전장 등이 교회명의로 취득한 주택에서 5년∼20년 이상 거주하다 부득이한 사정으로 동 주택을 매각하는 경우 법인세 및 특별부가세 대상 여부와 양도차익 계산방법

2) 전도사의 사택인 국민주택규모 아파트를 취득하여 3년∼5년 거주 후 타지역전출로 인하여 매각하는 경우 법인세 및 특별부가세 과세 여부

【회신】종교법인이 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해법인에 소속되어 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 성직자에게 사택으로 제공한 부동산은「법인세법 시행령」제2조 제2항의 규정에 의한 ⁠“고유목적사업에 직접 사용한 고정자산” 및 조세감면규제법 제74조 제1항 제2호의 규정에 의한 ⁠“고유목적사업에 직접 사용한 토지등”에 해당되는 것이나, 교화업무를 전업으로 하는 성직자가 아닌 자가 사택으로 사용하는 부동산은 이에 해당하지 아니하는 것이며

위 사택이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용되었는지 여부 및 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도하였는지 등은 사실판단할 사항임

출처 : 국세청 2018. 05. 17. 서면-2018-법인-1372[법인세과-1189] | 국세법령정보시스템