요지

조세특례제한법 제99조의4에 따른 농어촌주택은 해당 1세대의 소유주택에서 제외되므로 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따른 거주주택 비과세 특례 적용 가능함

회신

귀 질의의 경우 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제20항 각 호에 따른 장기가정어린이집과 거주주택을 소유하는 1세대가 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 ｢소득세법 시행령｣ 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

  ’14.5.

A주택 취득

(서울 소재)

B주택 취득 후

장기어린이집 운영

(서울 소재)

C농어촌주택 취득

(경북 김천 소재)

A주택 양도 예정

 -’14. 5. A주택(서울 소재) 취득

 -’14. 6. B주택(서울 소재) 취득하여 장기가정어린이집* 운영

    *소령§155⑳ 장기가정어린이집 요건 충족한 것으로 전제

 -’19. 7. C주택(경북 김천 소재) 취득 농어촌주택**

    **조특법§99의4 농어촌주택 요건 충족한 것으로 전제

 -’22. 00.A주택 양도예정

2. 질의내용

 -A주택 양도 시 거주주택 비과세 규정과 조특법§99의4 규정을 중첩 적용하여 1세대 1주택 비과세 가능한 지

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ①다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   나.1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ⑳제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 ｢영유아보육법｣ 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

  1.거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 ｢영유아보육법｣ 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

  3.장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

○조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ①거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용한다.

  1.다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

   가.취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 ｢지방자치법｣ 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

    1)수도권지역. 다만, ｢접경지역 지원 특별법｣ 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

    2)｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제6조에 따른 도시지역

    3)｢주택법｣ 제63조의2에 따른 조정대상지역

    4)｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제10조에 따른 허가구역

    5)그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   나.주택 및 이에 딸린 토지의 가액(｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

 ③1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

 ④1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

 ⑤1세대가 수도권 내 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재하는 2주택(양도하는 시점의 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이 6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고 ｢소득세법｣ 제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는 같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고, ｢소득세법｣ 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

 ⑥제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는 제5항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하거나 최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ⑦제1항, 제4항 및 제5항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

 ⑧농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2016-법령해석재산-3686(2016.12.14.)

 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제19항에 따른 장기임대주택과 거주주택을 소유하는 1세대가 2003년 8월 1일부터 2017년 12월 31일까지의 기간 중에 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아｢소득세법 시행령｣제154조제1항을 적용하는 것임

 다만, 거주주택 양도에 대하여 비과세를 적용받은 후 장기임대주택의 임대기간 요건을 충족하지 못한 경우에는 ｢소득세법 시행령｣ 제155조제21항에 따라 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 같은 항 제1호에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고․납부하여야 하는 것임

○ 서면-2020-부동산-0128(2020.02.17.)

 귀 질의의 경우｢소득세법시행령｣ 제155조제20항 각 호에 따른 장기임대주택과 거주주택을 소유하는 1세대가 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 농어촌주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 ｢소득세법시행령｣ 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

출처 : 국세청 2022. 02. 16. 서면-2021-부동산-6114[부동산납세과-294] | 국세법령정보시스템