비영리법인 의료기관별 고유목적사업준비금 손금산입 특례

요지

비영리내국법인이 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제70조제5항에서 정하는 특례대상 지역과 그 외 지역에 각각 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 경우 특례대상 지역의 의료기관에서 발생하는 의료업 수익사업소득에 한해 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것임

회신

비영리내국법인이 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제70조제5항에서 정하는 특례대상 지역과 그 외 지역에 각각 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 경우 특례대상 지역의 의료기관에서 발생하는 의료업 수익사업소득에 한해 ⁠「조세특례제한법」제74조제4항에 따라 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있고, 특례대상지역 이외의 지역에서 발생하는 의료업 수익사업소득은 100분의 50을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 보건업을 고유목적사업으로 하는 비영리법인으로

- 군산시에서 병원을 운영하며 병원수익은 ｢조세특례제한법｣ 제74조 제4항에 따라 100% 고유목적사업준비금을 설정하고 있음

 ○ ’18년에 청주시와 익산시에 분원을 설치함

2. 질의내용

 ○ ｢조세특례제한법｣ 제74조 제4항에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 적용받을 수 있는 의료기관을 운영하는 비영리법인이

 - 조특령§70⑤에서 규정한 지역 외에 분원을 설치하여 운영하는 경우 전체 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금으로 손금산입이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가.「사립학교법」에 따른 학교법인

   나.～바. ⁠(생략)

   2.「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 및 ⁠「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원

   나.～사. ⁠(생략)

  4.「도서관법」에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인

  5.「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인

  6.～9. ⁠(생략)

 ④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조제2항제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제70조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ⑤ 법 제74조제4항에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

  1. 인구수가 30만명 이하인 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 제주특별자치도에 두는 행정시를 포함한다)ㆍ군 지역

  2.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 또는 ⁠「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원이 소재하고 있지 아니한 지역

○ 조세특례제한법 시행규칙 제29조의3【고유목적사업준비금의 손금산입 특례를 적용받은 비영리의료법인 소재지역의 범위】

  영 제70조제5항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 지역"이란 별표 8의6에 따른 지역을 말한다.

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

  ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

    1. 다음 각 목의 금액

   가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

   나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

   다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

  2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

 ② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

 ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

 ④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.

 ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

  2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

  3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

  4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

 ⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

 ⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

  3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

  가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

  나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

  다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

4. 관련사례

○ 법령해석과-1239, 2019.5.15.

  종교보급과 교화사업을 고유목적사업으로 하는 비영리법인인 종교단체가 수익사업인 출판업과「조세특례제한법」제74조제4항에 따른 특례 대상 의료업을 함께 영위하는 경우 해당 종교단체는 의료업에서 발생한 수익사업소득의 전액과 출판업에서 발생한 수익사업소득의 100분의 50을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있으며,

  해당 종교단체가 의료업 수익사업소득의 전액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정한 경우, 해당 수익사업소득의 100분의 50에 해당하는 고유목적사업준비금은 본래의 고유목적사업인 종교보급 및 교화사업과 「법인세법 시행령」 제56조제6항제3호에 따른 의료기기 취득 등의 고유목적사업(이하 ⁠“의료목적사업”)이나 지정기부금 지출에 제한 없이 사용할 수 있으나, 의료업 수익사업소득의 100분의 50을 초과하는 금액에 상당하는 고유목적사업준비금은 의료목적사업이나 지정기부금 지출에만 사용할 수 있는 것임

○ 서면2팀-1287, 2005.8.16.

  미술관진흥법에 의하여 등록한 미술관을 운영하는 비영리법인이 ⁠「조세특례제한법」제74조 제1항의 규정에 따라 미술관 입장객을 대상으로 하는 수익사업소득에 대하여는 100% 고유목적사업준비금을 설정 할 수 있고, ⁠「법인세법」제29조 제1항의 규정에 따라 이자·배당소득 및 그 외의 수익사업에서 발생한 소득의 50%를 고유목적사업준비금으로 손금산입 하는 것이며,

  이 경우 '입장료 수입 등' 을 영위하는 수익사업소득은 결손이 발생하고 기타 수익사업(소득금액의 50%를 고유목적사업준비금을 설정)은 소득이 발생한 경우 고유목적사업준비금 설정 시 통산을 하지 아니하고 각각의 소득금액에 대하여 설정하는 것으로써 '입장료 수입 등'은 0으로 보고 기타 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 50%를 한도로 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 것임

출처 : 국세청 2019. 08. 01. 서면-2017-법인-2097[법인세과-2178] | 국세법령정보시스템