요지

사업자가 법원의 판결에 의하여 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생되는 경우 수정세금계산서 발급사유에 해당함

회신

사업자가 법원의 판결에 의하여 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생되는 경우 ｢부가가치세법 시행령｣ 제70조제1항제3호에 따라 수정세금계산서 발급사유에 해당하며,
과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때는 ｢국세기본법｣ 제45조에 따라 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 국세부과제척기간이 도래되기 전까지 과세표준수정신고서를 제출하여야 하며
과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때는 ｢국세기본법｣ 제45조의2제1항에 따라 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있는 것이나,
과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때는 ｢국세기본법｣ 제45조의2제2항에 따라 법원의 판결이 있음을 안 날로부터 3개월 이내에 청구할 수 있는 것으로 기존 해석사례를 보내 드리니 참조하시기 바랍니다.
○ 부가가치세과-696, 2014.8.12.
가. 사업자가 법원의 판결에 의하여 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생되는 경우 구「부가가치세법 시행령」제59조제1항제3호에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당하는 것임
나. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때는「국세기본법」제45조에 의거 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출하여야 함

1. 사실관계

 ○ 공급자는 질의인에게 공사대금에 대하여 전자세금계산서를 발급하였으며, 질의인은 부담한 부가가치세를 공제받음

  - 그러나 대법원 판결로 공사대금이 감액되어 질의인은 공급자에게 수정세금계산서 발급을 요구하였으나, 공급자는 수정세금계산서를 발급하지 않고 당사자끼리 해결하자고 하면서 질의인이 과다공제받은 부가가치세액을 돌려달라고 요구함

2. 질의내용

 ○ 세금계산서 발급금액보다 감액된 금액으로 대법원 판결을 받은 경우 당사자가 취하여야 할 절차

 ○ 공급자의 요구대로 당사자들 간에 부가가치세 차액분을 개인적으로 주고받는 경우 문제되는 바가 없는지

 ○ 질의인이 공급자에게 부가가치세 차액분을 돌려준 이후 공급자는 관할세무서를 통해 환급 받을 수 있는지

3. 관련법령

 ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

   ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

    1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

    2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

 ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

   ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

    1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

    2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

   ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

    1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 ○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

   ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

 ○ 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

   ① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

    3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

출처 : 국세청 2020. 09. 21. 서면-2019-부가-3854[부가가치세과-1707] | 국세법령정보시스템