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비영리내국법인 코로나19 손실보상금 관련 손금산입 여부

법인세제과-282  ·  2023. 05. 08.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 비영리내국법인이 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 법인세 손금산입이 가능한지 여부는 어떻게 판단되는가?

S요약

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입 대상이 아님이 명확히 해석되었습니다. 즉, 해당 손실보상금을 수익으로 보지 않으므로, 이와 관련해 지출된 비용 또한 손금처리가 불가하다고 판단됩니다.
#비영리내국법인 #의료법인 #코로나19 #손실보상금 #손금산입 #법인세
핵심 정리

R회신 내용 법인세제과-282  ·  2023. 05. 08.

  • 기획재정부 법인세제과-282(2023-05-08) 회신에 따라, 해당 쟁점에 대해 공식적으로 답변하였음.
  • 비영리내국법인이 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따라 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입이 불가능함.
  • 법인세법상 손금은 원칙적으로 수익사업과 직접 관련된 소득에 한해 인정되는데, 손실보상금은 수익사업 등에서 발생한 소득이 아니라고 해석됨.
  • 따라서, 이와 관련해 안분계산으로 처리된 간접비용(일반관리비) 또한 법인세상 손금산입이 허용되지 않는 것이 타당하다고 회신하였음.

L관련 법령 해석

  • 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조: 감염병관리기관 지정 또는 시설 설치·운영 등으로 발생한 손실 보상 규정
  • 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조: 감염병의 환자 치료에 따른 의료기관 지정 규정
  • 법인세법상 익금과 손금 규정: 수익사업에서 발생한 소득에 한해 손금산입 허용
  • 법인세법 시행령: 비영리내국법인의 수익사업 및 손금 해당 범위
사례 Q&A
1. 비영리 의료법인이 코로나19 손실보상금으로 지급된 비용을 손금산입할 수 있나요?
답변
비영리 의료법인이 코로나19 손실보상금으로 지출한 비용은 손금산입이 불가합니다.
근거
기획재정부 회신에 따르면 손실보상금은 수익사업 소득이 아니므로 손금처리 불가로 해석하였습니다.
2. 코로나19 손실보상금이 익금불산입이면 관련 비용도 손금산입이 어렵나요?
답변
손실보상금이 익금불산입이므로 관련 비용 역시 손금불산입 처리가 타당하다고 보입니다.
근거
공식 회신에 따라 수익으로 보지 않으므로 손금 역시 불허됨을 확인할 수 있습니다.
3. 비영리내국법인의 코로나19 손실보상금 처리 실무상 유의점은?
답변
관련 손실보상금에 안분된 간접비용 또한 손금산입이 불가하니, 경정청구 등 신고 시 유의해야 합니다.
근거
실제 사례에서 일반관리비 안분액도 법인세 손금불산입 조정이 이루어진 점을 참고할 만합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 ⁠「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니함

회신

의료업을 영위하는 비영리내국법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금산입 여부
 ⁠(제1안) 손금산입 가능
 ⁠(제2안) 손금산입 불가능
귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 「의료법」에 따른 의료법인이자 비영리내국법인으로

- 2020.12.24. 운영중인 병원이 코로나19 전담병원으로 지정되어 2021년부터 현재까지 코로나19 환자를 치료 하고 있으며

  -「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제36조 및 제70조에 따라 2021년 보건복지부로부터 손실보상금을 수령함

 ○ A법인은 쟁점손실금이 법인세법상 수익사업에서 발생하는 소득에 해당하는 것으로 보아 수익으로 계상하고, 간접비용 및 보전 받은 직접비용은 손금으로 하여 2021사업연도 법인세 신고하였으나

  - 손실보상금이 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다는 해석에 따라 쟁점보상금을 익금불산입하고, 간접비용(일반관리비) 104억원*을 손금불산입으로 소득금액 조정하여 경정청구함

    * 일반관리비(17,659백만원)를 쟁점보상금 ⁠(25,318백만원)/총수입금액(42,921백만원)로 안분계산

[2021사업연도 총 수입금액 구성]

(백만원)

합 계

손실보상금

건강보험

일반

임상시험

의료급여

일반검진

산재보험등

42,921

25,318

13,241

1,734

1,631

661

329

7

2. 질의내용

 ○ 코로나19 전담병원으로 지정된 의료법인이 국가로부터 수령한 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금 여부

    (제1안) 손금산입 가능

    (제2안) 손금산입 불가능

출처 : 기획재정부 2023. 05. 08. 법인세제과-282 | 국세법령정보시스템

유권해석

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비영리내국법인 코로나19 손실보상금 관련 손금산입 여부

법인세제과-282  ·  2023. 05. 08.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 비영리내국법인이 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 법인세 손금산입이 가능한지 여부는 어떻게 판단되는가?

S요약

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입 대상이 아님이 명확히 해석되었습니다. 즉, 해당 손실보상금을 수익으로 보지 않으므로, 이와 관련해 지출된 비용 또한 손금처리가 불가하다고 판단됩니다.
#비영리내국법인 #의료법인 #코로나19 #손실보상금 #손금산입
핵심 정리

R회신 내용 법인세제과-282  ·  2023. 05. 08.

  • 기획재정부 법인세제과-282(2023-05-08) 회신에 따라, 해당 쟁점에 대해 공식적으로 답변하였음.
  • 비영리내국법인이 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따라 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입이 불가능함.
  • 법인세법상 손금은 원칙적으로 수익사업과 직접 관련된 소득에 한해 인정되는데, 손실보상금은 수익사업 등에서 발생한 소득이 아니라고 해석됨.
  • 따라서, 이와 관련해 안분계산으로 처리된 간접비용(일반관리비) 또한 법인세상 손금산입이 허용되지 않는 것이 타당하다고 회신하였음.

L관련 법령 해석

  • 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조: 감염병관리기관 지정 또는 시설 설치·운영 등으로 발생한 손실 보상 규정
  • 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조: 감염병의 환자 치료에 따른 의료기관 지정 규정
  • 법인세법상 익금과 손금 규정: 수익사업에서 발생한 소득에 한해 손금산입 허용
  • 법인세법 시행령: 비영리내국법인의 수익사업 및 손금 해당 범위
사례 Q&A
1. 비영리 의료법인이 코로나19 손실보상금으로 지급된 비용을 손금산입할 수 있나요?
답변
비영리 의료법인이 코로나19 손실보상금으로 지출한 비용은 손금산입이 불가합니다.
근거
기획재정부 회신에 따르면 손실보상금은 수익사업 소득이 아니므로 손금처리 불가로 해석하였습니다.
2. 코로나19 손실보상금이 익금불산입이면 관련 비용도 손금산입이 어렵나요?
답변
손실보상금이 익금불산입이므로 관련 비용 역시 손금불산입 처리가 타당하다고 보입니다.
근거
공식 회신에 따라 수익으로 보지 않으므로 손금 역시 불허됨을 확인할 수 있습니다.
3. 비영리내국법인의 코로나19 손실보상금 처리 실무상 유의점은?
답변
관련 손실보상금에 안분된 간접비용 또한 손금산입이 불가하니, 경정청구 등 신고 시 유의해야 합니다.
근거
실제 사례에서 일반관리비 안분액도 법인세 손금불산입 조정이 이루어진 점을 참고할 만합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

유권해석 전문

요지

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 ⁠「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니함

회신

의료업을 영위하는 비영리내국법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금산입 여부
 ⁠(제1안) 손금산입 가능
 ⁠(제2안) 손금산입 불가능
귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 「의료법」에 따른 의료법인이자 비영리내국법인으로

- 2020.12.24. 운영중인 병원이 코로나19 전담병원으로 지정되어 2021년부터 현재까지 코로나19 환자를 치료 하고 있으며

  -「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제36조 및 제70조에 따라 2021년 보건복지부로부터 손실보상금을 수령함

 ○ A법인은 쟁점손실금이 법인세법상 수익사업에서 발생하는 소득에 해당하는 것으로 보아 수익으로 계상하고, 간접비용 및 보전 받은 직접비용은 손금으로 하여 2021사업연도 법인세 신고하였으나

  - 손실보상금이 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다는 해석에 따라 쟁점보상금을 익금불산입하고, 간접비용(일반관리비) 104억원*을 손금불산입으로 소득금액 조정하여 경정청구함

    * 일반관리비(17,659백만원)를 쟁점보상금 ⁠(25,318백만원)/총수입금액(42,921백만원)로 안분계산

[2021사업연도 총 수입금액 구성]

(백만원)

합 계

손실보상금

건강보험

일반

임상시험

의료급여

일반검진

산재보험등

42,921

25,318

13,241

1,734

1,631

661

329

7

2. 질의내용

 ○ 코로나19 전담병원으로 지정된 의료법인이 국가로부터 수령한 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금 여부

    (제1안) 손금산입 가능

    (제2안) 손금산입 불가능

출처 : 기획재정부 2023. 05. 08. 법인세제과-282 | 국세법령정보시스템