비영리내국법인 코로나19 손실보상금 관련 손금산입 여부

요지

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 ⁠「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣에 따라 지급받은 코로나19 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금산입하지 아니함

회신

의료업을 영위하는 비영리내국법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급받은 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금산입 여부
 ⁠(제1안) 손금산입 가능
 ⁠(제2안) 손금산입 불가능
귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다.

1. 사실관계

 ○ A법인은 ｢의료법｣에 따른 의료법인이자 비영리내국법인으로

- 2020.12.24. 운영중인 병원이 코로나19 전담병원으로 지정되어 2021년부터 현재까지 코로나19 환자를 치료 하고 있으며

  -｢감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣ 제36조 및 제70조에 따라 2021년 보건복지부로부터 손실보상금을 수령함

 ○ A법인은 쟁점손실금이 법인세법상 수익사업에서 발생하는 소득에 해당하는 것으로 보아 수익으로 계상하고, 간접비용 및 보전 받은 직접비용은 손금으로 하여 2021사업연도 법인세 신고하였으나

  - 손실보상금이 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다는 해석에 따라 쟁점보상금을 익금불산입하고, 간접비용(일반관리비) 104억원^*을 손금불산입으로 소득금액 조정하여 경정청구함

    * 일반관리비(17,659백만원)를 쟁점보상금 ⁠(25,318백만원)/총수입금액(42,921백만원)로 안분계산

[2021사업연도 총 수입금액 구성]

(백만원)

2. 질의내용

 ○ 코로나19 전담병원으로 지정된 의료법인이 국가로부터 수령한 손실보상금을 원천으로 지출한 비용의 손금 여부

    (제1안) 손금산입 가능

    (제2안) 손금산입 불가능

출처 : 기획재정부 2023. 05. 08. 법인세제과-282 | 국세법령정보시스템