요지

법률에 따라 설치되는 비영리단체로서 국세기본법상 법인으로 보는 단체의 경우 국가 등이 설치ㆍ운영하는 단체이지 국가 등에 해당되지 않으므로 원천징수 납부지연가산세 면제규정의 적용 대상이 아님

회신

(질의1) 귀 단체는 ｢국세기본법｣ 제47조의5 제3항 제3호에 따른 국가 등에 해당하지 않습니다.
(질의2) 추가 지급한 금원이 그간 미지급한 근로에 대한 대가인 경우 근로를 제공한 때가 수입시기가 되므로 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있는 것입니다. 다만, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 구체적인 사실을 조합하여 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○신청법인은 2006년경부터 현재까지 성폭력방지 및 피해자보호등에 관한 법률 제18조, 성폭력방지 및 피해자보호등에 관한 법률 시행령 제6조에 의해 매년 전액 국비ㆍ시비를 지급받아 설치ㆍ운영되고 있는 기관임

 ○예산부족을 이유로 10년간 종사자 8명에 대한 호봉을 1호봉씩 낮게 책정하여 지급함

  - 근로계약서 작성시 원칙보다 1호봉씩 낮은 연봉으로 계약서를 작성하였고, 계약서상 명시된 액수는 전액 지급되었음

 ○2010년부터 2021년까지 00센터(여성가족부 산하) 종사자 8명에 대한 미인정 호봉승급분을 여성가족부로부터 2022.00.00. 인건비 추경의 형태로 추가 배정 지급 받음

2. 질의내용

 ○ 신청법인이 원천징수등 납부지연가산세 면제대상인지, 예산수령시기 5년 이전 과세기간에 대한 수정신고가 필요한지 여부

3. 관련법령

 ○국세기본법 제45조 【수정신고】

  ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

 ○국세기본법 제47조의5 【원천징수 등 납부지연가산세】

  ③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

  1. ⁠「소득세법」에 따라 소득세를 원천징수하여야 할 자가 우리나라에 주둔하는 미군인 경우

  2. ⁠「소득세법」에 따라 소득세를 원천징수하여야 할 자가 같은 법 제20조의3제1항제1호 또는 같은 법 제22조제1항제1호의 소득을 지급하는 경우

  3. 「소득세법」 또는 ⁠「법인세법」에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여야 할 자가 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합인 경우(「소득세법」 제128조의2에 해당하는 경우는 제외한다)

 ○소득세법 시행령 제49조 【근로소득의 수입시기】

  ① 근로소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

  1. 급여

    근로를 제공한 날 ⁠(... 중략 ...)

  4. 법 제22조제3항 계산식 외의 부분 단서에 따른 초과금액

　 지급받거나 지급받기로 한 날

  ② 도급 기타 이와 유사한 계약에 의하여 급여를 받는 경우에 당해 과세기간의 과세표준확정신고기간 개시일전에 당해 급여가 확정되지 아니한 때에는 제1항제1호의 규정에 불구하고 그 확정된 날에 수입한 것으로 본다. 다만, 그 확정된 날 전에 실제로 받은 금액은 그 받은 날로 한다.

 ○국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】

  ① 법인(「법인세법」 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

  2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

 ○성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률 제18조 【피해자를 위한 통합지원센터의 설치ㆍ운영】

  ① 국가와 지방자치단체는 성폭력 피해상담, 치료, 제7조의2제2항에 따른 기관에 법률상담등 연계, 수사지원, 그 밖에 피해구제를 위한 지원업무를 종합적으로 수행하기 위하여 성폭력피해자통합지원센터(이하 "통합지원센터"라 한다)를 설치ㆍ운영할 수 있다.

  ② 국가와 지방자치단체는 대통령령으로 정하는 기관 또는 단체로 하여금 통합지원센터를 설치ㆍ운영하게 할 수 있다.

  ③ 통합지원센터에 두는 상담원 등 종사자의 수 등에 필요한 사항은 여성가족부령으로 정한다.

 ○성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률 시행령 제6조 【피해자를 위한 통합지원센터의 설치ㆍ운영】

  법 제18조제2항에서 "대통령령으로 정하는 기관 또는 단체"란 다음 각 호의 기관 또는 단체를 말한다.

  1. 국가나 지방자치단체가 설치ㆍ운영하는 여성정책 관련 기관

  2. ⁠「의료법」에 따른 종합병원

  3. ⁠「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원

  4. 그 밖에 성폭력방지 및 피해자 보호를 주된 업무로 하는 비영리법인 또는 단체

출처 : 국세청 2023. 12. 21. 서면-2022-징세-4590[징세과-5012] | 국세법령정보시스템