요지

장기임대주택이 ⁠「민간임대주택특별법」§6⑤에 따라 자동말소되어 소득령§155⑳에 따른 장기임대주택이 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 경우로서 일시적 2주택 특례 요건을 갖춘 경우에는 중첩적용이 되어 소득령§154①이 적용될 수 있음

회신

기존 해석사례사전-2020-법령해석재산-0928(2021.08.09.)를 참고하시기 바랍니다.

○ 사전-2020-법령해석재산-0928(2021.08.09.)
1) 장기임대주택(E주택)이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 말소된 이후, 5년 이내 거주주택(A주택)을 양도하는 경우 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 것이며, 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우로서 장기임대주택(E주택)이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되어 소득세법상 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에도 그 등록이 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 것입니다.

2) 거주주택(A)과 장기임대주택(B,C,D,E)을 보유한 1세대가 거주주택(A)을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후에 새로운 주택(F)을 취득하고 새로운 주택(F)을 취득한 날부터 3년 이내에 거주주택(A)을 양도하는 경우에는 1세대1주택으로 보아 같은 법 시행령 제154조제1항을 적용하는 것으로 기존해석(기획재정부 재산세제과-512, 2021.5.25.)의 별첨 ⁠「세부 집행원칙」을 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

 -’12. 2월 수원 소재 A주택 취득

 -’17. 5월 평택 소재 B주택 취득 및 단기임대사업자 등록

 -’18.11월 인천^* 소재 C주택 분양권 취득

 -’21. 5월 B주택 단기임대사업자 자동등록 말소

 -’21. 7월 C주택 취득

 - ’22.11월 A주택 양도 예정

  * 분양권 취득 당시 비조정대상지역임

2. 질의내용

 - 장기임대주택(B)이 자동등록말소 된 후 거주주택(A)을 양도하는 경우, 소득령§155①에 따른 일시적 2주택 특례와 소득령§155⑳에 따른 장기임대주택특례가 중첩되어 소득령§154①에 따른 1세대 1주택 비과세 적용 가능한 지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

○ 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 ⁠“종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 ⁠“신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. ⁠(후단생략)

 1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

 2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

 가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

○ 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것) 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. ⁠(후단 생략)

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

 ㉓ 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.

 1.「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

 2.「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. ⁠“민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 ⁠“준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

 3. ⁠“민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다

  6. 삭제  ⁠(☜ 단기민간임대주택 폐지)

  7. ⁠“임대사업자”란 ｢공공주택 특별법｣ 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 ⁠“공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 주택을 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말하며, 기업형임대사업자와 일반형임대사업자로 구분한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조【임대사업자 등록의 말소】

① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

 11. 제43조에도 불구하고 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제43조【임대의무기간 및 양도 등】

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다.

 1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

 2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2제1항제4호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 10년 임대 이후 매각하는 경우

 3. 제6조제1항제11호에 따라 말소하는 경우

○ 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조【민간임대주택의 임대의무기간 등】

① 법 제43조제1항에서 ⁠“임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점”이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

 2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다

○ 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전) 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

 6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

4.유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 사전-2020-법령해석재산-0928(2021.08.09.)

[제 목]

장기임대주택이 자동말소 된 경우 장기임대주택특례 적용 여부등

[요 지]

장기임대주택이 ⁠「민간임대주택특별법」§6⑤에 따라 자동말소되어 소득령§155⑳에 따른 장기임대주택이 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 경우로서 일시적 2주택 특례 요건을 갖춘 경우에는 중첩적용이 되어 소득령§154①이 적용될 수 있음

[답변내용]

 위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이,

 (1)「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제1호와 제2호의 요건을 모두 충족하는 거주주택(A주택)과 장기임대주택(B·C·D·E주택)을 보유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우(장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우 포함)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항을 적용하는 것입니다. 이 경우, 장기임대주택(E주택)이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 말소된 이후, 5년 이내 거주주택(A주택)을 양도하는 경우 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 것이며, 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우로서 장기임대주택(E주택)이 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되어 소득세법상 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에도 그 등록이 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 것입니다. 다만, 임대주택 등록의 말소일에 관한 사항은 관련 부처에 문의하시기 바랍니다.

 (2) 거주주택(A)과 장기임대주택(B,C,D,E)을 보유한 1세대가 거주주택(A)을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후에 새로운 주택(F)을 취득하고 새로운 주택(F)을 취득한 날부터 3년 이내에 거주주택(A)을 양도하는 경우에는 1세대1주택으로 보아 같은 법 시행령 제154조제1항을 적용하는 것으로 기존해석(기획재정부 재산세제과-512, 2021.5.25.)의 별첨 ⁠「세부 집행원칙」을 참고하시기 바랍니다.

출처 : 국세청 2022. 04. 05. 서면-2021-부동산-7423[부동산납세과-728] | 국세법령정보시스템