요지

주거지역 편입일로부터 3년이 지난 농지는 원칙적으로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 수 없음. 다만, 조특령§66④(1) 단서의 경우 감면가능하나 사실판단 사항임

답변내용

양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군 제외) 또는 시[「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농 복합형태의 시의 읍․면 지역 및 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍․면 지역은 제외]에 있는 농지 중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 ⁠“주거지역등”이라 한다) 안에 있는 농지로서
주거지역등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지는「조세특례제한법」제69조에 따른 감면을 적용받을 수 없는 것이나, 해당 농지가 같은 법 시행령 제66조제4항제1호 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하는 것으로, 이에 해당하는지는 토지의 이용형태 및 그 토지와 관련한 개발사업의 내용 등 사실관계에 따라 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 2001.09. 농지(답, 397㎡) 취득(이하 ⁠“쟁점농지”)

 ○ 2008.11. 도시개발구역 지정

 ○ 2010.04. 개발계획승인

 ○ 2014.04. 도시지역(주거지역) 지정 및 실시계획인가 및 지형도면 고시

 ○ 2015.04.개발계획변경 및 실시계획 변경인가

 ○ 2018.01. 개발계획변경(2차) 및 실시계획인가 변경(2차)

 ○ 2018.01.31. 농지 양도

  - 등기원인: 2018.1.24. 공공용지의 협의취득

  - 매수자: *******주식회사

 ※ 질의자가 사전답변 신청서에 적시한 내용

    자경기간: 2001.1.~2017.12.

    매매 지연사유: 토지주의 매도의사에도 불구하고 사업시행자의 부도 등 사유로 사업시행자가 변경되어 주거지역 편입일로부터 3년 경과함

2. 질의내용

○ 토지소유주의 의사와 상관없이 사업시행자의 부도 등 사유로 주거지역에 편입된지 3년 경과 후 농지를 양도하는 경우 자경농지에 대한 양도소득세 감면(조특법§69)을 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 ⁠「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

 3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 ⁠「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 ⁠「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

 다. ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

 2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ ～ ⑥ ⁠(생략)

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 ⁠「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

□ 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위등】

③ 영 제66조제4항제1호가목 및 제67조제8항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 하되, ⁠「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 ⁠「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

④ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 ⁠「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

출처 : 국세청 2018. 05. 02. 사전-2018-법령해석재산-195[법령해석과-1204] | 국세법령정보시스템