요지

사업자가 새로운 도로를 구축하여 국가에 기부채납하고 구 도로를 사업부지로 사용하기로 하였으나 새로운 도로건설은 국토청이 수행하고 사업비는 사업자가 부담하기로 한 경우 국토청은 시공사로부터 세금계산서를 발급받을 수 있는 것이며 이 경우 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위 내에서 사업자에 세금계산서를 발급할 수 있는 것임

답변내용

1. 한국수력원자력(주)(이하 ⁠“한수원”)가 전원개발사업 부지내 구 도로가 편입됨에 따라 해당 도로를 대체할 새로운 도로를 건설하여 국가에 무상 귀속시키기로 한 경우 ⁠「부가가치세법」제4조 및 같은 법 시행령 제18조제1항제3호에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며, 한수원과 부산지방국토관리청(이하 ⁠“국토청”) 간에 새로운 도로건설과 관련하여 체결한 업무 위수탁협약에 따라 국토청의 책임하에 시공사를 선정하여 공사업무를 수행하고 사업비(토지매입비용, 용역비, 공사비 등)는 한수원이 부담하는 경우로서 국토청이 새로운 도로건설과 관련하여 시공사로부터 세금계산서를 발급받은 경우, 국토청은 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위 내에서 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 한수원에 세금계산서를 발급할 수 있는 것입니다.
2. 이 경우 국토청이 시공사로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 같은 법 시행령 제46조에서 열거한 과세사업과 관련된 매입세액이 아니므로 공제하는 매입세액에 해당하지 않는 것이나, 국토청이 같은 법 시행령 제69조제3항에 따라 세금계산서를 발급하고 부가가치세 과세표준 신고를 한 경우에는 발급한 세금계산서에 해당하는 매입세액은 공제할 수 있는 것입니다.
3. 또한, 한수원이 새로운 도로건설과 관련하여 국토청으로부터 발급받은 세금계산서상 매입세액은 자기사업과 관련이 있는 것으로 보아 같은 법 제38조제1항에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다. 다만, 해당 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 같은 법 제39조제1항제7호에 따라 자기의 매출세액에서 공제할 수 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 한국수력원자력(주)(이하 ⁠“한수원”)는 2014.1.29. 신고리 5,6호기 전원개발사업 실시계획 승인조건에 따라 국도31호선의 일부가 한수원의 건설사업부지에 편입되면서 해당 도로를 대체할 4차선 도로를 구축하여 국가에 무상으로 귀속시키도록 되어 있음

 ○ 이에 따라 부산국토관리청(이하 ⁠“국토청”)은 시공사를 선정하여 새로운 도로건설공사 추진업무을 담당하고, 한수원은 토지매입비용, 용역비, 공사비 등 사업비 일체를 부담하기로 하는 위수탁협약을 2018.5.10. 체결하였음

 ○ 주요 협약 내용은 다음과 같음

  - 목적 : ☆☆☆ 5,6호기 원전건설을 위한 국도31호선 이설공사 업무이행 기준

  - 당사자 : 국토청과 한수원

  - 사업규모 : ◇◇교차로~◈◈교차로(국도구간 4.9㎞, 4차로)

  - 주요 업무 분담

    ① 국토청 : 인허가, 보상, 공사시행 및 준공, 민원 등

    ② 한수원 : 국도이설관련 사업비 일체 등

2. 질의내용

○ 사업자가 전원개발사업 부지 내 일부도로가 건설사업부지에 편입됨에 따라 해당 도로를 대체할 새로운 도로를 건설하여 국가에 무상으로 귀속시키기로 한 경우로서 새로운 도로의 국가 무상귀속이 재화의 공급으로서 부가가치세 과세대상인지 여부와

- 사업자와 국토청 간에 위수탁협약을 체결하여 새로운 도로건설업무는 국토청이 수행하고 해당 사업비 일체는 사업자가 부담하기로 한 경우 새로운 도로공사와 관련한 세금계산서 수수방법 및 관련 매입세액 공제 여부

3. 관련법령

[교환거래]

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

   부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

  1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

 ② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 18조【재화 공급의 범위】

 ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

  3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

[세금계산서 발급방법]

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

 ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제21조【위탁판매 등의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급하거나 공급받는 것으로 보는 경우】

   법 제10조제7항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 하는 해당 거래 또는 재화의 특성상 또는 보관ㆍ관리상 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우를 말한다.

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 ④ 제2항에도 불구하고 「전기사업법」 제2조제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.

 ⑤ 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 전자세금계산서 발급명세를 전송할 수 있다.

 ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

   법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

  1. ⁠「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음 각 목의 용역

   가. 「우편법」 제1조의2제3호의 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역

   나. 「우편법」 제15조제1항에 따른 선택적 우편역무 중 기획재정부령으로 정하는 우편주문판매를 대행하는 용역

  2. ⁠「철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률」에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역

  3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가. 국방부 또는 ⁠「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제3조제1항에 따른 일반군무원, 그 밖에 이들의 직계존속ㆍ비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 기타 스포츠시설 운영업(골프 연습장 운영업은 제외한다) 관련 재화 또는 용역

   나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역

   다. 국가 또는 지방자치단체가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제7호에 따른 사업시행자로부터 같은 법 제4조제1호 및 제2호의 방식에 따라 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역을 기부채납받고 그 대가로 부여하는 시설관리운영권

  4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역

   가. 제35조제1호 단서에 따른 진료용역

   나. 제35조제5호에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역

○ 부가가치세법 시행령 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ③ 법 제10조제7항 단서의 경우에는 제1항과 제2항을 적용하지 아니한다.

 ④ 수용으로 인하여 재화가 공급되는 경우에는 제1항을 준용하여 해당 사업시행자가 세금계산서를 발급할 수 있다.

 ⑭ ⁠「전기사업법」에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

 ⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 ⁠「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 ⁠「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

○ 부가가치세법 시행규칙 제51조【공동매입 등에 대한 세금계산서 발급】

   영 제69조제14항에서 "세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우"란 제52조제2호에 따른 사업자가 전력이나 도시가스를 공급하는 경우에 영 제71조제1항제1호에 따라 세금계산서 발급이 면제되는 경우를 말한다.

[매입세액 공제]

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

   법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

  2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

  3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

출처 : 국세청 2019. 04. 18. 사전-2019-법령해석부가-0126[법령해석과-0956] | 국세법령정보시스템