요지

현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 당해 내국인 주주가 양도소득세 과세를 이연받던 중, 당해 지주회사가 ｢법인세법 시행령｣제80조의2 제1항 제1호 다목에 따라 다른법인(합병법인)에 흡수합병되고 그 합병법인이 지주회사 요건을 계속하여 충족하는 경우에는 과세이연을 계속하여 적용받을 수 있는 것임

회신

내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2 제1항의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 지주회사(이하 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하는 경우로서 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 당해 내국인 주주가 양도소득세 과세를 이연받던 중,
당해 지주회사가 ｢법인세법 시행령｣제80조의2 제1항 제1호 다목에 따라 다른법인(합병법인)에 흡수합병되고 그 합병법인이 지주회사 요건을 계속하여 충족하는 경우에는 과세이연을 계속하여 적용받을 수 있는 것입니다.

【관련 참고자료】

1. 사실관계

 ○(’20.9.25.) 甲은 보유 중이던 D법인 발행주식 35.52% 중 24.32%를 현물출자하여 지주회사인 B법인을 설립하였는데,

  -이 과정에서 甲은 舊 조특법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 이전의 것, 이하 ⁠‘舊 조특법’) 제38조의2에 따라 D법인 주식 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 대한 양도소득세 과세이연 받음

 ○(질의일 현재)거주자인 신청인(이하 ⁠‘甲’)은 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(이하 ⁠‘지주회사’) A법인의 주식 95.51%와 지주회사 B법인 주식을 100% 보유 중이고,

  -A법인은 C법인 발행주식의 20.02%를 보유하고 있고, B법인은 D법인 발행주식의 24.32%를 보유하고 있음

 ○(’21년 중 예정) 지주회사인 A법인이 다른 지주회사인 B법인을 흡수하는 합병(이하 ⁠‘쟁점합병’)을 고려하고 있으며,

  -쟁점합병에 따라 甲은 기존에 보유중인 B법인의 발행주식을 반납하고 합병대가로 A법인이 발행하는 신주를 취득 예정임

2. 질의내용

 쟁점합병이 법인세법 §44②에서 정한 요건을 충족하는 적격합병인 경우, 쟁점합병에 따라 甲이 B법인의 주식을 처분하는 것으로 보아 쟁점과세이연금액에 대한 양도소득세가 과세되는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

①내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 ⁠“지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 2010. 12. 27., 2013. 1. 1., 2015. 12. 15., 2018. 12. 24.>

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

○조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주주”란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중「법인세법 시행령」제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

⑬ 법 제38조의2제5항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 35조의4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】

①내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

○ 법인세법제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

 1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

 2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호·제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

 4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

 2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

○법인세법 시행령 제12조【자본전입 시 과세되지 아니하는 잉여금의 범위 등】

① 법 제16조제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 법 제17조제1항 각 호의 금액에 해당하는 금액을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.

 3. 법 제44조제2항에 따른 적격합병(같은 조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우를 포함하며, 이하 "적격합병"이라 한다)을 한 경우 다음 각 목의 금액(주식회사 외의 법인인 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)의 합계액. ⁠(이하 생략)

○법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

①법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1.법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

출처 : 국세청 2021. 06. 09. 서면-2021-자본거래-2581[자본거래관리과-285] | 국세법령정보시스템