요지

소기업요건을 충족하던 개인사업자가 법인전환 한 후 ⁠「조세특례제한법 시행령(2016.2.3. 대통령령 제26959호로 개정된 것)」제6조제5항의 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 2016.2.5. 개정 조특령 부칙 적용 가능함

회신

귀 서면질의 신청의 경우‘법인전환으로 설립된 법인의 소기업 여부 판단 시 2016.2.5. 개정 조특령 부칙 적용 가능 여부’에 대하여는 기획재정부의 해석(기획재정부 조세특례제도과-417,2021.6.1.)을 참조하시기 바랍니다. 끝.
｢조세특례제한법 시행령｣제6조의 소기업요건을 충족하던 개인사업자가 2016.1.1. 이후 ⁠「조세특례제한법」제32조제1항과 같은법 시행령 제29조제2항의 요건을 충족하여 법인전환 한 후, ⁠「조세특례제한법 시행령(2016.2.3. 대통령령 제26959호로 개정된 것)」제6조제5항의 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 동 시행령 부칙 제22조에 따른 경과조치를 적용하여 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보는 것입니다.

1. 사실관계

○ A법인의 대표자는 ’13년부터 개인사업자로 제조업을 영위하다가 ’16년 사업의 양도·양수방법으로 법인전환^*(이하 ⁠‘법인전환’)함

   * 조특법§32① 및 조특령§29②에 따른 법인전환을 전제로 함

 ○A법인의 대표자는 개인사업자일 때 소기업 요건을 충족하여 ’15년에 중소기업특별세액감면(이하 ⁠‘쟁점 감면’)을 적용받았고,

  - 법인전환 이후, ’16∼’18년은 개정된 매출액 기준에 의해서도 소기업에 해당하여 쟁점 감면을 적용 받았으나,

  - ’19년에는 매출액이 86억원이 됨에 따라 ’16.2.5. 개정된 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제6조제5항(이하 ⁠‘개정 규정’)을 적용하면 소기업 요건^*을 충족하지 못하게 됨

  * 소기업(제조업) 매출액 기준금액: 80억원 ⁠(종전:100억원)

2. 질의요지

 ○ 소기업의 요건을 충족하고 중소기업특별세액감면을 적용받던 거주자가 2016년에 사업의 양도·양수 방법으로 법인전환 한 경우

  - 2016.2.5. 개정된 조특령 부칙 제22조를 적용하여 종전규정에 따라 소기업 여부를 판단하는지 여부

3. 관련 법령

 ○ 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

 ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. ⁠(이하생략)

  1. 감면 업종

   마. 제조업

  2. 감면 비율

   가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10

   나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20

○ 조세특례제한법 시행령 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

 ⑤ 법 제7조제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

* 중소기업기본법 시행령 [별표3]

업 종

매 출 액

식료품․의복 제조업, 전기․가스․수도사업 등

120억원

농업․광업․건설업 및 섬유제품 제조업등

80억원

도․소매업, 출판, 영상업 등

50억원

전문․과학 및 기술서비스업, 예술 서비스업 등

30억원

교육, 숙박․음식점업, 개인서비스업 등

10억원

○조세특례제한법 시행령 부칙 ⁠(제26959호, 2016.2.5.)

  제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

  제2조(일반적 적용례) ①이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

  제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)

  법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)

 ⑤ 법 제7조제1항제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

  1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

  2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

  3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

○ 조세특례제한법 제31조【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

 ④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.

 ⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

 ⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다

○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

 ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

 ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다

 ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다

○ 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

 ② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

○ 중소기업창업 지원법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "창업"이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

○ 중소기업창업 지원법 시행령 제2조【창업의 범위】

 ① ｢중소기업창업 지원법｣ (이하 "법"이라 한다) 제2조제1호에 따른 창업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 것으로서 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것을 말한다.

  2. 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우

출처 : 국세청 2021. 06. 04. 서면-2020-법령해석법인-3165[법령해석과-1975] | 국세법령정보시스템