요지

기업부설 연구소에서 수행하는 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항 제11호에 해당하고, 그 연구･인력개발비가 조특령 제9조 ⁠[별표6]에 해당하는 경우 일반 연구･인력개발비 세액공제 적용이 가능함

회신

귀 법인의 기업부설 연구소에서 수행한 연구･인력개발비가 ⁠“신성장･원천기술”에 해당하지 아니하나, 연구･개발활동이 조세특례제한법 제2조 제1항 제11호 해당하고, 연구･인력개발비가 조세특례제한법시행령 제9조 ⁠[별표6]에 해당하는 경우에는 일반연구･인력개발비 세액공제 적용이 가능합니다.

1. 사실관계

 ○질의 법인은 ’○○.○.○. 설립하여 자동차 부품 제조업을 영위하는 법인으로 IT연구소(’00.12.1)와 기술연구소(’00.10.1.) 2곳을 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인정받아 운영하고 있음

 ○당 법인의 기업부설연구소에서 발생하는 인건비, 재료비, 위탁개발비, 외주가공비 등의 경상연구비를 부서별, 연구개발 프로젝트별 구분 경리하고 있으며,

  -당 사의 기업부설 연구소 중 IT연구소는 ◇◇개발1센터와 ◇◇개발2센터로 각각의 전자개발센터는 별도 구분된 공간에서 연구개발을 수행함

 ○IT연구소의 ◇◇개발 2센터는 2019년 사업연도에 차량 내장형 주행영상기록장치(이하 ⁠“DVRS“)를 개발하여 양산에 성공하였음

 ○ 당사는 2020년 사업연도에 ◇◇개발 2센터가 수행한 ⁠“제품의 소프트웨어 내재화 기술연구” 및 ⁠“DVRS 개발” 프로젝트 관련 경상연구비에 대하여 신성장･원천기술 세액공제를 적용받기 위해 ⁠“신성장･원천기술심의 위원회”에 연구프로젝트별로 신성장･원천기술 인증 심사를 할예정

2. 질의내용

 ○2021년 사업연도에 신청할 2020년 사업연도의 ◇◇개발2센터의 신성장･원천기술인증 심사결과, 아래의 와 같이 일부 프로젝트에 대해서 신성장･원천기술인증을 획득하지 못하는 경우

 - 신성장･원천기술 인증 획득한 프로젝트에서 발생한 인건비 및 재료비 등에 한해서만 신성장･원천기술 세액공제를 적용, 신성장･원천기술 인증을 획득하지 못한 프로젝트에서 발생한 인건비 및 재료비 등에 대해서는 일반 연구･인력개발비를 적용할 수 있는지

              신성장･원천기술심의위원회 결과(예시) ⁠(원)

3. 관련법령

○조특법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술 연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

 1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

 2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다) 에서 신성장ㆍ원천기술 연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

2. 삭제

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.

   다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

 1) 중소기업인 경우: 100분의 25

 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

 3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

    해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장ㆍ원천기술 연구개발비를 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다.

⑥ 자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 지출하는 금액에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.

○ 조특령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

①법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1.법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 2.국가, 지방자치단체, ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

② 법 제10조제1항제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 신성장·원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 "신성장·원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

 가.기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장·원천기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장·원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

 나.신성장·원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)·서체·음원·이미지의 대여·구입비

 2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장·원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

③～⑧ 생략

⑨ 법 제10조제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장·원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리해야 한다.

   이 경우 신성장·원천기술연구개발비가 일반연구·인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장·원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비로 안분하여 계산한다.

⑩ ～ ⑯ 생략

○ 조특칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】

① 생략

② 영 제9조제2항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조제2항제1호가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 항 및 제4항에서 "해당업무"라 한다)만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업

   (이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등"이라 한다)을 말한다.

   다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.

 1. 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우: 그 내부 조직

 2. 제1호 외의 경우: 해당업무 및 일반연구개발을 모두 수행하는 전담부서등 및 연구 개발서비스업을 영위하는 기업

③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

 1.부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

 2.당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

 3.제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

④ 영 제9조제2항제1호가목 단서에서"기획재정부령으로 정하는 사람"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

 1. 주주인 임원으로서 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

 2.제2항 제2호에 해당하는 경우로서 해당업무와 일반연구개발을 동시에 수행한 사람

⑤～⑬ 생략

⑭ 내국인은 영 제9조제9항에 따라 신성장ㆍ원천기술연구개발비와 일반연구ㆍ인력개발비에 공통되는 비용(이하 이 항에서 "공통비용"이라 한다)이 있는 경우에는 전액 일반연구ㆍ인력개발비로 하거나 다음 각 호의 구분에 따라 계산하여 구분경리해야 한다.

 1. 인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비에 해당하는 공통비용의 경우: 전액 일반연구ㆍ인력개발비로 한다.

 2. 제1호 외의 공통비용의 경우: 다음의 가목 및 나목의 구분에 따른다.

 가. 신성장ㆍ원천기술연구개발비: 다음의 계산식에 따른 비용

 나. 일반연구ㆍ인력개발비 : 제1호 외의 공통비용에서 가목의 비용을 제외한 비용

⑮～⑯ 생략

출처 : 국세청 2020. 12. 07. 서면-2020-법인-5280[법인세과-4326] | 국세법령정보시스템