요지

의료법인이 고유목적사업인 검체검사사업에 사용할 목적으로 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임

회신

｢법인세법 시행령｣ 제56조 제6항을 적용함에 있어 의료법인이 고유목적사업인 검체검사사업에 사용할 목적으로 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출한 금액은 같은 항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제29조의2 제1항 제1호에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며, 이 경우 의료법인에는 ｢의료법｣ 제3조의 규정에 의한 병원 및 의원이 모두 해당되는 것입니다.

1. 사실관계

○AA(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 의료법에 따라 설립된 비영리법인으로 검체검사사업부와 건강검진사업부를 운영하고 있음

○ 검체검사사업부는 의료법 상 병원*이 아닌 의원(진단검사의학과, 병리과)이며 외래환자를 진료하지 않음

 -검체검사사업부는 주로 종합병원으로부터 코로나 PCR 검사, 혈액검사 등을 위탁받아 수행하고 검사결과를 제공하고 있음

    * 의료법 제3조의2 【병원 등】
병원·치과병원·한방병원 및 요양병원(이하 "병원등")은 30개 이상의 병상(병원·한방병원만 해당) 또는 요양병상(요양병원만 해당하며, 장기입원이 필요한 환자를 대상으로 의료행위를 하기 위하여 설치한 병상)을 갖추어야 한다.

○’22년 중 검체검사사업 확장(검사센터 신축)을 목적으로 토지를 취득하여 현재 건축 중에 있으며, 22년 12월에 임차중인 건물도 취득함

 -질의법인이 취득한 토지 및 건물은 검체검사를 수행할 목적으로 사용될 예정임

2. 질의내용

○ 의료법 상 병원이 아닌 경우에도, 의료업에 사용하기 위해 지출한 건물·토지의 취득금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 있는지

    * 영 제56조 제6항 제3호, 규칙 제29의2조 제1항 제1호에 따라 의료법인이 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 봄

3. 관련법령

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

  1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

  2. 특별법에 따라 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제3조제1항제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

  3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액

   가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

   나. ⁠「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」제2조제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액

   다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액

○ 법인세법 시행규칙 제29조의2【의료기기 등의 범위】

① 영 제56조제6항제3호가목에서 "의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1. 병원 건물 및 부속토지

  2. ⁠「의료기기법」에 따른 의료기기

  3. ⁠「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

  4. 산부인과 병원ㆍ의원 또는 조산원을 운영하는 의료법인이 취득하는 「모자보건법」 제2조제10호에 따른 산후조리원 건물 및 부속토지

○ 의료법 제3조【의료기관】

① 이 법에서 "의료기관"이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업(이하 "의료업"이라 한다)을 하는 곳을 말한다.

② 의료기관은 다음 각 호와 같이 구분한다.

  1. 의원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 외래환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다.

   가. 의원

   나. 치과의원

   다. 한의원

  2. 조산원: 조산사가 조산과 임산부 및 신생아를 대상으로 보건활동과 교육·상담을 하는 의료기관을 말한다.

  3. 병원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다.

   가. 병원

   나. 치과병원

   다. 한방병원

   라. 요양병원(「장애인복지법」 제58조제1항제4호에 따른 의료재활시설로서 제3조의2의 요건을 갖춘 의료기관을 포함한다. 이하 같다)

   마. 정신병원

   바. 종합병원

③ 보건복지부장관은 보건의료정책에 필요하다고 인정하는 경우에는 제2항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 의료기관의 종류별 표준업무를 정하여 고시할 수 있다.

○ 의료법 제49조【부대사업】

① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다.

  1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육

  2. 의료나 의학에 관한 조사 연구

  3. 「노인복지법」 제31조제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영

  4. 「장사 등에 관한 법률」 제29조제1항에 따른 장례식장의 설치·운영

  5. 「주차장법」 제19조제1항에 따른 부설주차장의 설치·운영

  6. 의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발·운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업

  7. 그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업

○ 의료법 시행규칙 제60조【부대사업】

 법 제49조제1항제7호에서 "휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

   1. 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 제과점영업, 위탁급식영업

   2. 소매업 중 편의점, 슈퍼마켓, 자동판매기영업 및 서점

2의2. 의류 등 생활용품 판매업 및 식품판매업(건강기능식품 판매업은 제외한다). 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다.

   3. 산후조리업

   4. 목욕장업

   5. 의료기기 임대ㆍ판매업. 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다.

   6. 숙박업, 여행업 및 외국인환자 유치업

   7. 수영장업, 체력단련장업 및 종합체육시설업

   8. 장애인보조기구의 제조ㆍ개조ㆍ수리업

   9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업무를 하려는 자에게 의료법인이 개설하는 의료기관의 건물을 임대하는 사업

   가. 이용업 및 미용업

   나. 안경 조제ㆍ판매업

   다. 은행업

   라. 의원급 의료기관 개설ㆍ운영(의료관광호텔에 부대시설로 설치하는 경우로서 진료과목이 의료법인이 개설하는 의료기관과 동일하지 아니한 경우로 한정한다)

출처 : 국세청 2023. 05. 08. 서면-2023-법인-0681[법인세과-722] | 국세법령정보시스템