다주택자가 2009~2012년 취득 조정대상지역 주택 양도 시 장기보유특별공제 가능 여부

요지

다주택자가 ’09.3.16.～’12.12.31. 중 취득한 주택을 조정대상지역 지정 후 양도 시 장기보유특별공제 적용 불가

회신

귀 과세기준자문 신청의 경우 기획재정부의 해석(기획재정부 재산세제과-477, 2024. 4. 17.)을 참조하시기 바람.

○ 기획재정부 재산세제과-477, 2024. 4. 17.
2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후 ⁠「주택법」에 따른 조정대상지역으로 지정된 상황에서 다주택자가 해당 주택을 2018년 4월 1일부터 2022년 5월 9일까지 양도하는 경우에는 ⁠「소득세법」제95조제2항 규정에 따라 장기보유 특별공제가 적용되지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○甲은 2009.5.13. 취득한 서울 강남구^* 압구정동 소재 A주택을 2018.7.30. 양도하고 기본세율을 적용하여 양도소득세 신고

   *2017.11.10. ｢주택법｣ 제63조의2에 따라 조정대상지역으로 지정됨

  -(수정신고) 양도 당시 1세대 3주택 이상자에 해당하는 것으로 보아 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 미공제

  -(경정청구) A주택에 적용되는 세율과 관련하여 기획재정부 예규가 변경^*되어 기본세율 및 장기보유특별공제 적용

2. 질의요지

○다주택자가 소득세법 부칙(제9270호, 2008.12.26.) 제14조에 따라 기본세율을 적용받는 조정대상지역 내 주택(2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득)을 양도하는 경우 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것, 이하 같음) 제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】

 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 ②(시행일 : 2018년 4월 1일)제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

 ①거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

  1.제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

     제55조제1항에 따른 세율

  2.제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

     양도소득 과세표준의 100분의 40

  3.제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

     양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)

 ⑦(시행일 : 2018년 4월 1일)다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

  1.조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

  2.조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

  3.조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

  4.조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것, 이하 같음) 제95조【양도소득금액】

 ②제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

 ①거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

  1.제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

     제55조제1항에 따른 세율

  2.제94조제1항제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것

     양도소득과세표준의 100분의 40

  2의2.제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

     양도소득과세표준의 100분의 50

  2의3.대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

     양도소득과세표준의 100분의 60

  2의4.대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

     양도소득과세표준의 100분의 60

  2의5.대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

     양도소득과세표준의 100분의 50

  2의6.대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)

     양도소득과세표준의 100분의 50

○ 주택법 제63조2【조정대상지역의 지정 및 해제】

 ①국토교통부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 지역을 주거정책심의위원회의 심의를 거쳐 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)으로 지정할 수 있다. 이 경우 제1호에 해당하는 조정대상지역은 그 지정 목적을 달성할 수 있는 최소한의 범위에서 시ㆍ군ㆍ구 또는 읍ㆍ면ㆍ동의 지역 단위로 지정하되, 택지개발지구(｢택지개발촉진법｣ 제2조제3호에 따른 택지개발지구를 말한다) 등 해당 지역 여건을 고려하여 지정 단위를 조정할 수 있다.

  1.주택가격, 청약경쟁률, 분양권 전매량 및 주택보급률 등을 고려하였을 때 주택 분양 등이 과열되어 있거나 과열될 우려가 있는 지역

출처 : 국세청 2024. 04. 23. 기준-2024-법규재산-0019 | 국세법령정보시스템