요지

법인으로 보는 단체로 승인받은 단체가 부동산 취득이후 3년이상 계속하여 고유목적사업에 사용하닥 처분하는 경우 그 처분수익은 법인세가 과세되지 않으므로 법인세법 제62조의2에 따라 계산된 법인세를 별도로 납부할 필요가 없는 것임

회신

귀 질의1,2의 경우, ⁠「국세기본법」제13조 제2항에 따라 승인받은 법인으로 보는 단체가 부동산을 취득한 이후 3년이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업(「법인세법 시행령」 제3조 제1항에 따른 수익사업 제외)에 직접 사용하다가 처분하는 경우, 그 처분으로 발생하는 수입은 ⁠「법인세법 」제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이므로 같은 법 제62조의2에 따라 계산된 법인세를 별도로 납부할 필요가 없는 것이나
귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 양도하는 부동산의 사용용도·기간·면적·사용현황 등 제반사항을 고려하여 사실판단 할 사항입니다
귀 질의3의 경우, 비영리내국법인은「법인세법」제4조 제1항 단서 규정에 따라 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없는 것입니다

1. 사실관계

○**종친회(이하‘질의법인’이라 함)는 ’99.7.18. 법인으로 보는 단체로 승인받았으며, 수익사업은 영위하고 있지 않음

-문중 선산에 대해 대구광역시가 ⁠‘장기미집행공원조성계획’에 의거 협의매수를 요청하여 ’20.4.29. 대구광역시에 임야를 매도함

○ 문중은 대체산소를 구하는 것에 대해 문중원의 이의가 있어 분묘 이장은 개인 선산등에 각자 책임하에 하고, 선산 양도액에 대해서는 문중원에게 균등배부 후 문중은 청산하고자 함

2. 질의내용

○(질의 1) 문중이 고유목적에 처분일 현재 3년 이상 직접 사용하던 부동산을 처분하는 경우 법인세 과세대상에서 제외되는지 여부 및 법법§62의2에 따라 양도소득세 신고납부 의무가 있는지 여부

○ (질의 2) 문중을 청산하는 경우 문중의 납세의무

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 (이하생략)

○ 법인세법 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한신고 특례】

① 비영리내국법인(제4조제3항제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

①법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

  (이하생략)

4. 관련예규

○ 서면-2019-법인0077, 2020.01.18.

「국세기본법」제13조 제2항에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체가 취득시점부터 계속하여 해당 단체의 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외하며, 이하“고유목적사업”이라 함)에 사용하고 있는 부동산을 처분하는 경우로서 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 처분으로 발생하는 수입은「법인세법」제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이나, 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 부동산의 사용용도・면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항입니다.

○ 서면-2018-법인-0288, 2018.03.15.

「국세기본법」제13조제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 양도로 발생하는 수입은「법인세법 시행령」제2조제2항에 따라 수익사업에 해당하지 않는 것으로

귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 사용용도ㆍ기간ㆍ면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항입니다

○ 사전-2015-법령해석법인-22379, 2015.06.16

위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인(이하 ⁠“신청법인”이라 함)이 임야 등 고정자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하지 않은 경우 해당 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하는 것임

○ 법인세과-1050, 2010.11.10.

비영리내국법인의 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용된 경우 동 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 「법인세법 시행령」 제2조제2항에 따라 법인세 과세대상인 수익사업에 해당되지 아니하므로 같은 법 제62조의2에 의한 소득세법을 준용하여 계산한 법인세를 별도로 납부할 필요가 없는 것입니다.

다만, 귀 질의의 주택이 담임목사 주거용으로 사용한 것이 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부는 동 주택이 교화업무에 전업적으로 사용하였는지 여부에 따라 사실판단할 사항임

○ 법인세과-703, 2010.07.26.

「법인세법」 제3조제3항제1호에 따른 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니한 토지의 양도소득에 대하여는 같은 법 제62조의2에 따른 과세특례를 적용받을 수 있는 것으로, 같은 조 제7항에 따라 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우로서 「소득세법」 제110조제4항 단서 규정에 해당하지 아니하는 경우에는 「법인세법」 제60조에 의한 과세표준을 신고한 것으로 보는 것이므로 「국세기본법」 제47조의2에 따른 무신고 가산세를 부과하지 아니하는 것이며, 동 과세특례를 적용받는 비영리내국법인이 「조세특례제한법」 제77조 제1항 각호의 양도소득에 해당하는 경우에는 동 세액감면을 적용받을 수 있는 것임

출처 : 국세청 2020. 08. 31. 서면-2020-법인-2292[법인세과-3149] | 국세법령정보시스템