적격합병 시 1년 이상 사업영위 요건 및 자기주식 처분 특례

요지

합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것임

회신

귀 질의1, 2의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바람
○ 법인세과-626(2009.05.28.)
｢법인세법｣ 제44조제1항제1호의 "합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인"이란 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것으로, 이에 해당하는지는 법인 설립 후 경영 및 자문활동 등 목적사업의 실질적인 수행여부에 의해 사실 판단할 사항임
○ 서면-2014-법령해석법인-21057(2015.06.18.)
 ⁠「법인세법」제44조제2항제3호 및 같은 법 시행령 제80조의2제6항에 따른 승계받은 사업 계속 여부를 판단할 때, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 자기주식은 같은 항의 ⁠“피합병법인으로부터 승계한 고정자산”에 해당하는 것이나, 해당 자기주식을 소각하는 경우에는 이를 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업 계속 여부를 판단하는 것임

귀 질의3의 경우 합병법인이「법인세법」제44조의3제1항 및 같은 법 시행령 제80조의4제1항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 자산에 대해 자산조정계정을 계상하고 승계받은 자산을 처분하는 경우에는 자산조정계정의 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금에 산입하는 것입니다.

1. 사실관계

○질의법인은 자동차부품회사의 주식을 취득하여 사업을 지배할 목적으로 20xx.xx.7. 설림됨

  - 설립시 자본금은 000원이었고(A 100%), 20xx.x.xx. 000백만원을 증자하여 현재 자본금은 000백만원임

  - 현재 주주 구성은 아래와 같음

                                                                 ⁠(단위 : 주)

 ○질의법인은 설립 이후 20xx.xx월 질의법인의 대주주 A, 전략적 투자자인 G주식회사와 공동으로 ●●● 주식회사의 주식을 인수하였음

  - 인수 이후 ●●● 주식회사의 주주구성은 아래와 같음

                                                                ⁠(단위 : 주)

    * 주주 H는 질의법인이 ●●●주식을 인수할 당시 이미 사망하였고, 상속인이 확정되지 않아 H 보유주식은 인수대상 주식에서 제외되었음

 ○질의법인과 ●●● 주식회사는 20xx년 ●●● 주식회사를 합병법인으로 하고, 질의법인을 피합병법인으로 하는 합병을 계획하고 있음

  - 본 건 합병이 실행되는 경우 질의법인의 자산, 부채는 모두 ●●● 주식회사로 이전되는 바

  - 질의법인의 자산은 대부분 ●●● 주식회사 발행주식으로서, ●●● 주식회사는 합병으로 인하여 자기주식을 취득할 예정임

 ○합병법인(●●● 주식회사)은 합병으로 인하여 취득하는 자기주식 III주를 모두 피합병법인(질의법인)의 주주에게 그 지분비율에 따라 합병대가로 지급할 예정이며

  - 그 이외의 합병교부금은 지급하지 않을 예정

2. 질의내용

○본건 합병이 실현되는 경우 법법§44②(1)요건을 충족하는지 여부

 ○본건 합병이 실현되는 경우 법법§44②(3)요건을 충족하는지 여부

 ○본건 합병이 실현되는 경우 법령§80의4①(2) 익금산입에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

 ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

  2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

  2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

○ 법인세법 제44조의3【적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

 ① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

 ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

 ③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

  2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

 ④ 합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

 ⑤ 제44조제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항과 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항과 제4항은 적용하지 아니한다.

 ⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

 ⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제2항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

 ① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

  1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

  2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

 ③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다.

 ④ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다. 이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

4. 관련사례

○ 법인세과-603(2013.10.31.)

「법인세법」제44조 제2항 제1호에서 ⁠『합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인』이란 ⁠“합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우”를 말하는 것으로,

  귀 질의가 이에 해당하는 지는 법인 설립 후 시스템 개발 등 목적사업의 실질적인 수행여부에 의해 사실 판단할 사항임

○ 법인세과-666 ⁠(2012.10.26.)

「법인세법」제44조 제2항 제1호에서『합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인』이란 ⁠“합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우”를 말하는 것으로

  목적사업을 위한 물적･인적설비를 갖추었더라도 실질적으로 목적사업을 1년 이상 계속하여 영위하지 아니한 경우 위 요건을 충족하지 아니한 것이며, 귀 질의가 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임

○ 법규법인2010-0339(2010.12.02.)

  2009.4.8. 설립된 신청법인이 등기부등본상에 ⁠“주식, 채권 등 금융상품의 투자”가 목적사업으로 열거되어 있으나, 설립 이후 현재까지 직원을 고용하거나 물리적인 사무실을 보유한 적이 없이 신청법인의 대표이사가 대표이사로 되어 있는 주식회사 oo의 주식 및 전환사채만을 취득한 이후 주식, 채권 등 금융상품의 매매거래 없이 보유만 하고 있는 등 목적사업에 따른 수입금액이 발생하지 아니한 경우에는「법인세법」제44조제2항제1호의 ⁠“합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인”에 해당되는 것으로 볼 수 없는 것임

○ 법인세과-792(2009.07.14.)

  내국법인이 정관이나 등기부에 자회사의 주식보유를 목적사업으로 규정하고 있지 아니하나, 합병등기일 현재 사실상 한국표준산업분류상 비금융 지주회사(71520)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는「법인세법」제44조제1항제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것이나,

  실제 지주회사에 해당하는 사업을 영위하였는지 여부는 자회사의 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 각종 수수료 지출, 외부감사 수감 등 실질내용에 따라 판단할 사항임

○ 법인세과-626(2009.05.28.)

 ｢법인세법｣ 제44조제1항제1호의 "합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인"이란 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것으로,

  이에 해당하는지는 법인 설립 후 경영 및 자문활동 등 목적사업의 실질적인 수행여부에 의해 사실 판단할 사항임

○ 법인세과-2317(2008.09.04.)

  컴퓨터게임개발관련업을 영위하는 법인이 게임개발을 위한 연구 및 개발활동, 컴퓨터 관련 컨설팅 사업의 수주를 위한 제안서 및 견적서의 작성·제출 등 사실상 휴업기간 없이 정상적인 영업활동을 한 경우에 당해 기간은 사업영위기간에 포함되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임

○ 서면2팀-216(2008.01.31.)

  "합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인"이란 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우"를 말하는 것으로 "연구 및 개발업" 등을 목적사업으로 하는 법인이 "연구 및 개발업"에서 매출이 발생하지는 않았으나, 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 수명의 연구원을 고용하여 실제 "연구 및 개발업"을 영위한 경우에는 상기 "합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 법인"으로 볼 수 있는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단하여야 함

○ 서면2팀-1178(2006.06.21.)

 "합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인"이란 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것임

○ 서면2팀-1087(2006.06.13.)

  법인의 정관상 목적사업으로 골프장업 등을 운영하기 위해 법인설립 후 1년 이상 사업을 준비하였으나 매출액의 발생없이 합병되는 경우에는 합병등기일부터 소급하여 1년 이상 사업을 정상적으로 영위한 것으로 볼 수 없으므로, 법인세법 제44조 제1항 제1호에서 규정하는 "합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것"의 요건을 충족하지 않는 것임

○ 재법인-100(2006.1.27.)

  법인이 정관 등에 자회사의 주식보유를 목적사업으로 규정하고 주총참여를 통한 의결권 행사, 이사회 결의에 의한 재무제표의 승인 등을 통해 실질적으로 당해 자회사에게 영향력을 행사함으로써 지주회사에 해당하는 사업을 1년이상 계속하여 영위한 경우에는 법인세법 제44조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것임

○ 서면-2014-법령해석법인-21057(2015.06.18.)

  「법인세법」제44조제2항제3호 및 같은 법 시행령 제80조의2제6항에 따른 승계받은 사업 계속 여부를 판단할 때, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 자기주식은 같은 항의 ⁠“피합병법인으로부터 승계한 고정자산”에 해당하는 것이나, 해당 자기주식을 소각하는 경우에는 이를 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업 계속 여부를 판단하는 것임

○ 법규법인2013-471(2014.04.01.)

  합병법인이 피합병법인의 주주에게 합병대가로 합병법인이 보유하고 있던 자기주식(이하 ⁠“기존 자기주식”이라 함)을 교부하는 거래는 자본거래에 해당하는 것이며,

  적격합병에 따른 과세특례를 적용함에 있어, 피합병법인으로부터 승계받는 자기주식(이하 ⁠“합병승계 자기주식”이라 함)에 대한 자산조정계정은「법인세법」제44조의3 제1항에 따라 계상하는 것임

출처 : 국세청 2017. 06. 22. 서면-2017-법인-0208[법인세과-1620] | 국세법령정보시스템