요지

고유목적사업준비금 미사용 등에 따라 납부하는 법인세 상당액은 매각대금 사후관리대상에서 제외되며, 공익법인에 부과된 법인세 등 납부에 사용한 차입금을 운용소득 등으로 상환한 경우 증여세를 부과하지 않고, 직접공익목적사업에 사용한 금액에도 포함하지 않음

회신

귀 서면질의의 경우, 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-32, 2017.1.12.)를 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

○ ⁠(학)××××(이하 ⁠“공익법인”)은 1998년 사업연도 중 수익사업용 재산(부동산A)을 △△△원에 매각하였고, 매각대금에 대하여 고유목적사업준비금 설정에 따른 법인세 감소효과는 ×××원 상당임

○ 공익법인은 1999년 사업연도 중 부동산A 매각대금 ×××원과 내부유보자금 ×××원을 합한 총 ×××원으로 대체 수익사업용 재산(부동산B)을 취득함

○ 공익법인은 2003년 사업연도와 2008년 사업연도의 법인세 신고시 5년 경과된 미사용 고유목적사업준비금 환입액에 대하여 재차 준비금으로 전입하여 손금계상하였고

 - 2013.6월 2008년 사업연도에 손금계상한 준비금 ×××원이 손금불산입되어 법인세 ×××원(가산세 포함)이 고지되었고

 - 해당 공익법인은 금융기관으로부터 차입한 금액으로 납부하였음

○ 공익법인은 대체 수익사업용 재산(부동산B)의 운용소득으로 법인세액 납부에 사용한 금융기관 차입금을 상환할 예정임

2. 질의내용

○ ⁠(질의1) 고유목적사업준비금을 설정하여 과세이연된 법인세액으로 취득한 재산이 사후관리대상인지 여부

○ ⁠(질의2) 공익법인에 부과된 법인세를 금융기관 차입금으로 납부 후 운용소득과 매각대금으로 상환시 직접공익목적사업 외 사용으로 보아 증여세 부과 여부

○ ⁠(질의3) ⁠(질의2가 증여세 부과대상이 아닌 경우) 운용소득과 매각대금의 사용기준금액 미달사용 여부 판단시 차입금 상환액을 직접공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우

 5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

 6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

① 법 제48조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 재산"이란 제12조제1호에 따른 종교사업에 출연하는 헌금(부동산·주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다.

② 법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.

 1. 「법인세법 시행령」 제56조제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액

 2. 해당 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비

④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

⑤ 법 제48조제2항제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다.

 1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 및 법 제48조제2항제4호에 따른 출연재산 매각금액을 제외하고, 「법인세법」 제29조제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액

 2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금

⑥ 법 제48조제2항제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다.

⑦ 법 제48조제2항제5호에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"란 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.

⑧ 법 제48조제2항제6호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 해당 공익법인등과 동일하거나 유사한 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때

 2. 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위·직업·근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 기획재정부장관과 협의(「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 제3조제1항에 따라 공익법인 등의 설립허가등에 관한 권한이 위임된 경우에는 해당 권한을 위임받은 기관과 해당 공익법인등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.

  가. 해당 공익법인등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우

  나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우

⑨ 법 제48조제2항제1호·제3호부터 제6호까지의 규정을 적용할 때에는 출연받은 재산·운용소득·출연받은 재산의 매각대금 및 제8항제1호에 따른 잔여재산(이하 이 항에서 "출연받은 재산등"이라 한다)중 일부가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 직접 공익목적사업에 사용할 수 없거나 제8항제1호에 따른 국가·지방자치단체 및 공익법인등에 귀속시킬 수 없는 때에는 해당 금액을 출연받은 재산등의 가액에서 뺀 금액을 기준으로 해당 각 조항을 적용한다.

 1. 공익법인등의 이사 또는 사용인의 불법행위로 인하여 출연받은 재산등이 감소된 경우. 다만, 출연자 및 그 출연자와 제12조의2제1항제1호의 관계에 있는 자의 불법행위로 인한 경우를 제외한다.

 2. 출연받은 재산등을 분실하거나 도난당한 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제10조의7 【직접 고유목적사업에의 사용 등】

② 영 제38조제4항 후단의 규정에 의한 일시취득한 재산은 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산으로 한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제40조【공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산등】

① 법 제48조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다. ⁠(2010.2.18. 개정)

 1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 1의 가액

  가. 직접공익목적사업 등 외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액

  나. 3년 이내에 직접공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

 2. 법 제48조 제2항 제2호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액

 2의 2. 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 재산가액

    기획재정부령이 정하는 출연재산(직접공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)의 평가가액

      공익목적사업 외에 사용한 금액

 × ──────────────────

    제38조 제5항의 규정에 의한 운용소득

 3. 법 제48조 제2항 제4호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 재산가액

  가. 공익목적사업 외에 사용한 분 : 제38조 제4항의 규정에 의한 사용기준금액

       공익목적사업 외에 사용한 금액

 × ───────────────────

     제38조 제4항의 규정에 의한 매각대금

  나. 제38조 제4항의 규정에 의한 사용기준금액에 미달하게 사용한 분 : 당해 미달사용금액

 4. 제38조 제8항 제1호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 국가ㆍ지방자치단체 또는 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시키지 아니한 재산가액

 5. 제38조 제8항 제2호 본문의 규정에 해당하게 되는 경우에는 혜택을 받은 일부에게만 제공된 재산가액 또는 경제적 이익에 상당하는 가액

○ 상속세 및 증여세법 시행규칙 제13조 【출연재산의 평가】

② 영 제40조제1항제2호의2 계산식에서 "기획재정부령이 정하는 출연재산(직접 공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)의 평가가액"이란 영 제38조제5항에 따른 운용소득을 사용하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 사업연도 말 현재 수익용이나 수익사업용으로 운용하는 출연재산에 대한 재무상태표상 가액을 말한다. 다만, 그 가액이 법 제4장에 따라 평가한 가액의 100분의 70 이하인 경우에는 법 제4장에 따라 평가한 가액으로 한다.

○ 상속세 및 증여세법 제78조 【가산세 등】

⑨ 세무서장등은 공익법인등이 제48조제2항제5호에 해당하는 경우에는 운용소득이나 매각대금 중 사용하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제80조 【가산세 등】

⑬ 법 제78조제9항에 따른 가산세는 다음 각 호의 구분에 따라 부과한다.

 1. 법 제48조제2항제5호에 해당하게 되는 경우로서 운용소득중 사용하지 아니한 금액에 대한 가산세 : 운용소득 중 제38조제5항에 따른 사용기준금액에 미달하게 사용한 금액의 100분의 10

 2. 법 제48조제2항제5호에 해당하게 되는 경우로서 매각대금중 사용하지 아니한 금액에 대한 가산세 : 매각대금 중 제38조제7항에 따른 사용기준에 미달하게 사용한 금액의 100분의 10

○ 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-38…2 【직접공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위】

법 제48조 제2항에서 직접공익목적사업 등에 사용한 금액은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 출연재산이 현금인 경우

 가. 직접공익목적사업용 재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

 나. 직접공익목적사업비로 지출한 금액

 다. 수익사업용 또는 수익용재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

2. 출연재산이 제1호 외의 재산인 경우

 가. 직접공익목적사업에 사용하는 재산의 금액

 나. 수익사업용 또는 수익용재산으로 사용되는 재산의 금액

 다. 당해 출연재산을 매각한 대금으로 제1호 각목의 용도에 지출한 금액

○ 상속세 및 증여세법 기본통칙48-38…3 【직접공익목적사업에 사용한 금액의 범위】

영 제38조 제2항, 제4항 및 제6항에 따른 직접공익목적사업 사용금액의 범위는 다음 각 호의 어느 하나에 따른다.

1. 공익법인 등이 그 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하는데 소요된 금액은 이를 직접공익목적사업 사용금액에 포함한다.

2.

3. 공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업 사용금액에 포함하지 아니한다.

○ 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-38…4 【 수익사업용 재산의 운용소득중 직접공익목적사업에 사용하는 금액 기준 】

① 사업용고정자산이나 기타 수익의 원천이 되는 재산을 처분하거나 평가함으로써 생긴 소득은 법 제48조 제2항 제3호에 따른 출연받은 재산의 운용소득에 포함하지 아니한다.

② 영 제38조 제5항 제1호에서 ⁠“법 제48조 제2항 제4호에 따른 출연재산 매각금액”이라 함은 공익법인등이 출연받은 재산 및 출연받은 재산으로 취득한 재산중 매각한 재산의 금액을 말한다.

③ 법 제48조 제2항 제5호 및 영 제38조 제6항을 적용할 때 직접공익목적사업에 사용한 실적은 수익사업용 또는 수익용으로 사용하는 출연재산의 운용소득을 재원으로하여 직접공익목적사업에 사용한 금액의 합계액을 말한다.

④ 법 제48조 제2항을 적용할 때 직접공익목적사업에 사용한 금액이 재원별로 구분할 수 있는 경우에는 실제구분에 의하고 구분할 수 없는 경우에는 출연재산 운용소득, 출연재산 매각금액, 출연받은 재산, 기타 재산의 순서대로 사용한 것으로 본다.

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

 1. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

 2. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

 3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

 5. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)

○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

 1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

출처 : 국세청 2017. 01. 24. 서면-2015-선택-0418[법령해석과-269] | 국세법령정보시스템