요지

舊 ⁠「조세특례제한법」 제12조의4(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)제1항제2호 및 제3호의 ⁠“인수법인이 피인수법인으로부터 취득일에 취득한 주식등”에는 인수법인이 피인수법인의 주주로부터 취득일에 취득한 주식도 포함되는 것임

회신

舊 ｢조세특례제한법｣ 제12조의4(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)제1항제2호 및 제3호의 ⁠“인수법인이 피인수법인으로부터 취득일에 취득한 주식등”에는 인수법인이 피인수법인의 주주로부터 취득일에 취득한 주식도 포함되는 것임

1. 질의내용

○벤처 창업자인 구주주로부터 취득한 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업 주식이 舊｢조세특례제한법｣ 제12조의4의 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용대상이 되는지 여부

2. 사실관계

○질의법인은 화장품 사업의 경쟁력 강화와 ⁠‘벤처생태계 활성화’라는 정부시책에 적극 부응하기 위하여

  -2014.11.27.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 벤처기업으로 인증 받은(인증일자 2013.10.14.) OOO 주식 69,488주(지분율 86%)를 벤처 창업자인 구주주^*로부터 542억원에 현금 매입함

   *「법인세법 시행령」제87조에 따른 특수관계인에 해당하지 아니함

 ○舊｢조세특례제한법｣ 제12조의4 (2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것) ⁠[기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제] 제1항 제2호 및 제3호에 따르면 세액공제 대상이 ⁠“인수법인이 피인수법인으로부터 취득일에 취득한 주식등”으로 규정되어 있어

  -‘인수법인이 피인수법인의 주주로부터 주식을 취득하는 경우'에 이 법에서 정한 세액공제가 적용되는지 여부를 질의함

   * ⁠“피인수법인으로부터”라는 쟁점문구 이외의 舊｢조세특례제한법｣제12조의4 각 호의 요건을 모두 충족하고 있음

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)

 ① 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“인수법인”이라 한다)이 2015년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 ⁠“피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

  1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ⁠“취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

  2. 인수법인이 피인수법인으로부터 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3. 인수법인이 피인수법인으로부터 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

  가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 150

  나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 ⁠“지분비율”이라 한다)

  4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 ⁠“주주등”이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

  5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

  2. ⁠(이하 생략)

○ 부칙(법률 제12173호, 2014.1.1.)

  제1조 【시행일】

  이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제107조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터, ⁠(이하 생략)

  제7조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제12조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 취득하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)

 ① 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“인수법인”이라 한다)이 2015년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 ⁠“피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

  1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ⁠“취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

 2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

  3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

   가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 150

   나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 ⁠“지분비율”이라 한다)

  4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 ⁠“주주등”이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

  5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

 ② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

  2. ⁠(이하 생략)

○ 부칙(법률 제12853호, 2014.12.23.)

  제1조 【시행일】

  이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제95조의 2, 제106조의 7, 제122조의3 제3항 및 제126조의 2 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, ⁠(이하 생략)

  제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】

 ① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ⁠“취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

 ② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

  1. 취득일까지 ⁠「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

  2. 취득일까지 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

  3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제9조제2항제1호에 따른 연구·인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

 ③ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 「법인세법 시행령」 제87조에 따른 특수관계인을 말한다.

 ④ 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기술가치 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.

  1.「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」제2조의3제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

  2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

  가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

  나. 취득일 현재의 지분비율

 ⑤ 법 제12조의4제1항제3호와 이 영 제4항제1호에 따른 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(특허권등의 가액은 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다.

⑥ 법 제12조의4제1항제4호 및 같은 조 제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등"이란 각각 피인수법인의「법인세법 시행령」제43조제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.

   1.「법인세법 시행령」 제43조제8항제1호가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

   2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

 ⑦ 법 제12조의4제1항제4호 및 같은 조 제2항제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는「법인세법 시행령」제43조제3항 및 제7항을 준용한다.

○ 조세특례제한법 제12조의3【기술혁신형 합병에 대한 세액공제】(2014.01.01 법률 제12173호로 개정된 것)

 ① 내국법인이 2015년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 합병(대통령령으로 정하는 특수관계인과의 합병은 제외한다)하는 경우 합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액(이하 이 조에서 ⁠“양도가액”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

  1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것

  2. 양도가액이 합병등기일 현재의 피합병법인의 순자산시가의 100분의 150 이상일 것

  3. 피합병법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 합병등기일부터 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 합병법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

  4. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

출처 : 국세청 2017. 11. 28. 서면-2017-법령해석법인-1028[법령해석과-3429] | 국세법령정보시스템