요지

주식의 포괄적 교환·이전으로 양도차손이 발생한 경우에는 조특법 제38조에 따른 과세특례를 적용받는 경우가 아니므로 이월과세 추징 제외대상이 아님

회신

위 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, ⁠「조세특례제한법」(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제31조제1항에 따른 이월과세를 적용받은 내국인이 사업용 고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 통합으로 취득한 통합법인의 주식을 같은 법 제38조제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 포괄적 교환․이전하였으나, 양도차손이 발생한 경우에는
같은 법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)제28조제10항제3호에 규정된 같은 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환․이전의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식을 처분하는 경우에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

○ 2014.06.23. 부동산임대업을 영위하는 개인사업자 ★★★는 ⁠(주)♣♣♣♣♣♣(부동산개발 및 공급업)에게 사업용 고정자산을 현물출자하여 중소기업간 통합이 이루어짐

   * 부동산 소재지 : 서울시 △△구 △△동 1329-8 소재 토지 312㎡

 ○ 현물출자에 따른 양도소득세 신고 및 결정현황은 다음과 같음

(백만원)

 ○ 사업용 고정자산 현물출자의 대가로 중소기업 통합에 따라 발생된 양도차익 ××,×××백만원에 대한 대가로 ⁠(주)♣♣♣♣♣♣ 주식 ×××,×××주를 취득하였고, ｢조세특례제한법｣ 제31조에 따라 양도차익에 대하여 이월과세를 적용하였음

 ○ 2015.11.30. 중소기업 통합으로 취득한 출자주식 전부를 ｢조세특례제한법｣ 제38조에 따라 ⁠(주)♧♧♧♧♧♧(부동산관리대행업)에게 포괄적 교환․이전하였고, 양도차손 ×,×××백만원에 대하여 과세특례적용신청서를 제출하였음

   * 양도차손이 발생한 것 외에 ｢조세특례제한법｣ 제38조의 과세특례 적용요건은 모두 충족하였음

 ○ 2014년말 기준으로 ⁠(주)♣♣♣♣♣♣의 주주는 ★★★(99.04%)와 자(子) ☆☆☆(0.96%)이며, ⁠(주)♧♧♧♧♧♧의 주주는 ★★★(100%)임

 ○ 주식의 포괄적 교환․이전으로 2015년말 현재 ⁠(주)♧♧♧♧♧♧는 ⁠(주)♣♣♣♣♣♣를 100% 지배하고, ⁠(주)♧♧♧♧♧♧는 ★★★(99.04%)와 ☆☆☆(0.96%)가 주주로 있음

2. 질의내용

○ 중소기업 통합으로 양도소득세 이월과세를 적용받고 취득한 주식을 포괄적 교환․이전함으로써 양도차손이 발생한 경우 이월과세 받은 양도소득세의 추징이 제외되는 예외사유에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 (2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

 7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

○ 조세특례제한법 (2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제31조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

 2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 (2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제28조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③ 법 제31조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 법 제31조제7항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 법 제31조제1항을 적용받은 내국인(이하 이 조에서 "해당 내국인"이라 한다)이 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 2. 해당 내국인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 3. 해당 내국인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 4. 해당 내국인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 5. 해당 내국인이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 6. 해당 내국인이 가업의 승계를 목적으로 해당 가업의 주식 또는 출자지분을 증여하는 경우로서 수증자가 법 제30조의6에 따른 증여세 과세특례를 적용받은 경우

○ 조세특례제한법 (2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제38조 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

○ 조세특례제한법 시행령 (2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제35조의2 【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례】

③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.

 1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액

 2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액

④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다.

○ 법인세법 (2013.1.1. 법률 제11607호로 개정된 것) 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

 3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

○ 법인세법 시행령 (2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것) 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니하며, 합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다.

  나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

  다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우

  라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제37조・제38조 또는 제38조의2에 따라 주식등을 포괄적으로 양도, 현물출자 또는 교환・이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

  마. 해당 주주등이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

  바. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

○ 법인세법 (2013.1.1. 법률 제11607호로 개정된 것) 제46조 【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

  가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

  나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

 2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

 3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

○ 법인세법 시행령 (2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것) 제82조의2 【적격분할의 요건 등】

① 법 제46조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제46조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 제5항에 따른 주주가 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 법인세법 (2013.1.1. 법률 제11607호로 개정된 것) 제47조 【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】

① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

④ 분할법인은 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산・부채 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할신설법인에 승계한다.

○ 법인세법 시행령 (2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것) 제84조 【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

⑨ 법 제47조제1항 단서 및 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제46조제2항제2호 또는 제47조제3항제2호와 관련된 경우 : 분할법인이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

출처 : 국세청 2017. 10. 12. 기준-2017-법령해석재산-0158[법령해석과-2844] | 국세법령정보시스템