요지

적격합병법인의 합병전 보유자산의 처분손실 중 이월된 처분손실이 내재손실이 아닌 경우 2017년 1월1일 이후 과세표준을 신고하는 분부터 손금산입 가능함

답변내용

적격합병을 한 합병법인이 피합병법인의 합병 전 보유자산을 처분하여 처분손실이 발생(해당 자산의 합병등기일 현재의 시가가 장부가액보다 낮은 경우에 해당하지 않음)하였으나「법인세법」제45조제3항(2016.12.20.법률 제14386호로 개정되기 전의 것)에 따라 손금에 산입하지 아니하고 이월된 처분손실이 있는 경우, 2017년 1월1일 이후 과세표준을 신고하는 분부터는「법인세법」제45조제3항(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것)에 따른 공제 제한 없이 해당 이월된 처분손실을 손금에 산입할 수 있는 것임

1. 질의내용

 ○ 합병 전 보유자산의 처분손실 중 이월된 처분손실이 내재손실이 아닌 경우, 2016.12.20. 개정된 「법인세법」 제45조 제3항에 따라 2016사업연도 법인세 신고시 손금산입이 가능한지 여부

2. 사실관계

 ○ ☆☆☆㈜(이하 ⁠“질의법인”이라 함)는 2013.1.3. □□□주식회사(이하 ⁠“피합병법인”이라 함)를 흡수합병 하였으며,

  - 상기 합병은「법인세법」제44조 제2항에 따른 적격합병에 해당함

 ○ 질의법인은 2013, 2014 및 2015사업연도에 피합볍법인으로부터 승계된 기계장치 등 자산 처분으로 인하여 처분손실이 발생하였으나,

  - 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서만 손금산입 하도록 한 ⁠「법인세법」제45조 제3항의 규정에 따라 처분손실은 전액 이월되었으며

  -상기 자산의 처분손실이 내재손실(합병 당시 시가가 장부가액보다 낮은 경우)에는 해당되지 않음

 ○한편, ⁠「법인세법」제45조 제3항은 2016.12.20.자로 개정되어 개정 전 규정에서는 내재손실인지 여부를 불문하고 합병 후 5년 이내 발생한 모든 처분손실에 대하여 공제제한을 적용하였으나,

  - 개정법에서는 적용범위를 합병 시점에서 내재하였던 처분손실로 제한하였으며, 개정 규정은 2017.1.1.이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용하도록 하였음

3. 관련법령

○ 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 제52조제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.

○ 법인세법 부칙 제3조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한에 관한 적용례】(제14386호, 2016.12.20)

   제45조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

출처 : 국세청 2017. 03. 20. 사전-2017-법령해석법인-0143[법령해석과-756] | 국세법령정보시스템