요지

주택재개발·재건축에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 청산금을 추가 납부한 경우의 양도차익은 ⁠「소득세법 시행령」 제166조 제2항에 따라 산정하고, 이 경우 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제64조에서 규정하는 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分)계산합니다.

회신

실지거래가액에 의해 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우로서 청산금을 추가 납부한 경우의 양도차익은 ⁠「소득세법 시행령」 제166조 제2항에 따라 산정하고, 이 경우 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제64조에서 규정하는 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分)계산합니다.

1. 질의내용 요약

 ○ 사실관계

- ⁠‘01.03.20. 종전주택 A아파트(토지 105.61㎡, 건물 80.96㎡) 취득

              취득가액 : 390백만원

  - ’05.05.10. 주택재건축사업으로 A주택 관리처분계획인가

              A주택 평가액 : 780백만원, 청산금납부 : 870백만원

  - ’08.12.16. 신축주택 B아파트(토지 112.256㎡, 주택 244.628㎡) 사용승인

  - ’16.05.02. 신축주택 B아파트 양도, 양도가액 2,890백만원

 ○ 질의내용

  주택재건축사업시행에 따라 추가로 청산금을 납부(주택부수토지면적증가)한1세대1주택고가주택자의주택부수토지 면적 증가분에 대한 양도차익 계산 방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

  ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

  ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.…이하생략

○ 소득세법 시행령 제164조 【양도차익의 산정】

  ①～⑥ 생략

  ⑦ ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 국토교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다.

  국토교통부장관이 당해 주택에 대하여 최초로 공시한 주택가격 × 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액 / 당해 주택에 대하여 국토해양부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액(취득당시의 가액과 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 가액이 동일한 경우에는 제8항의 규정을 준용한다)

  ⑧ 보유기간중 새로운 기준시가가 고시되지 아니함으로써 법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에는 당해토지 또는 건물의 보유기간과 양도일 전후 또는 취득일 전후의 기준시가의 상승률을 참작하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액을 양도당시의 기준시가로 한다.…이하생략

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

  ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

   1. 청산금을 납부한 경우 ⁠(2010. 2. 18. 개정)

    [양도가액 － ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 ⁠“관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 ⁠“관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

   2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

   가. ⁠[양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

   나. ⁠[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

  ② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

  1. 청산금을 납부한 경우 ⁠(2007. 2. 28. 신설)

   [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 ⁠“청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ ⁠(기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 ⁠“기존건물분양도차익”이라 한다)

   2. 청산금을 지급받는 경우 ⁠(2007. 2. 28. 신설)

   제1항 제2호에 따른 가액

  ③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. ⁠(2007. 2. 28. 개정)

   기존건물과 그 부수토지의 평가액 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 ×

   관리처분계획인가일 현재 기존 건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

  ④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. ⁠(2007. 2. 28. 개정)

   1. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다. 2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의 2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의 2 제3항 제1호 및 제2호에서 ⁠“양도일 또는 취득일전후”는 ⁠“관리처분계획인가일 전후”로 본다. ⁠(2007. 2. 28. 개정)

 ⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. ⁠(2013. 2. 15. 개정)

  1. 제1항 제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간 ⁠(2013. 2. 15. 개정)

  2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 ⁠(2013. 2. 15. 개정)

  가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간 ⁠(2013. 2. 15. 개정)

  나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

 ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항 제3호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. ⁠(2016. 2. 17. 개정)

○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 ⁠“건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. ⁠(2013. 6. 28. 개정)

  1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 ⁠“기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ⁠「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다. ⁠(2015. 2. 3. 단서개정)

  2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다. ⁠(2013. 6. 28. 개정)

  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 부동산거래관리과-102, 2012.02.14

  소득세법 제104조 제1항을 적용함에 있어 도시및주거환경정비법에 따른 주택재개발조합의 조합원이 재건축사업계획에 따라 추가로 청산금을 납부한 경우로서 새로 취득한 재건축주택의 부수토지가 종전주택의 부수토지보다 증가한 경우 그 증가된 부수토지의 보유기간 산정은 당해 재건축사업에 따라 취득하는 주택의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 받은 경우에는 그 사실상 사용일 또는 사용승인일)부터 계산하는 것임(같은 뜻 : 법규과-103, 2012.2.3.).

출처 : 국세청 2017. 01. 24. 서면-2016-부동산-4600[부동산납세과-93] | 국세법령정보시스템