요지

기존 보유 부지에 공장을 준공하여 이전하는 경우 새로이 취득하는 지방공장의 가액은 대도시공장 양도일로부터 사업개시일까지 기간 중에 동일한 업종을 영위하기 위해 취득·증설에 소요된 금액을 포함하되 기존에 보유하고 있던 토지가액은 제외하는 것임

회신

내국법인이 대도시에서 대도시 밖으로 공장을 이전하여「조세특례제한법」제60조의 규정을 적용함에 있어 각 질의에 대하여 다음과 같이 회신합니다.
귀 질의1의 경우 대도시 수도권과밀억제권역 및 성장관리권역에 해당하는지는 ⁠「수도권정비계획법」 별표1을 참고하시기 바라며,
귀 질의2의 경우 기존 보유 부지에 공장을 준공하여 이전하는 경우 새로이 취득하는 지방공장의 가액은 대도시공장 양도일로부터 사업개시일까지 기간 중에 동일한 업종을 영위하기 위해 취득·증설에 소요된 금액을 포함하되 다만, 기존에 보유하고 있던 토지가액은 제외하는 것입니다.
귀 질의3의 경우 공장의 범위에 포함되는 기업부설연구소는 법인이 영위하기 위한 제조시설을 지원하기 위하여 공장구내에 설치된 경우를 말하는 것으로 이에 해당하는지는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

○질의법인은 ○○시 ○○구 ○○동에 공장을 운영하면서 농약제조업을 영위하는 법인으로

- ○○시 ○○구 ○○동 소재 공장부지가 ⁠‘도시개발사업’에 수용되어 공장을 이전하여야 하는 상황임

○ 이에 질의법인은 △△시 □□산업단지 내의 당사 소유 X,XXX평의 부지에 농약제조공장을 신설하여 공장을 이전하고자 하는 바,

다음과 같은 경우 ｢조세특례제한법｣제60조에 해당하여 과세특례를 적용받을 수 있는지 질의함

- 상기와 같이 ○○시에서 △△시로 공장을 이전하는 경우

- 당사 소유의 공장부지에 건축 및 증축을 하는 경우

- 이전 전 공장부지 안에 있는 연구소^* 관련 건축물 및 연구시설의이전 및 신규건축의 경우

* 기업부설연구소로 질의법인이 영위하는 농약제조업과 관련한 제품의 성능시험, 개발에 사용

2. 질의내용

○질의법인이 ○○시에 소재하고 있는 공장 및 공장부지 내의 연구소 등을 양도하고 기존에 보유하고 있던 △△시 소재 토지에 공장을 신설하여 이전하는 경우

- ｢조세특례제한법｣제60조에 따라 공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제60조【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】

① 삭제

② 대통령령으로 정하는 대도시(이하 "대도시"라 한다)에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 내국법인이 대도시에 있는 공장을 대도시 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전(수도권 밖에 있는 공장을 수도권으로 이전하는 경우는 제외한다)하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2017년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

③ 제2항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

④ ⁠(이하 생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제54조【공장의 범위 등】

① 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2에서 ⁠“공장”이라 함은 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

② 법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제56조【공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례】

① 법 제60조제2항의 규정이 적용되는 대도시공장의 지방이전은 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. 다만, 대도시공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제60조제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 지방으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 대도시공장을 양도하는 경우

2. 대도시공장을 양도한 날부터 1년 이내에 지방에서 기존공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우

3. 대도시공장을 양도한 날부터 3년 이내에 지방공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우

② 법 제60조제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 대도시"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

1. 수도권과밀억제권역

2. 부산광역시(기장군을 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군을 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지를 제외한다.

③ 법 제60조제2항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액" 이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 제3호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 대도시공장의 양도가액에서 당해공장의 장부가액을 차감한 금액

2. 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호의 규정에 의한 이월결손금

3. 대도시공장의 양도가액에서 공장시설의 이전비용과 이전한 공장건물 및 그 부속토지와 기계장치의 취득ㆍ개체ㆍ증축 및 증설에 소요된 금액의 합계액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 각각 제1항제2호 또는 제3호의 규정에 의한 공장의 사업개시일까지는 이전계획서상의 예정가액에 의한다.

⑤ 법 제60조제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 지방 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니하거나 사업을 폐업 또는 해산하는 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제1항 각호에서 정하는 바에 따라 사업을 개시하지 아니한 경우

2. 사업을 폐지 또는 해산한 경우

⑥ 법 제60조제4항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제60조제2항의 규정에 의하여 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 제1항제2호 또는 제3호의 규정에 적합하게 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 익금에 산입하지 아니한 금액

2. 제4항의 규정에 의한 예정가액에 의하여 익금에 산입하지 아니한 금액이 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 초과하는 때에는 그 초과금액

3. 법 제60조제2항의 규정에 의하여 익금에 산입하지 아니한 금액을 전액 익금에 산입하기 전에 사업을 폐지 또는 해산한 때에는 사업의 폐지 또는 해산당시 익금에 산입하지 아니한 금액

⑦ 법 제60조제6항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대도시 공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 토지등양도차익명세서에 다음의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 제1항제1호에 해당하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 이전완료보고서

2. 제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 이전계획서. 이 경우 제1항제2호 또는 제3호의 규정에 의하여 사업을 개시한 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 이전완료보고서를 제출하여야 한다.

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "공장"이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 "제조시설등"이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제2조【공장의 범위】

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호에 따른 제조업의 범위는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 표준산업분류에 따른 제조업으로 한다.

② 법 제2조제1호에 따른 공장의 범위에 포함되는 것은 다음 각 호와 같다.

1. 제조업을 하기 위하여 필요한 제조시설(물품의 가공ㆍ조립ㆍ수리시설을 포함한다. 이하 같다) 및 시험생산시설

2. 제조업을 하는 경우 그 제조시설의 관리ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치하는 부대시설로서 산업통상자원부령으로 정하는 것

3. 제조업을 하는 경우 관계 법령에 따라 설치가 의무화된 시설

4. 제1호부터 제3호까지의 시설이 설치된 공장부지

○ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제2조【부대시설의 범위】

「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제2조제2항제2호에 따른 부대시설은 다음 각 호와 같다.

1. 사무실ㆍ창고ㆍ경비실ㆍ전망대ㆍ주차장ㆍ화장실 및 자전거보관시설

2. 수조ㆍ저유조ㆍ사일로 및 저장조 등 저장용 옥외구축물(지하 저장용시설을 포함한다)

3. 송유관, 옥외주유시설, 급ㆍ배수시설, 변전실, 기계실 및 펌프실

4. 다음 각 목의 시설

가.「폐기물관리법」 제2조제8호에 따른 폐기물처리시설(같은 법 제18조제5항에 따라 둘 이상의 사업장에서 공동으로 설치ㆍ운영하는 것을 포함한다)

나.「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제2조제12호에 따른 수질오염방지시설(같은 법 제35조제4항에 따라 둘 이상의 사업장에서 공동으로 설치ㆍ운영하는 것을 포함한다)

다.「대기환경보전법」 제2조제12호에 따른 대기오염방지시설(같은 법 제29조제1항에 따라 둘 이상의 사업장에서 공동으로 설치ㆍ운영하는 것을 포함한다)

라.「소음ㆍ진동 관리법」 제2조제4호에 따른 소음ㆍ진동방지시설(같은 법 제12조제1항에 따라 둘 이상의 사업장에서 공동으로 설치ㆍ운영하는 것을 포함한다)

5. 시험연구시설 및 에너지이용효율 증대를 위한 시설

6. 공동산업안전시설 및 보건관리시설

6의2. ⁠(이하 생략)

4. 관련사례

○ 조세특례제한법 기본통칙 60-54…1【독립된 제조장의 범위】

① 영 제54조 제1항에서 ⁠“제조 또는 사업단위로 독립된 것”이라 함은 동일부지내에 원재료투입공정으로부터 제품생산공정까지 일관된 작업을 할 수 있는 제조설비를 갖춘 장소(생산에 직접 공여되는 공장구내창고, 사무실, 종업원을 위한 기숙사, 식당 및 사내훈련시설 등을 포함한다. 이하 같다)와 그 부속토지로 한다.

② 두 가지 이상의 제품(제조공정이 서로 무관한 제품에 한한다)을 생산하는 내국인이 동일부지내에 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 있는 경우에는 각 제품별 제조설비를 갖춘 장소와 그 부속토지를 각각 독립된 제조장 단위로 한다. 이 경우 부속토지 중 각 제품의 생산에 공통적으로 사용됨으로써 구분할 수 없는 경우에는 각 제품의 생산에 직접적으로 사용되는 토지의 면적에 비례하여 계산된 각각의 면적을 각 제품제조설비의 부속토지로 한다.

○ 조세특례제한법 통칙 60-56…1【사업개시일의 정의】

영 제56조 제1항 제1호에서 ⁠“사업을 개시한 날”이라 함은 신공장 시설을 이용하여 정상상품으로 판매할 수 있는 완성품제조를 개시한 날을 말한다.

○ 조특, 소득세과-0799, 2011.9.28.

조세특례제한법 제63조의 규정을 적용함에 있어서, 수도권과밀억제권역에 해당하는지는 수도권정비계획법 별표1를 참고하시기 바랍니다.

○ 조특, 법인46012-1850, 1998.7.7.

구 조세감면규제법(법률 제4666호, 1993.12.31 개정전의 것)시행령 제36조 제1항 규정에 의한 면제세액 계산시 신공장의 가액은 구공장양도일부터 같은령 제36조 제5항의 기간내에 취득한 토지ㆍ건물 및 기계장치의 장부가액 합계액을 말하는 것이나,

귀 질의의 경우와 같이 구공장을 전부이전하여 신공장에서 사업을 개시한 후 공정개선을 위하여 신공장 설비를 개체하여 새로이 투자한 금액은 신공장의 가액에 포함되지 아니하는 것입니다.

○ 법인46012-179, 1991.1.25.

공장양도차익에 대한 법인세 등 면제세액 계산시 신공장의 기계장치의 가액은 신공장의 사업개시일을 기준으로 함

○ 법인46012-785, 1998.3.31.

신공장가액에는 조감법 시행령 제36조 제5항의 기간(사후관리기간)내에 지방으로 이전하여 동일한 업종을 영위하기 위해 증설하는 자산의 가액을 포함함

○ 법인46012-69, 1996.1.9.

대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 `98.12.31. 까지 그 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시하거나, 그 공장을 98.12.31까지 양도하는 경우에는 조세감면규제법(법률 제5038호, 95. 12.29.개정) 부칙 제16조 제7항의 규정에 의거 종전 조세감면규제법 제42조의 규정에 의한 조세특례를 적용받을 수 있는 것이며,

종전 같은법 제42조의 규정을 적용함에 있어 타인으로부터 지방소재 공장을 인수하여 그 공장건물을 멸실한 후 새로이 공장을 신축하거나, 당해법인의 지방소재 공장건물을 멸실한 후 새로이 공장을 신축하는 경우에도 같은법 시행령제36조 제5항의 규정에 의거 구공장 양도일로부터 3년이내에 공장을 준공하여 사업을 개시하여야 하는 것이고, 또한 같은법 시행령 제36조 제1항의 규정에 의한 신공장가액이라 함은 공장양도일로부터 사업개시일까지의 기간 중에 신축한 공장건물 및 투자한 기계장치가액(대도시내에서 사용하던 기계장치 중 지방으로 이전한 기계장치가액 및 그 이전비용포함)을 말하는 것임

○ 법인22601-1450, 1986.5.6.

대도시 안의 공장시설을 대도시 외에 있는 기존공장의 여유토지에 이전하여 사업을 개시한 경우에도 조세감면규제법 제42조의 규정을 적용할 수 있는 것이며, 이 경우 면제세액을 계산함에 있어 이전 후 공장가액에는 토지가액은 제외되는 것임.

○ 법인, 법인46012-3521, 1994.12.22.

기술개발촉진법 시행령 제14조 제1항의 규정에 의한『기업부설연구소』가 당해 법인의 사업을 영위하기 위한 제조시설을 지원하기 위하여 공장구내에 설치되는 부대시설인 경우에는 구 조세감면규제법 제42조의 규정을 적용함에 있어 공장의 범위에 포함됨.

○ 조특, 법인46012-2773, 1997.10.28.

공장구내 이외의 지역에 설치된 기업부설연구소를 지방으로 이전하기 위하여 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제43조의 규정에 의한 공장의 지방이전에 해당되지 아니 하는 것임

○ 서이46012-11810, 2003.10.20.

조세특례제한법 제63조의 규정에 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업에서 ⁠“공장”이라 함은 영업을 목적으로 물품의 제조ㆍ가공ㆍ수선이나 인쇄 등의 목적에 사용할 수 있도록 생산설비를 갖춘 건축물 또는 사업장과 그 부속 토지를 갖추고 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말하는 것으로 공장시설은 일체없이 제조활동의 대부분을 외주가공에 의하는 경우에는 동 규정의 공장시설을 갖춘 경우에 해당하지 아니하는 것으로 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임

출처 : 국세청 2017. 09. 18. 서면-2016-법인-4409[법인세과-2516] | 국세법령정보시스템