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제주첨단과학기술단지 외 사업용 유형자산 투자 법인세 감면 인정 여부

기준-2022-법무법인-0204[법무과-1256] · 2023. 02. 23.

질의 및 요약

Q질의내용

제주첨단과학기술단지 외에 위치한 사업용 유형자산의 취득금액도 법인세 감면한도액 산정 시 투자누계액에 포함되는지 궁금합니다.

S요약

제주첨단과학기술단지 입주기업의 법인세 감면 시, 2020년 3월 13일 시행규칙 개정 전에는 제주첨단과학기술단지 외 지역이라도 해당 감면사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산의 취득금액도 투자누계액에 포함되는 것으로 판단됩니다.

#제주첨단과학기술단지 #법인세 감면 #투자누계액 #사업용 유형자산 #조세특례제한법 #시행규칙 개정

핵심 정리

R회신 내용 기준-2022-법무법인-0204[법무과-1256] · 2023. 02. 23.

국세청, 기준-2022-법무법인-0204[법무과-1256](2023.2.23.), 기획재정부 조세특례제도과-182 회신에 근거합니다.
2020년 3월 13일 조세특례제한법 시행규칙 개정 전에는 제주첨단과학기술단지 외 지역에 소재하더라도 감면대상사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산의 취득금액은 투자누계액에 포함된다고 회신하였습니다.
관련 규정 개정 전에는 사업용 유형자산의 위치 요건 없이 사업 목적상 주로 사용하면 감면한도액 산정 시 인정된다는 점을 명확히 하였습니다.
이에 따라 2019년과 같이 개정 전 시점에 제주첨단과학기술단지 외의 농장용 토지 등도 투자누계액에 산입 가능합니다.
조세특례제한법 시행규칙 제8조의3의 개정 전 조문이 적용되어야 하며, 과세연도 기준에 따라 판단하셔야 합니다.

L관련 법령 해석

조세특례제한법 제121조의8: 제주첨단과학기술단지 입주기업에 대해 감면대상 사업에서 발생하는 소득의 법인세 또는 소득세 감면과 감면한도액 규정
조세특례제한법 시행령 제116조의14: 감면대상사업 및 투자누계액 정의와 적용범위 규정
조세특례제한법 시행규칙 제8조의3(2020.3.13. 개정 전): 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산 취득 시 위치와 관계없이 사업용으로 사용되면 투자누계액에 포함
조세특례제한법 시행규칙 부칙: 시행일 및 적용시기의 명확화

사례 Q&A

1. 제주첨단과학기술단지 외 유형자산 투자도 감면한도에 포함되나요?

답변

2020년 3월 13일 시행규칙 개정 전에는 단지 외에 소재한 사업용 유형자산 투자금액도 감면한도 산정 시 투자누계액에 포함됩니다.

근거

조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 개정 전 규정이 적용된다는 기획재정부 공식 해석에 근거합니다.

2. 감면 대상 사업용 유형자산의 위치가 중요합니까?

답변

2020년 3월 13일 이전에는 사업용 유형자산의 위치와 무관하게 해당 사업에 주로 사용했다면 투자누계액 산정 시 인정된다고 볼 수 있습니다.

근거

국세청 유권해석, 시행규칙 개정 전에는 위치 요건 없이 주된 사업사용 자산이면 포함한다는 규정 내용에 따릅니다.

3. 제주첨단과학기술단지 감면 세액 한도 산정 방식은 어떻게 되나요?

답변

투자누계액 50% 및 상시근로자 수 기준 금액의 합계가 감면한도로 적용되며, 투자누계액 규정 적용 시 해당 사업용 유형자산 취득금액을 포함합니다.

근거

조세특례제한법 제121조의8 및 동 시행령에서 정하는 감면한도액 산정 방식을 따른다는 점을 기재하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

제추첨단과학기술단지 입주기업 법인세 감면 시 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산의 기술단지 외 투자금액도 투자누계액에 포함

회신

기획재정부 해석(기획재정부 조세특례제도과-182, 2023.2.23.)을 참조하시기 바랍니다.
○ 기획재정부 조세특례제도과-182, 2023.2.23.
「조세특례제한법」제121조의8 제2항 제1호에 따른 감면한도액을 산정함에 있어 2020.3.13.「조세특례제한법 시행규칙」제776호로 개정되기 전, 제주첨단과학기술단지 외 지역에 소재하나 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산을 취득한 경우 해당 취득금액은 '투자누계액'에 포함되는 것입니다.

1. 사실관계

○ A법인은 ｢생명공학법｣ 제2조 제1호에 따른 생명공학과 관련된 사업을 영위하는 법인으로 제주첨단과학기술단지에 입주하여 감면대상사업^*을 영위 중에 있음

* 황칠나무를 재배하여 그 가지를 파쇄한 후 이를 원재료로 하여 관련제품 생산․판매

○2019년 질의법인은 제주첨단과학기술단지 외의 지역에 소재하나 해당 감면대상사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(‘농장용 토지’)을 취득함

2. 질의내용

○‘제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면’규정에 따른 감면한도액을 산정함에 있어

-2020.3.13. 조세특례제한법시행규칙 제776호로 개정되기 전, 제주첨단과학기술단지 외 지역에 소재하나 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산을 취득한 경우, 해당 취득금액이 ⁠‘투자누계액’에 포함되는지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제121조의8【제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】

①「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제161조에 따라 지정된 제주첨단과학기술단지(이하 이 장에서 "제주첨단과학기술단지"라 한다)에 2023년 12월 31일까지 입주한 기업이 생물산업, 정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 사업개시일 이후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

②제1항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다.

1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

2. 해당 과세연도의 제주첨단과학기술단지 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]

3. 삭제

③ 제1항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제2항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

(이하생략)

○조세특례제한법 시행령 제116조의14【제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】

①법 제121조의8제1항에서 "생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각호의 산업을 영위하는 사업을 말한다.

1. 「생명공학육성법」 제2조제1호에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)

2. 「정보통신산업 진흥법」 제2조제2호에 따른 정보통신산업

3. 「정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률」 제2조제1항제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

4. 「산업발전법」 제5조제1항의 규정에 의하여 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업

②법 제121조의8제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 투자누계액"이란 법 제121조의8제1항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.

(이하생략)

○조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 【연구개발특구 등에의 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 적용 시 사업용자산의 범위】(2020.03.13., 기획재정부령 제776호로 개정된 것)

영 제11조의2제2항, 제61조제3항, 제99조의8제1항, 제116조의14제2항, 제116조의15제4항, 제116조의21제4항, 제116조의25제2항, 제116조의26제3항 및 제116조의27제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

1. 해당 특구 등에 소재하거나 해당 특구 등에서 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산

2. 해당 특구 등에 소재하거나 해당 특구 등에서 해당 사업에 주로 사용하기 위해 건설 중인 자산

3. 「법인세법 시행규칙」 별표 3에 따른 무형자산

○ 조세특례제한법 시행규칙 부칙

제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제47조의4, 제61조제1항제69호의4 및 제69호의5, 별표 9의2, 별지 제68호의4서식 및 별지 제68호의5서식의 개정규정은 2020년 7월1일부터 시행하고, 제50조의4의 개정규정은 2020년 4월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 규칙은 이 규칙 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.

○조세특례제한법 시행규칙 제8조의3【연구개발특구 등에의 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 적용 시 사업용자산의 범위】(2020.03.13., 기획재정부령 제776호로 개정되기 전의 것)

1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산

2. 건설 중인 자산