적격인적분할 후 지주회사 합병시 압축기장충당금 처리

요지

｢조세특례제한법｣ 제38조의2제1항에 따라 설정한 압축기장충당금을 적격인적분할로 승계한 내국법인이 해당 지주회사를 적격합병하는 경우 승계한 압축기장충당금 잔액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액의 계산에 있어서 익금에 산입하는 것임

회신

｢조세특례제한법｣ 제38조의2제1항에 따라 설정한 압축기장충당금을 적격인적분할로 승계한 내국법인이 해당 지주회사를 적격합병하는 경우 승계한 압축기장충당금 잔액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액의 계산에 있어서 익금에 산입하는 것입니다.
또한, 해당 내국법인이 합병대가로 취득하는 합병교부주식의 세무상 취득가액은 ⁠「법인세법 시행령」제72조제2항제5호에 따라 피합병법인 주식의 장부가액(현물출자한 날 현재의 그 현물출자로 취득한 지주회사 주식의 시가에서 압축기장충당금 잔액을 차감한 금액)으로 하는 것이며,
이 때 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 합병교부주식의 가액이 세무상 취득가액보다 큰 경우에는 그 차액을 손금에 산입하는 것으로,
내국법인이 보유하던 피합병법인 주식 관련 유보사항은 추인하고, 양도차손익을 회계상 자본잉여금으로 처리하는 경우 익금 또는 손금산입(소득처분은 기타)하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 갑법인은 2008년 당시 방송법상 방송사업자인 A법인의 지배주주였음

 ○A법인은 지주회사 체제로 전환하기 위하여 2008.2.29. 투자사업부문을 ｢법인세법｣ 제46조 제2항의 요건을 충족하는 적격분할 방식으로 인적분할하였으며, 이에 따라 B법인이 분할신설법인으로 설립되었으며,

  - B법인은 설립당시 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사 요건을 충족하여 지주회사가 되었음

 ○갑법인은 2008.5.30. A법인 주식 전부를 B법인에 현물출자하고 그 대가로 지주회사인 B법인의 주식을 취득(이하 ⁠“본건 주식”이라 함)하였으며,

  - 갑법인은 구 조세특례제한법 제38조의2 규정에 따라 현물출자로 인한 양도차익에 대해 압축기장충당금을 손금으로 산입하였음

 ○한편, 갑법인은 2019.9. 방송사업 관련 투자사업부문을 분할대상 사업부문으로 하여 인적분할하였고 본건 분할로 투자사업부문을 승계한 질의법인이 분할신설되었으며,

 - 갑법인은 방송사업부문을 적격인적분할로 질의법인에 승계하여, 본건 주식의 압축기장충당금도 질의법인에게 그대로 승계되었음

* A법인의 시가(상장주식)는 500억원으로 평가

 ○질의법인은 공정거래법 준수^*를 위해 법인세법 상 적격합병 요건을 갖추어 B법인을 합병할 계획이며,

   * 지주회사의 손자회사는 원칙적으로 국내 계열회사 주식을 소유하여서는 아니됨(공정거래법§4(1))

  - 합병대가로 본건 주식에 대해 합병신주를 교부하여 자기주식으로 보유할 예정이고, 합병신주 외에 합병대가는 없음

     * B법인의 시가(상장주식)가 하락하여(300억원) 양도차손이 발생할 것으로 예상

     *양도차손 : 과거 지분법 평가손실 50(손금불산입 세무조정), 합병 시 처분손실 150

2. 질의내용

 ○(질의1) 조특법§38의2에 따라 설정한 압축기장충당금을 적격인적분할로 승계한 내국법인이 지주회사를 적격합병하는 경우

  - 해당 압축기장충당금 잔액을 익금산입하여야 하는지 여부

 ○(질의2) 질의1에서 압축기장충당금 잔액을 익금산입하여야 한다면, 피합병법인의 주주인 내국법인이 적격합병대가로 취득하는 합병신주의 세무상 취득가액과 세무처리방법

3. 관련법령

○조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

① 내국법인의 내국인 주주가 2021년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

 ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 처분(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

    {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식중 처분한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

 ③ 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제2호의 요건을 충족하는 적격분할(물적분할 및 분할합병을 제외하며, 이하 이 항에서 "적격분할"이라 한다)로 인하여 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우에는 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 익금에 산입하지 아니하며, 적격분할로 신설되는 법인은 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 적격분할로 양수받은 해당 지주회사 또는 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 승계하고 제2항의 계산방법에 따라 익금에 산입한다.

○ 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】

 ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

 5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

 ② 제1항제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 합병대가: 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

○ 법인세법 시행령 제14조 【재산가액의 평가 등】

 ① 법 제16조제1항 각 호에 따라 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 따른다.

 1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식등"이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액

 나. 법 제16조제2항제1호 및 제2호에 따른 주식등의 경우: 법 제44조제2항제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다) 또는 법 제46조제2항제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다)의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하는 경우에는 종전의 장부가액(법 제16조제2항제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 일부를 금전이나 그 밖의 재산으로 받은 경우로서 합병 또는 분할로 취득한 주식등을 시가로 평가한 가액이 종전의 장부가액보다 작은 경우에는 시가를 말한다). 다만, 투자회사등이 취득하는 주식등의 경우에는 영으로 한다

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

 ② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

  5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조제2항제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

4. 관련사례

○ 사전-2015-법령해석법인-0188, 2016.2.11.

  위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이 내국법인이 전환지주회사에 지분비율미달자회사 주식을 현물출자하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액을 ⁠「조세특례제한법」제38조의2제2항에 따라 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 손금에 산입한 후 해당 전환지주회사를 적격합병하는 경우 기존의 압축기장충당금 잔액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입하는 것임

  또한, 해당 내국법인이 합병대가로 취득하는 합병교부주식의 세무상 취득가액은 「법인세법 시행령」제72조제2항제5호에 따라 피합병법인 주식의 장부가액(현물출자한 날 현재의 그 현물출자로 취득한 전환지주회사 주식의 시가에서 압축기장충당금 잔액을 차감한 금액)으로 하는 것이며, 이 때 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 합병교부주식의 가액이 세무상 취득가액 보다 큰 경우에는 그 차액을 손금에 산입하는 것임

○ 법인세과-136, 2014.03.27.

  ⁠[질의] 물적분할 후 재합병하는 경우 압축기장충당금의 익금산입 여부

  ⁠[회신] ｢법인세법｣ 제47조제3항 각 호 외의 부분 단서규정을 적용함에 있어 분할법인이 계상한 압축기장충당금은 같은 법 시행령 제84조 제9항의 규정에 의하여 분할법인이 계속하여 손금에 산입할 수 있는 것이나, 분할법인이 보유한 분할신설법인의 주식에 대하여 합병신주를 교부하지 아니하는 경우에는 합병등기일 현재 압축기장충당금 잔액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입함

출처 : 국세청 2020. 12. 30. 서면-2020-법인-4671[법인세과-4576] | 국세법령정보시스템