혁신도시 종전부동산 사업장별 부가가치세 처리 기준

요지

해당 업무를 총괄하는 사업장과 별개로 종전부동산의 개발‧관리등을 위해 별도의 계정을 설치하여 등록한 경우 별도 사업장으로 볼 수 있음

회신

｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣ 제43조제3항에 따라 행정기관으로 사용하던 국가소유의 부동산을 제3자에게 매각하기 위하여 한국토지주택공사(이하 ⁠“공사”)가 해당부동산의 소유권을 국가로부터 이전받아 제3자에게 매각하는 경우로서 같은 법 제44조제4항 및 같은 법 시행령 제41조에 따라 해당부동산의 매각에 따른 손익뿐만 아니라 해당부동산을 매각하기 전까지 발생하는 운영수익과 매각비용을 국가에게 귀속시키는 등 실질적으로 국가의 계산과 책임으로 해당부동산을 제3자에게 매각하는 경우
｢부가가치세법｣ 제6조 및 같은 법 시행령 제8조제1항제13호 단서에 따라 공사가 해당부동산 개발‧관리 등 그 업무를 총괄하는 장소를 별도로 등록한 경우 사업장으로 볼 수 있는 것이고, 공사가 업무를 총괄하는 장소를 별도 사업장으로 볼 경우 해당 사업장을 기준으로 세금계산서 수취, 신고 및 납부할 수 있는 것이며, 공사가 해당 사업장을 기준으로 세금계산서를 수취한 경우 국가에 세금계산서를 별도로 발급하지 않는 것입니다.

 질의요지

  ○｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣에 따라 매각하려는 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물 및 부지가 매각되지 않은 등의 이유로 같은 법에 따라 한국토지주택공사가 해당 부동산을 매입하여 개발‧관리 후 제3자에게 매각(이하 ⁠“본건사업)하는 경우로서

  - 해당 부동산의 매각에 따른 손익과 매각하기 전 까지 발생하는 수익과 비용이 국가에 귀속되는 경우

  1.한국토지주택공사(이하 ⁠“신청공사”)가 해당 업무를 총괄하는 사업장과 별개로 종전부동산의 개발‧관리등을 위해 별도의 계정을 설치하여 등록한 경우 별도 사업장으로 볼 수 있는지

  2.(질의1에서 신청공사가 종전부동산의 개발‧관리 등 업무 장소를 별도 사업장으로 본 경우) 관련 매입세금계산서 수취 및 신고‧납부할 수 하는지

  3.(질의2에서 신청공사의 명의로 세금계산서를 수취한 경우) 수취한 매입세금계산서에 대해 국가로 다시 세금계산서를 발급해야 하는지

 사실관계

 ○｢혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법｣(이하 ⁠“혁신도시법”) 제43조제1항에 따라 이전공공기관*의 장은 이전비용의 조달 및 국가균형발전 등을 고려하여 종전부동산*을 매각하여야 하는 바

   * 이전공공기관 : 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관

   * 종전부동산 : 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지

  - 국토교통부장관은 같은 법 제43조제3항에 따라 매각대상 부동산이 매각되지 아니하거나 이전공공기관이 원하는 경우 지방자치단체 등(이하 ⁠“매입공공기관”)에게 해당 부동산을 매입하게 할 수 있고

  - 매입공공기관 중에 신청공사가 있으며 신청공사는 행정기관으로 사용되던 국가소유의 부동산을 매입하고 있음

 ○ 같은 법 제33조에 따라 공공기관의 지방이전 및 혁신도시의 건설에 관한 사업을 재정적으로 지원하기 위하여 혁신도시건설특별회계(이하 ⁠“혁신도시특별회계”)를 설치하여야 하고 해당 회계는 국토교통부장관이 관리·운용하고 있으며

  - 같은 법 시행령 제41조에 따라 신청공사가 종전부동산을 매각할 때까지 종전부동산을 임대‧관리할 수 있고

  - 신청공사가 종전부동산을 매각함으로서 발생하는 손익과 매각하기 전까지 운영하면서 발생하는 수익과 비용이 국가에게 귀속되게 되어있음

 관련법령

○ 부가가치세법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

○ 부가가치세법 제6조【납세지】

 ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제8조【사업장】

 ① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

 ② 제1항의 표 제15호에도 불구하고 부동산의 권리만을 대여하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자가 부동산을 임대하는 경우에는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소를 사업장으로 한다.

  11. ｢한국토지주택공사법｣에 따른 한국토지주택공사

○ 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】

 ⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제46조【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

  3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업‧숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업단서생략>

○ 한국표준산업분류 제10차 개정 ⁠(2017.1.13.)

○ 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ⑤ 용역의 공급에 대한 주선‧중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다.

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  1. "공공기관"이라 함은 「국가균형발전 특별법」 제2조제9호의 기관을 말한다.

  2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

  6. "종전부동산"이라 함은 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지를 말한다.

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령 제2조 【이전공공기관】

  「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제2호에서 "대통령령이 정하는 기관"이란 법 제2조제1호의 공공기관 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공공기관을 말한다. 다만, 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제16조에 따른 이전계획에 따라 행정중심복합도시로 이전하는 중앙행정기관등은 제외한다.

  1. 「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관

  2. 국무회의의 심의를 거쳐 혁신도시로 이전하는 중앙행정기관

  3. 법 제29조 단서에 따라 개별이전이 인정된 중앙행정기관

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제33조 【혁신도시건설특별회계의 설치 및 관리ㆍ운용】

 ① 공공기관의 지방이전, 혁신도시의 조성 및 발전에 관한 사업을 재정적으로 지원하기 위하여 혁신도시건설특별회계(이하 "회계"라 한다)를 설치한다.

 ② 회계는 국토교통부장관이 관리ㆍ운용한다.

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제34조 【회계의 세입과 세출】

 ① 회계의 세입은 다음 각 호와 같다.

  1. 국가소유 종전부동산의 매각대금, 사용료, 해당 재산으로부터 발생하는 그 밖의 수익금 및 국가행정기관인 이전공공기관의 임차보증금 회수금

  2~4. 생략

  5. 제44조제4항의 규정에 따른 이익의 전입금

 ② 회계의 세출은 다음 각 호와 같다.

  5. 제44조제4항의 규정에 따른 손실금의 보전

 12. 그 밖의 공공기관 지방이전, 혁신도시의 조성 및 발전과 관련하여 대통령령으로 정하는 항목에의 지출

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제43조 【종전부동산의 처리계획 수립 등】

 ① 이전공공기관의 장은 제4조제1항제3호의 규정에 따른 이전비용의 조달 및 국가균형발전 등을 고려하여 다음 각 호의 사항을 포함하는 종전부동산 처리계획을 수립하여야 한다.

  1. 종전부동산의 매각시기 및 방법

  2. 종전부동산 중 일부 또는 전부를 매각하지 못하는 경우 구체적인 사유 및 활용방안

 ③ 국토교통부장관은 제1항에 따른 종전부동산 처리계획에 제시된 기한까지 종전부동산이 매각되지 아니하거나 이전공공기관이 원하는 경우 지방자치단체, 대통령령으로 정하는 공공기관(이하 "매입공공기관"이라 한다) 또는 ⁠「지방공기업법」에 따른 지방공기업(이하 "지방공기업"이라 한다)으로 하여금 종전부동산을 매입하게 할 수 있다. 이 경우 매입가격은 ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균한 금액으로 한다.

 ④ 제3항에 따른 매입공공기관 및 지방공기업의 종전부동산 매입에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 제44조 【종전부동산 매입지원 등】

 ② 이전공공기관은 대통령령으로 정하는 공공기관에 종전부동산의 매각업무를 대행하게 할 수 있다.

 ④ 매입공공기관 또는 지방공기업의 종전부동산 매입에 따른 이익이나 손실은 대통령령으로 정하는 바에 따라 회계에 전입하거나 회계에서 보전할 수 있다.

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령 제34조 【특별회계의 세출항목】

  법 제34조제2항제12호에 따라 특별회계의 세출로 할 수 있는 항목은 다음 각 호와 같다.

  1. 국가행정기관인 이전공공기관의 임차보증금

  2. 법 제40조에 따라 특별회계로 관리전환 또는 이관받은 종전부동산의 관리ㆍ처분비용

  3. 그 밖에 특별회계의 운용에 필요한 경비

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령 제36조 【종전부동산 매입공공기관】

  법 제43조제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 공공기관"이란 다음 각 호의 기관(이하 "매입공공기관"이라 한다)을 말한다.

  1. ⁠「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사

  2. ⁠「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 한국자산관리공사

  3. ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령 제38조 【매입 종전부동산의 관리 및 처분 등】

 ① 매입공공기관 또는 지방공기업은 매입한 종전부동산에 대하여 관리방안을 수립ㆍ시행하여야 하며, 법 제43조제5항 본문에 따른 국토교통부장관의 활용계획 수립에 지장이 없도록 관리하여야 한다.

 ② 매입공공기관 또는 지방공기업은 매입한 종전부동산에 대한 효율적인 활용 및 매각을 위하여 매입한 종전부동산의 처분계획을 수립ㆍ시행하여야 한다. 이 경우 법 제43조제5항 본문에 따른 활용계획이 수립된 경우에는 그 활용계획에 따라 처분계획을 수립ㆍ시행하여야 한다.

 ③ 매입공공기관 또는 지방공기업이 제2항에 따라 종전부동산의 처분계획을 수립하는 경우에는 미리 국토교통부장관과 협의하여야 한다.

○ 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법 시행령 제41조 【종전부동산 매입에 따른 이익 또는 손실 등】

 ① 법 제44조제4항에 따라 특별회계에 전입하거나 특별회계에서 보전하여야 하는 매입공공기관 또는 지방공기업의 이익이나 손실은 종전부동산(법 제43조제6항 전단에 따라 활용계획이 수립된 종전부동산 밖의 토지를 포함하며, 종전부동산 밖의 토지 면적은 종전부동산 면적의 100분의 10을 초과할 수 없다. 이하 이 조에서 같다)의 매각대금 및 매각할 때까지 발생하는 수익금의 합산금액과 종전부동산의 매입대금 및 매각할 때까지 발생되는 그 밖의 비용과 제4항에 따른 성과수수료의 합산금액의 차액으로 한다.

 ② 제1항에 따라 종전부동산을 매각할 때까지 발생하는 수익금은 다음 각 호와 같다.

  1. 종전부동산을 임대하는 경우 임대수익금

  2. 종전부동산의 할부매각에 따른 이자

  3. 그 밖의 부대수익금

 ③ 제1항에 따라 종전부동산을 매각할 때까지 발생하는 그 밖의 비용은 다음 각 호와 같다.

  1. 매입공공기관 또는 지방공기업이 부담하는 감정평가 및 측량 수수료

  2. 종전부동산의 매입과 관리 및 매각에 따른 제세공과금

  3. 법 제44조제1항에 따른 종전부동산 매입대금 융자금에 대한 이자 및 법 제44조제3항에 따른 채권의 지급이자 등 자본비용

  4. 그 밖에 종전부동산의 매각시까지 소요되는 인건비, 판매비와 관리비, 개발사업비(조사비, 설계비, 공사비, 보상비, 그 밖에 이와 유사한 비용을 포함한다) 및 그 밖의 부대비용

 ④ 매입공공기관 또는 지방공기업은 제1호의 금액이 제2호의 금액보다 큰 경우 그 차액의 100분의 10 이하의 범위에서 국토교통부장관이 기획재정부장관과 협의하여 정하는 금액을 성과수수료로 할 수 있다.

  1. 종전부동산의 매각대금 및 매각할 때까지 발생하는 수익금의 합산금액

  2. 종전부동산의 매입대금 및 매각할 때까지 발생하는 제3항에 따른 그 밖의 비용의 합산금액

 ⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 법 제44조제4항에 따라 특별회계에 전입하거나 특별회계에서 보전하여야 하는 매입공공기관 또는 지방공기업의 이익이나 손실의 정산에 필요한 사항은 국토교통부장관이 정한다.

 ⑥ 매입공공기관 또는 지방공기업은 매년 종전부동산 매입 및 관리 등에 따른 이익 또는 손실 내역서를 작성하여 다음 연도 2월말까지 국토교통부장관에게 보고하여야 한다.

○ 구 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침 제7조 【개발사업의 범위】(2013.5.23. 국토교통부훈령 제232호로 제정되어 시행된 것)

 ① 종전부동산 개발사업과 관련하여 매입공공기관 등은 다음 각 호의 경우에 한하여 개발사업을 시행할 수 있다.

○ 구 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침 제11조 【정산손익의 산정 등】(2013.5.23. 국토교통부훈령 제232호로 제정되어 시행된 것)

 ① 매입공공기관 등의 정산손익은 활용계획 단위로 최종매각이 완료되는 시점까지 실제 발생한 제3조의 매각대금 및 수익금과 제4조의 매입대금 및 비용을 기초로 산정(개발사업의 준공 전에 매각이 완료된 경우에는 준공시점에 확정된 금액을 기준으로 산정)하여 제13조부터 제15조의 정산절차에 따라 혁신도시건설특별회계와 정산한다.

○ 구 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침 제15조 【정산】(2013.5.23. 국토교통부훈령 제232호로 제정되어 시행된 것)

 ① 국토교통부장관은 매입공공기관 등이 제출한 정산내역을 검토하여 그 결과를 매입공공기관 등에 통보하여야 한다.

 ② 제14조에 따른 정산내역 검토 결과 이익이 발생한 경우 매입공공기관 등은 제12조에 따른 성과수수료를 제외한 이익을 혁신도시건설특별회계에 즉시 전입하여야 하며, 손실이 발생한 경우 국토교통부장관은 기획재정부장관과 협의하여 손실보전계획을 수립하고, 이에 따라 정산완료일로부터 2년 내에 손실을 보전하여야 한다.

○ 신탁법 제2조 【신탁의 정의】

  이 법에서 "신탁"이란 신탁을 설정하는 자(이하 "위탁자"라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 "수탁자"라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 "수익자"라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.

출처 : 국세청 2021. 11. 08. 서면-2020-법령해석부가-5141[법령해석과-3893] | 국세법령정보시스템