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공기업 개발이익 배분금 손금 귀속시기 및 증빙서류 인정

서면-2016-법령해석법인-5834[법령해석과-3232]  ·  2018. 12. 12.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지방공기업이 지자체와의 사업 협약에 따라 개발이익을 배분할 때, 해당 개발이익 배분금액의 손금 귀속시기와 지출증빙서류 수취의무는 어떻게 판단되는지요?

S요약

내국법인이 지방자치단체와 종합개발사업 협약을 체결하여 개발이익을 사업완료 후 정산하고 해당 개발이익 배분금액이 손금에 해당하는 경우, 합리적 근거로 산정된 개발이익을 작업진행률에 따라 각 사업연도의 손금에 산입해야 합니다. 또한 지방자치단체에 지급하는 개발이익 배분금은 지출증명서류 수취의무는 없으나, 객관적인 지출증빙서류를 보관해야 함이 명확히 안내되었습니다.
#개발이익 배분 #손금 귀속시기 #작업진행률 #지출증빙서류 #법인세법 #지방공기업
핵심 정리

R회신 내용 서면-2016-법령해석법인-5834[법령해석과-3232]  ·  2018. 12. 12.

  • 국세청 서면-2016-법령해석법인-5834[법령해석과-3232](2018.12.12) 회신 기준
  • 지방공기업이 지방자치단체와 종합개발사업 시행협약을 체결하고 개발이익 배분금액이 법인세법 제19조에 의한 손금에 해당하는 경우, 합리적 근거에 의해 산정된 개발이익을 작업진행률(법인세법 시행령 제69조)에 따라 각 사업연도 손금에 산입하는 것으로 답변하였습니다.
  • 즉, 사업완료 후 정산하는 개발이익이라 하더라도, 사업의 실질적 진행률에 따라 해당 연도별로 손금으로 반영해야 함이 핵심입니다.
  • 지자체에 지급하는 개발이익 배분금은 법인세법 제116조 제2항 및 시행령 제158조에 따른 지출증명서류 수취의무는 없으나, 객관적인 지출증빙서류(예: 협약서, 정산서, 금융거래내역 등)는 반드시 수취 및 보관할 필요가 있다고 판단되었습니다.
  • 해당 해석은 지방공기업의 세무 실무 및 내부통제에도 중요한 지침으로 활용할 수 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 법인세법 제40조: 손익의 귀속사업연도는 확정된 날이 속하는 사업연도로 함
  • 법인세법 시행령 제69조: 작업진행률에 따라 손익을 각 사업연도에 귀속
  • 법인세법 제116조 및 시행령 제158조: 국가·지자체와의 거래 시 지출증명서류 수취의무 면제, 단 일반적 증빙 보관의무
  • 법인세법 기본통칙 40-69...1, ...7: 토지 개발 등 일부 손익 귀속 및 작업진행률 산정 방법 명시
사례 Q&A
1. 개발이익을 지자체에 배분하는 경우 손금 귀속시기는 언제인가요?
답변
개발이익 배분금액의 손금 귀속시기는 사업의 진행에 따라 작업진행률로 안분하여 각 사업연도에 반영함이 타당합니다.
근거
국세청 회신에 따르면 법인세법 시행령 제69조의 작업진행률 기준에 따라 손금 산입 시기가 결정됩니다.
2. 지방공기업이 지자체에 지급하는 개발이익 배분금은 세금계산서 등 증빙을 받아야 하나요?
답변
국가 또는 지자체가 거래상대방인 경우 지출증명서류 수취의무는 면제되지만, 지급 사실을 입증할 객관적 자료는 보관해야 합니다.
근거
법인세법 제116조와 시행령 제158조에 따라 지출증명서류 수취의무는 없으나, 객관적 지출증빙서류 보관 필요성이 강조되었습니다.
3. 개발이익 배분금 관련 손익 귀속 기준과 세무상 유의사항은?
답변
합리적으로 산정된 개발이익을 작업진행률 기준으로 손금에 산입하며 객관적 증빙 보관이 필수입니다.
근거
국세청 해석과 법인세법 시행령 제69조, 제116조 등을 근거로 실질적 손익 귀속과 증빙의무가 안내되었습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

내국법인이 지자체와 사업시행 협약을 체결하고 개발이익을 사업완료 후 정산하기로 한 경우로서 해당 개발이익 배분금액이 손금에 해당하는 경우에는합리적 근거에 따른 개발이익을 작업진행률에 따라 각 사업연도의 손금에 산입함

회신

귀 서면질의의 사실관계와 같이, 내국법인이 지방자치단체와 종합개발사업 시행협약을 체결하고 개발이익을 사업완료 후 정산하여 일정비율 상당액을 배분하기로 한 경우로서
해당 개발이익 배분금액이「법인세법」제19조에 따른 손금에 해당하는 경우에는 일관되고 신뢰성 있는 합리적 근거에 의해 산정한 개발이익 배분금액을 같은 법 시행령 제69조에 따른 작업진행률을 기준으로 각 사업연도의 손금에 산입하는 것이며
지방자치단체에 지급하는 개발이익 배분금액은 같은 법 제116조제2항 각 호에 따른 지출증명서류 수취의무는 없으나
해당 개발이익 배분금액의 지출사실을 확인할 수 있는 객관적인 지출증빙서류를 수취 및 보관하여야 하는 것입니다.

1. 사실관계

○갑법인은 지방공기업법과 ◎◎공사설치조례에 따라 ◉◉남도가 100% 출자한 공기업으로

  -토지의 취득・개발・분양・임대 및 관리사업 등을 목적사업으로 하고 일반기업회계기준을 적용받는 일반기업임

  -갑법인은 ’07.9.27. ◈◈시와 ▣▣▣역세권 종합개발사업(이하 ⁠“쟁점 개발사업”, 사업기간 ’11~’18년) 시행협약을 체결하고 사업시행에 따른 개발이익금의 배분은 관련법령이 정하는 바에 따라 질의법인이 부담하는 세금 및 부담금을 공제한 후 50:50으로 정산하기로 함

 ○▣▣▣ 개발사업 협약에 따라 갑법인은 사업 시행에 따른 설계용역, 용지보상, 공사시행 및 사업준공, 민원 등 사업 전반에 대한 모든 비용을 부담하고

  -◈◈시는 개발제한구역 해제, 도시개발구역 지정 및 질의법인을 사업시행자로의 지정, ◉◉남도선거관리위원회 이전, 기타 질의법인이 수행하는 인・허가 업무를 담당하기로 협약함

[ 갑법인과 ◈◈시의 사업시행 협약서](2007.9.27.)

▣▣▣ 역세권 종합개발사업에 대하여 효율적 사업시행을 위하여 ◈◈시장(이하 ⁠“갑”)과 ◉◉남도개발공사사장(이하 ⁠“을”)이 ▣▣▣ 역세권개발사업(이하 ⁠“본 사업”)에 필요한 사항을 정하고자 다음과 같이 시행협약을 체결함

제3조(기본사항)

  ①“을”은 사업시행자로 지정받은 경우 사업착수 및 준공이 되도록 조치하여야 함

  ②“갑”과 ⁠“을”은 개발계획 및 실시계획 내용의 변경이 필요한 경우 상호 사전협의를 거쳐 변경할 수 있음

제4조(세부업무의 범위 및 분담)

  “갑”과 ⁠“을”은 원활한 업무수행을 위하여 다음 각 호의 세부적 업무를 분담한다.

  1. ⁠“갑”은 다음 각 목의 업무를 수행한다.

   가. 개발제한구역 해제 절차, 도시개발구역 지정 및 사업시행자 지정에 관련한 업무

   나. 경상남도선거관리위원회 이전에 관련한 업무

   다. 기타 ⁠“을”이 수행하는 인・허가 업무에 적극적인 협조

  2. ⁠“을”은 사업시행에 따른 설계용역, 용지보상, 공사시행 및 사업준공, 민원 등 사업전반에 대하여 ⁠“을”의 비용으로 수행하여야 하며, 업무의 범위는 다음 각 목과 같다.

   가. 개발제한구역 해제에 따른 서류작성, 도시개발구역지정 관련업무, 실시계획수립 ⁠(개발계획 변경 포함), 공사시행 및 감독업무

   나. 보상업무, 조성용지 분양 및 사업 준공 등 전반에 관한 업무

   다. 기타 이에 따르는 관련 업무

 제5조(용지분양 등)

  ①본 사업과 관련하여 ⁠“갑”은 분양촉진을 위하여 적극 협조하여야 함

  ②(생략)

  ③주차장 시설용지의 50%는 무상공급하고, 무상공급을 제외한 시설용지의 50%는 유상공급하며, 유상공급 방법은 ⁠“갑”과 ⁠“을”이 협의하여 결정함

제6조(개발이익금의 산정 및 배분)

   당해사업으로 발생한 개발이익금의 배분은 관련법령이 정하는 바에 따라 “을”이 부담하는 세금 및 부담금을 공제하고 ⁠“갑” 50%, ⁠“을” 50% 비율로 개발이익을 정산

   (이하 생략)

2. 질의내용

○지방공기업과 지자체가 관할지역의 종합개발사업 협약을 체결하고 지방공기업이 사업시행에 따른 개발이익을 지자체와 배분하는 경우

   1.개발이익 배분금액의 손금 귀속시기

   2.개발이익 배분금액의 지출증빙 수취대상 여부

3. 관련법령 및 관련사례

법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】

 ①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 ②제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

 ①법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지

    기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.

    다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

  1.중소기업인 법인이 수행하는 계약기간 1년 미만인 건설등의 경우

  2.기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

법인세법 시행령 제31조【즉시상각의 의제】

 ②제1항에서 ⁠“자본적지출”이란 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

  1.본래의 용도를 변경하기 위한 개조

  5.기타 개량・확장・증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

법인세법 기본통칙 23-31…1【고정자산에 대한 자본적지출의 범위】

 영 제31조제2항제5호에 규정하는 자본적지출에는 다음 각 호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다.(2001.11.1. 개정)

 12.부동산매매업자(주택신축판매업자를 포함한다)가 토지개발 또는 주택신축 등 당해 사업의 수행과 관련하여 그 토지의 일부를 도로용 등으로 국가 등에 무상으로 기증한 경우 그 토지 가액은 잔존토지에 대한 자본적지출로 한다.

법인세법 기본통칙 40-69…1【아파트 등을 분양하는 경우의 손익귀속시기】

 ①주택・상가 또는 아파트 등의 예약매출로 인한 익금 또는 손금의 귀속사업연도는 영 제69조의 규정에 의한다.(2001.11.1. 개정)

 ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 영 제69조 규정의 ⁠“인도일”이라 함은 그 대금을 청산한 날 또는 소유권이전등기를 한 날 중 빠른 날로 한다. 다만, 대금청산일 또는 소유권이전등기일 전에 입주 또는 사용하는 경우에는 입주한 날 또는 사용한 날로 한다.(2011.11.1. 개정)

법인세법 기본통칙 40-69…7【아파트 등을 분양하는 경우의 작업진행률 계산】

 ①주택・상가 또는 아파트 등의 예약매출로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도를 영 제69조제2항의 규정에 의하는 경우에 당해 아파트 등의 부지로 사용될 토지의 취득원가는 규칙 제34조의 규정에 의한 작업진행률 계산 시 산입하지 아니한다.(2001.11.1. 신설)

 ②제1항의 토지 취득원가는 동항의 규정에 의하여 계산된 작업진행률에 의하여 안분하여 손금에 산입한다.(2001.11.1. 신설)

법인세법 제116조【지출증명서류의 수취 및 보관】

 ①법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다.

 ②제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

법인세법 시행령 제158조【지출증빙서류의 수취 및 보관】

 ①법 제116조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다.

  1.법인. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 제외한다.

   가.비영리법인(제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외)

   나.국가 및 지방자치단체

출처 : 국세청 2018. 12. 12. 서면-2016-법령해석법인-5834[법령해석과-3232] | 국세법령정보시스템