요지

적격물적분할의 경우 분할신설법인은 분할법인으로부터 분할 당시의 잔존감면기간 동안 그 감면을 승계받을 수 없음

회신

「조세특례제한법」제63조의2에 따른  ⁠‘법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 감면’을 적용받던 법인이 수도권 밖으로 이전한 공장을 적격물적분할하는 경우, 분할신설법인은 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 ⁠「법인세법」제47조(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)에 따라 분할 당시의 잔존감면기간 동안 그 감면을 적용 받을 수 없는 것임

1. 질의내용

○ ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따른 지방이전법인에 대한 법인세 감면을 적용받던 법인이 지방으로 이전한 공장을 적격물적분할하는 경우

  - 해당 분할신설법인이 잔존 감면기간 동안 법인세 감면을 계속 적용받을 수 있는지 여부

2. 사실관계

○질의법인은 수도권과밀억제권역에 공장을 두고 3년 이상 제조업을 영위하던 중 2013년에 수도권 외 지역으로 공장을 전부 이전하여

  - ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따른 법인세 감면의 적용대상이 됨에 따라 2013∼2015사업연도까지 3년간 감면대상소득의 100%의 법인세 감면을 받아왔으며, 7년의 감면기간이 남아있음

    * 7년간 법인세의 100%, 이후 3년간 50% 감면

○질의법인은 경영효율화를 위하여 수도권 외 지역으로 이전한 공장에서 영위하는 제조사업부를 2017년 중 물적분할하여 별도 법인으로 운영하는 것을 검토 중에 있음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

  2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

 ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

  2.〜3. ⁠(생략)

 ⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2.〜6. ⁠(생략)

○ 법인세법 제46조【분할 시 분할법인 등에 대한 과세】

    (2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)

 ① 내국법인이 분할 또는 분할합병으로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

  1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

  2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

○ 법인세법 제46조의3【적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세특례】(물적분할을 제외한 분할, §46①)
(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)

 ② 분할신설법인등은 제1항에 따라 분할법인등의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 분할법인등의 분할등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 분할법인등이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산・부채 및 제59조에 따른 감면・세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○ 법인세법 제46조의4【분할 시 이월결손금 등 공제 제한】
(물적분할을 제외한 분할, §46①)
(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)

 ④ 제46조의3제2항에 따라 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 감면 또는 세액공제는 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법 제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】
(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 것)

 ① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

 ② 분할법인이 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할신설법인은 분할법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

 ③ 분할법인이 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생할 경우 분할신설법인은 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 분할등기일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

  2. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우

 ④ 제1항을 적용받으려는 분할법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도차익의 계산, 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제47조【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】
(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정된 것)

 ① 분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

 ② 분할법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다.

  1. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

  2. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 분할신설법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알려야 한다.

 ③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 분할법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 분할등기일부터 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 폐지하는 경우

  2. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

 ④ 분할법인은 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산・부채 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할신설법인에 승계한다.

 ⑤ 제1항을 적용받으려는 분할법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 양도차익의 계산, 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】

 ③ 합병법인은 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다.

  1. 법 제59조제1항제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용

○ 법인세법 시행령 제83조 【분할에 따른 이월결손금 등의 승계】

 ④ 분할신설법인등이 법 제46조의3제2항에 따라 분할법인등으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 경우에는 제81조제3항을 준용한다.

○ 법인세법 시행령 제85조 【합병 및 분할 시의 자산․부채의 승계】

 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다. 정 2010.12.30, 2012.2.2, 2014.2.21>

 1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

 2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항ㆍ제4항 및 제34조제6항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계

○ 법인세법시행령 제96조【감면 및 세액공제액의 계산】
(2010.12.30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제59조제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금・비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 "공제액등"이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

  1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액

  2. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

 ② 법 제59조제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다.

  1. 법 제59조제1항제1호의 규정에 의한 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)의 경우에는 합병법인등이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 또는 분할당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용

  2. ⁠(생략)

 ③ 제2항 각 호는 법 제44조제2항・제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖추거나 법 제44조제3항에 해당하는 경우에만 적용하며, 법 제44조의3제3항・제46조의3제3항 또는 제47조제2항에 해당하는 경우에는 피합병법인등으로부터 승계하여 공제한 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다

출처 : 국세청 2017. 07. 13. 서면-2016-법령해석법인-5366[법령해석과-2019] | 국세법령정보시스템