요지

조합원입주권을 비과세 양도 후 남은 최종주택을 양도하는 경우 비과세 요건인 보유기간 기산일은 당해 주택의 취득일부터 기산하는 것임

답변내용

종전주택(A)이 ⁠「소득세법」제88조제9호의 조합원입주권으로 전환된 후, 신규주택(B) 취득일로부터 3년 이내 그 조합원입주권을 양도하여 ⁠「소득세법」제89조제1항4호에 따라 비과세를 적용받은 경우로서, 남은 ⁠“최종 1주택”을 양도하는 경우 ｢소득세법 시행령｣(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제154조제1항에 따른 보유기간은 양도하는 당해 주택의 취득일부터 기산하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ’08.08.08. A주택 취득

 ○ ’18.04.30. B아파트 취득

 ○ ’19.12.02. A주택 관리처분인가

 ○ ’21.03.08. A입주권 양도(비과세)

 ○ ’21.03.31. B아파트 양도

2. 질의내용

 ○ 종전주택(A)과 신규주택(B)을 보유한 1세대에서 종전주택(A)이 소득법§88(9)의 조합원입주권으로 전환된 후 그 조합원 입주권을 신규주택 취득일로부터 3년 이내 양도하여 소득법§89①(4)에 따라 비과세를 적용받은 후,

  - 남은 B주택을 양도시 비과세 요건인 보유기간의 기산일

3. 관련법령 및 관련 사례

□ 소득세법 제88조【정의】

  7. 주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

  9. 조합원입주권"이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

□ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

　가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것

　나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

 ② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다

□ 소득세법 제95조【양도소득금액】

 ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략)

□ 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

□ 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대1주택의 범위】

 ⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

□ 기획재정부 재산세제과-194, 2020.02.18.

【회신】

  귀 질의 중 쟁점1․3․4․6의 경우 각각 제1안이 타당하고, 쟁점2․5․7의 경우 각각 제2안이 타당합니다.

【질의】「소득세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되어 2021.1.1. 시행되는 것) 제154조제5항을 적용할 때 아래의 각 쟁점별로 양도주택의 1세대1주택 비과세 판정 시 보유기간 기산일

  (쟁점7)

□ 서면-2021-법규재산-2140, 2022.03.29.

  귀 서면질의의 경우, 1세대가 신규주택(C주택)을 보유한 상태에서 종전주택(A주택)이 ｢소득세법｣ 제88조제9호에 따른 조합원입주권으로 전환된 이후 해당 조합원입주권을 양도하는 경우로서, 같은 법 제89조제1항제4호나목의 요건을 충족하여 신규주택(C주택)을 취득한 날부터 3년 이내에(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 같은 법 시행령 제155조제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유에 해당하는 경우를 포함) 해당 조합원입주권을 양도하는 경우, 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득에 대해 같은 법 제89조제1항제4호에 따른 비과세 특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

출처 : 국세청 2022. 05. 20. 사전-2021-법규재산-0571[법규과-1568] | 국세법령정보시스템