민간투자 고속도로 차액보전금의 공급가액 포함 여부

요지

민간투자사업 시행자가 국토부와 변경실시협약을 체결하여 사업시행자의 통행료 차액보전금을 한국도로공사로부터 지급받는 경우 용역의 공급과 관련없이 받는 공공보조금으로서 공급가액에 포함하지 않는 것임

답변내용

｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 고속도로 민간투자사업의 시행자(이하 ⁠“사업시행자”)가 고속도로를 준공하여 국가에 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받아 운영함에 있어 국토교통부와 변경실시협약을 체결하여 사업시행자의 실제 통행료수입이 협약상 보장기준 통행료수입에 미달하는 경우 부족분 보장을 위한 보전금과 국가정책상 통행료를 할인함에 따라 발생한 손실을 보상하기 위한 보전금(이하 ⁠“차액보전금”)을 국토교통부가 지정한 한국도로공사로부터 지급받는 경우 해당 차액보전금은 ｢부가가치세법｣ 제29조제5항제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것이며, 같은 법 시행령 제81조제1항의 면세공급가액에 해당하지 아니하는 것임

 ○ AA고속도로㈜(이하 ⁠“사업시행자”)는 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣에 따른 AA고속도로 민간투자사업(이하 ⁠“본건사업”)의 시행자로

  - AA고속도로(이하 ⁠“본건 고속도로”)를 건설하여 국가에 기부채납하고 그 대가로 운영개시일인 2002.00.00.부터 30년간 관리사용권을 부여받아 고속도로를 운영하고 있음

 ○ 국토교통부(이하 ⁠“국토부”)와 사업시행자가 2019.00.00. 체결한 변경실시협약에는 국가정책에 따라 본건 고속도로 이용자들이 지급하는 통행료를 인하하되

  - 이로 인하여 발생하는 사업시행자의 손실을 보전하기 위하여 국토부가 한국도로공사(이하 ⁠“도로공사”)를 통해 통행료수입 차액을 사업시행자에게 분기별로 지급하고 도로공사가 이를 적기에 미지급하는 경우 국토부가 해당 금액을 직접 지급하기로 하는 합의가 새롭게 포함되었음

 ○ 한편 기존 협약에 따르면 사업시행자의 실제 통행료수입이 보장기준 통행료수입에 미달하는 경우 부족분 보장을 위해 국토부가 사업시행자에게 보전금을 지급하고 실제 통행료수입이 환수기준통행료수입을 초과하는 경우에는 초과분을 환수하였으나(Minimum Revenue Guarantee, 이하 "MRG")

  - 본건 변경협약에 따르면 해당 MRG를 도로공사가 사업시행자에게 분기별로 지급하는 통행료수입차액에 가감하도록 정함에 따라 통행료수입차액과 MRG(이하 통칭하여 ⁠“차액보전금”)의 지급주체가 도로공사가 됨

 ○ 이는 2019.11.26. 개정된 ｢유료도로법｣에 따른 것으로 도로공사가 통행료 인하 등 공익적 목적을 위해 선투자(차액보전금 지급)하고 해당 투자비의 회수를 위해 민자실시협약 종료일에 국토부가 본건 고속도로에 대한 유료도로관리권을 도로공사에 설정하여 도로공사가 통행료를 징수할 수 있게 됨

 ○ 이에 따라 2019.12.19. 국토부와 도로공사는 ⁠‘통행료인하 차액보전 협약’을 별도로 체결하고 같은 날 사업시행자와 도로공사는 ⁠‘차액보전금 지급 관련 협약’을 체결하였음

1) 국토부와 도로공사간 협약 주요내용

  2) 사업시행자와 도로공사간 협약 주요내용

2. 질의내용

 1. 고속도로 민간투자사업의 시행자가 국토부와 체결한 실시협약에 따라 통행료 차액보전금을 한국도로공사로부터 지급받는 경우 해당 보전금이 공급가액에 포함되는지 여부

 2. ⁠(질의1에서 공급가액에 포함되지 않는 경우) 차액보전금을 면세 공급가액에 포함하여 공통매입세액 안분계산하여야 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우:그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

  ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

   4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

  ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 것)

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것)

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제26조【사회기반시설의 관리운영권】

  ① 주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항에 따라 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 "관리운영권"이라 한다)을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제53조【재정지원】

  국가 또는 지방자치단체는 귀속시설사업을 원활하게 시행하기 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 경우에 한정하여 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제37조【재정지원】

  ① 국가나 지방자치단체는 법 제53조에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 심의위원회의 심의를 거쳐 시설의 건설 또는 운영기간 중 예산의 범위에서 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다. 다만, 지방자치단체의 예산으로 보조금을 지급하거나 장기대부를 하는 경우 또는 국가의 보조금이 300억원 미만인 지방자치단체의 사업인 경우에는 심의위원회의 심의를 거치지 아니한다.

   2. 사용료를 적정 수준으로 유지하기 위하여 불가피한 경우

   4. 실제 운영수입(해당 시설의 수요량에 사용료를 곱한 금액을 말한다)이 실시협약에서 정한 추정 운영수입에 훨씬 못 미쳐 해당 시설의 운영이 어려운 경우

○ 유료도로법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   2. "유료도로"란 다음 각 목의 도로를 말한다.

    나. ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제26조에 따라 통행료 또는 사용료를 받는 도로(이하 "민자도로"라 한다)

   3. "도로관리청"이란 ｢도로법｣ 제23조 및 제24조에 따른 도로의 관리청을 말한다.

   5. "유료도로관리청"이란 제4조에 따라 도로관리청이 유료도로를 신설 또는 개축하는 경우에는 해당 도로관리청을 말하고, 제5조에 따라 국토교통부장관이 유료도로를 신설 또는 개축하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 제6조에 따라 도로관리청이 아닌 자가 유료도로를 신설 또는 개축하는 경우에는 허가권자인 도로관리청을 말한다.

○ 유료도로법 제4조【도로관리청의 유료도로 신설 또는 개축 등】

  ① 도로관리청은 다음 각 호의 사항 모두에 해당하는 도로를 신설 또는 개축하여 그 도로를 통행하는 자로부터 통행료를 받을 수 있다.

   1. 해당 도로를 통행하는 자가 그 도로의 통행으로 인하여 현저히 이익을 얻는 도로

   2. 그 부근에 통행할 다른 도로(유료도로는 제외한다)가 있어 신설 또는 개축할 그 도로로 통행하지 아니하여도 되는 도로

  ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 제16조제5항에 따라 산정한 통행료의 수납기간에 납부될 것으로 예상되는 통행료 총액이 해당 유료도로의 신설‧개축‧유지‧수선 또는 그 밖의 관리에 필요한 비용의 원리금 총액(이하 "건설유지비 총액"이라 한다)에 미치지 못하는 경우에는 그 도로를 유료도로로 신설 또는 개축할 수 없다. 다만, 국가나 지방자치단체가 그 도로를 신설 또는 개축하는 것이 사회적‧경제적 타당성이 있고 그로 인하여 공공교통의 편익이 현저하게 증가한다고 인정하여 그 도로의 건설에 대통령령으로 정하는 비율 이상의 재정지원(출자‧출연 및 보조 등을 말한다. 이하 같다)을 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

  ④ 도로관리청은 민자도로의 관리운영권이 소멸되는 경우에도 해당 도로의 통행료 인하 등 공익적 목적으로 투입된 비용을 회수하기 위하여 제10조제1항에 따른 유료도로관리권을 설정하고 해당 도로의 이용자로부터 통행료를 징수하게 할 수 있다.

○ 유료도로법 제10조【유료도로관리권의 설정 등】

  ① 유료도로관리청은 유료도로를 유지‧관리하고 그 유료도로를 통행하거나 이용하는 자로부터 통행료‧점용료 등을 받을 수 있는 권리(이하 "유료도로관리권"이라 한다)를 설정할 수 있다.

○ 유료도로법 제15조【통행료 납부의 대상 등】

  ① 유료도로관리청 또는 유료도로관리권자는 해당 유료도로를 통행하는 차량에 대하여 그 구조‧중량 등을 고려하여 국토교통부령으로 정하는 차량의 종류별로 통행료를 받는다.

○ 유료도로법 제16조【유료도로관리청에 의한 통행료의 결정 및 기준】

  ② 국토교통부장관은 물가 수준, 다른 교통수단의 운임, 그 밖의 공공요금 등과 비교하여 공정하고 상당하다고 인정하는 범위에서 유료도로인 고속국도의 통행료를 정하여야 한다.

  ③ 유료도로관리청은 해당 도로의 통행료 인하 등 공익적 목적으로 투입된 비용을 회수하기 위하여 통행료 수납기간을 연장할 수 있다.

  ④ 통행료의 총액은 해당 유료도로의 건설유지비 총액[유료도로관리청이 손실을 보전(補塡)하기 위하여 대통령령으로 정하는 국가예산 또는 제24조제1항에 따라 지방자치단체의 특별회계에 계상(計上)된 손실보전준비금을 포함한다]을 초과할 수 없다. 다만, 제4조제4항에 따라 유료도로관리권을 설정하여 통행료를 징수하는 경우에는 통행료의 총액이 건설유지비 총액(유료도로관리권 설정 이후 발생한 비용에 한정한다)과 해당 유료도로의 통행료 인하 등 공익적 목적으로 투입된 비용을 합산한 금액을 초과할 수 없다.

○ 유료도로법 제23조의6【민자도로사업자에 대한 지원】

  유료도로관리청은 정책의 변경 또는 법령의 개정 등으로 인하여 민자도로사업자가 부담하여야 하는 비용이 추가로 발생하는 경우 그 비용의 전부 또는 일부를 지원할 수 있다.

○ 유료도로법 제23조의8【민간 사용기간이 종료된 민자도로의 관리방법 등】

  ① ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제25조제1항에 따라 사업시행자가 무상으로 사용‧수익할 수 있는 기간이 종료된 민자도로는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 관리한다.

   2. ｢한국도로공사법｣에 따른 한국도로공사 또는 ｢지방공기업법｣에 따라 설립된 법인에 위탁하여 관리

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. ⁠“보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(｢국가재정법｣ 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리‧운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인‧단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다). 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

출처 : 국세청 2020. 02. 14. 사전-2020-법령해석부가-0036[법령해석과-455] | 국세법령정보시스템