요지

종전주택을 소유한 1세대가 순차로 ⁠「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택과 신규주책을 취득한 후 ⁠「소득세법 시행령」제155조제1항의 요건을 구비하여 양도하는 경우 같은 영 제154조제1항이 적용될 수 있음

답변내용

1. 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이,1세대가 A주택(종전주택), B주택(「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택), C주택(신규주택)을 순차적으로 취득하여 3주택이 된 상태에서 A주택을 양도하는 경우 해당 1세대가 3년 이상 보유한 B주택은 ⁠「조세특례제한법」제99조의4제1항에 따라 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며
2. 아울러 A주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 2019.12.16.이전에 조정대상지역에 있는 C주택을 취득한 경우로서, A주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 C주택을 취득하고 C주택을 취득한 날부터 2년 이내에 A주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

○ ⁠‘05.9.28. 부산 동래구 소재 A주택 취득

○ ⁠‘08.4.24. 경남 함양군 병곡면 옥계리 소재 B주택 ⁠(대지211㎡, 주택 45.44㎡) 취득

 - 현재까지 보유 중 ⁠(신청일 현재 기준시가 10백만원)

 - ⁠「조세특례제한법」§99의4①의 농어촌주택 특례조건을 충족함을 전제함

○ ⁠‘19.6.20. 부산 동래구 소재 C주택 취득

 - 현재까지 보유 중(신청일 현재 기준시가 310백만원)

○ ⁠‘20.12.15. A주택 420백만원 매도함(잔금지급받음)

2. 질의내용

○ ⁠「조세특례제한법」제99조의4의 농어촌주택과 농어촌주택을 취득하기 전에 종전의 일반주택 각각 1채씩 보유한 상태에서 다른주택 1채를 취득한 후 종전의 일반주택을 양도하는 경우, 소득령§155①의 일시적 2주택 특례 적용여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

□ 소득세법 시행령 (2020.02.11.,대통령령 제30395호로 개정된 것) 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

 1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

 2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

  가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

  나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

□ 소득세법 시행령 제155조  ⁠(2020.02.11.,대통령령 제30395호로 개정되기 이전의 것) 【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

□ 조세특례제한법 (2020.12.29., 법 제17759호로 개정되기 전의 것 )제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2020년 12월 31일까지의 기간(이하 "농어촌주택등취득기간") 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 "농어촌주택등")을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 "일반주택")을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조제1항제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택")

  가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

   1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

   2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역

   3) 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역

   4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

   5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  나. 대지면적이 660제곱미터 이내일 것

  다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

 2. ⁠(생략)

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다.

⑤ 1세대가 수도권 내 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역에 소재하는 2주택(양도하는 시점의 ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격을 합산한 금액이 6억원 이하인 경우에 한정한다)만을 소유하는 경우로서 2020년 12월 31일까지 그 중 1주택을 양도하고 「소득세법」 제105조제1항제1호 본문에 따른 기간 내에 농어촌주택등을 취득하는 경우에는 같은 법 제104조제7항을 적용하지 아니하고, 「소득세법」 제95조제2항에 따른 장기보유 특별공제액을 공제받을 수 있다.

⑥ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우 또는 제5항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하거나 최초 보유한 기간 3년 중 농어촌주택등에 2년 이상 거주하지 아니한 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유 또는 거주하지 아니하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

□ 조세특례제한법 (2020.12.29., 법 제17759호로 개정되기 전의 것 )제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

□ 주택법 제63조의2 【조정대상지역의 지정 및 해제】

① 국토교통부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로서 국토교통부령으로 정하는 기준을 충족하는 지역을 주거정책심의위원회의 심의를 거쳐 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)으로 지정할 수 있다. 이 경우 제1호에 해당하는 조정대상지역은 그 지정 목적을 달성할 수 있는 최소한의 범위에서 시ㆍ군ㆍ구 또는 읍ㆍ면ㆍ동의 지역 단위로 지정하되, 택지개발지구(「택지개발촉진법」 제2조제3호에 따른 택지개발지구를 말한다) 등 해당 지역 여건을 고려하여 지정 단위를 조정할 수 있다.

 1. 주택가격, 청약경쟁률, 분양권 전매량 및 주택보급률 등을 고려하였을 때 주택 분양 등이 과열되어 있거나 과열될 우려가 있는 지역

 2. 주택가격, 주택거래량, 미분양주택의 수 및 주택보급률 등을 고려하여 주택의 분양ㆍ매매 등 거래가 위축되어 있거나 위축될 우려가 있는 지역

출처 : 국세청 2021. 02. 23. 사전-2021-법령해석재산-0072[법령해석과-608] | 국세법령정보시스템