요지

토지형질변경을 위한 토목공사에 착수한 경우에는 ⁠「법인세법 시행규칙」제46조의 2 제1항 제5호 의 규정이 적용되지 아니하는 것입니다.

회신

아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다

○ 서면인터넷방문상담2팀-939, 2007.5.15.
법인이「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 지구단위계획구역 내의 전·답, 임야를 취득하여, 업무용지로 개발 후 필지 분할하여 타인에게 분양할 목적으로, 동 법률에 의한 개발행위허가를 얻어 형질변경을 위한 토목공사에 착수한 경우에는 ⁠「법인세법 시행규칙」제46조의 2 제1항 제5호 의 규정이 적용되지 아니하는 것입니다.

1. 질의내용

 ○ 나대지 등을 매입하여 용도변경 인허가후 토목공사 등을 실시하여 토지를 조성하되 건축물은 건설하지 않고 토지만 매각시 비사업용 토지 해당 여부

2. 사실관계

 ○ 질의법인은 건축공사업과 부동산개발업을 영위하는 법인으로

  - 나대지를 매입하여 물류센터 등을 건설할 수 있는 용도로 인허가를 득한 후 토목공사 등을 실시하여 토지를 조성하되 건축물은 건설하지 않고 토지만 매각하거나

  - 타인으로부터 당초 주거용 토지를 매입후 근린생활시설 용도로 변경 인허가를 득한 후 토목공사 등을 실시하여 토지를 조성하되 건축물은 건설하지 않고 토지만 매각함

3. 관련법령

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

가. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

나. 「소득세법」 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, ⁠「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」 제3조제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. ⁠「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 ⁠「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

가. 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다)

나. 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. ⁠「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 「지방세법」 제106조제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

 2. 토지를 취득한 후 ⁠「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

 3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(이하생략)

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 ⁠「건축법」제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

 2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

 3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 ⁠「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

 4. ⁠「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

 5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

(이하생략)

4. 관련사례

○ 서면인터넷방문상담2팀-939, 2007.5.15.

 법인이「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 지구단위계획구역 내의 전·답, 임야를 취득하여, 업무용지로 개발 후 필지 분할하여 타인에게 분양할 목적으로, 동 법률에 의한 개발행위허가를 얻어 형질변경을 위한 토목공사에 착수한 경우에는 「법인세법 시행규칙」제46조의 2 제1항 제5호 의 규정이 적용되지 아니하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담2팀-1632, 2007.09.06.

 귀 질의의 경우 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공한 것이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변,민원의 발생 그밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)동안은 법인세법 제55조의2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정하는 것이며,

 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에 해당하는지 여부는 거래정황 및 계약내용 등을 감안하여 사실 판단하시기 바랍니다.

○ 법인세과-416, 2009.04.08.

｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의2 제1항제5호의 규정에 의한 건설에 착공한 시점을 판단함에 있어 토지를 보유하고 있는 법인이 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사(형질변경)를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있는 것이나, 실제 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였는지 여부는 당해 토지의 취득・착공・사용현황 등에 따라 사실판단 할 사항임

○ 법인-3748, 2008.12.2.

 법인세법 제55조의 2「토지 등의 양도소득에 대한 과세특례」등 관련조항은 과세대상 부동산을 양도하는 법인에 대하여 양도시점의 과세요건을 규정한 것이며, 같은 법 시행규칙 제46조의 2 규정은 토지를 양도하는 법인의 비사업용 토지 해당여부를 판정하는 경우에 적용하는 것임. 따라서 질의한 내용과 같이 토지를 나대지 상태에서 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 대한 법인세가 과세되는 것임

○ 서면5팀-180, 2008.1.25.

 토지형질변경허가를 득하고 나무이전, 토지다지기, 일부 터파기 공사를 진행한 다음, 행정관청에 건설허가 및 이에 따른 착공신고를 하지 아니하고 토지를 양도한 경우 당해 토지는 「소득세법 시행규칙」제83조의 5 제1항 제5호 규정의 ⁠“건설에 착공한 토지”에 해당하지 아니하는 것임

○ 재산세제과-541, 2009.3.20.

 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하고 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 착공주체에 관계없이 ｢소득세법 시행규칙｣ 제83조의5제1항제5호가 적용되는 것임

○ 법인세과-407, 2009.04.08.

지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 ｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의2 제1항제5호의 규정에 따라 비사업용토지에서 제외되는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지는 당해 토지의 취득ㆍ착공ㆍ사용현황・건설의 중단 등에 따라 판단할 사항임

○ 국심1998중 1281, 1998.10.9.

법인세법시행규칙 제18조 제6항에 의하면, 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때를 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 규정되어 있는 바, 토지를 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우가 어떠한 경우를 의미하는지에 대하여 명문규정을 두고 있지는 아니하나, 토지의 궁극적인 업무사용과 관련없이 단순히 부지정지만을 위하여 토목공사를 개시한 경우는 건설에 착공한 경우로 보기 어렵고, 건물신축을 위한 선행공사로서 실질적인 토목공사(형질변경)가 개시되었다면 업무에 사용한 날은 건물착공일이 아니라 토목공사(형질변경)를 시작한 날이라고 보는 것이 타당하다 할 것인 바(같은뜻 : 국심 96서 1192, 1996. 9. 5),

○ 서면인터넷방문상담2팀-1942, 2006.09.28.

법인이 보유하는 비사업용 토지가 지방세법 제182조 제1항 제1호에서 규정하는 종합합산과세대상인 경우에는 법인세법 제55조의 2 제2항 제4호 나목의 규정에 의하여 ⁠‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’의 적용을 제외하지 않는 것임

출처 : 국세청 2017. 06. 22. 서면-2017-법인-0671[법인세과-1622] | 국세법령정보시스템