요지

수도권 밖의 모법인으로부터 도매사업 및 주요 거래처를 인수하면서 그 영업사원을 승계한 후 3년 내에 본사를 수도권 밖으로 이전 시 해당 도매사업에서 발생한 소득은 감면대상소득의 과세표준에 불포함되며, 해당 영업사원도 이전본사근무인원에서 제외됨

회신

귀 서면질의의 사실관계와 같이, 수도권과밀억제권역에 본사를 두고 3년 이상 의료기기 도소매업을 영위하던 내국법인이 수도권 밖에서 동일업종을 영위하고 있는 모법인으로부터 도매사업과 관련 자산 및 주요 거래처 등을 인수하면서 해당 사업의 영업사원을 승계하는 등 사실상 사업을 양수한 후 해당 사업 양수일부터 3년 내에 본사를수도권 밖으로 이전하는 경우 모법인으로부터 양수한 사업에서 발생하는 소득은 ｢조세특례제한법｣(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】의 적용대상에 해당하지 않으므로 해당 소득은 같은 조 제2항제2호가목에 따른 ⁠‘해당 과세연도의 과세표준’에 포함되지 않으며, 해당 영업사원은 같은 호 나목 및 다목의 이전본사근무인원 및 법인전체근무인원에서 제외되는 것입니다.

1. 사실관계

○A법인은 ’06.5월 서울시 강남구에 설립되어 의료기기 도매업을 영위하던 비상장법인으로 甲법인의 완전 자회사에 해당하고

  -甲법인은 ’99.2월 서울시 강남구에서 충남 천안으로 이전하여 의료기기 등을 도소매하고 있는 상장법인임

○A법인은 ’15.2월 甲법인으로부터 의료기기 ◎◎모델 도소매업과 관련 자산 및 주요 거래처, 임대차 계약을 인수하였고, 甲법인으로부터 천안에서 근무하는 ◎◎모델 영업사원의 고용을 승계하였음

○이후, A법인은 본사를 ’16.4월 甲법인이 소재하는 충남 천안으로 이전한 후 ’17.8월 甲법인에 흡수합병되었고

  -甲법인은 합병한 후에도 A법인 사업부문에서 발생하는 소득과 甲법인 사업부문의 소득을 각각 구분경리하고 있음

2. 질의내용

 ○내국법인이 본사를 수도권 밖으로 이전하기 전에 모법인으로부터 도매사업과 관련 자산 등 사업을 양수하면서 모법인으로부터 해당 사업의 영업사원을 승계한 후 3년 내에 수도권 밖으로 이전한 경우

  -｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 따른 감면대상소득 산정 시 과세표준 및 이전본사근무인원의 산정방법

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

    (2017.12.19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것)

 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

  1.수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

  2.공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

 ②지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

  1.공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

  2.본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

   가.해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

   나.해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

  다.해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

  라.해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

  3.공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

 ③제2항제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

 ④~ ⑥(생략)

 ⑦제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

  1.공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2.대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

  3.수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

  4.삭제

  5.본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

  6.본사를 이전한 경우로서 제4항제2호에 해당하는 경우

 ⑧~ ⑨(생략)

 ⑩제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.

 ⑪제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제60조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

   (2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것)

 ①(생략)

 ②법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

  1.공장을 이전하는 경우에는 ⁠(생략)

  2.본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

 ③~④(생략)

 ⑤법 제63조의2제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 제60조제2항에 따른 지역을 말한다.

 ⑥(이하생략)

○조세특례제한법 제143조【구분경리】

 ①내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.(이하생략)

○조세특례제한법 시행령 제136조【구분경리】

 ①법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 ｢법인세법｣ 제113조의 규정을 준용한다.(이하생략)

출처 : 국세청 2021. 03. 11. 서면-2020-법령해석법인-3826[법령해석과-852] | 국세법령정보시스템