요지

합병포합주식에 대하여 지분비율에 따라 합병교부주식을 교부한 것으로 보아 ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항의 요건을 판단함

회신

｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항을 적용함에 있어“피합병법인의 주주등이 지급받은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 합병교부주식등의 가액의 총합계액”은 합병포합주식에 대하여 합병교부주식을 교부하지 않더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식을 교부한 것으로 보아 계산하고,“각 해당 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율”은 같은 법 시행령 제80조의2 제5항에 따른 지배주주등에게 적용되는 것으로, 합병 전 피합병법인의 포괄적 주식교환에 반대하는 주주가 ｢상법｣ 제360조의5에 따른 주식매수청구권을 행사하여 법원에 주식매수가액 결정을 청구하는 소송이 합병등기일 현재 진행 중인 상황에서 합병법인이 주식매수청구권을 행사하고 있는 지배주주에 해당하지 않는 주주의 주식(약 3%)과 지배주주에 해당하는 합병법인의 합병포합주식(약 97%)에 대하여 합병대가를 모두 지급하지 않는 경우에는 합병포합주식에 대한 합병교부주식이 지배주주에게 전부 교부된 것으로 보게 되므로, ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항에 따른 지분의 연속성 요건을 충족하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○㈜◇◇(이하‘질의법인’)는 약 88%의 지분을 소유하고 있는 자회사 ○○㈜(이하 ⁠‘○○’)를 완전자회사로 두기 위해 포괄적 주식교환계약을 체결하고, ’21.8.17. ○○와 주식을 교환함

  - 포괄적 주식교환은 ｢상법｣ 제360조의3 제3항 제4호의 규정에 따라 질의법인을 제외한 ○○의 주주는 소유주식을 질의법인에 이전하고, 질의법인은 그 대가로 주당 8,000원의 교부금을 지급함

 ○○○의 일부 주주는 주식교환에 반대의사를 통지하고 ｢상법｣ 제360조의5 규정에 따라 소유주식을 ○○가 매수해 줄 것을 청구함

  -○○와 주식교환에 반대하는 주주 간 주식매수가액 협의가 이루어지지 않아 매수가액의 결정을 구하는 소송^*이 진행되고 있음

    *’22.12.30. 질의법인이 ○○를 흡수합병에 따라 소송은 질의법인과 주식교환 반대주주 간에 진행하고 있으며, 현재 ●●고등법원에 사건 계류 中

                                                                               (주, %)

    1)합병등기일 전 2년 내에 취득한 주식 수 1,870,522주(8.53%) 포함

    2)주식교환 반대주주가 보유하는 주식 수

 ○질의법인은 ’22.12.30. 약 97%의 지분을 소유한 상태에서 ○○를 흡수합병하였고, 질의법인의 합병포합주식과 주식교환에 반대한 주주의 주식에 대하여 모두 합병대가를 지급하지 않음

  -소송 결과에 따라 매수가액이 확정되는 경우 피합병법인의 지위를 승계한 질의법인이 주식교환에 반대한 주주로부터 ○○의 주권을 제출받고 현금을 지급한 후 제출받은 ○○의 주권은 폐기할 예정임

2. 질의내용

 ○흡수합병 시 주식매수청구권을 행사한 주주가 소유하는 주식(지분율 약 3%)과 지배주주에 해당하는 합병법인이 소유한 합병포합주식(지분율 약 97%)에 대하여 모두 합병대가를 지급하지 않은 경우 ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항의 적격합병 요건(주식배정 요건)을 충족하는지 여부

3. 관련법령

 ○법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】

  ②제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호･제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

   2.피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

 ○법인세법 제16조【배당금 또는 분배금의 의제】

  ② 제1항 제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1.합병대가: 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

 ○법인세법 시행령 제80조【합병에 따른 양도손익의 계산】

  ①법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

   2.제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

    가.합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 "합병교부주식등"이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다.

 ○법인세법 시행령 제80조의2【적격합병의 요건 등】

  ①법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1.법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

    가.제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다.

  ④법 제44조 제2항 제2호에 따라 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식등을 배정할 때에는 해당 주주등에 다음 계산식에 따른 가액 이상의 주식등을 각각 배정하여야 한다.

  ⑤법 제44조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 피합병법인의 제43조 제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다.

  1. 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌인 혈족

   2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

   3. 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자

   4. 피합병법인인 기업인수목적회사의 지배주주등인 자

 ○법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

  ③법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

  ⑦제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

 ○상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

  ①회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

  ②주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

 ○상법 제360조의3【주식교환계약서의 작성과 주주총회의 승인 및 주식교환대가가 모회사 주식인 경우의 특칙】

  ①주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

  ③주식교환계약서에는 다음 각 호의 사항을 적어야 한다.

  2.완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수ㆍ종류, 종류별 주식의 수 및 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항

   4.완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제2호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항

 ○상법 제360조의5【반대주주의 주식매수청구권】

  ①제360조의3 제1항의 규정에 의한 승인사항에 관하여 이사회의 결의가 있는 때에 그 결의에 반대하는 주주(의결권이 없거나 제한되는 주주를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)는 주주총회 전에 회사에 대하여 서면으로 그 결의에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 그 총회의 결의일부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

  ③제1항 및 제2항의 매수청구에 관하여는 제374조의2 제2항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

 ○상법 제374조의2【반대주주의 주식매수청구권】

  ②제1항의 청구를 받으면 해당 회사는 같은 항의 매수 청구 기간(이하 이 조에서 "매수청구기간"이라 한다)이 종료하는 날부터 2개월 이내에 그 주식을 매수하여야 한다.

  ④매수청구기간이 종료하는 날부터 30일 이내에 제3항의 규정에 의한 협의가 이루어지지 아니한 경우에는 회사 또는 주식의 매수를 청구한 주주는 법원에 대하여 매수가액의 결정을 청구할 수 있다.

출처 : 국세청 2023. 08. 30. 서면-2022-법인-2977[법인세과-1368] | 국세법령정보시스템