요지

공익법인이 합병으로 인하여 합병존속법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하게 되는 경우 그 5% 초과 보유분에 대하여는 증여세 과세대상이 아님

회신

공익법인이 내국법인의 주식(발행주식총수의 5% 이하)을 출연받아 보유하고 있던 중 주식발행법인이 다른 법인을 흡수합병함에 따라 해당 공익법인이 그 합병존속법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하게 되는 경우, 해당 공익법인의 주식 5% 초과 보유분에 대하여는 ｢상속세 및 증여세법｣ 제48조제2항제2호(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)가 적용되지 않는 것임

1. 질의내용

 ○공익법인이 출연받아 보유하고 있던 주식(지분율 5%)의 발행법인이 다른 법인을 흡수합병함에 따라 해당 주식에 대한 지분율이 5%를 초과하게 되는 경우 5% 초과 보유분에 대한 증여세 과세여부

2. 사실관계

○甲공익법인은 2010.1.1. 비상장법인 A와 B의 주식을 각각 5%씩 출연받아 보유하고 있던 중 2019.7.1. B법인 주식을 보유한 A법인이 B법인을 흡수합병(합병비율 1:1)하면서

○ A법인이 보유중인 B법인 주식(50주)에 대하여는 합병신주를 발행하지 않음에 따라 甲공익법인이 합병후 존속하는 A법인 주식을 5% 초과하여 보유하게 되었는바

 - 합병 전․후 A법인과 B법인의 주주구성은 다음과 같음

3. 관련법령

 ○상속세 및 증여세법 제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)

 ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 ⁠“공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다) 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

  ② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 ⁠“발행주식총수등”이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

   1. 주식등: 다음 각 목의 주식등 ⁠(각 목 생략)

   2. 비율: 100분의 5. 다만, 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 ⁠“성실공익법인등”이라 한다)으로서 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 ⁠“상호출자제한기업집단”이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율 ⁠(각 목 생략)

○ 상속세 및 증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)

 ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ⁠“주식등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 ⁠“발행주식총수등”이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

  1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

  2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

  3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

  2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 ⁠“출연”은 ⁠“취득”으로 본다)와 ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다.

 가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제37조【내국법인 주식등의 초과보유 계산방법등】(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제48조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제2항제2호 본문에 따른 주식등의 초과부분은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 기준으로 하여 계산한다.

  1. 공익법인등이 매매 또는 출연에 의하여 주식등을 취득하는 경우에는 그 취득일

  2. 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는 그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 ⁠「상법」 제354조의 규정에 의한 주주명부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

  3. 공익법인등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 감소시킨 경우에는 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부폐쇄일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제40조【공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산등】(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 개정되기 전의 것)

 ① 법 제48조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 ⁠“대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다.

  2. 법 제48조제2항제2호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액

출처 : 국세청 2021. 12. 21. 기준-2021-법령해석법인-0245[법령해석과-4538] | 국세법령정보시스템