요지

고가 겸용주택의 부수토지는 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 ｢소득세법 시행령｣ 제160조제1항 시행 전에 협의매수되고, 겸용주택은 시행 후에 협의매수되는 경우, 부수토지의 협의매수에는 ｢소득세법 시행령｣(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 것) 부칙 제42조에 따라 종전의 규정을 적용하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 아래 ｢기획재정부 조세정책과-1442, 2023.6.29.｣를 참고하시기 바랍니다. 끝.
○ 기획재정부 조세정책과-1442, 2023.6.29.
【질의】｢소득세법 시행령｣ 제156조에 따른 고가주택에 해당하는 겸용주택 및 그 부수토지가 ｢공공주택 특별법｣에 따라 수용되는 경우로서 겸용주택의 부수토지는 2020.12.31.에 협의매수되고, 주택은 2022.1.1. 이후 협의매수되는 경우, 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 ｢소득세법 시행령｣ 제160조제1항에 따른 ⁠‘고가주택에 대한 양도차익등의 계산’ 개정규정*(이하 ⁠“쟁점규정”) 적용방법
* 2022.1.1. 이후 고가주택 양도분부터 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않음
 ⁠(제1안) 주택에 대해서만 쟁점규정 적용
 ⁠(제2안) 주택 및 부수토지 모두 쟁점규정 적용
【회신】 ｢소득세법 시행령｣ 제156조에 따른 고가주택에 해당하는 겸용주택 및 그 부수토지가 ｢공공주택 특별법｣에 따라 수용되는 경우로서, 부수토지는 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 ｢소득세법 시행령｣ 제160조제1항 시행 전에 협의매수되고, 겸용주택은 시행 후에 협의매수되는 경우, 부수토지의 협의매수에는 ｢소득세법 시행령｣(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 것) 부칙 제42조에 따라 종전의 규정을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○甲은 상가 연면적 97.92㎡, 주택 연면적 109.92㎡인 겸용주택(이하 ⁠“쟁점주택”)과 그 부수토지(330㎡)를 보유^*하고 있음

  * 사업인정고시일로부터 2년 이전부터 계속하여 보유 및 거주

 ○쟁점주택과 그 부수토지가 ◎◎◎◎ 공공주택지구로 편입되어 乙공사가 해당 공공주택지구 사업을 진행 중

  - 토지분에 대한 보상가액만 먼저 통보하고, 건물분(지장물)에 대한 보상가액을 이후 통보할 예정이며,

  - 乙공사는 ’20.12.31. 부수토지를 협의매수^*하고, ’22.1.1. 이후 쟁점주택(지장물) 보상을 진행할 예정임

 * 소득령§154①(2)가목에 따른 협의매수·수용을 전제하며, 토지에 대한 보상가액은 1,273백만원을 수령함

 ○甲은 먼저 협의매수된 부수토지 보상가액에 대해 1세대1주택 비과세 신고․납부함(고가주택 9억원 초과분 제외)

2. 질의내용

 ○｢소득세법 시행령｣ 제156조에 따른 고가주택에 해당하는 겸용주택 및 그 부수토지가 ｢공공주택 특별법｣에 따라 수용되는 경우로서 겸용주택의 부수토지는 ⁠‘20.12.31.에 협의매수되고, 주택은 ’22.1.1. 이후 협의매수되는 경우, 2020.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 ｢소득세법 시행령｣ 제160조제1항에 따른 ⁠‘고가주택에 대한 양도차익등의 계산’ 개정규정^*(이하 ⁠“쟁점규정”) 적용방법

 * 2022.1.1. 이후 고가주택 양도분부터 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않음

    주택에 대해서만 쟁점규정 적용

    주택 및 부수토지 모두 쟁점규정 적용

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조(2021.12.8. 법률 제18578호로 일부 개정된 것)【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○소득세법 제89조(2021.12.8. 법률 제18578호로 일부 개정되기 전의 것【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

  1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

  2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○소득세법 시행령 제156조(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)【고가주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호 각 목 외의 부분에서 ⁠“가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택 면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

○소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 ⁠“조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

  1. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 민간건설임대주택이나 ｢공공주택 특별법｣에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

  2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

  가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 의한 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

  나. ｢해외이주법｣에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

  다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

  3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

  4. 삭제

  5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

 ② ⁠(생략)

 ③ 법 제89조제1항제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

○소득세법 시행령 제160조(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부 개정된 것)【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

  1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

  2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

 ② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다.

○소득세법 시행령 제160조(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정된 것)【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

  1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

  2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

○소득세법 시행령 제160조(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부 개정되기 전의 것)【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】

 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

  1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

  2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

○소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

 ① 법 제98조 전단에서 ⁠“대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  7. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

○국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

 ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

○공공주택 특별법 제27조【토지등의 수용 등】

 ① 공공주택사업자는 주택지구의 조성 또는 공공주택건설을 위하여 필요한 경우에는 토지등을 수용 또는 사용할 수 있다.

 ② 주택지구를 지정하거나 제35조제1항에 따라 주택건설사업계획을 승인하여 고시한 때에는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제20조제1항 및 같은 법 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다.

 ③ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 대한 재결의 신청은 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제23조제1항 및 같은 법 제28조제1항에도 불구하고 지구계획 또는 제35조제1항에 따른 주택건설사업계획에서 정하는 사업의 시행기간 내에 할 수 있다.

 ④ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 대한 재결의 관할 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다.

 ⑤ 제10조제1항에 따른 주민 등의 의견청취 공고로 인하여 취득하여야 할 토지가격이 변동되었다고 인정되는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우에는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제70조제1항에 따른 공시지가는 같은 법 제70조제3항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 제10조제1항에 따른 주민 등의 의견청취 공고일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서 해당 토지의 가격시점 당시 공시된 공시지가 중 같은 항에 따른 주민 등의 의견청취 공고일에 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

 ⑥ 제1항에 따른 토지등의 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 적용한다.

출처 : 국세청 2023. 06. 29. 서면-2021-법규재산-6863[법규과-1738] | 국세법령정보시스템