[주 문]

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

[이 유]

1. 처분의 경위

가. 원고는 1○○○. ○. ○○. ○○시 ○○구 ○○○○2길 62(○○동)에서 반도체장비 및 디스플레이장비를 제조·판매하는 업체로서 위 소재 본사와 서울, 안성, 음성에 3개의 지점을 두고 있다.

나. 원고는 2018년 2기 과세기간 중 주식회사 파○○○(이하 ⁠‘파○○○’라 한다)로부터 2,200,000,000원의 세금계산서(이하 ⁠‘1세금계산서’라 한다), 주식회사 비○○○○(이하 ⁠‘비○○○○’라 한다)로부터 175,000,000원의 세금계산서(이하 ⁠‘2세금계산서’라 하고, 1세금계산서와 2세금계산서를 통칭할 때에는 ⁠‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 수취한 후 이 사건 각 세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 435,000,000원을 환급 신고하였다.

다. 피고는 2019. 2. 26. 위 부가가치세 환급에 대한 현지확인을 실시한 후 원고가 부가가치세가 과세되지 아니하는 주식투자 등을 위해 관련 업체로부터 경영자문용역을 제공받고 이 사건 각 세금계산서를 수취한 것으로 보아, 원고가 환급신청한 부가가치세 중 이 사건 각 세금계산서 관련 매입세액 238,000,000원을 불공제하고 공통매입세액을 재계산하여 158,114,200원(= 환급금 157,185,790원 + 환급가산금 928,410원)에 대하여만 환급하고, 나머지 237,500,000원에 대하여는 환급을 거부한다는 취지로 2019. 6. 11. 통지하였다(이하 237,500,000원에 대하여 환급을 거부한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 2. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 9. 22. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 21호증, 을1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

다음과 같은 이유에서 이 사건 각 세금계산서는 원고의 사업을 위하여 공급받은 용역과 관련하여 발급된 것으로서 매입세액 공제대상이 되므로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 1세금계산서 관련

원고는 제약·바이오사업을 신규 역점사업으로 삼고 유망한 바이오기업의 경영권을 인수하는 방식으로 신사업에 진출하고자 파○○○와 사이에 컨설팅계약을 체결하였다. 이후 파○○○가 시행한 바이오산업에 대한 인수·합병시장 검토결과에 따라 주식회사 바○○○(변경후 상호 주식회사 카○○○○○, 이하 ⁠‘바○○○’이라 한다)을 인수하고자 바○○○의 주식을 취득하였으나 이후 예상치 못한 외부환경의 변화로 부득이하게 경영권 확보에 실패하였다. 이에 원고와 파○○○는 기존의 용역보수를 변경하는 한편 바이오산업 진출 및 확장을 위한 중장기 성장 전략에 대한 추가 컨설팅 용역계약을 체결하였고 위 용역계약과 관련하여 2018. 12. 31. 용역수수료 22억 원에 대한 1세금계산서가 발행되었다.

2) 2세금계산서 관련

원고는 반도체, 디스플레이 등의 기존 산업에서 상장기업으로서의 지위를 유지하고 새로운 비전으로 더욱 발전하기 위하여 2018. 12. 12. 비○○○○에 미래시장전망 및 차후 경영전략에 대한 컨설팅업무를 의뢰하였고, 용역대금 350,000,000원 중 착수금에 해당하는 175,000,000원에 대하여 2018. 12. 24. 2세금계산서를 발행하였다. 이후 비○○○○는 위 계약에 따라 미래시장 전망과 자동차부품소재산업 및 반도체, 디스플레이사업의 전략분석보고서를 작성하였으나, 원고의 사정으로 사업이 계속 진행되지 못하였을 뿐이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

갑1 내지 8, 12 내지 15, 17 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

1) 원고는 충남 ○○시에 본점과 서울 등에 3개의 지점을 두고 있는데, 본점의 주업종은 반도체장비, 디스플레이장비의 제조이나 원고의 정관(2016. 12. 28. 시행) 및 법인등기사항전부증명서(2016. 10. 6. 등기)에는 생명공학 제품의 연구개발, 제조 및 판매 등의 사업이 법인의 목적사항에 추가되었고 2016년 사업보고서 상에도 바이오분야로 신규사업을 추진 중이라는 내용이 기재되어 있다.

2) 원고는 2017. 1. 20. 및 2017. 4. 7. 각 이사회 결의를 거쳐 바○○○의 유상증자에 두 차례 참여하여 총 40%의 지분(총 주식수 133,334주, 출자금액 약 30억 원)을 취득하였다가 2018년 4분기에 93,556주, 2019년 1분기에 39,778주를 양도하여 보유 주식 전부를 처분하였다.

3) 아래 표에서 보는 것처럼 원고는 파○○○와 사이에 총 4차에 걸쳐 계약을 체결하였고, 파○○○가 2017. 1. 14., 2018. 10. 11. 각 작성한 제약·바이오산업 진출 검토보고서와 바○○○ 매각검토보고서 등을 컨설팅 용역에 대한 증빙으로 제출하였다.

1세금계산서는 2018. 12. 12.자 4차 계약에 기하여 발행되었다.

4) 원고는 비○○○○와 사이에 다음과 같은 내용의 컨설팅 용역계약을 체결하였고 비○○○○가 작성한 반도체·디스플레이와 관련된 중장기 성장전략 프로젝트 프리젠테이션 자료를 제출하였다. 2세금계산서는 1차 착수금과 관련하여 발급되었다.

라. 판단

1) 관련 법리

구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라 한다) 제38조 제1항은 공제하는 매입세액으로 ⁠‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 규정하고 있는바, 위와 같은 공제대상이 되는 매입세액은 자신의 과세사업에 관련된 매입세액이어야 하며 면세사업이나 비과세사업과 관련된 매입세액은 제외된다.

구 부가가치세법 제39조 제1항 제4호는 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 들고 있는데 여기서 말하는 사업 관련성 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실에 위 각 증거들에 의하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 각 세금계산서는 원고의 사업에 관련되어 발행되었다고 보기 어려워 부가가치세법상 공제될 수 있는 매입세액에 해당하지 않는다 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고 원고의 주장은 이유 없다.

가) 1세금계산서와 관련하여

① 원고의 정관과 법인등기부상 목적사항에 생명공학 제품의 연구개발, 제조 및 판매 등의 사업이 추가되었다 하더라도 바이오산업을 영위하는 기업(바○○○)의 주식을 취득하는 행위를 생명공학 제품의 연구개발, 제조 및 판매 행위로 보기는 어렵다. 만일 관련 기업의 주식 취득행위까지 모두 사업 관련 행위로 볼 수 있다면 공제되는 매입세액의 범위가 지나치게 확대되는 결과가 초래되어 부당하다.

② 원고는 바이오산업에 진출하기 위하여 바○○○을 인수하기로 결정하고 주식을 취득한 것이라고 주장하나, 바○○○의 주식을 취득하는 행위 외에 준비작업으로 볼 수 있는 다른 활동은 전혀 이루어지지 않았다.

③ 바○○○은 방○○, 조○○ 교수가 공동으로 창업한 법인으로 류마티스 관절염 치료 등 의료 원천기술을 가진 사업자로서 최초 위 두 명의 지분율이 93.34%에 달하였고 원고가 유상증자에 참여한 이후 지분율 합계가 56%까지 감소하기는 하였으나 기업의 성격, 지배구조에 비추어 당초부터 원고가 과반수 지분을 확보하는 것은 사실상 불가능에 가까웠던 점, 원고는 2018년부터 2019년 사이에 바○○○의 주식을 처분함으로써 약 2년 만에 12,150,000,000원의 양도차익을 실현한 점에 비추어 보면, 원고가 바○○○의 경영권을 인수하려다 실패하여 불가피하게 주식을 매각한 것이 아니라 유망한 바이오회사의 주식을 취득하였다가 이를 매각하여 투자수익을 실현한 것으로 보는 것이 합리적이다.

④ 파○○○는 원고 본점이 100% 출자한 법인으로서 원고의 근로자로 근무하였던 김○○가 대표자를 맡고 있는데 김○○에게 제약·바이오산업과 관련한 컨설팅 업무를 수행할 수 있는 전문적인 능력이 있다고 보이지 않는다. 원고는 김○○가 제약·바이오산업과 M&A 분야의 전문가로서 다수 기업에서 활동한 경력이 있다고 주장하나 이를 뒷받침할 충분한 자료가 제출된 바 없다.

⑤ 원고가 바○○○의 주식을 취득하기 위하여 투자한 금액이 약 30억 원 정도인 반면(원고는 유상증자 인수대금을 비롯하여 200억 원 정도를 투자금으로 책정하였다고 주장하나, 이를 인정할 객관적 증거는 없고 2018년 기준 최근 3년간 영업손실이 발생하고 있던 상황에서 200억 원의 투자를 할 수 있는 여유가 있었는지 의문이다)

투자대상자 선정 및 시장성 분석을 위한 컨설팅 수수료로 65억 원(1차 계약 기준)을 지급한다는 것은 일반적인 시장 거래관행에 비추어 용역대금이 지나치게 높게 책정되었다고 볼 수 있고, 이후 용역대금이 50억 원(3차 계약 기준), 22억 원(4차 계약 기준)으로 변경되었다 하더라도 여전히 투자금 대비 고액임은 변함이 없다. 아래에서 보는바와 같이 원고는 파○○○와 사이에 컨설팅 용역계약을 체결한 날 동일한 내용으로 비○○○○와 사이에 컨설팅 용역계약을 체결하였는데, 비○○○○에 대한 용역대금은 3억 5,000만 원에 불과하다.

⑥ 원고가 용역결과물로 제출한 제약바이오산업 진출 검토보고서(갑6호증), 바○○○ 매각검토보고서(갑13호증), 중장기 성장전략 프로젝트; 제약·바이오 산업(갑15호증)은 위와 같은 고액의 용역대금에 상응하는 결과물로 보기 어려울 정도로 일반적인 내용이 담겨 있을 뿐 아니라 내용도 부실하여 제대로 된 용역의 제공이 있었다고 보기 어려운 수준이다.

⑦ 원고가 2018. 12. 12. 파○○○와 체결한 컨설팅용역계약서(갑14호증)의 내용은 같은 날 비○○○○와 체결한 컨설팅용역계약서(갑19호증의1)의 내용과 거래 상대방, 용역대금의 액수 및 지급방법을 제외하고 동일한 바, 이와 같이 동일한 내용의 컨설팅 용역을 중복하여 체결한 이유에 대한 합리적인 설명이 없다.[한편 재무를 담당하였던 원고의 이사 황○○은 조사 과정에서 1세금계산서가 세금계산서 발행 대상 거래에 해당하지 않으나 착오로 발행된 것임을 자인하는 확인서(을5호증)를 작성한 사실이 있으나, 위 확인서를 배제하고도 이 사건 처분의 적법성을 충분히 인정할 수 있다].

나) 2세금계산서 관련

① 2018. 12. 12. 원고와 비○○○○와 사이에 작성된 컨설팅 용역계약서에는 원고가 비○○○○에게 중장기 성장전략을 위임하고 350,000,000원의 보수를 지급한다는 내용만 있을 뿐 구체적인 사업의 방향이나 추진목표 등에 대한 언급이 전혀 없다.

더욱이 원고가 2018. 12. 12. 파○○○와 사이에 위와 동일한 내용의 용역을 의뢰하는 계약을 체결한 사실은 이미 살펴본 바와 같으므로 비○○○○와 컨설팅 계약을 체결할 필요성도 없어 보인다.

② 원고가 이의신청시에 제출한 계약서와 심판청구 당시 제출한 계약서를 비교하여 보면 작성일이 각각 2018. 12. 12. 및 2019. 12. 12.로 서로 다른 것을 확인할 수 있는데(갑19호증의 1, 2 참조, 작성일에 따라 계약기간 시작일도 다르게 기재됨),원고의 주장처럼 ⁠‘2019. 12. 12.’가 ⁠‘2018. 12. 12.’의 오기라고 보더라도 통상 계약서에 오기가 있을 경우 해당 계약서를 수정하거나 새로 계약서를 작성하면서 기존 계약서를 폐기하는 것이 일반적이라는 점에서 작성일자가 다른 두 개의 계약서의 존재는 계약의 진정성을 의심하게 하는 사정으로 볼 수 있다.

③ 원고는 2019. 2. 26. 부가가치세 환급에 대한 현지확인 실사 당시 컨설팅 계약서 외 관련 사업의 진행 상황이나 컨설팅 용역의 구체적 증빙을 제출하지 못하였다. 이후 비○○○○가 작성한 용역결과물이라고 주장하며 ⁠‘중장기 성장전략 프로젝트–신규사업 방향성 수립- 반도체·디스플레이 산업’이라는 프리젠테이션 자료를 제출하였으나(갑18호증), 그 내용을 보면 원고의 본래 주력사업인 자동차부품소재사업 및 반도체·디스플레이사업과 관련된 일반적인 내용만이 담겨 있어 이를 신사업 진출을 위한 분석으로 보기 어려우며 원고의 중장기 성장전략에 관한 구체적 제시는 없어 제대로 된 용역의 제공이 있었다고 보기 힘들다.

④ 비○○○○는 2011년에 신설된 법인으로 개업 이후 특별한 컨설팅 용역 관련 사업실적이 없고 2018년도에도 원고와의 계약이 유일한 사업실적이다. 원고는 이전 실적 뿐 아니라 컨설팅 보수수준, 그 법인의 전문분야, 개별 구성원 성향 등을 전체적으로 고려하여 비○○○○를 컨설팅 용역 업체로 선정하였다고 주장하면서도 구체적으로 어떠한 근거에서 비○○○○가 컨설팅 용역을 수행함에 있어 적합한 회사라고 결정하게 되었는지에 대하여는 밝히지 않고 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.