요지

구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호가 합병법인이 승계할 수 있는 세액공제의 범위에 대해서 한정적으로 규정하고 있다고 볼 수 없으나 합병법인이 승계한 상시근로자수는 합병등기일 당시 피합병법인으로부터 실제 승계한 상시근로자 수를 의미함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소 부분을 취소하고 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 각 기각한다.

  피고가 2018. 10. 24. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 XXX원을 초과하는 부분 및 2017 사업연도 법인세 XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 XXX원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 청구취지

  피고가 2018. 10. 24. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 XXX원(가산세 포함) 및 2017 사업연도 법인세 XXX원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

  제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 각 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

  이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 제1심판결의 이유 중 해당 부분[“1. 처분

의 경위” 항목 부분] 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조

본문에 의하여 이를 그대로 인용한다

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

  1) 이 사건 피합병법인의 공제고용창출투자세액공제에 대한 합병법인의 승계 이월공제 여부

  이 사건 합병은 적격합병으로서, 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인의 세액공제를 승계할 수 있는데, 구 조특법 제26조 제1항 제2호에 따른 고용창출투자세액공제 중 추가공제금액은 같은 법 제144조 제3항에 따라 일정한 요건을 갖춘 경우 이월공제를 받을 수 있으므로, 구 법인세법 제59조 제1항 제3호에서 정한 ⁠‘이월공제가 인정되는 세액공제’에 해당하고, 원고는 이 사건 피합병법인이 2016 의제과세 연도에 공제받지 못하고 이월된 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 승계받아 적용할 수 있다. 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은 적격합병의 경우 합병법인이 세액공제의 요건을 갖춘 경우에는 피합병법인이 합병 전에 적용받던 세액공제를 승계하여 세액공제의 적용을 받을 수 있다고 규정하고 있어 세액공제의 승계 범위에 관하여 제한하고 있지 않고, 구 법인세법 시행령 제81조는 승계받은 세액공제의 적용방법에 관하여 규정하고 있는 것일 뿐, 세액공제의 승계 범위에 관하여 제한적으로 열거하고 있는 규정이라고 볼 수 없으므로, 구 법인세법 시행령 제81조에서 고용창출투자세액공제의 승계에 관하여 규정하고 있지 않다고 하더라도, 원고는 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 승계받아 적용할 수 있다고 보아야 한다.

  2) 이 사건 추가공제금액 중 이월공제 가능한 범위

  원고가 승계받은 이 사건 추가공제금액에 대하여 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하여야 하고, 그 한도는 상시근로자 수의 증가인원 수에 따라 계산된다. 이때 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목(이하 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 합병법인의 ⁠‘직전 과세연도의 상시근로자 수’에 ⁠‘승계한 상시근로자 수’를 더한 수로 하여야 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산하여야 하며, ⁠‘승계한 상시근로자 수’는 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식에 따라 합병일 기준의 총 승계인원이 아니라 피합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수를 기준으로 계산하여야 한다. 이와 같은 방식으로 원고가 승계받은 이 사건 추가공제금액에 대하여 각 과세연도에 이월공제받을 수 있는 금액을 산정하면, 2016년은 414,900,000원, 2017년 282,555,140원이 된다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

 나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

 다. 판단

  1) 이 사건 피합병법인의 고용창출투자세액공제에 대한 합병법인의 승계 이월공제여부

  이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 제1심판결 중 6쪽 8행의 ⁠“구 법인세법 제144조”를 ⁠“구 조특법 제144조”로 고치는 것 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분[“2. 다. 1) 합병법인의 고용창출투자세액공제에 대한 이월세액공제 가부” 항목 부분] 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

  2) 이 사건 조항에 따른 합병법인의 상시근로자 수의 계산 방법

   가) 관련 법령

   구 조특법 제144조 제3항은 고용창출투자세액공제의 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 경우 그 상시근로자 수를 기초로 계산된 금액을 한도로 하여 이월된 세액공제액을 적용할 수 있다고 규정하고 있고, 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호는 ⁠‘상시근로자 수’를 ⁠‘해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수’의 계산식에 따라 계산한 수로 규정하고 있다. 한편 이 사건 조항(구 조특법 제23조 제13항 제3호 가목)은 합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 ⁠‘직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수’로 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다고 규정하고 있다. 이 사건 조항에 따른 피합병법인과 합병법인의 직전 또는 해당과세연도의 상시근로자 수의 계산 방식은 아래와 같다.

   나) 인정사실 이 사건 피합병법인의 2015년, 2016년의 각 상시근로자 수는 아래 ⁠[표 1] 기재와 같고, 원고의 2016년, 2017년의 각 상시근로자 수는 아래 ⁠[표 2] 기재와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

   다) 당사자들의 주장

    (1) 원고의 주장

     이 사건 조항에 따라 합병법인인 원고가 ⁠‘승계한 상시근로자 수’는 합병등기일을 기준으로 한 총 승계인원이 아니라 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자수를 적용하여야 한다. 이에 따라 원고의 각 과세연도의 상시근로자 수를 계산하면 아래 ⁠[표 3] 기재와 같고,1) 상시근로자 수의 증가분은 2016년 36.91명(= 123.91명 – 87명)이고, 2017년 42.92명(= 166.83명 – 123.91명)이 된다.

    (2) 피고의 주장

     (가) 주위적 주장

      이 사건 조항에 따라 합병법인인 원고가 승계한 상시근로자 수는 합병등기일에 실제 승계한 상시근로자 수(136명)를 의미한다. 이에 따라 원고의 각 과세연도의 상시근로자 수를 계산하면 아래 ⁠[표 4] 기재와 같고,2) 상시근로자 수의 증가분은 2016년 0.66명(= 136.66명 – 136명), 2017년 30.17명(= 166.83명 – 136.66명)이 된다.

     (나) 예비적 주장

      이 사건 조항에 따라 합병법인인 원고가 승계한 상시근로자 수는 피합병법인의 해당 과세연도 개시일부터 합병등기일이 속하는 달까지의 실제 상시근로자수를 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식에 따라 평균하여 계산한 상시근로자 수(119명)를 의미한다. 이에 따라 원고의 각 과세연도의 상시근로자 수를 계산하면, 아래 ⁠[표 5] 기재와 같고,3) 상시근로자 수의 증가분은 2016년 4.91명(= 123.91명 – 119명), 2017년 42.92명(= 166.83명 – 123.91명)이 된다.

   라) 판단

    (1) ⁠‘승계한 상시근로자 수’의 계산에 관한 쟁점

    당사자들의 위 주장은 이 사건 조항 및 관련 법령에 비추어 볼 때 합병법인인 원고의 직전 과세연도(2015년)와 해당 과세연도(2016년)의 상시근로자 수와 그 증가분을 계산함에 있어서 이 사건 조항에서 규정한 ⁠‘승계한 상시근로자 수’를 이 사건 피합병법인의 상시근로자 수를 기준으로 할 것인지, 합병등기일 당시에 실제 승계한 상시근로자 수 또는 해당 과세연도의 개시일부터 합병등기일까지의 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식에 따라 평균한 상시근로자 수를 기준으로 할 것인지가 쟁점이 된다.

    (2) 이 사건 조항의 ⁠‘승계한 상시근로자 수’ 계산 방식

     (가) 앞서 본 것과 같이 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호에서 ⁠‘상시근로자 수’를 ⁠‘해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수’의 계산식에 따라 계산한 수로 규정하고 있는데, 이 사건 조항에서는 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수 산정을 위한 ⁠‘승계시킨 상시근로자 수’ 또는 ⁠‘승계한 상시근로자 수’의 계산방식에 대하여는 명시적으로 규정하고 있지 않다.

     (나) 그러나 이 사건 조항의 문언 내용, 체계 및 입법취지에 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 조항에 다라 합병법인인 원고의 직전 과세연도(2015년)와 해당 과세연도(2016년)의 상시근로자 수를 계산함에 있어서 원고가 ⁠‘승계한 상시근로자 수’는 피고의 주위적 주장과 같이 합병등기일 당시 이 사건 피합병법인으로부터 실제 승계한 상시근로자 수를 의미한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

       ① 이 사건 조항은 ⁠‘합병에 의해 종전 사업부문에 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우’에 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수의 계산 방식을 규정하면서, ⁠‘직전 과세연도 상시근로자 수’에 ⁠‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수’를 더하거나 뺀 수로 정하고 있다. 이 사건 조항에서는 ’승계시킨‘ 또는 ’승계한‘이라는 용어를 사용하고, ’승계‘는 사전적으로 ’다른 사람의 권리나 의무를 이어받는 일‘을 의미하며, ’합병에 의해 상시근로자를 승계‘하는 것은 합병이라는 특정한 사유로 해당과세연도의 특정한 시점(합병등기일)에 이루어지는 것으로서, 해당 과세연도 동안에 일정한 기간을 전제로 연속적으로 또는 매월 변동되면서 이루어지는 것이 아닌 점을 고려하면, 이 사건 조항에서 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수를 계산함에 있어서 더하거나 빼도록 한 ⁠‘승계시킨 또는 승계한 상시근로자 수‘는 특정한 시점인 합병등기일에 실제 승계시키거나 승계한 상시근로자 수를 의미한다고 봄이 타당하고, 이와 같이 해석하는 것이 이 사건 조항의 문언 내용에도 들어맞는다.

       ② 구 조특법 제26조 제1항 제2호, 제144조 제3항에서 고용창출투자세액 공제과 관련하여 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우의 추가공제금액과 이월공제한도에 대하여 규정하고 있고, 구 조특법 제26조 제8항의 위임에 따라 구 조특법 시행령 제23조 제7항, 제8항에서 그 상시근로자 수 등에 대하여 규정하면서, 같은 조 제11항 제1호에서 상시근로자 수의 계산식에 대하여 규정하고 있다.

         그런데 구 조특법 제26조 제1항 제2호, 제144조 제3항과 구 조세특례법 시행령 제23조 제7항, 제8항은 고용창출투자세액공제의 추가공제금액과 이월공제 한도의 산정을 위한 전제로서 직전 과세연도와 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산하기 위한 것이고, 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호의 계산식은 증감 변동되는 상시근로자 수를 과세연도라는 일정한 기간을 기준으로 월별 평균하는 방식으로 계산하도록 한 것이므로, 합병으로 합병법인과 피합병법인의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산함에 있어서 더하거나 빼는 ⁠‘승계한 또는 승계시킨 상시근로자 수’를 산정함에 있어서 이를 그대로 적용할 수 없다.

       ③ 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제23조 제10항 제3호 가목에서 ⁠‘해당 과세연도에 합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계한 경우’에 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수에 대하여만 ⁠‘승계한 기업의 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계받은 상시근로자 수를 더한 수’로 보도록 규정하였으나, 2013. 2. 15. 대통령령 제24368호 개정을 통해 피합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수에 대하여도 ⁠‘직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수’로 보도록 하는 내용을 추가하였으며, 2014. 2. 21. 대통령령 제25211호 개정을 통해 이 사건 조항과 같이 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도뿐만 아니라 해당 과세연도의 상시근로자 수에 대하여 ⁠‘해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다’는 내용을 추가하여 규정하였으며, 그 후 조문 순서를 변경하여 이 사건 조항에 이르게 되었다. 2013년 및 2014년 개정세법 해설에서도 이 사건 조항과 관련한 조항의 개정취지를 ⁠‘합병 등을 통한 종전의 사업을 승계하는 경우에 상시근로자를 승계시킨 기업의 경우에 상시근로자 수에 증감이 없음을 명확화’하거나 ⁠‘합병 등 구조개편 시 근로자 수가 변화하지 않도록 해당 과세연도의 상시근로자 계산방법을 명확화’하기 위한 것임을 밝히고 있다.

        이와 같은 이 사건 조항의 입법연혁, 개정취지 등에 비추어 보면, 이 사건 조항은 ⁠‘해당 연도에 합병 등으로 상시근로자를 승계하는 경우‘에도 해당 과세연도 개시일에 상시근로자의 승계가 이루어진 것으로 본 것은 합병 등과 같은 구조개편에 있어서 합병법인과 피합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수와 해당 과세연도 개시일의 상시근로자 수가 변동되지 않고 일치되도록 그 계산 방식을 명확하게 하고, 이를 통해 실제로 한 고용창출투자 부분에 대하여 세액공제를 받도록 하기 위한 것으로 봄이 타당하다.

        ④ 만일 원고의 주장과 같이 이 사건 조항에 따른 합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수를 피합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수를 포함하는 것으로 본다면, 해당 과세연도에 신설된 합병법인인 원고는 직전 과세연도에 상시근로자가 전혀 없는 상태였고, 합병으로 실제 상시근로자를 승계하였으며, 승계한 이후에 상시근로자가 증가되었으므로, 원고의 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 해당 과세연도의 상시근로자 수는 이 사건 피합병법인의 상시근로자를 승계한 이후 실질적으로 증가시킨 상시근로자 수를 기준으로 계산하여야 함에도 원고가 이 사건 피합병법인이 증가시킨 상시근로자 수에 따른 효과까지 받게 되는 결과가 되어 이 사건 조항의 문언내용이나 입법취지에도 반한다.

        ⑤ 한편 이 사건과 같이 합병으로 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도상시근로자 수(87명)보다 더 많은 상시근로자 수(136명)가 합병법인에 승계되는 경우에피고의 주장에 따라 이 사건 피합병법인의 직전 과세연도(2015년)와 해당 과세연도(2016년)의 상시근로자 수를 계산하면, 이 사건 피합병법인이 승계시킨 인원을 모두 직전 과세연도 상시근로자 수에서 빼게 되어 직전 및 해당 과세연도의 상시근로자 수는 음수(-49명) 또는 0(零)명으로 되어 불합리한 결과가 발생할 여지가 있다. 그러나 이 사건 피합병법인이 해당 과세연도에 증가시킨 상시근로자 수에 따른 추가공제를 전혀 받을 수 없다고 단정할 수는 없고, 위와 같은 결과는 합병 등으로 피합병법인의 상시근로자를 승계하거나 승계시킨 경우에 합병법인과 피합병법인의 상시근로자 수가 변동되는 것을 방지하고, 이를 기술적으로 조정하기 위해 이 사건 조항에서 해당 과세연도 상시근로자 수를 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 계산한 결과로 보이므로, 그러한 사정만으로 합병법인인 원고가 이 사건 피합병법인이 증가시킨 해당 과세연도 상시근로자 수 부분까지 이월공제를 받을 수 있다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 근거를 찾아볼 수 없다.

    (3) 원고의 직전 및 해당 과세연도 상시근로자 수

     앞서 본 것과 같이 합병법인인 원고가 승계한 상시근로자 수는 피고의 주위적 주장과 같이 합병등기일 당시 실제 승계한 상시근로자 수인 136명을 의미하고, 이 사건 조항에 따라 원고의 각 과세연도의 상시근로자 수를 계산하면, 피고의 주위적 주장의 ⁠[표 4] 기재와 같이 2015년은 136명, 2016년은 133.6명, 2017년은 166.83명이 되므로, 각 과세연도의 상시근로자 수의 증가분은 2016년은 0.66명(= 136.66명 – 136명), 2017년은 30.17명(= 166.83명 – 136.66명)이 된다.

   3) 정당한 세액의 계산(취소의 범위)

원고의 위 2016, 2017 사업연도의 상시근로자 수의 증가분에 따라 원고가 각 과세연도에 이월공제받을 수 있는 금액을 산정하면 2016년은 9,900,000원4), 2017년은 411,700,000원5)이 되고, 이를 기초로 하여 원고의 각 사업연도의 정당한 법인세액을 계산하면, 별지 ’정당한 법인세액‘ 기재와 같이 2016 사업연도의 법인세액은 470,176,150원6)(10원 미만 버림, 이하 같다)이 되고, 2017 사업연도의 법인세액은 64,012,220원7)이 된다.8) 따라서 피고의 이 사건 처분 중 위 각 정당한 법인세액에 해당하는 금액을 초과하는 부분의 부과처분은 위법하므로 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 각 인정범위 내에서 이유 있어 각 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 각 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 이 사건 처분의 위 각 정당세액을 초과하는 부분에 해당하는 피고 패소부분을 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2022. 07. 06. 선고 서울고등법원 2021누49927 판결 | 국세법령정보시스템