요지

원고는 이 사건 토지를 취득하여 양도할 때까지 약 40년 이상 이를 소유하면서 부친과 함께 경작하였다고 주장하나, 종자·묘종 구입 내역 또는 농작물의 구체적인 산출량 및 처분 내역 등이 전혀 확인되지 아니하고, 경작형태, 경작에 필요한 비용 지출의 내역 등도 확인되지 아니하며, 원고 역시 그에 관해 구체적으로 주장․증명하지 못하고 있음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 8. 13. 주식회사 **(이하 ⁠‘소외 회사’라 한다)에 토지거래허가구역에 소재한 고양시 덕양구 ** *** 전 2,587㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 **,400,000원에 매도하는 약정을 체결하였다(이하 ⁠‘이 사건 매매약정’이라 한다).

원고는 소외 회사로부터 200*. 8. 13. 약정금 및 1차 중도금 합계 ***,680,000원을,200*. 9. 27. 중도금 ***,720,000원을, 200*. 12. 22. 잔금 50,000,000원을 받았고, 이후 201*. 2. 6. 토지거래허가가 해제되자 201*. 12. 1. 소외 회사에 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고는 2016. 11. 22. 양도일을 잔금일인 200*. 12. 22.로 하여 자경농지에 대한양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 ***,588,440원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 세무조사를 실시하여 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하였다고 볼 수 없다고 판단하고 자경농지에 대한 감면을 부인하고, 201*. 9. 5. 원고에게 양도소득세 **0,550,290원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 이에 원고가 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,

2020. 10. 30. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호가 있는

경우, 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 토지거래허가구역에 있는 이 사건 토지를 소외 회사에 양도하면서 2002. 9.

27. 양도가액의 94.67%에 해당하는 중도금을 수령하고 나머지 5,000만 원은 추후 등기 협조를 위해 잔금으로 남겨놓고 소외 회사에 토지사용승낙서를 발급하여 주어 그 무렵 부터 직접 사용, 관리하게 하였다. 따라서 사실상 이 사건 토지의 양도일은 2002년도로 보아야 하므로, 자경 농지의 양도소득세 감면과 관련하여 2006. 2. 9. 신설된 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항의 ⁠‘직접 경작’ 규정이 적용될 수 없고, 종전 규정에 따라 원고가 1962. 10. 16. 이 사건 토지를 취득한 이래 가족과 함께 8년 이상 경작을 하였으므로, 8년 자경 감면요건을 충족한 것으로 보아야 한다. 그럼에도 이와 달리 이 사건 양도일일 2006. 12. 22.로 보고, 위 ⁠‘직접 경작’ 규정을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 토지의 양도시기가 2002년도라는 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조,구 소득세법 시행령(2008. 2. 9. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제162조 제1항은 자산의 양도시기를 각 호의 경우를 제외하고는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 규정하면서 제3호에 ⁠‘재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기 접수일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날’을 그 예외로 규정하고 있다. 구 소득세법 시행규칙(2008. 4. 29. 기획재정부령 제15호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제3항은 ⁠‘재정경제부령이 정하는 장기할부조건’이라 함은 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부․연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 ⁠‘당해 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것(제1호)’ 및 ⁠‘양도하는 자산의 소유권이전등기 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것(제2호)’의 요건을 갖춘 것을 말한다고 규정하고 있다.

그런데 위 ⁠‘장기할부조건부 매매’의 요건을 갖춘 것으로 볼 수 있으려면, 매매계약의 경우 그 계약 당시에 최종 할부금의 지급기일이 자산의 소유권이전등기 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상임이 확정되어 있어야만 하고, 단지 최종 할부금의 지급일까지 상당한 기간이 소요될 것으로 예상되었거나 구체적인 계약 이행 과정에서 최종 할부금의 지급이 지연되어 결과적으로 소유권이전등기등기 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 1년 이상이 경과된 후에 지급되었다고 하여 장기할부조건부 매매라고 할수는 없다. 그리고 구 소득세법 제88조 제1항, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항의 문언과 취지 등을 종합하여 보면, 부동산의 매매 등으로 그 대금이 모두 지급된 경우 뿐만 아니라 사회통념상 그 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다고 할 것이나, 그 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이르는지 여부는 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등에 비추어 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 참조).

2) 구체적 판단

가) 살피건대, 갑 제1 내지 4호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2002. 8. 13. 소외 회사와 이 사건 매매약정을 체결할 당시 잔금 5,000만 원을 ⁠‘토지거래허가 취득시’에 지급받기로 약정한 다음, 소외 회사로부터 계약 당일 약정금 및 1차 중도금으로 합계 ***,680,000원을, 2002. 9. 27. 제2차 중도금으로 700,720,000원을 각 지급받은 사실, 당시 원고와 소외 회사는 이 사건 매매약정에 관하여 토지거래허가 취득 완료와 동시에 거래가 완전 성립되는 것으로 하고 그 조건의 성취시에 본 계약을 체결하기로 합의한 사실, 원고는 제2차 중도금을 수령한 직후 소외 회사에 주택사업 추진에 필요한 토지사용승낙서를 발급하여 주었고, 소외 회사에서 이 사건 토지를 관리하도록 한 사실, 소외 회사는 토지거래허가 등을 받지 못한 상태에서 2006. 12. 22. 원고에게 잔금 5,000만 원을 지급한 사실이 각 인정된다.

나) 위 인정사실에 의하면, 원고는 소외 회사와 이 사건 매매약정을 체결할 당시 잔금 5,000만 원을 ⁠‘토지거래허가 취득시’에 지급받기로 약정하였을 뿐이라는 것이고, 이 사건 토지의 인도일이나 사용수익일은 정하지 아니한 것으로 보이며, 토지거래허가가 언제 이루어질 것인지도 계약 당시 확정할 수 없었던 것으로 보인다.

설령 이 사건 토지의 인도일 또는 사용수익일을 이 사건 토지 사용승낙서를 교부한 무렵인 2002. 9. 27.으로 보더라도 그 다음날부터 최종 할부금인 잔금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인지 여부가 계약 당시 확정되어 있지 아니하였으므로, 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면 이 사건 매매약정은 장기할부조건부 매매에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

다) 결국 이 사건 매매계약이 장기할부조건부 매매에 해당하지 않는 이상 이 사건 토지의 양도시기는 대금을 청산한 날로 보아야 할 것인바, 원고가 2002. 9. 27.까지 소외 회사로부터 지급받은 약정금 및 중도금 합계액이 8억 8,840만 원으로서 총 매매대금의 94.67%에 이르지만, 잔금을 남겨 둔 경위나 미지급된 잔금의 액수 등에 비추어 볼 때 잔금 5,000만 원은 거래관행상 대금이 모두 지급된 것으로 볼 수 있을 정도로 적은 금액이라고 보기 어렵다.

라) 따라서 이 사건 토지의 양도시기는 그 잔금이 모두 지급된 날인 2006. 12. 22.로 보아야 할 것이므로, 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 양도 당시 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였는지 여부

1) 관련 법리

조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 참조).

구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 ⁠‘농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.’라고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되어 2008. 2. 22. 대통령령 제 20620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제12항은 ⁠‘법 제69조 제1항에서 ⁠“직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다’라고 규정하고 있다.

한편, 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 조세특례제한법 시행령이 개정되기 이전의 조세특례제한법 및 그 시행령에서는 양도소득세 감면대상 요건의 하나인 ⁠‘직접 경작’ 또는 ⁠‘자경’의 개념에 대하여 별도로 규정하지 않고 있었고, 그 당시 대법원은 ⁠‘직접 경작’ 또는 ⁠‘자경’의 의미를 양도자가 손수 경작하는 경우뿐 아니라 자기의 책임과 계산 하에 다른 사람을 고용하여 경작하는 경우나 생계나 세대를 같이하는 가족으로 하여금 경작케 한 경우도 여기에 포함된다고 해석하였었다(대법원 1995. 2. 3. 선고 94

누11859 판결, 대법원 2003. 5. 30. 선고 2003두2465 판결 등 참조). 그런데 그 후 조세특례제한법 시행령이 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되면서 제66조 제12항이 신설되어 비로소 ⁠‘직접 경작’이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 ⁠‘농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여’ 경작 또는 재배하는 것을 말한다고 정의하여 그 의미를 명확하게 일의적으로 규정하게 되었다. 따라서 위 규정을 신설한 입법취지가 종전 대법원 판례의 해석에 따를 경우 실질적으로 영농에 종사하지 않으면서 양도소득세가 감면되는 등의 문제가 발생하여 이를 해소하기 위함이며, 조세법령은 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는 점

등을 종합하면, 위 ⁠‘자기의 노동력’의 의미를 기존 판례와 같이 ⁠‘자기의 책임․계산 하에 다른 사람을 고용하는 경우’나 ⁠‘생계나 세대를 같이하는 가족으로 하여금 경작케 하는 경우’까지 포함하는 것으로 볼 수는 없고, 문리대로 해석하여 농작업의 2분의 1 이상을 자신이 손수 담당하여야만 ⁠‘직접 경작’ 요건이 충족된다고 봄이 타당하다(대법원2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 참조, 대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).

그리고 양도한 토지가 8년 이상 농지로 이용된 사실이 인정되더라도 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 토지를 농지로 자경한 사실 및 농지 소재지에 거주한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 양도자가 증명해야 한다(대법원 1993. 7.13. 선고 92누11893 판결, 대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 갑 제7 내지 14호증, 을 제2호증의 각 기재에 의하면, 원고는 1953. *. 23.생으로, 출생시부터 결혼하여 분가하기 전인 1977. 5. 12.까지 이 사건 토지가 소재하는 고양시 덕양구 ***에 거주하였고, 1977. 5. 13.부터 1978. 12. 2.까지 이 사건 토지에 연접한 서울 서대문구에, 1993. 9. 18.부터 이 사건 양도시까지 이 사건 토지와 연접한 서울 강서구에 각 거주한 사실, 농지위원 3명이 공동으로 작성한 자경사실확인서에 ⁠‘원고가 이 사건 토지를 취득시부터 양도(2006년 12월)시까지 직접 자경하였다’는 내용이 기재되어 있는 사실이 각 인정되기는 하다.

나) 그러나 앞서 거시한 증거 및 을 제1 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 8년 이상 이 사건 토지에서 농업에 상시 종사하였거나 농작업의 2분의 1 이상을 자신의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여 이를 ⁠‘직접 경작’하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 8년 이상 농지를 직접 경작했음을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고가 제출한 위 자경사실확인서는 2006년 12월까지 원고가 직접 자경하였다는 내용이 기재되어 있으나, 이 사건 토지의 항공사진(1995년도, 1997년도, 2000년도, 2001년도, 2003년도)에 의하면, 1995년경부터 이 사건 토지에서 고랑, 이랑 및 농로 등이 전혀 확인되지 아니하므로 그 무렵부터는 농지로 이용되었다고 보기 어려운 점, 이 사건 매매약정에 의하면, 원고는 2002. 9. 27. 중도금 수령 이후 이 사건 토지에서 일체 농작물을 경작할 수 없었던 점, 토지사용승낙서 및 확인서에 의하면 원고가 중도금 수령 이후 소외 회사로 하여금 이 사건 토지를 관리하게 하였던 점 등에 비추어 2006년 12월까지 농지로서 자경하였다는 위 확인서의 내용은 온전히 믿기 어렵다.

② 원고가 제출한 농지원부(갑 제7호증)는 최초 작성일이 2003. 5. 7.이고, 이 사건 토지에 관한 기록이 2013. 1.경부터 2016. 1.경까지만 기재되어 있을 뿐이며, 신도농업협동조합장이 발행한 조합원증명서(갑 제9호증)의 조합원 가입일자는 2008. 10. 6.로 되어 있고, 영농자재(비료) 공급확인서(갑 제10호증)에는 2008년경 퇴비를 구입한 내역이 기재되어 있을 뿐인바, 모두 이 사건 토지 취득시부터 양도시까지에 관한 자료가 아니다.

③ 원고는 이 사건 토지를 취득하여 양도할 때까지 약 40년 이상 이를 소유하면서 부친과 함께 경작하였다고 주장하나, 종자·묘종 구입 내역 또는 농작물의 구체적인 산출량 및 처분 내역 등이 전혀 확인되지 아니하고, 경작형태, 경작에 필요한 비용 지출의 내역 등도 확인되지 아니하며, 원고 역시 그에 관해 구체적으로 주장․증명하지 못하고 있다. 이 사건 토지의 규모에 비추어 보면 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하였다면 위와 같은 내역 등이 전혀 확인되지 않는 것은 매우 이례적인 것으로 보인다.

④ 원고는 ⁠‘직접 경작’과 관련하여 ⁠‘자기의 노동력’의 의미를 종례 판례(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두10860 등)와 같이 ⁠‘생계나 세대를 같이하는 가족과 함께 협업에 의하여 경작하는 경우’까지 포함하는 것으로 새겨야 한다고 주장하나, 2006. 2. 9.신설된 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항의 문언, 위 규정의 신설 취지, 조세법령은 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는 점 등을 종합하면, ⁠‘자기의 노동력’의 의미 를 위와 같이 새길 수는 없고, 문리대로 해석하여 농작업의 2분의 1 이상을 자신이 손수 담당하여야만 ⁠‘직접 경작’ 요건이 충족된다고 봄이 타당하다.

⑤ 원고는 만 9세경인 1962. 10. 16. 이 사건 토지를 취득한 이래 서울 서대문구,종로구, 중구에 있는 중학교, 고등학교와 대학교를 다녔고, 군복무 후 1977년경부터 서울 서대문구에 소재한 모피회사에 취직하여 서울 서대문구, 구로구, 강서구와 안양시에 거주하면서 근무하다가 1991년경부터 이 사건 양도시까지 안산시에서 모피 회사를 경

영하고 있다. 위와 같은 원고의 학업, 군복무, 근무 내역과 함께 원고가 농업에 종사한경력이나 농업소득을 얻었다는 자료를 제출하지 않은 점 등 제반사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지에서 농업에 상시 종사하였다고 보기 어렵고, 원고가 이 사건 토지를 그 농작업의 1/2 이상을 오롯이 자신의 노동력만으로 직접 경작을 하였다고 보

기 어렵다.

⑥ 원고는 2009. 9. 11. 수용된 고양시 덕양구 *** 21*-** 전 2,753㎡에 관하여 피고가 원고의 직접 경작을 인정하여 자경농지로 양도소득세 감면을 인정하였으므로, 이 사건에 대하여도 8년 경작이 인정되어야 한다고 주장하나, 위 토지에 관하여 자경 사실이 인정되었다 하여 그와 별개인 이 사건 토지의 자경 사실까지 추정되거나 인정된다고 볼 수는 없다.

3. 결론 이 사건 처분에는 원고가 주장하는 바와 같은 위법이 없으므로, 원고의 청구는 이유

없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 01. 14. 선고 서울행정법원 2021구단2165 판결 | 국세법령정보시스템