요지

원고가 고유목적사업에 직접 지출한 금액만을 손금으로 산입하였다고 하더라도 이는 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입한 것으로 볼 것이므로, 원고는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 법인에 해당하며, 수입배당금액 익금불산입 규정의 적용대상에서 제외되는 비영리내국법인임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

  가. 피고가 원고에 대하여 한 2017. 2. 28.자 2011 사업연도 법인세 8,220,168,000원에 대한 경정청구 거부처분 중 6,953,165,663원을 초과하는 부분을 취소한다.

  나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 90%는 원고가, 10%는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 2017. 2. 28.자 2011 사업연도 법인세 8,220,168,000원에 대한 경정청구 거부처분 및 2018. 3. 29.자 2012 사업연도 법인세 7,061,124,563원에 대한 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  이 법원의 이 부분 판결 이유는 제1심판결 중 해당 부분(2쪽 7행부터 4쪽 7행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 당사자의 주장 요지 및 나. 관계 규정

    이 법원의 위 각 부분 판결 이유는 다음과 같이 일부 내용을 수정하는 것 외에는 제1심판결 중 해당 부분(4쪽 10행부터 5쪽까지, 6쪽 2행 및 14∼18쪽) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

    ○ 5쪽 아래에서 2행의 ”규정을“을 ”규정의“로 수정한다.

다. 판단

    1) 원고가 구 법인세법 제29조 제1항이 규정하는 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당하는지 여부

      가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

      나) 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 ⁠‘고유목적사업 등’이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 각 호에서 규정하는 일정 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항 본문 및 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 위와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 관하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).

        한편 원고와 같은 비영리내국법인이 수익사업을 하는 경우에는 이른바 구분경리의 원칙에 따라 자산․부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다(구 법인세법 제113조 제1항). 그러므로 원고가 주식회사 BBBB의 주주로서 위 회사로부터 배당받은 수입배당금액은 수익사업에 속하는 익금으로 회계에 기록되고, 마찬가지로 수익사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용(구 법인세법 제19조 제2항)만이 수익사업에 속하는 손금으로 회계에 기록될 수 있다. 따라서 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없어 손금에 산입하지 못하는 것이 원칙이다(대법원 2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결의 취지 등 참조).

      다) 그러나 다른 한편으로 구 법인세법 제29조 제2항은 비영리내국법인이 같은 조 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계하도록 하고, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용하도록 규정하고 있다. 즉 비영리내국법인은 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 수입배당금액 등 수익사업의 회계에서 고유목적사업 등에 직접 지출한 금액이 있으면 이를 곧바로 해당 사업연도의 수익사업 회계에 손금으로 계상할 수 있는데, 이는 비영리내국법인이 공익적인 고유목적사업 등에 되도록 많은 금액을 지출하도록 유도․장려하려는 입법목적에 따른 것으로 보인다. 그런데 고유목적사업준비금을 설정하여 두지 아니한 상태에서 수입배당금액 등 수익사업으로부터 발생한 재원을 직접 고유목적사업 등에 지출한 비영리내국법인에 있어서도 위와 같은 입법목적을 달성하기 위하여 고유목적사업 등에 직접 지출한 금액의 손금산입을 인정하여 줄 필요성은 동일하다고 보인다(이전에 고유목적사업준비금을 설정하지 아니함으로써 과세이연의 효과를 누리지 못하였던 비영리내국법인은 해당 연도에 고유목적사업 등에 수입배당금액을 직접 지출하더라도 손금산입을 하지 못하는 반면, 고유목적사업준비금을 설정함으로써 과세이연의 효과를 누린 비영리내국법인은 이를 초과하여 고유목적사업 등에 직접 지출한 금액도 모두 손금산입할 수 있다고 해석하는 것은 형평에 반할 여지가 있다). 해당 사업연도에 신설된 법인과 같이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액이 있을 수 없는 경우에도 마찬가지로 해당 사업연도에 고유목적사업 등에 지출된 금액을 구 법인세법 제29조에 따라 손금산입할 수 있다고 해석하는 것이 형평에 부합하는 점을 고려하면 더욱 그러하다.

        또한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보는 것이 국세기본법에 따른 세법 적용의 원칙인데(국세기본법 제18조 제3항), 고유목적사업준비금 자체를 설정하지 아니한 비영리내국법인이라도 해당 사업연도에 고유목적사업 등에 직접 지출한 금액이 있는 경우 법인세를 신고․납부하는 과정에서 마치 고유목적사업준비금을 설정한 것과 마찬가지로 고유목적사업준비금 조정명세서 등 관련 서류를 갖추어 손금으로 계상할 수 있다는 것이 현재 국세행정의 관행으로서 원고를 비롯한 납세자들에게도 일반적으로 받아들여지고 있음은 당사자 사이에 다툼이 없다(뒤에서 보는 바와 같이 원고 또한 2011, 2012 사업연도 법인세를 신고․납부하면서 이러한 절차를 따른 것으로 보인다).

        위와 같은 여러 사정, 특히 구 법인세법 제29조 제2항의 입법취지, 고유목적사업준비금을 설정하여 두었다가 이를 초과하여 고유목적사업 등에 수익사업에서 발생한 수입을 직접 지출한 비영리내국법인과 고유목적사업준비금의 설정 없이 곧바로 고유목적사업 등에 지출한 비영리내국법인 사이의 형평, 이미 납세자들에게도 일반적으로 받아들여지고 있는 국세행정의 관행 등을 종합적으로 고려하면, 원고와 같이 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하고 고유목적사업 등에 수입배당금액 등 수익사업에서 발생한 수입을 직접 지출한 비영리내국법인이라도 각 사업연도의 해당 지출 금액을 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로서 손금으로 계상할 수 있다고 보는 것이 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 구 법인세법 제29조의 합목적적 해석으로 보인다.

      라) 을 제8호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 실제로 원고는 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 2011, 2012 사업연도 법인세를 신고․납부하면서 소득금액조정합계표에서 2011 사업연도는 31,605,298,469원(을 제8호증의 1 14쪽), 2012 사업연도는 42,551,097,128원(을 제8호증의 2 13쪽)을 각각 고유목적사업준비금으로 손금산입하였고, 고유목적사업준비금 조정명세서 및 주요계정명세서(을 제8호증의 1 21, 23쪽 및 을 제8호증의 2 20∼21, 23쪽)에서도 구 법인세법 제29조 및 구 조세특례제한법 제74조(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)¹⁾에 근거하여 2011, 2012 사업연도별 고유목적사업준비금으로 위 각 금액을 계상하였다. 또한 원고는 2011 사업연도 법인세를 신고․납부하면서 다음에서 보는 바와 같이 과목별 소득금액조정명세서(2)에서 손금 산입 항목인 ⁠‘고유목적사업준비금’의 조정내용으로 ⁠‘준비금을 설정하여 지출하는 것으로 보는 간주고유목적사업준비금 손금산입함’이라고 기재하기도 하였다[이는 피고가 증거로 제출한 을 제8호증의 1에는 포함되어 있지 아니하나 원고가 이와 같은 내용의 과목별 소득금액조정명세서(2)를 제출한 사실은 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다].

        이에 비추어 보면, 원고 또한 2011, 2012 사업연도 법인세를 신고․납부할 당시 위 각 금액을 구 법인세법 제29조를 근거로 고유목적사업준비금으로 손금산입하였다고 봄이 타당하다.

      마) 따라서 원고는 구 법인세법 제29조에서 규정하는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 해당하고, ⁠‘원고는 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 사실이 없고 다만 국세청의 유권해석에 따라 해당 사업연도에 고유목적사업 등에 직접 지출한 금액을 손금산입하였을 뿐이어서 구 법인세법 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 비영리내국법인에 해당하지 아니한다’는 원고의 주장은 받아들일 수 없다[원고가 고유목적사업 등에 지출한 금액보다 많은 금액을 고유목적사업준비금으로 설정하면 향후 그 차액분에 관한 지출이 과세관청에 의하여 고유목적사업 등에 지출된 것으로 인정될 수 있을지 여부가 불분명하고 만일 인정되지 아니하는 경우에는 과세가 이연된 세액(= 고유목적사업 등에 지출된 것으로 인정되지 아니하여 고유목적사업준비금 설정으로부터 5년이 경과한 후 익금산입됨으로써 늘어난 법인세액)에 연 10.95%의 이자 상당액이 가산되는 불이익을 입을 수도 있음을 염려하여 실제 해당 사업연도에 고유목적사업임이 확실한 용도에 지출된 금액만을 고유목적사업준비금으로 설정하고 손금산입하였다고 하더라도 뒤에서 보는 바와 같이 이는 원고의 선택에 따른 것으로 이를 들어 고유목적사업 등에 지출된 수입배당금액보다 많은 금액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하는 법인과 원고를 법적으로 달리 보아야 할 근거가 되기 어렵다].

    2) 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입하는 비영리내국법인이라도 나머지 수입배당금액 부분에 익금불산입에 관한 구 법인세법 제18조의3 제1항을 적용할 수 있는지 여부

      비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액을 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 손금산입하였다면, 그와 같은 비영리내국법인의 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 손금산입하지 아니한 부분이 있다고 하더라도 이에 익금불산입에 관한 구 법인세법 제18조의3 제1항을 적용할 수는 없다고 봄이 타당하고, 그 이유는 다음과 같다. 그러므로 원고의 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 손금산입하지 아니한 부분에 구 법인세법 제18조의3 제1항을 적용하여 일정한 범위 내에서 익금불산입할 수 있음을 전제로 한 원고의 주위적 주장 및 제1, 2 예비적 주장은 모두 이유 없다.

      ○ 구 법인세법 제18조의3은 제1항에서 원칙적으로 내국법인이 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 중 일정 부분을 익금에 산입하지 아니하도록 하면서도, 예외적으로 구 법인세법 제1조 제2호에서 규정하는 비영리내국법인의 경우에는 익금불산입 대상에서 제외하도록 규정하고 있다. 이와 같은 예외는 법인세법이 2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되면서 도입된 것인데, 그 목적은 비영리내국법인이 수입배당금액에서 고유목적사업준비금을 설정하는 경우(앞서 본 바와 같이 이는 원고와 같이 수입배당금액을 고유목적사업 등에 직접 지출한 다음 세무회계상 위 지출 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입 처리한 비영리내국법인의 경우에도 마찬가지라고 보아야 한다) 100% 손금산입할 수 있는데도(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전에는 50% 한도에서만 손금산입할 수 있었다) 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따라 수입배당금액 중 일정 부분(50% 한도)을 익금불산입하기까지 한다면 결과적으로 150%에 해당하는 금액이 법인세 과세에서 제외됨으로써 비영리내국법인에 이중으로 혜택을 주는 것이 되므로 이를 방지하기 위한 것이다[당시 위와 같은 법인세법 개정을 위하여 정부가 제출한 법인세법 일부개정법률안(을 제10호증의 1)에는 ”비영리내국법인이 배당받는 금액은 고유목적사업준비금으로 손금산입이 가능하므로 같은 금액에 대하여 익금불산입하게 되면 이중으로 손금에 산입되는 문제가 있음“, ”수입배당금의 익금불산입 적용대상인 법인의 범위에서 비영리내국법인을 제외함“, ”비영리내국법인이 고유목적사업준비금 손금산입과 수입배당금 익금불산입을 통하여 이중지원을 받던 문제점이 해소될 수 있을 것으로 기대됨“이라고 기재되어 있다].

      그런데 위 개정 직후의 구 법인세법 제18조의3 제1항의 문언에 따르면 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 설정하고 이를 손금산입하였는지 여부를 묻지 아니하고 일률적으로 수입배당금액의 익금불산입 대상에서 제외되는 것처럼 해석될 여지가 있고, 그 결과 특히 법인으로 보는 단체 중 지정기부금단체가 아닌 단체와 같이 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입할 수 없는 단체의 경우에는 원천적으로 그 수입배당금액에 관하여 익금불산입 또는 고유목적사업준비금 설정을 통한 손금산입 중 어느 것도 적용받을 수 없는 불이익을 입게 되었다. 이를 해결하기 위하여 2009. 2. 4. 법인세법 시행령이 대통령령 21302호로 개정되면서 법인세법 시행령 제17조의3 제4항에 ”법 제18조의3 제1항 각 호 외의 부분 중 비영리내국법인은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 한정한다.“라는 내용이 포함되었다.

      위와 같은 구 법인세법 제18조의3 제1항 및 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제4항의 문언[특히 위 각 조항은 수입배당금액 익금불산입의 적용에서 제외되는 ⁠‘주체’(고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인)에 관하여만 규정하고 있을 뿐이고 익금불산입의 구체적인 ⁠‘금액 범위’에 관하여 규정하지는 아니한 점]에 비추어 보면, 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입하는 비영리내국법인이기만 하면 구 법인세법 제18조의3에 따른 익금불산입의 대상에서 제외되는 것으로 봄이 타당하다.

      ○ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 그런데 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제18조의3 제1항 및 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 문언은 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인을 수입배당금액 익금불산입의 적용에서 제외한다고만 규정하고 있으므로 원고의 주장과 같이 비영리내국법인의 경우에도 수입배당금액 중 고유목적사업준비금으로 설정하지 아니하여 손금으로 산입하지 아니한 금액에 관하여는 익금불산입할 수 있다는 해석은 입법론적으로 타당한지 여부는 별론으로 하더라도 위 각 조항의 문언에 반하는 해석으로서 받아들일 수 없다.

      ○ 법인세법이 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되면서 대통령령인 법인세법 시행령이 아니라 법률인 법인세법 제18조의2(구 법인세법 제18조의3에 해당한다) 제1항²⁾에서 직접 ”법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은 제외한다.“라고 규정하게 되었고 이는 현재도 유지되고 있다. 그런데 위 법률 조항에서도 여전히 고유목적사업준비금을 손금산입하는 비영리내국법인을 익금불산입 대상에서 제외하고 있을 뿐이고, 손금산입되지 아니한 나머지 수입배당금액 중 일정 범위는 구 법인세법 제18조의3에 따른 익금불산입이 적용된다는 내용은 규정하고 있지 아니하다.

      ○ 뒤에서 보는 바와 같이 비영리내국법인은 각 사업연도마다 고유목적사업준비금(또는 고유목적사업 등에 직접 지출한 금액)을 손금으로 계상하여 산입할지 여부를 결정할 수 있고, 비영리내국법인의 선택에 따라서는 다른 영리법인 등과 마찬가지로 수입배당금액의 익금불산입에 관한 구 법인세법 제18조의3 제1항을 적용받을 수 있다. 따라서 위와 같이 구 법인세법 제18조의3 제1항, 제29조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항을 해석한다고 하여 위 각 조항이 위헌이라고 보기 어렵다.

    3) 원고가 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입하지 아니하고 구 법인세법 제18조의3에 따라 수입배당금액을 익금불산입할 수 있는지 여부

      원고가 2011, 2012 사업연도 법인세를 신　고․납부하면서 고유목적사업 등에 지

출한 금액을 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 손금산입한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고가 법인세 신고․납부 과정에서 고유목적사업 등에 지출한 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하지 아니하였다면 구 법인세법 제18조의3에 따라 수입배당금액 중 일정 부분을 익금불산입할 수 있다고 봄이 타당하다. 그 이유는 다음과 같다.

      앞서 본 바와 같이 원고는 2011, 2012 사업연도 법인세를 신고․납부하는 과정에서 소득금액조정합계표에서 2011 사업연도는 31,605,298,469원, 2012 사업연도는 42,551,097,128원을 각각 고유목적사업준비금으로 손금산입하였기는 하나, 실제로는 위 각 사업연도 기간 동안 위 금액을 향후 고유목적사업 등에 지출할 준비금으로 적립하는 한편 이전부터 적립되어 온 고유목적사업준비금 중 일부를 고유목적사업 등에 지출하는 방식으로 기업회계 처리를 한 것이 아니라(앞서 본 바와 같이 원고는 회계처리기준에 따르면 그와 같은 기업회계가 불가능하다고 주장한다), 법인세 신고․납부 과정에서 구 법인세법 제29조에 따른 효과를 얻기 위하여 고유목적사업 등을 위하여 직접 지출한 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 방법을 선택하여 세무회계 처리한 것이므로 원고가 이러한 고유목적사업준비금 손금산입을 택하지 아니하고 구 법인세법 제18조의3, 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항에 따라 수입배당금액 중 일정 부분을 익금불산입하는 것 또한 가능하다고 보인다.

      ○ 피고는 구 법인세법 및 구 법인세법 시행령의 개정 연혁 등에 비추어 보면, 원고와 같이 고유목적사업준비금을 손금으로 ⁠‘산입할 수 있는’ 비영리내국법인은 실제로는 고유목적사업준비금을 적립하지 아니하였더라도 수입배당금액을 익금불산입하지 못하도록 한 것이 구 법인세법 제18조의3 제1항 및 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 취지라고 주장한다.

      그러나 앞서 본 바와 같이 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 구 법인세법 제29조 제1항의 문언은 비영리내국법인이 ⁠‘각 사업연도’에 고유목적사업준비금을 손금으로 ⁠‘계상한’ 경우에는 ⁠‘그 사업연도’의 소득금액을 계산할 때 이를 손금으로 산입하도록 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 또한 구 법인세법 제29조 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 ⁠‘산입하는’ 비영리내국법인에 한정하여 구 법인세법 제18조의3 제1항의 수입배당금액 익금불산입 대상에서 제외된다고 규정하고 있다. 이와 같은 각 조항의 문언은 비영리내국법인이 각각의 사업연도마다 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하여 산입할지 여부를 결정할 수 있고, 그와 같이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하여 산입하는 비영리내국법인만이 해당 사업연도의 법인세 산정에 있어서 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금액 익금불산입 대상에서 제외됨을 전제하고 있다고 해석하는 것이 자연스럽다. 따라서 피고의 주장과 같이 위 각 조항을 고유목적사업준비금을 손금으로 ⁠‘산입할 수 있는’ 비영리내국법인이기만 하면 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금액 익금불산입 대상에서 제외된다고 보는 것은 위 각 조항의 문언에 반한다.

      ○ 법인세법이 2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정될 당시 법인세 일부개정법률안(을 제10호증의 1) 및 그에 관한 국회 재정경제위원회 전문위원 검토보고서(을 제10호증의 2, 3)의 내용²⁾ 등에 비추어 보면, 구 법인세법 제18조의3 제1항에서 비영리내국법인은 수입배당금액 익금불산입 대상에서 제외하도록 한 것은 비영리내국법인이 ⁠‘고유목적사업준비금 손금산입’과 ⁠‘수입배당금액 익금불산입’을 동시에 적용받음으로써 결과적으로 수입배당금액에 관하여 이중의 혜택을 받는 것을 방지하는 데 그 목적이 있는 것으로 보인다. 반면 피고가 주장하는 바와 같이 위와 같은 법인세법 개정이 고유목적사업준비금을 손금으로 산입할 수 있는 비영리내국법인이기만 하면 실제로 수입배당금액을 고유목적사업준비금으로 적립하였는지 여부를 불문하고 수입배당금액의 익금불산입 대상에서 제외하기 위한 것이라든가, 이와 같은 입법을 통하여 비영리내국법인이 수입배당금액을 되도록 많이 고유목적사업준비금으로 설정하도록 함으로써 궁극적으로 비영리내국법인의 수입배당금액이 고유목적사업 등에 지출되도록 하고 다른 탈법적 지출을 방지한다는 공익적 목적의 달성이 입법자의 의도이었다고 인정할 만한 자료는 발견할 수 없다[을 제3호증의 기재에 의하면 기획재정부가 발간한 안내서인 ⁠‘2008 간추린 개정세법’에는 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항을 신설한 이유를 법인으로 보는 단체 중 지정기부금단체가 아닌 단체 등 고유목적사업준비금을 손금에 ⁠‘산입할 수 없는’ 비영리법인의 수입배당금액에 관하여 이중과세조정이 적용됨을 명확히 한 것이라는 취지로 기재되어 있는 사실은 인정할 수 있다. 그러나 위와 같은 안내서의 내용을 들어 고유목적사업준비금을 손금에 ⁠‘산입하는’ 비영리내국법인을 수입배당금액 익금불산입 대상에서 제외하도록 명시한 위 시행령 규정을 달리 해석하기 어렵

다].

      ○ 위와 같이 고유목적사업준비금을 손금에 ⁠‘산입하는’ 비영리내국법인을 수익배당금액 익금불산입 대상에서 제외하는 취지의 문언은 2018. 12. 24. 법률 제16008호 개정에 따라 법률(법인세법 제18조의2 제1항)로 상향입법된 현재도 유지되고 있는데, 위 상향입법은 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 법률상 위임 근거가 다소 명확하지 아니하여 법률로 상향입법할 필요가 있다는 문제 제기에 따른 것으로 보이고, 고유목적사업준비금을 ⁠‘산입할 수 있는’ 모든 비영리내국법인을 수입배당금액 익금불산입 대상에서 제외하는 것이 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 및 위 개정 이후 법인세법 제18조의2 제1항의 취지임을 전제하였다고 보이지는 아니한다[국회 기획재정위원회 전문위원은 검토보고서(을 제16호증)에서 구 법인세법의 명시적인 위임이 없더라도 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항이 곧바로 무효인 것은 아님을 전제로 ⁠“현행법은 비영리법인에 대하여 수입배당금에 대한 익금불산입 규정을 적용받지 못하도록 규정하고 있음. 이는 비영리법인이 수입배당금도 익금불산입하고, 고유목적사업적립금도 손금에 산입함으로써 같은 금액을 이중으로 손금산입할 수 있는 것을 방지하기 위함임”, ⁠“이중 손금산입을 방지하기 위한 규정의 취지를 보다 정확히 구현하기 위하여 법률로 상향입법”이라는 의견을 밝혔다].

      ○ 개인 또는 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)이 배당금을 수취하는 경우, 이는 그 배당금을 지급하는 법인의 손금에 해당하지 아니하므로 해당 법인에 법인세가 부과되는데, 이를 지급받는 개인 또는 법인에게도 그에 해당하는 소득세 또는 법인세를 별도로 부과한다면 결국 단일한 담세력의 원천(배당금)에 중복하여 조세를 부과함으로써 조세법률주의상 실질과세의 원칙에 위반될 수 있는 이중과세의 문제[헌법재판소 1994. 7. 29. 선고 92헌바49, 52 전원재판부 결정 등 참조]가 발생한다. 이와 같이 개인 또는 법인이 배당금을 지급받은 경우 발생하는 이중과세 문제를 해결하기 위하여 입법자는 ① 개인의 소득세에 관하여는 배당세액공제제도(소득세법 제17조 제3항, 제56조), ② 영리법인의 법인세에 관하여는 수입배당금액의 익금불산입제도(구 법인세법 제18조의2 및 제18조의 3)를 두고 있다. 그런데 앞서 본 바와 같은 2007. 12. 31. 법률 제8831호 법인세법 개정 이유에 비추어 보더라도, 입법자가 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 손금산입과 수입배당금액 익금불산입의 동시 적용을 통하여 이중의 혜택을 얻는 것을 방지하는 것을 넘어, 비영리내국법인의 수입배당금의 이중과세 문제에 관하여는 입법태도를 근본적으로 전환하여 수입배당금액의 익금불산입을 원천적으로 배제하고 고유목적사업준비금의 손금산입만을 적용하기로 하였다고 볼 근거가 부족하다. 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 비영리내국법인이라도 외국의 자회사로부터 배당금을 지급받은 경우에는 여전히 외국납부세액공제제도가 적용되는 점에 비추어 보면 더욱 그러하다.

      ○ 입법자가 조세감면의 혜택을 부여하는 입법을 함에 있어서 입법목적, 과세공평 등에 비추어 그 범위를 결정하는 것은 광범위한 재량행위에 속하고 재량의 범위를 뚜렷하게 벗어난 것으로 볼 수 없는 한 이것을 위헌이라고 단정할 수 없는바, 오늘날 조세입법자는 조세의 부과를 통하여 재정수입의 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있다(헌법재판소 2016. 9. 29. 선고 2014헌바406 전원재판부 결정 등 참조). 또한 비영리내국법인의 과세상 특혜가 악용되거나 비영리내국법인의 수익 등을 고유목적사업과 관련 없는 사업 또는 목적에 지출하거나 투기적으로 이용하는 사례가 있어 이를 방지할 필요 또한 인정할 수 있다(헌법재판소 2011. 7. 28. 선고 2009헌바311 전원재판부 결정 등 참조).

        그러나 입법자가 배당금에 관하여 세액공제제도 또는 익금불산입제도를 통하여 이중과세를 방지하는 것은 가능한 한 국민들이 단일한 담세력의 원천에 관하여 이중으로 조세를 부담하는 결과가 발생하여서는 아니 된다는 조세법률주의상 실질과세의 원칙을 달성하는 데 그 목적이 있는 것이므로 이를 개별적인 정책목적을 달성하기 위하여 시혜적으로 조세감면 혜택을 부여하는 입법과 같은 것으로 보기는 어렵다. 구 법인세법 제18조의3 제2항³⁾이 같은 법 제18조의2 제2항 제2호⁴⁾에 따라 법인세가 비과세․면제 또는 감면되는 법인으로부터 받은 수입배당금액은 원칙적으로 익금불산입 대상에서 제외하고 있음에도, 해당 배당금 지급 법인이 법인세 감면 대상 소득과 감면제외 소득을 함께 얻고 있어 법인세가 일부만 감면되는 경우에 국세청은 내국법인이 그러한 법인으로부터 지급받은 수입배당금액은 전액 익금불산입 대상에 해당한다고 해석하는 등(국세청 2011. 8. 5. 법인세과-552호 질의회신) 배당금의 이중과세 문제를 해결하기 위하여 수입배당금액 익금불산입 제도를 납세자에게 유리한 방향으로 폭넓게 해석․적용하고 있는 점 또한 이를 뒷받침한다.

      ○ 어떠한 비영리내국법인이 구 법인세법 제29조에 따른 고유목적사업준비금 손금산입을 적용받지 아니하는 대신 구 법인세법 제18조의3에 따른 수입배당금액 익금불산입을 적용받는다고 하더라도 이는 구 법인세법 제18조의3을 적용받는 영리법인 등 다른 내국법인과 똑같은 효과가 발생하는 것에 불과하므로 이를 해당 비영리내국법인에 특별한 혜택을 부여하는 것이라고 보기 어렵다. 한편 비영리내국법인은 각자의 사정에 따라 ① 해당 연도에 수입배당금액을 고유목적사업 등에 직접 지출하거나 고유목적사업준비금으로 적립할 수도 있고, ② 그와 같은 지출 또는 적립을 하지 아니하고 내부 유보하거나 다른 용도로 사용할 수도 있으며, 그와 같은 선택은 기본적으로 각 비영리내국법인의 자율적 결정에 따른 것으로 어느 정도 존중될 필요가 있다.

    4) 원고가 구 국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구로써 피고에게 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따른 수입배당금액 익금불산입을 적용한 금액으로 경정할 것을 청구할 수 있는지 여부

      구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하에서 따로 특정하지 아니하는 한 위 법을 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항⁵⁾ 본문 및 제1호에 따르면 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

      이와 같은 구 국세기본법 제45조의2 본문 및 제1항의 규정에다가 다음의 사실 또는 사정을 보태어 보면, 원고가 특정 사업연도의 법인세를 신고․납부하면서 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입하였다고 하더라도, 고유목적사업준비금을 손금산입하는 대신 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따라 수입배당금액을 익금불산입하는 경우 과세표준 및 세액이 감소하는 경우에는 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 일정한 기간 내에 관할 세무서장에게 그와 같은 내용의 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다.

      ○ 국세기본법이 1994. 12. 22. 법률 제4981호로 개정되기 전에는 신고납세방식국세의 증액뿐만 아니라 감액을 구하는 경우에도 제45조⁶⁾에서 규정하는 수정신고를

하도록 규정하고 있었다. 그러나 위 법률개정으로써 국세기본법에 제45조의2가 신설되어, 기존 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 실제 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 수정신고가 아닌 경정청구의 방식으로 이를 바로잡도록 바뀌었다. 한편 위 개정 이전 수정신고제도는 과세표준신고서가 ⁠‘그 기재사항에 누락, 오류가 있는 때’에만 할 수 있도록 규정되어 있었던 반면 개정 이후의 경정청구제도는 과세표준신고서의 과세표준 및 세액이 ⁠‘세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과’하기만 하면 그 이유를 묻지 아니하고 경정청구를 할 수 있도록 규정됨으로써 그 범위가 확대되었다.

      나아가 이와 같은 국세기본법 개정에 따라 국세 납부 이후에 비로소 발생한 사유로 인하여 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하게 된 경우의 경정청구, 즉 후발적 사유에 의한 경정청구도 가능하게 된 점[헌법재판소 2000. 2. 24. 선고 97헌마13, 245(병합) 전원재판부 결정 등 참조] 등과의 균형을 고려하면, 법인세 신고․　납부 이전과 이후의 사실관계에 변함이 없고 다만 납세자가 기존에 보다 불리한 방향으로 법령을 적용하여 과세표준신고서를 작성, 제출함으로써 보다 많은 금액의 법인세를 납부하게 된 경우에도 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 일정한 기간 내에 자신에게 보다 유리한 방향으로 법령을 적용하여 계산한 과세표준 및 세액으로의 경정청구도 할 수 있다고 봄이 타당하다.

      ○ 국세청은 법인세법 제24조의3 제1항 제2호에 따라 외국납부세액을 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고․　납부한 사람이 법인세법 제24조의3 제1항 제1호의 세액공제를 적용한 과세표준 및 세액으로 경정청구하는 것(국세청 1997. 11. 28. 법인 46012-3065호 질의회신), 기업의 미환류소득에 대한 법인세(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 구 법인세법 제56조. 위 개정으로 폐지되었다)에 관하여 구 법인세법 제56조 제1항 제2항 제1호의 방법으로 과세표준 및 세액을 신고․납부한 사람이 같은 항 제2호의 방법에 따른 과세표준 및 세액으로 경정청구하는 것(국세청 2018. 10. 8. 서면법령기본-2874호 질의회신) 등이 모두 국세기본법상 적법한 경정청구 대상에 해당한다고 해석하여 왔다. 이에 따르면 이 사건에서와 같이 비영리내국법인인 원고가 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금산입하여 과세표준 및 세액을 신고․납부하였다가 이를 철회하고 구 법인세법 제18조의3 제1항에 따라 수입배당금액을 익금불산입한 과세표준 및 세액으로 경정을 청구하는 것 또한 마찬가지로 허용되어야 한다고 보인다.

    5) 구체적 판단

      가) 2011 사업연도의 경우 원고가 당초 구 법인세법 제29조에 따라 해당 사업연도 소득금액 80,164,074,787원에 고유목적사업준비금 31,605,298,469원을 손금산입한 과세표준 48,558,776,318원(= 80,164,074,787원 – 31,605,298,469원)에 구 법인세법이 정한 세율을 적용하여 산출한 법인세액 10,658,930,789원을 신고․납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3호증의 기재에 의하여 인정할 수 있다. 한편 원고가 2011 사업연도 소득금액 80,164,074,787원에 주식회사 BBBB로부터 배당받은 74,728,800,000원 중 구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호에 따른 익금불산입 대상인 50%에 해당하는 37,364,400,000원(= 74,728,800,000원 × 50%)을 익금불산입한 과세표준 42,799,674,787원(= 80,164,074,787원 – 37,364,400,000원)에 구 법인세법이 정한 세율을 적용하여 산출한 법인세액은 9,391,928,452원인 사실 또한 당사자 사이에 다툼이 없다.

        따라서 원고는 이미 신고․납부한 2011 사업연도 법인세액 10,658,930,789원이 정당세액 9,391,928,452원을 1,267,002,337원(= 10,658,930,789원 – 9,391,928,452원) 초과하므로 피고가 원고에 대하여 한 2017. 2. 28.자 2011 사업연도 법인세 8,220,168,000원에 대한 경정청구 거부처분 중 8,220,168,000원에서 위 1,267,002,337원을 뺀 6,953,165,663원(= 8,220,168,000원 – 1,267,002,337원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

      나) 2012 사업연도의 경우 원고가 당초 구 법인세법 제29조에 따라 해당 사업연도 소득금액 77,232,607,501원에 고유목적사업준비금 42,551,097,128원을 손금산입한 과세표준 34,681,510,373원(= 77,232,607,501원 – 42,551,097,128원)에 구 법인세법이 정한 세율을 적용하여 산출한 법인세액 7,209,932,282원을 신고․납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2호증의 기재에 의하여 인정할 수 있다. 한편 원고가 2012 사업연도 소득금액 77,232,607,501원에 주식회사 BBBB로부터 배당받은 70,106,400,000원 중 구 법인세법 제18조의3 제1항 제1호에 따른 익금불산입 대상인 50%에 해당하는 35,053,200,000원(= 70,106,400,000원 × 50%)을 익금불산입한 과세표준 42,179,407,501원(= 77,232,607,501원 – 35,053,200,000원)에 구 법인세법이 정한 세율을 적용한 법인세액이 원고가 이미 신고․납부한 2012 사업연도 법인세액 7,209,932,282원을 초과하는 사실 또한 당사자 사이에 다툼이 없다.

        따라서 원고의 2012 사업연도 법인세는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호가 규정하는 ⁠‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때’에 해당하지 아니하여 경정청구의 대상이 될 수 없으므로 피고가 원고에 대하여 한 2018. 3. 29.자 2012 사업연도 법인세 7,061,124,563원에 대한 경정청구 거부처분은 적법하다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 주문 제1의 가, 나항과 같이 변경한다.

1) 구 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.(이하 각 호 생략)

② 제1항 각 호의 법인(제1항 단서에 따라 당기순이익과세를 포기한 법인은 제외한다)에는 제5조부터 제14조까지, 제22조부터 제25조까지, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제31조제4항부터 제6항까지, 제32조제4항, 제33조, 제33조의2, 제63조, 제63조의2, 제63조의3, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제94조, 제102조, 제104조의14 및 제104조의15를 적용하지 아니한다.

③∼⑤ ⁠(생략)

2) 법인세법 제18조의2(내국법인 수입배당금액의 익금불산입)

① 내국법인(제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)으로부터 받은 이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금과 제16조에 따라 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조, 제18조의3 및 제76조의14에서 "수입배당금액"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 이 경우 그 금액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다.(이하 생략)

2) 모두 ⁠‘비영리내국법인에 관하여 고유목적사업준비금 손금산입제도와 수입배당금액에 대한 익금불산입제도를 중복 적용할 수 있는 현행 규정은 이중으로 손금산입되는 문제가 발생’한다는 내용이 포함되어 있다.

3) 구 제18조의3(수입배당금액의 익금불산입)

② 제1항은 제18조의2 제2항 각 호에 따른 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.

4) 구 법인세법 제18조의2(지주회사 수입배당금액의 익금불산입)

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식등을 보유함으로써 발생하는 수입배당금액

2. 이 법 및 ⁠「조세특례제한법」에 따라 지급배당에 대하여 소득공제되거나 그 밖에 법인세가 비

과세․면제 또는 감면되는 대통령령으로 정하는 법인으로부터 받은 수입배당금액

5) 구 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

6) 제45조(과세표준수정신고)

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락, 오류가 있는 때에는 다음 각 호에 게기하는 기한 내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과 후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과 후 3월) 내

2. 제1호 이외의 국세의 경우에는 법정신고기한 경과 후 1월 내

출처 : 서울고등법원 2022. 02. 09. 선고 서울고등법원(춘천) 2020누904 판결 | 국세법령정보시스템