요지

공사대금 과다지급액 반환채권은 계약 당사자들 사이에 민사소송의 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 3. 11. 원고에 대하여 한, ① 2016 사업연도 귀속 법인세 가산세24,391,969원의 부과처분, ② 2017 사업연도 귀속 법인세 6,689,090,290원(가산세포함)의 증액경정처분 중 5,781,625,206원을 초과하는 부분, ③ 2015년 2기분 귀속 부가가치세 1,022,185,100원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 피고가 2019. 8. 13. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 귀속 법인세 결손금2,432,071,724원의 증액경정 거부처분, 2022. 5. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 귀속 법인세 82,335,762원의 감액경정 거부처분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 2/3는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1의 ①, ③항, 주문 제2항 및 피고가 2019. 3. 11. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 6,689,090,290원(가산세 포함)의 증액경정처분 중 299,123,024원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. ○○○○업무단지 내 주거단지 및 문화단지 개발사업

1) 원고는 ○○○○업무단지 개발을 위하여 설립된 법인으로, ○○광역시, ○○광역시 도시개발공사 등과 2008. 9. 11. ⁠‘○○○○○○ ○○○○ Arts Center 건립을 위한 기본합의서’(이하 ⁠‘기본합의서’라 한다), 2009. 4. 30. ⁠‘○○○○○○ ○○○○ Arts Center 건립을 위한 세부합의서’(이하 ⁠‘세부합의서’라 한다)를 각 체결하였다. 위 각 합의서는, 원고가 ○○○○업무단지 내 주거단지에 주택을 건설․분양하고, 그 개발수익금으로 ○○○○업무단지 내 문화단지를 건설하여 이를 ○○광역시에 기부채납하며, 주식회사 ○○○건설(이하 ⁠‘○○○건설’이라 한다)을 주거단지 및 문화단지 개발사업의 시공사로 선정하는 것을 주된 내용으로 하고 있다.

2) 원고는 2012. 9. 4. ○○광역시를 대리한 ○○○○○○○○○과 ⁠‘○○○○ Arts Center 문화단지 건립을 위한 추가합의서’(이하 ⁠‘추가합의서’라 한다)를 체결하였는데, 추가합의서는 아래와 같이 정하고 있다.

(생략)

나. 원고와 ○○○건설의 주거단지 공동주택 신축공사 도급계약 체결 및 이행

1) 원고는 2009. 5.경 위와 같이 주거단지 및 문화단지 개발사업의 시공사로 선정된 ○○○건설과 ⁠‘○○○○ Arts Center 내 문화단지 및 공동주택 건립을 위한 사업약정서’를 체결하였는데(이하 ⁠‘사업약정서’라 한다), 사업약정서 제1조는 아래와 같이 정하고 있다.

(생략)

2) 원고는 2009. 12. 4. ○○○건설과 주거단지의 공동주택 신축공사에 관한 도급계약을 체결하였고, 이후 2013. 8. 2.부터 2014. 11. 18.까지 세 차례에 걸쳐 변경도급계약을 체결하였으며(이하 위와 같이 변경된 도급계약을 모두 포함하여 ⁠‘이 사건 도급계약’이라 한다), 그 결과 도급공사비는 466,155,695,154원(부가가치세 별도)으로 정해졌다.

3) 원고는 이 사건 도급계약이 정한 바에 따라 매월 ○○○건설에 도급공사비를 지급하였고, 2015. 7. 29. 주거단지의 공동주택은 준공되었으며, 원고는 ○○○건설에 도급공사비로 합계 464,484,417,396원을 지급하였다.

다. 주거단지 도급공사비의 정산

1) 위에서 본 바와 같이 추가합의서 제3조 제2항, 제3항은 주거단지 도급공사비의 실행원가를 한국채택 국제회계기준으로 작성된 회계서류 등을 기준으로 회계법인을 통해 준공 이후 실사하여, 주거단지 개발수익금을 준공 이후 3개월 시점에 최종 정산하기로 정하고 있었고, ○○○건설은 2015. 10.경 원고에게 자신들이 한국채택 국제회계기준에 따라 측정한 실행원가는 401,002,668,970원, 도급공사비는 445,554,065,490원(부가가치세 별도)이라는 자료를 제출하였으며, 원고는 2015. 11. 4. ○○○○○○○○○에 위와 같은 내용의 추정손익자료(갑 제15호증, 이하 ⁠‘이 사건 자료’라 한다)를 보고하였다.

2) ○○○○○○○○○은 2015. 12. 1. 원고에게 ○○회계법인을 추가합의서 제3조에 따른 사업비 정산 및 회계실사 기관으로 선정할 것을 요청하였고, 이후 ○○회계법인은 2016. 7.경부터 회계실사를 수행하여, 2017. 3. 31. 주거단지 도급공사비의 적정 금액은 4,046억 원으로 산출한 실사용역보고서를 발행하였다.

3) 한편, ○○○○○○○○○은 2017. 1. 26. 및 2017. 3. 14. 원고에게 ⁠‘원고의2015. 11. 4.자 공문상(즉, 이 사건 자료) 주거단지의 공사비는 4,456억 원으로 하향 조정하기로 하였음에도, ○○○건설에 4,644억 원을 지급하여 188억 원을 초과 지급하였으므로, 초과 지급된 공사비 188억 원 등은 이자를 포함하여 즉시 환수하라’는 취지의 공문을 보냈고, 원고는 이를 ○○○건설에 전달하였다.

4) ○○○건설은 2017. 3. 27. 원고에게 ⁠‘본건 사업은 추가합의서에 따라 이행되어야 하나, 원고는 실사의 범위가 추가합의서에 위반되는 수정 실사용역계약을 체결하였다. ○○○건설은 추가합의서의 의도와 부합되도록 수정 실사용역계약을 변경할 것을 요구하였지만, 원고는 어떠한 조치도 하지 않고 ○○○○○○○○○의 요구에 따라 원고의 계좌에 자금을 송금하라는 근거 없는 주장을 지속하고 있다’는 취지로 위 188억원의 지급을 거부하였다. 이처럼 원고와 ○○○건설 사이에 주거단지 도급공사비에 관한 분쟁이 발생하여, 원고는 2017. 12.경 ○○○건설을 상대로 서울중앙지방법원 20○○가합○○○○○호로 정산금 청구의 소(이하 ⁠‘관련 민사소송’이라 한다)를 제기하였다.

라. 원고에 대한 세무조사 및 피고의 처분

1) ○○지방국세청장은 2018. 3. 13.부터 같은 해 8. 29.까지 원고에 대하여 2013 내지 2015 사업연도 법인제세 통합조사를 실시하고, 원고가 ○○○건설에 과다하게 지급한 도급공사비 20,601,629,660원(= 이 사건 도급계약이 정한 도급공사비466,155,695,154원 – 이 사건 자료에 따른 도급공사비 445,554,065,490원, 이하 ⁠‘과다지급액 206억 원’이라 한다)을 ○○○건설로부터 반환받을 권리가 2015 사업연도에 확정되었다고 판단한 다음, 2018. 9. 14. 원고에게 과다지급액 206억 원 및 과다지급액 미회수에 따른 인정이자 241,462,388원을 익금산입하고, 지급이자 166,446,766원을 손금불산입하며, 2015년 2기에 공제받은 매입세액 중 위 과다지급액 206억 원에 관한 매입세액 701,297,474원(= 과다지급액 20,601,629,660원 × 과세비율 34.04% × 부가가치세율 10%)을 불공제하는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.

2) 한편, 원고는 세무조사 결과 통지를 받기 전이자 위 세무조사 종결일인 2018. 8. 29. 과다지급액 206억 원을 반환받을 권리가 2015 사업연도에 확정되었음을 전제로, 아래 표와 같이 2016 사업연도 및 2017 사업연도 각 법인세에 관하여 과다지급액 미회수에 따른 인정이자를 익금산입하고, 지급이자는 손금불산입하여 수정신고를 하였다(다만, 원고는 아래 표 중 ⁠‘추가 자진납부세액’을 납부하지는 않았다).

(생략)

3) 피고는 2019. 3. 11. 원고에 대하여, ① 2016 사업연도 귀속 법인세 가산세24,391,969원(= 과소신고 가산세 8,233,576원 + 납부불성실 가산세 16,158,393원)을 부과하고(이하 ⁠‘이 사건 ① 처분’이라 한다), ② 2017 사업연도 귀속 법인세에 관한 원고의 수정신고 중 이월결손금 27,698,267,453원을 5,542,456,995원으로 정정하여 위 사업연도 귀속 법인세 6,689,090,290원(가산세 포함)을 경정․고지하고(이하 ⁠‘이 사건 ② 처분’이라 한다), ③ 2015년 2기 귀속 부가가치세 1,022,185,100원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 ③ 처분’이라 한다).

4) 원고는 2018 사업연도 귀속 법인세에 관하여도 과다지급액 206억 원을 반환받을 권리가 2015 사업연도에 확정되었음을 전제로, 과다지급액 미회수에 따른 인정이자 947,674,964원을 익금에 산입하고, 지급이자 1,484,396,760원을 손금불산입하여 2018 사업연도 귀속 법인세를 신고하였다가, 2019. 6. 18. 피고에게 위 익금산입액 및 손금불산입액 합계 2,432,071,724원을 과세표준에서 제외하여 2018 사업연도의 결손금을 증액시켜달라는 취지의 경정청구를 하였는데, 피고는 2019. 8. 13. 이를 거부하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 ④ 처분’이라 한다).

5) 원고는 2019. 6. 4. 및 2019. 11. 5. 이 사건 ① 내지 ④ 각 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 17. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

6) 또한 원고는 2022. 3. 25. 피고에게, 과다지급액 206억 원을 반환받을 권리가 2015 사업연도에 확정되지 않았다고 주장하면서 2016 사업연도 귀속 법인세에 관하여 위 과다지급액 미회수에 따른 인정이자 1,033,121,067원을 익금불산입하고, 지급이자 1,025,272,968원을 손금산입하여 과세표준을 경정하고 세액 82,335,762원을 감액해달라는 취지의 감액경정청구를 하였는데, 피고는 2022. 5. 18. 이를 거부하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 ⑤ 처분’이라 하고, 이 사건 ① 내지 ⑤ 각 처분을 합하여 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다). 이에 대하여 원고는 2022. 7. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 그로부터 국세기본법이 정한 결정기간인 90일이 경과할 때까지 결정의 통지를 받지 못하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18, 21 내지 23호증, 을 제1 내지 7, 14호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함) 및 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 당사자들 주장의 요지

가. 원고

1) 원고의 ○○○건설에 대한 과다지급액 206억 원 반환채권은 2015 사업연도에 그 소득의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 보기 어려우므로, 이를 2015 사업연도의 익금으로 산입할 수 없다.

2) 과다지급액 206억 원 반환채권은 2015 사업연도에 성숙․확정되지 않았으므로 위 206억 원은 업무무관 가지급금에 해당하지 않고, 가사 과다지급액 206억 원 반환채권이 2015 사업연도에 성숙․확정되었다고 보더라도 원고에게는 위 206억 원의 회수를 늦출 만한 정당한 사유가 있다. 따라서, 과다지급액 미회수에 따른 인정이자를 익금산입하고, 지급이자를 손금불산입하는 것은 부당하다.

3) 원고는 ○○○건설에 이미 부가가치세와 함께 이 사건 도급계약에 따른 공사대금을 지급하고 그에 대한 전자세금계산서도 발급받았는바, 원고가 ○○○건설에 지급한 돈 중 돌려받아야 할 부분에 해당하는 부가가치세는 관련 민사소송의 판결로 확정되는 때에 수정세금계산서를 발급하여 부가가치세를 조정하여야 하는 것이지, 2015년 2기분 매입세액 불공제를 할 것이 아니다.

4) 따라서, 과다지급액 206억 원 반환채권이 2015 사업연도에 성숙․확정되어 2015 사업연도의 익금에 포함됨을 전제로 한 이 사건 각 처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다. 다만, 이 경우 원고가 납부하여야 할 2017 사업연도 귀속 법인세의 정당세액은 299,123,024원이므로, 이 사건 ② 처분은 위 299,123,024원을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 한다.

나. 피고

1) 기본합의서, 세부합의서, 추가합의서, 사업약정서에 의하면, 원고와 ○○○건설 사이에서 주거단지의 도급공사비는 실행원가 금액에 따라 자동적으로 결정되는 구조이고, ○○○건설은 주거단지 준공 이후인 2015. 10.경 자신들이 한국채택 국제회계기준에 따라 측정한 실행원가가 401,002,668,970원, 도급공사비가 445,554,065,490원(부가가치세 별도)이라는 이 사건 자료를 원고에게 제출하였는바, 이로써 별도의 약정 없이도 주거단지의 도급공사비는 즉시 위 445,554,065,490원(부가가치세 별도)으로 감액되고, 원고와 ○○○건설 사이에 과다지급액 반환채권의 존재 및 범위에 관하여는 다툼도 없다. 따라서, 향후 회계법인에 의한 실사가 예정되어 있다는 사정은 과다지급액 206억 원 반환채권과 별도로 추가적인 정산금 채권이 존재․성립할 수 있다는 의미일 뿐, 그 실사 절차와 무관하게 과다지급액 206억 원 반환채권은 이미 성립하였고, 위 반환채권은 이행기의 정함이 없는 채권으로서 성립과 동시에 이행기에 있으며, 위 반환채권을 행사함에 있어 법률상 제한도 없으므로, 그 성립 시점이 속하는 2015 사업연도에 성숙․확정되었다.

2) 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 채권이 계약상 의무이행 기간 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져오므로, 그 미회수 채권 상당액은 업무무관 가지급금에 해당하는데, 원고는 과다지급액 206억 원 반환채권이 이미 성립하여 이를 행사하는데 아무런 법률상 제한이 없음에도 이를 회수하기 위한 아무런 조치를 취하지 않았으므로, 과다지급액 206억 원 반환채권 상당액은 업무무관 가지급금에 해당하고, 원고가 이를 회수하지 않은데 정당한 사유도 없다.

3) 수정세금계산서가 발급되지 않았더라도 후발적 사유에 기하여 공급가액이 감소한 경우, 관할 세무서장은 장부나 그 밖의 증명자료를 근거로 납부세액 또는 환급세액을 결정․경정할 수 있는바, 2015년 2기에 수정세금계산서 발급사유(후발적 사유에 기한 공급가액이 차감)가 발생하였고, 이 사건 자료 등에 의하여 그러한 사실이 확인된 이상, 매입세액 불공제 조치는 정당하다.

4)　원고의 주장과 같이 과다지급액 206억 원 반환채권이 2015 사업연도에 성숙․확정되었다고 볼 수 없다고 하더라도, 2017 사업연도 귀속 법인세 정당세액은 5,781,625,206원이므로, 이 사건 ② 처분은 위 5,781,625,206원을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 한다.

4. 판단

가. 먼저 과다지급액 206억 원 반환채권을 원고의 2015 사업연도의 익금으로 볼 수 있는지 본다.

1) 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 소득이 발생할 권리가 성숙․확정되었는지는 개개의 구체적인 권리의 성질이나 내용 및 법률상․사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 하고, 특히 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에 그와 같은 분쟁이 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고, 판결이 확정된 때 권리가 확정된다고 보아야 한다(대법원 2018. 9. 13. 선고 2017두56575 판결).

2) 위 처분의 경위, 갑 제8, 9, 11, 15, 18, 19, 20호증, 을 제3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함) 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정들을 위 1)항에서 본 법리에 비추어 보면, 과다지급액 206억 원 반환채권은 원고와 ○○○건설 사이에 그 채권의 범위에 관한 다툼이 있어 민사소송으로 나아갔고, 위와 같은 분쟁이 명백히 부당하다고 볼 수 없으므로, 관련 민사소송의 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 할 것이고(관련 민사소송은 아직 확정되지 않았다), 2015 사업연도에 실현의 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었다고 볼 수 없으므로, 이는 2015 사업연도의 익금에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

가) 원고와 ○○광역시 사이의 추가합의서는 기본합의서 및 세부합의서를 보완하기 위한 것으로(추가합의서 전문 참고), 추가합의서 제3조 제3항에 의하면, 주거단지의 도급공사비는 실행원가, 일반관리비, 이윤으로 구분되고, 일반관리비와 이윤을 합한 금액은 도급공사비의 10%를 적용하되, 실행원가는 한국채택 국제회계기준으로 작성된 회계서류 등을 기준으로 주거단지 준공 이후 회계법인을 통한 실사로 결정될 것이 예정되어 있다. 그리고 원고와 ○○○건설 사이의 사업약정서는 기본합의서, 세부합의서 및 세부합의서와 관련된 모든 후속약정(즉, 추가합의서)과 관련하여 원고와 ○○○건설 간의 업무역할 및 범위를 정한 것으로(사업약정서 제1조 참고), 사업약정서 제17조 제1항 제3호는 ⁠‘원고는 본 사업 관련 합의서와 관련하여 ○○○건설에 ○○광역시 또는 그가 지정하는 자에게 본 사업과 관련하여 사업비 검증 등을 위하여 필요한 실사의 수용, 정보의 제공을 요청할 수 있고, ○○○건설은 특별한 사정이 없는 한 이를 수용하기로 한다’고 정하고 있다. 그렇다면, 이 사건 도급계약이 정한 도급공사비 466,155,695,154원은, 추가합의서 제3조 제3항이 정한 바에 따라 주거단지 준공 이후 회계법인을 통한 회계서류에 대한 실사를 거쳐 산정되는 실행원가를 기초로 변경될 것이 전제된 금액이라고 봄이 타당하다.

나) 과다지급액은 원고가 ○○○건설에 지급한 도급공사비에서 위와 같이 회계법인을 통한 회계서류에 대한 실사를 거쳐 산정되는 실행원가를 기초로 산정된 도급공사비를 제외한 금액이므로, 과다지급액의 범위도 회계서류에 대한 실사를 거쳐서 확정될 것이다. 그런데, 2015 사업연도에는 사업비 정산 및 회계실사를 위한 기관 선정만 이루어졌을 뿐이고, 회계서류에 대한 실사는 2016. 7.경부터 시작되었으며, 위와 같이 선정된 회계실사 기관 ○○회계법인은 2017. 3. 31.에서야 실사용역보고서를 발행하였다.

다) 이 사건 자료에는 ⁠‘○○○○ 개발수익금 및 아트센터 추정 사업비’라는 제목 하에 ⁠‘도급공사비 4,456억 원’과 함께 ⁠‘○○○○ 공사비 실사 예정’이라고 기재되어 있고, 또한 ⁠‘주거단지 사업추정 손익표(안)’이라는 제목 하에 ⁠‘도급공사비 4,456억원’과 함께 ⁠‘최종 실사 예정(정산 중)’이라고 기재되어 있다. 또한, ○○○건설은 아래 바)항에서 보는 바와 같이 관련 민사소송에서는 위 4,456억 원과는 다른 금액을 도급공사비로 제시하였는바, 이 사건 자료에 따른 도급공사비 445,554,065,490원은 회계서류에 대한 실사를 앞둔 상황에서 추정된 수치 또는 안(案)에 불과하다고 볼 것이고, 따라서 과다지급액 206억 원의 금액 역시 추정된 수치 또는 안(案)에 불과하다.

라) 이 사건 도급계약에 의하면, 원고는 ○○○건설에 위 도급계약이 정한 도급공사비 466,155,695,154원을 공정표에 따라 매월 현금으로 지급할 의무를 부담하고(이 사건 도급계약 제11조 제1항 제1호, 갑 제11호증의 2 참고), 이를 지체할 경우에는 이자를 가산하여 지급할 의무를 부담하며(이 사건 도급계약의 일반조건 제11조 제2항, 갑 제11호증의 1 참고), 도급공사비는 회계법인을 통한 회계서류에 대한 실사를 거쳐 산정되는 실행원가를 기초로 변경될 것을 전제로 하고 있을 뿐이다. 또한 이 사건 도급계약은, 위 도급계약이 정한 도급공사비와 ○○○건설이 스스로 한국채택 국제회계기준에 따라 측정한 실행원가를 기초로 산정된 도급공사비 사이의 차액을 원고가 ○○○건설에 대하여 즉시 반환을 구할 수 있다거나, 위 도급계약이 정한 도급공사비가 ○○○건설이 스스로 산정한 도급공사비로 즉시 변경된다고 정하고 있지도 않고, 나아가 ○○○건설은 아래 마)항에서 보는 바와 같이 206억 원 보다 적은 188억 원의 반환도 거부하였는바, ○○○건설이 이 사건 자료를 원고에게 제출하였다 하여 과다지급액 206억 원 반환채권이 곧바로 발생․성립한다고 보기는 어렵다.

마) 원고는 ⁠‘과다지급된 도급공사비 188억 원을 환수하라’는 ○○○○○○○○○의 공문을 ○○○건설에 전달하였는데, ○○○건설은 그 지급을 거부하였고, 이에 원고는 2017. 12.경 ○○○건설을 상대로 정산금의 지급을 구하는 관련 민사소송을 제기하게 되었다.

바) 관련 민사소송에서 ○○○건설은 ○○회계법인의 실사가 추가합의서의 내용에 반하는 자의적 실사이거나 한국채택 국제회계기준을 준수하지 않은 실사이므로 법원이 선정한 감정인에 의한 회계감정이 필요하다는 취지로 주장하였고, 이에 따라BB회계법인 및 안○○에 의하여 감정이 진행되었는데, ○○○건설은 BB회계법인에 의한 감정에서는 실행원가 및 도급공사비를 400,608,829,440원 및 445,120,922,600원으로, 안무영에 의한 감정에서는 실행원가 및 도급공사비를 401,128,881,668원 및 445,698,757,409원으로 각 제시하였는바, 이는 이 사건 자료에 기재된 실행원가 및 도급공사비 401,002,668,970원 및 445,554,065,490원과도 다르다.

사) 관련 민사소송의 감정인 BB회계법인은 적정 실행원가 및 도급공사비는 400,503,704,748원 및 445,004,116,387원이라는 감정결과를, 감정인 안○○은 5가지 방법론에 따라 도급공사비가 406,875,161,703원 내지 442,195,292,423원으로 산정될 수 있다는 취지의 감정결과를 제출하였는바, 원고가 ○○○건설로부터 반환받아야 할 과다지급액의 범위는 관련 민사소송의 결과에 의하여 확정되어야 할 것으로 보인다.

나. 다음으로 이 사건 각 처분이 취소되어야 하는 범위에 관하여 본다.

1) 앞서 본 바와 같이 과다지급액 206억 원 반환채권은 원고의 2015 사업연도의 익금에 해당하지 않는다고 판단되므로, 위 206억 원을 업무무관 가지급금이라고 볼 수도 없다. 이 경우 원고의 2016 사업연도에 관하여 과다지급액 관련 인정이자 1,033,121,067원은 익금불산입, 지급이자 1,025,272,968원은 손금산입되어야 하고, 이에 따라 2016 사업연도 귀속 법인세는 82,335,762원이 감액되어야 하며, 가산세는 없으므로(을 제16호증의 1 참고), 이 사건 ①, ⑤ 각 처분은 위법하여 전부 취소되어야 한다.

2) 앞서 본 바와 같이 과다지급액 206억 원 반환채권은 원고의 2015 사업연도의 익금에 해당하지 않는다고 판단되므로, 과다지급액 206억 원 반환채권이 원고의2015 사업연도 익금에, 위 206억 원이 업무무관 가지급금에 각 해당함을 전제로 한 이 사건 ② 처분도 취소되어야 한다. 다만, 그 취소의 범위, 즉 2017 사업연도 귀속 법인세의 정당세액에 관하여 다툼이 있으므로 이에 관하여 본다.

가) 원고는, 2015 사업연도 소득금액 및 그에 따른 이월결손금 공제액이21,009,538,814원( = 과다지급액 20,601,629,660원 + 익금산입된 인정이자 241,462,388원 + 손금불산입된 지급이자 166,446,766원)만큼 감액되어야 하고, 이에 따라 2016 사업연도 이후 공제 가능한 이월결손금 잔액은 21,009,538,814원 만큼 증가되어 41,577,209,509원(=2015 사업연도 말 현재 공제 가능한 이월결손금 잔액 20,567,670,695원 + 위 21,009,538,814원)이 되고, 이를 바탕으로 2017 사업연도 귀속 법인세의 정당세액을 산정하면 아래 표와 같이 299,123,024원이므로, 이 사건 ② 처분 중 299,123,024원을 초과하는 6,389,967,267원 부분이 취소되어야 한다는 취지로 주장한다.

나) 그러나, 아래의 사정들에 비추어 2016 사업연도 이후 공제 가능한 이월결손금 잔액이 21,099,538,814원 만큼 증가됨을 전제로 한 원고의 위 주장은 받아들이 기 어렵다.

(1) 과거 대법원은 법인의 과세표준 확정신고나 과세관청의 조사․결정에 의하여 특정 사업연도의 결손금 및 과세표준이 확정되었더라도, 그 사업연도에 실제로 발생한 결손금이 확정된 위 결손금과 다르다는 것이 증명되었다면, 이후 사업연도의 과세표준을 산정함에 있어서는 그 증명된 실제 결손금을 기준으로 이월결손금을 공제하여야 한다는 취지로 판시하였다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결, 대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두4522 판결 등 참조).

(2) 이에 대하여는 특정 사업연도의 결손금 및 과세표준이 확정되어 경정처분 등을 할 수 없게 되었음에도, 이후 사업연도의 과세표준을 산정함에 있어 이월결손금을 공제하여 주는 것은 법정안정성을 해친다는 비판이 제기되었고, 그 결과 법인세법이 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되면서 제13조 제1호 단서에 ⁠“이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다”는 내용이 신설되었는바(이후 법인세법 제13조는 여러 차례 개정되었으나, 위 신설된 부분은 문구 수정이 있었을 뿐, 현행 법인세법에 이르기까지 유지되고 있다), 이는 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고․경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 참조).

(3) 위 법인세법의 개정 경위와 입법 취지에 비추어 보면, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1호 후단에 해당하는 결손금이 아닌 경우에는 2015 사업연도의 결손금에 해당하는 것이라고 볼 수 없고, 또한 그 이후의 사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어서 이월결손금으로 공제될 수도 없다고 보아야 한다.

(4) 구 법인세법 제13조 제1호 후단의 결손금은 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금을 의미한다. 그런데, 원고가 2015 사업연도 귀속 법인세 신고 시 위 21,009,538,814원을 결손금으로 신고한 것으로 보이지 않고, 이후 수정신고를 한 것으로도 보이지 않는다. 또한, 을 제13호증의 기재에 의하면, 피고는 2019. 3. 11. 원고의 2015 사업연도 귀속 법인세를 경정․고지하면서 2013 사업연도에 발생한 이월결손금 158,661,542,161원 중 138,093,871,466원을 2015 사업연도 과세표준 계산 시 공제한 사실이 인정되는바, 2015 사업연도 말 현재 공제 가능한 이월결손금 잔액은 20,567,670,695원(= 위 158,661,542,161원 – 위 138,093,871,466원)이다. 따라서, 원고가 주장하는 21,009,538,814원은 구 법인세법 제13조 제1호 후단의 결손금에 해당한다고 보기 어렵다.

(5) 2015 사업연도 법인세 과세표준에 포함된 결손금의 증액경정청구기간은 국세기본법 제45조의2 제1항 제2호에 따라 법인세 신고기한인 2016. 3. 31.부터 5년 후인 2021. 3. 31.까지이므로, 증액경정청구기간은 이미 경과하여 불가쟁력이 발생하였는바, 원고가 주장하는 결손금 21,009,538,814원을 증액할 의무가 피고에게 있다고 보기도 어렵고, 원고가 주장하는 결손금 21,009,538,814원을 추가하는 것은 법적 안정성을 도모하고자 하는 구 법인세법 제13조 제1호 후단의 입법 취지에도 반한다.

다) 그러므로, 2015 사업연도 말 현재 공제 가능한 이월결손금 잔액은20,567,670,695원임을 전제로 2017 사업연도 귀속 법인세의 정당세액을 산정하여야 하고, 이 경우 그 정당세액은 아래 표와 같이 5,781,625,206원이므로(을 제16호증의 2 참고), 이 사건 ② 처분 중 위 5,781,625,206원을 초과하는 907,465,085원 부분이 취소되어야 한다.

(생략)

3) 앞서 본 바와 같이 과다지급액 206억 원 반환채권은 원고의 2015 사업연도의 익금에 해당하지 않는다고 판단되므로, 2015년 2기에 수정세금계산서 발급사유(후발적 사유에 기한 공급가액 차감)가 발생하였다고 볼 수 없어, 위와 같은 사유가 발생하였음을 전제로 한 이 사건 ③ 처분은 위법하여 전부 취소되어야 한다.

4) 앞서 본 바와 같이 과다지급액 206억 원 반환채권은 원고의 2015 사업연도의 익금에 해당하지 않는다고 판단되므로, 위 206억 원을 업무무관 가지급금이라고 볼 수도 없다. 이 경우 원고의 2018 사업연도에 관하여 과다지급액 관련 인정이자947,674,964원은 익금불산입, 지급이자 1,484,396,760원은 손금산입되어 과세표준이 위 각 금액 합계 2,432,071,724원 감액, 결손금이 같은 금액 증액되어야 하므로(을 제16호증의 3 참고), 이 사건 ④ 처분도 위법하여 전부 취소되어야 한다.

5. 결론

따라서, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2022. 12. 09. 선고 인천지방법원 2021구합56095 판결 | 국세법령정보시스템