요지

정부출연금은 수입과 무관하게 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위하여 지급하는 금액이고 원고의 사업 중 수입이 전혀 발생하지 않은 사업에 대하여 그 수입액과 지출액의 차액을 보전하는 방식으로 사용되었다고 봄이 상당함

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2020. 10. 5. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 2,327,718,170원(가산세 646,301,800원 포함), 2018 사업연도 법인세 751,209,490원(가산세 144,539,199원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 기초사실 내지 처분의 경위

 가. BBBBBB은 환경오염방지사업 등을 수행하기 위하여 설립된 비영리법인으로, 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 설립되어 BBBBBB과 CCCCCCCC의 모든 재산과 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다(이하 BBBBBB과 CCCCCCCC를 통칭하여 모두 ⁠‘원고’라 한다).

 나. 원고가 영위하는 사업은 크게 ① 정부업무대행사업, ② 환경시설설치지원사업, ③ 정부출연사업, ④ 연구용역사업 등으로 분류되고, 원고는 매년 사업별 수입예산액에서 지출예산액의 차액(이하 ⁠‘예산상 수지차액’이라 한다)을 계산하여 정부출연금 지원요청을 한 다음 해당 정부출연금을 기관운영 및 자산취득을 위한 자금으로 사용하였다.

 다. 원고는 2017, 2018 사업연도 과세기간 동안 국가로부터 아래 표와 같이 합계 161,275,739,676원의 비용보전분 정부출연금(아래 출연금 내역 표 참조, 이하 ⁠‘이 사건 정부출연금‘이라 한다)을 지급받아 원고가 영위하는 각 사업의 운영자금으로 사용하였는데, 각 결산시점에 확인된 개별 수익·비수익사업의 수입, 사업비, 인건비를 바탕으로 개별 사업의 실제 수익과 실제 비용의 차액 즉, 실제 수지차액(이하 ⁠‘결산상 수지차액’이라 한다)을 확정한 다음, 이를 기준으로 산정한 전체 결산상 수지차 부족액 총액에서 개별 사업의 결산상 수지차 부족액이 차지하는 비율에 따라 이 사건 정부출연금을 안분(이하 ⁠‘결산상 수지차액 안분방식’이라 한다)한 후, 그중 수익사업 부분에 안분된 83,265,640,870원을 익금에 산입하여 2017, 2018 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 신고하고 해당 세액을 납부하였다(이하 ⁠‘이 사건 과세신고·납부’라 한다).

-표 생략-

 라. ㅇㅇ지방국세청은 2020. 1. 30.부터 2020. 9. 8.까지 원고에 대한 법인세 통합조사(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하고, 결산상 수지차액이 아니라 원고의 지출예산코드상 사업구분에 따른 수입과 비용의 차액을 기준으로 정부출연금을 안분하여 그중 수익사업 부분에 안분된 113,578,026,709원을 익금에 산입(이하 ⁠‘지출예산코드 배분방식’이라 한다)하도록 하는 내용의 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 피고는 지출예산코드 안분방식으로 계산한 익금과 당초 신고분 간의 차액인 30,312,385,840원을 과세표준에 가산하여 2020. 10. 5. 원고에게 2017 사업연도분 법인세 2,327,718,170원(가산세 646,301,800원 포함), 2018 사업연도분 법인세 751,209,490원(가산세 144,539,199원 포함) 합계 3,078,927,660원을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

 마. 원고는 2020. 12. 10. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 6. 22. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은가지번호 포함하며, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 당사자들의 주장

 가. 원고의 주장

   대법원 판례(대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두69908 판결)에 따르면 원고가 수령한 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금으로 산입해야 하므로 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분을 산정하는 방법이 문제된다.

   원고는 정부출연금과 자체수입금을 혼용하여 정부출연사업 비용으로 집행하고 있기에 정부출연사업에 정부출연금이 직접 사용된 규모를 확인할 수 없으며, 정부출연금 중 원고가 수행하는 개별 사업들과 원고의 기관운영에 각각 사용된 부분을 구체적으로 특정하는 것이 불가능하다. 정부출연금이 원고의 각 사업에서 발생하는 손실을 보전하기 위하여 지급되는 자금이라는 점을 감안하여 볼 때, 결산시점에서 각 사업별 수지차액(실제 수익 –실제 비용)을 확정한 다음 위 결산상 수지차 부족액에 대하여 정부출연금이 사용된 것으로 보고 이를 기준으로 익금을 계상하는 결산상 수지차액 방식이 가장 합리적이라고 할 수 있는바, 이에 따른 이 사건 과세신고·납부가 부당하다고 볼 수 없다.

   그럼에도 불구하고 피고는 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연인건비’(예산코드 3501)로 원고의 회계자료에 계상되어 있는 금원을 원고가 각 개별사업에 실제로 사용한 정부출연금으로 보아, 이 사건 정부출연금 중 수익사업의 ⁠‘정부출연금’ 또는 ⁠‘정부출연인건비’ 예산코드에 계상되어 있는 부분을 익금에 산입하는 지출예산코드 배분방식에 의하여 정부출연금을 배분하였는데, 위 예산코드로 기재한 내역은 원고가 운영하는 사업 중 정부출연사업의 인건비 지출내역에 불과하고 정부출연금의 지출내역이라고 평가할 수 없으며, 원고의 인건비 지출은 원고의 자체 수입과 정부출연금을 합친 자금으로 집행되고 있는바, 이 사건 처분은 잘못된 전제에서 내려진것으로 위법하여 취소되어야 한다.

 나. 피고의 주장

  1) 이 사건 조사과정에서 ㅇㅇ지방국세청은 원고가 관리하던 회계보조부 등의 회계자료(이하 ⁠‘이 사건 회계자료’라 한다)를 통해 정부출연금의 세부집행내역을 확인하여 수익사업에 사용된 금액을 확인하고 이를 수익사업의 익금에 산입하였고, 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 금액은 개별익금비율에 따라 안분하여 수익사업의 익금에 산입하였는바, 이와 같은 세무조정을 거쳐 이루어진 이 사건 처분은 실질과세원칙에 따른 것으로서 적법한 처분이다.

  2) 이 사건 정부출연금의 실제 집행내역을 알 수 없다면, 이 사건 정부출연금은 수익사업과 비수익사업의 공통익금에 해당한다고 볼 수 있다. 법인세 시행규칙 제76조 제6항 제1호에 따라 이 사건 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 수입액에 안분하여 배분해야 하며, 이 경우 원고의 2017, 2018 사업연도 수익사업의 익금에 해당하는 정부출연금은 이 사건 처분 당시 지출예산코드 배분방식에 따라 원고의 2017, 2018 사업연도 수익사업의 익금으로 계상한 정부출연금을 초과하므로, 이 사건 처분으로 부과하는 세액은 정당세액의 범위 내에 있게 되는바, 이 사건 처분이 위법하다고 할 수없다.

4. 판단

 가. 관련 법리

  1) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2015. 2. 12. 선고 2014두43028 판결 등 참조).

  2) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항 단서에서 비영리법인에 대하여는 ⁠‘각 사업연도의 소득’ 및 ⁠‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 제3조 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각호의 사업 또는 수입(이하 ⁠‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 제14조는, ⁠‘각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다’고 규정하고 있으며, 제15조 및 제19조는 ⁠‘익금은 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 하고, 손금은 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다.

    또한 구 법인세법 제40조는 ⁠‘각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있고, 제113조 제1항은 비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산․부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 제113조 제6항, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제156조의 위임에 의하여 구분경리의 방법을 정하고 있는 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 하고, 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리하며, 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 하도록 규정하고 있다. 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하고, 업종이 다른 경우의 공통되는 손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산하도록 하되, 다만 개별손금이 없는 경우 등 기타 사유로 위와 같은 기준을 적용하는 것이 불합리한 경우에는 작업시간 등을 기준으로 안분하도록 규정하고 있다. 위와 같이 법인세법은 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 권리․의무 확정주의 및 수익․비용 대응원칙을 채택하고 있다.

    따라서 원고가 구체적인 용도를 정하지 않은 정부출연금을 수령한 시점에는 이를모두 수익사업을 위하여 지급받은 금원이라고 단정할 수 없으나, 원고가 해당 사업연도별로 수익사업과 비수익사업에 대하여 구분경리를 하고 결산을 하는 시점에는 정부출연금에 대해서도 정해진 용도에 따라 수익사업과 관련하여 배분된 부분에 대하여는 수익사업에 대한 익금으로 처리한 다음, 수익사업에 관련하여 지출된 비용을 손금으로 처리하는 것이 합당하고(대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두69908 판결 참조), 정부출연금 역시 각 사업별로 실제 사용내역이 구분되는 경우에는 구분경리하되, 전체 사업에 공통으로 사용되어 구분이 안 되는 정부출연금은 특별한 사정이 없는 한 수입금액 또는 매출액에 비례하여 이를 안분하거나, 안분할 사업의 구체적 특성 등으로 인하여 그와 같은 방식의 안분이 불합리하다고 인정되는 경우에는 실질적인 사용 기준 등에 따라 공통익금 및 공통손금을 안분 계산할 수 있다고 봄이 타당하다.

 나. 피고가 정부출연금을 토대로 익금을 산정한 방식

    피고의 이 사건 처분은, 이 사건 조사 당시 원고로부터 입수한 이 사건 회계자료를 근거로 이루어진 것으로서, 해당 회계자료의 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연인건비’(예산코드 3501)라고 기재되어 있는 내역이 정부출연금을 집행한 실제 세부내역임을 전제로 이루어졌다. 을 제5호증의 기재에 의하면, 피고는 수익사업의 익금과 관련하여, 해당 회계자료에서 추출한 정부출연금의 집행내역을 토대로 정부출연금을 수익사업에 사용된 금액(수익사업의 인건비), 비수익사업에 사용된 금액(비수익사업의 인건비), 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 금액(위 각 수익사업, 비수익사업에 속하지 않는 인건비)에 안분한 다음, 공통으로 사용된 금액은 다시 수익사업과 비수익사업의 익금 비율에 따라 안분하여 합산하는 방식으로 수익사업에 대한 전체 익금을 산정하였음을 알 수 있다(피고는 수익사업의 손금에 대해서는 원고와 동일하게 산정하였다). 2017년도를 기준으로 정부출연금 약 775억 원을 수익 사업의 익금에 산입한 방식은 각 다음과 같다.

 다. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

  1) 인정사실

    아래와 같은 사실은 이 법원에 현저하거나, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제7 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

   가) 원고는 수지차보전 방식으로 예산을 지원받는 기관 즉, 수지차 보전기관으로 지정되어 있다. 정부출연금은 원고가 다음 해 지출예산 총액과 자체수입예산 총액을 산정하여 그 부족액을 정부의 예산에 반영해 줄 것을 요청하면, 기획재정부에서 심의한 후 국회의 승인을 거쳐 출연금 예산이 확정되고, 원고는 확정된 출연금을 분기별로 교부받고 있다.

   나) 2019년도 출연금 예산 설명회 결과알림(갑 제9호증)에는 ⁠‘2019년부터 원고에게 새롭게 적용되는 제도로서 총지출예산 1,890억 원 중 수지차 출연금 1,048억 원을 사업출연금 964억 원, 기관출연금 84억 원으로 구분하여 예산배정하며, 기관출연금인 경상경비/인건비 822억 원을 자체수입으로 조달한다.’고 기재되어 있다.

   다) 수지차보전기관 2018년 예산요구 가이드라인(갑 제10호증)에는 ⁠‘수지차 출연금은 사업출연금으로 우선 편성하고, 출연금이 사업비 초과시, 초과액은 기관운영출연금으로 편성’한다고 기재되어 있으며, 기획재정부는 원고가 위 가이드라인에 따라 정부출연금을 ⁠‘사업비’에 우선 충당 후 ⁠‘기관운영비(인건비 및 경상비)’에 충당하고 있다고 회신하였다(갑 제11호증).

   라) 중부지방국세청장은 2011년경 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 수익사업에 사용된 정부출연금은 예산상 수지차액을 기준으로 산출된 정부출연금 지원요청액을 해당 수익사업에 배분하여 산입하는 방식(이하 ⁠‘예산상 수지차액 방식’이라 한다)으로 익금에 산입함이 타당함에도, 원고가 이와 다른 기준을 적용하여 정당한 법인세를 신고하지 아니하였다는 등의 내용이 포함되어 있는 과세자료를 피고에게 통보하였다. 피고는 2012년경 위 세무조사결과에 따라 수익사업의 익금과 관련하여 ㉠ 수익사업으로 사용된 정부출연금, ㉡ 수익‧비수익사업 공통으로 사용된 정부출연금 중 수익사업 해당분 등을 모두 익금에 산입하는 등의 세무조정을 한 다음 2006년부터 2008년까지 각 법인세와 2010년 법인세 부과처분을 하였다(이하 ⁠‘종전 법인세 부과처분’이라 한다).

   마) 원고는 피고의 종전 법인세 부과처분 등에 불복하여 행정소송을 제기하였고, 제1심 법원은 2017. 2. 17. ① 지방자치단체 등으로부터 지급 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질귀속자는 원고라고 보아야 하므로 해당 부분에 관한 세무조정은 부당하고, ② 정부출연금 중 수익사업에 사용된 부분은 법인세법상 익금으로 산입하는 것이 타당하다고 판단한 다음, 법인세 정당세액을 계산할 수 없다는 취지로 원고의 청구 전부를 인용하였다(인천지방법원 2013구합11318 사건). 원고와 피고는 위 제1심 판결에 불복하여 항소하였고, 항소심 법원은 2017. 8. 31. 위 제1심 판결과 같은 결론을 내린 다음 항소심에 제출된 과세자료를 기준으로 정당한 세액을 계산하여 초과된 세액에 한하여 종전 법인세 부과처분 등의 일부를 취소하는 판결을 선고하였으며(서울고등법원 2017누40656), 대법원은 2022. 3. 17. 종전 법인세 부과처분에 관한 판단에 대하여는 위 항소심 법원의 판단에 잘못이 없다는 이유로 종전 법인세 부과처분에 관한 원고와 피고의 상고를 모두 기각하여 종전 법인세 부과처분을 확정하였다(대법원2017두69908, 이하 ⁠‘선행사건’이라 한다).

  2) 구체적 판단

    전술한 바와 같이 피고의 이 사건 처분은 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 내역이 정부출연금의 실제 사용내역을 반영한 것임을 전제로 하고 있으므로, 위 회계자료가 피고가 주장하는 의미를 가진 것으로 볼 수 있는지, 아니면 원고의 주장과 같이 해당 항목 기재내용이 정부출연금의 실제 집행내역과는 무관한 것인지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

     앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거 및 갑 제3, 5, 6호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제출된 증거만으로 이 사건 회계자료 중 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 지출내역이 정부출연금의 실질적 집행내역에 해당한다고 인정하기 어렵고, 달리 이 사건 과세신고·납부액이 정당세액에 미치지 못한다고 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

    가) 2017년도 출연금 예산 설명자료(갑 제3호증)에 기재된 원고의 예산요구 내용을 살펴보면 수입항목은 ⁠‘환경시설진단수입, 검사/분석/인증수입, 폐기물제도운영수입, 폐기물자원화수입, 기타수입’ 등으로 구성되어 있고, 지출항목은 ⁠‘인건비, 경상경비, 사업비(환경시설진단, 검사/분석/인증, 폐기물제도운영, 폐기물자원화, 국가정책지원, 교육/홍보/정보화, 국제협력사업 등)’로 되어 있고 그 부족액 차액을 정부출연금으로 요구하였음을 알 수 있다. 이에 의하면, 원고는 매년 예정된 사업내역과 전년도 사업내역을 기준으로 전체 사업의 총 수입액과 총 지출액의 차액을 정부출연금 예산으로 요구하였다고 봄이 상당하다.

    나) 정부도 위와 같은 원고의 요구에 따라 예산상 수지차액에 해당하는 금원을 총액으로 원고에게 정부출연금으로 지급하였으며, 적어도 2019년 이전에는 정부출연금의 구체적인 용도를 특정하거나 구분하지 않은 채 원고에게 이를 지급하였던 것으로 보인다.

    다) 원고가 정부출연금과 자체수입금을 재원으로 하여 이를 각 사업의 비용으로 지출하고 있다는 사실에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 정부출연금의 구체적 용도가 특정되어 있지 않았던 이상 원고가 정부출연금과 자체수입금을 구분하여 지출하여야할 필요가 있다고 볼 수 없으며, 실제로도 원고는 정부출연금과 자체수입금을 하나의 통장으로 관리하며 집행하고 있어 정부출연사업의 집행금액의 재원이 정부출연금인지 자체수입금인지 구분하기 어려운 구조였던 것으로 보이는바, 원고가 각 개별 정부출연사업별로 정부출연금을 직접 사용한 규모를 파악하는 것은 어렵다고 봄이 상당하다.

    라) 정부출연사업 출연금 비수익사업 배분 요령(을 제6호증)은 원고가 정부출연금을 각 사업별로 배분하는 기준을 정하고 있는데, 위 요령의 단계1. ②항에는 ⁠‘세항3101과 3501의 인건비를 관리코드별로 각 세항별로 배분’이라고 기재되어 있으며, 출연금 배분 예시 표에서 예산코드 3101과 3501의 인건비를 각 정부출연사업의 인건비로 계상하고 있다. 이는 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 지출내역은 각 정부출연사업에 지출된 인건비를 의미하는 것이라는 원고의 주장과 일치한다.

    마) 을 제5호증의 기재에 의하면, 피고도 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 지출내역이 각 정부출연사업에 지출된 인건비에 해당한다는 것은 전제하고 있으며, 다만 피고는 위 ⁠‘세항명’의 명칭으로 미루어 볼 때 해당 인건비의 재원이 전부 정부출연금으로 구성되어 있다고 판단하고 이를 기준으로 정부출연금을 배분하였다.

     그러나 원고의 각 정부출연사업에 지출된 인건비의 재원이 반드시 정부출연금으로만 구성되어야 할 당위성이나 필요성이 있음을 인정할 근거자료는 찾아보기 어렵고, 정부의 가이드라인(갑 제10호증)에 따를 때 원고는 정부출연금을 ⁠‘사업비’에 우선 충당한 후 나머지를 ⁠‘기관운영비(인건비 및 경상비)’를 충당하고 있는바, 정부출연금이 모두 해당 인건비 지출 용도로 사용되었다고 판단하기는 어렵다[원고는 2019년도 출연금 예산 설명회(갑 제9호증)에서 2019년부터는 인건비를 자체수입으로 조달한다는 점을 분명히 하였다].

     특히, 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)로 기재된 내역의 합계액은 2017 사업연도의 경우 81,803,053,533원, 2018 사업연도의 경우는 87,212,326,539원인 것에 비해, 실제 정부출연금은 2017 사업연도 77,575,627,543원, 2018 사업연도 83,700,112,133원으로 과소한바, 이에 의하면 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’란 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연금인건비’(예산코드 3501)의 내역에 계상되어 있는 각 정부출연사업에 지출된 인건비의 재원이 전부 정부출연금이라고 볼 수 없다는 점이 드러난다.

    바) 결국 이 사건 회계자료의 ⁠‘세항명’란에 ⁠‘정부출연금’(예산코드 3101) 또는 ⁠‘정부출연인건비’(예산코드 3501)라고 기재된 내역은 각 정부출연사업에 지출된 인건비에 불과하고, 이는 실제 정부출연금의 집행내역과는 무관하다고 판단함이 상당한바, 이 사건 회계자료를 통해 원고가 정부출연사업에 정부출연금을 직접 사용한 규모를 구체적으로 파악하는 것은 불가능하다.

    사) 이 사건 정부출연금은 원고의 지출예산 총액과 자체수입예산 총액을 차감한 수지차를 보전해주기 위한 목적에서 원고에게 지급되는 금원이므로, 그 본래의 목적에 따라 손실이 발생한 사업을 위하여 사용되었다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 피고도 종전 법인세 부과처분 당시에는 원고의 정부출연금의 실제 집행내역을 파악하기 어렵다고 보고 수익사업에 사용된 정부출연금을 예산상 수지차액 방식으로 계산하여 익금에 산입하는 것으로 세무조정 하였고, 선행사건에서 법원도 이와 같은 피고의 세 무조정이 정당하다고 판단한바 있다. 다만, 예산상 수지차액 방식은 정부출연금의 실질적인 집행내역과는 차이가 있으므로, 예산상 수지차액보다는 결산시점에서 각 사업별수지차액(실제 수익 –실제 비용)을 확정한 다음 위 결산상 수지차 부족액에 대하여 정부출연금이 사용된 것으로 보고 이를 기준으로 익금을 계상하는 결산상 수지차액 방식의 회계처리가 가장 적정하다고 판단되는바, 이에 따른 이 사건 과세신고·납부는 정당한 것으로 봄이 타당하다.

    아) 반면, 피고는 이 사건 정부출연금의 실제 집행내역을 알 수 없다면, 이 사건 정부출연금 전부가 수익사업과 비수익사업의 공통익금에 해당한다고 보아야 한다면서 구 법인세 시행규칙 제76조 제6항 제1호에 따라 이 사건 정부출연금을 수익사업과 비수익사업의 수입액에 안분하여 배분해야 한다고 주장하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 정부출연금은 원고의 수지차이로 인한 손실을 메꾸기 위해서 원고에게 지급되는 것으로 각 사업별 수지차이 부족액을 산정할 수 있는 이상 이 사건 정부출연금 전부가 수익사업과 비수익사업의 공통익금이라고 볼 수 없으며, 종전 법인세 부과처분 당시 피고도 원고에게 지급된 정부출연금 전부가 공통익금에 해당한다고 보지는 않았다. 더구나, 을 제5호증의 기재에 의하면 원고는 각 정부출연사업의 결산상 수지차 부족액에 비례하여 이 사건 정부출연금이 사용된 것으로 배분하고, 수익‧비수익사업에 공통으로 사용된 비용에 대하여 배분된 정부출연금은 수익·비수익사업의 매출액에 위와 같은 방식으로 배분된 정부출연금을 합산한 금액을 기준으로 안분하여 수익사업과 비수익사업의 익금으로 계상하였음을 알 수 있는바, 공통익금을 구분계산한 방식도 구 법인세 시행규칙 제76조 제6항 제1호의 규정에 비추어 부당하다고 판단되지 않는다.

    따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

5. 결론

  원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2024. 12. 06. 선고 인천지방법원 2022구합56306 판결 | 국세법령정보시스템