요지

토지 매수인이 농업법인을 거쳐 양수자에게 매도하였으나 경제적 실질 내용에 따라 매수인이 직접 양수인에게 매도한 것에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 5. 4. 원고에 대하여 한 2014년 및 2015년 귀속 양도소득세 120,173,520원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치고 다음의 ⁠“2. 추가판단”을 추가하는 외에는 제1심판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다(제1심법원이 적법하게 채택하여 조사한 증거들에 원고가 이법원에 제출한 갑 제32 내지 53호증까지 보태어 보더라도 제1심의 사실 인정과 판단은 정당하고, 거기에 원고가 항소이유로 주장한 바와 같은 잘못이 없다).

○ 5쪽 밑에서 1행 ⁠“답변서 및 2019. 12. 3.자 준비서면에서”를 ⁠“답변서, 2019.1.7.자 준비서면 및 2019. 9. 3.자 준비서면에서”로 고쳐 쓴다.

○ 6쪽 10행 ⁠“증인 박BB”를 ⁠“제1심증인 박BB”로, 16~17행 ⁠“증인 김CC, 박BB”를 ⁠“제1심증인 김CC, 박BB”로 각 고쳐 쓴다.

○ 7쪽 15행 ⁠“위와 같은 사정에”부터 8쪽 2행까지를 ⁠“설령 DD와 EE가 설립이후 농산물 생산 및 판매업을 영위하고 있다고 하더라도(원고 주장에 따르더라도 DD와 EE가 설립된 이후 약 1년 동안은 농산물 판매 등 영업활동이 있었던 것으로 보이지 않는다), 설립된 지 약 2개월(DD) 또는 1주일(EE)만에 농업회사법인이 현물출자 받은 부동산을 즉시 매도한다는 것은 매우 이례적이고, 이 사건 각 토지의 매매 경위, 자금의 이동 내역 등에 비추어 DD 및 EE의 설립과 이 사건 각 토지의 매매는 관련되어 있다고 의심하기에 충분하며, 무엇보다 이 사건 각 현물출자가 농업회사법인에 대한 과세특례를 도입한 취지에 부합하는 것이라고 볼 수는 없다. 조세특례제한법이 농업회사법인에 대한 다양한 과세특례를 도입한 것은 농어촌 지역의 생산인력 부족현상이 심화됨에 따라 협업적·기업적 농업경영을 할 수 있도록 농업회사법인의 설립·육성을 적극 지원하기 위한 목적에서 비롯된 것이고, 특히 농업회사법인에 대한 현물 출자 시 양도소득세를 면제해주는 규정은 농업회사법인의 농지 보유 및 자경을 촉진하기 위함에 있는 것이지 그와 달리 곧바로 부동산을 매도하여 실질적으로 현금 출자에 해당하는 경우에도 양도소득세를 면제해주려는 취지로 해석되지는 않으며, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 및 같은 법 시행령 제19조의 취지에도 부합하지 않는다.”로 고쳐 쓴다.

○ 8쪽 14~15행 ⁠“어렵다.”를 ⁠“어렵다(원고는 위와 같은 기재는 착오에 의한 것이고이를 정정하여 곧바로 원고가 EE의 계좌로 2,000만 원을 입금하였다고 주장하나, 설령 원고의 위 주장이 사실이라고 하더라도 이 사건 HH리 토지에 관한 계약 체결의 시기와 그 내용, EE의 설립 시기 등에 비추어 위와 같은 입금이 처음부터 위 토지의 현물출자를 예정한 결과라기보다는 양도소득세 감면을 목적으로 현물출자의 형식을 맞추기 위한 것으로 보일 뿐이어서, 부당한 양도소득세 감면 목적 없이 적법한 현물출자가 이루어진 것이라는 원고의 주장은 여전히 받아들일 수 없다).”로 고쳐 쓴다.

2. 추가판단

가. 신의성실의 원칙 위반 여부에 관하여

1) 원고 주장의 요지

원고가 이 사건 GG리 토지와 이 사건 HH리 토지를 현물출자할 때 적용되던 조세특례제한법 제68조 제2항에 따르면 농업인이 농지를 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세가 면제된다. 그런데 위 규정에서 정하는 ⁠‘농업인’과 관련하여 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제63조 제4항은 현물출자하는 농지 등이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지 등으로부터 ⁠‘직선거리 20㎞ 이내’에 거주하면서 ⁠‘직접 경작’하는 사람을 그 요건으로 하다가 2015. 2. 3. ⁠‘농업인’의 요건으로 ⁠‘직선거리 30㎞ 이내’로 변경되고 ⁠‘4년 이상 경작’ 요건이 추가되었다. 대한민국 정부, 기획재정부, 국세청 등 피고의 상급기관들은 위와 같이 개정된 요건이 2015. 7. 1.부터 적용되는 것으로 공적 견해를 표명하였고, 원고는 이를 신뢰하여 농업회사법인에 현물출자할 경우 양도소득세가 면제될 것으로 판단하고 위와 같은 현물출자에 이르게 된 것이다. 따라서 이 사건 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것으로, 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세는 면제되어야 한다.

2) 판단

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 참조).그런데 앞서 본 바와 같이 원고의 이 사건 각 토지의 현물출자는 위 각 토지를 김CC, 배II에게 직접 매도하는 과정에서 양도소득세를 부당하게 감면받기 위한 목적에서 이루어진 것일 뿐이어서 양도소득세 면제에 관한 조세특례제한법 규정이 적용될 수 없을 뿐만 아니라, 이 사건 처분에 대해 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 위와 같은 여러 요건을 모두 갖추어야 하는 것인데, 갑 제20, 34, 35호증의 각 기재에 따르면 기획재정부가 보도자료를 통해 농업회사법인에 대한 현물출자 시 양도소득세 면제와 관련한 세법개정안을 2015. 7. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다고 밝힌 사실은 인정되나, 위 보도자료는 위와 같이 조세특례제한법 시행령이 실제 개정된 2015. 2. 3. 이전에 배부된 것으로서 반드시 그와 같이 시행령을 개정하여 반드시 2015. 7. 1.이후 분부터 적용하겠다는 내용의 공적 견해를 표명한 것으로 보기 어렵고, 그에 기초하여 언론보도 등이 이루어졌다고 하더라도 기획재정부의 견해가 표명된 방식이나 내용 등에 비추어 적어도 농업회사법인에 대한 현물출자에 대해 양도소득세를 면제받고자 하는 사람이라면 현물출자 이전에 관계 규정이 언제부터 개정되어 적용되는지 여부를 확인하여야 할 의무가 있다고 봄이 타당하고, 결국 이러한 주의의무를 게을리 한 원고에게 과세관청의 견해표명을 신뢰한 데 귀책사유가 없다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

나. 재조사가 금지되는 세무조사에 기초한 과세처분 해당 여부에 관하여

1) 원고 주장의 요지

피고는 2016. 9. 19.부터 2016. 9. 30.까지 현물출자감면 등 양도소득세 신고 적정여부에 대해 원고에 대한 현장확인(이하 ⁠‘이 사건 현장확인’이라고 한다)을 실시하였음에도 2017. 2. 20.부터 2017. 3. 10.까지 동일한 내용의 세무조사를 중복하여 실시하였다. 이 사건 처분은 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 재조사가 금지되는 위 세무조사에 기초한 것으로서 위법하다.

2) 판단

⑴ 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 ⁠‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다(대법원 2017.3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

⑵ 구체적 판단

원고는 피고가 2016. 9.경 원고의 배우자이자 DD 및 EE의 실질적 대표자인 김JJ에 대해 이 사건 현장확인을 실시한 이외에 원고에 대해서도 현장확인을 실시하였다고 주장하고 있으나, 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다. 설령 김JJ에 대해 이루어진 이 사건 현장확인이 원고에 대한 ⁠‘현장확인’적 성격을 겸하고 있다고 하더라도, 앞서 든 증거들과 갑 제55, 56호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면 이 사건 현장확인이 세무조사에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

① 피고는 김JJ에게 2016. 9. 5.경 현물출자감면 등 양도소득세 신고 적정여부를 확인하기 위한 목적에서 2016. 9. 19.부터 2016. 9. 30.까지 현장확인을 실시한다고 통지하고 그에 따라 이 사건 현장확인을 실시하였는데, 피고가 수립한 계획이나 김JJ에게 통지한 내용 등에 비추어 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 목적에서 이 사건 현장확인이 이루어진 것으로 보이지 않는다.

② 이 사건 현장확인 과정에서 피고 소속 직원들은 양도소득세 신고내역과 관련하여 질문을 하고 김JJ이 양도소득세 신고 당시 제출한 첨부 서류를 요구하였을 뿐(원고 주장에 의하더라도 피고 소속 직원들은 당시 사업자등록증, 법인등기부등본,정관 등의 자료를 요구하여 제출받았을 뿐이다), 장기간에 걸친 장부, 서류, 물건 등의 검사·조사로까지 나아간 것으로 보이지 않는다.

③ 피고 소속 직원들은 김JJ이 신고한 양도소득세 내역과 관련된 내용에 대해 질문하고 신고 당시 첨부한 자료를 요구하였으므로, 원고나 김JJ이 어렵지 않게 응답할 수 있었을 것으로 보이고, 그 밖에 이 사건 현장확인이 김JJ 등에게 과도한 부담을 부과하는 등으로 영업권을 침해하였다고 볼 만한 자료가 제출된 바도 없다.

다. 세무조사 대상 선정의 위법 여부에 관하여

1) 원고 주장의 요지

피고는 ⁠‘양도소득세 탈루를 위해 농업회사법인을 설립한 혐의가 있음’을 이유로 원고를 세무조사 대상으로 선정하였다. 그런데 피고는 위와 같은 혐의를 인정할 만한 명백한 자료를 확인한 바 없음에도 원고를 세무조사 대상으로 선정한 것으로서, 그에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 판단

국세기본법 제81조의6 제3항은 ⁠‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.’고 규정하면서 제4호에서 ⁠‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 들고 있다. 여기서 ⁠‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라고 함은 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우라고 해석할 수 있다.

을 제13호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 소속 직원이 원고의 양도소득세 신고 내용을 검토한 후 원고 부부가 EE 및 DD에 이 사건 각 토지 등을 현물출자한 후 2~3개월 내에 제3자에게 양도하는 등으로 양도소득세 탈루 혐의가 있다고 보고 원고를 비정기 세무조사 대상자로 선정한 사실이 인정된다. 그런데 설립된 지 약 1주일(EE) 또는 2개월(DD) 만에 농업회사법인이 현물출자 받은 부동산을 즉시 매도한다는 것은 그 자체로 매우 이례적이므로 원고의 신고내용에 탈루나 오류가 있을 개연성을 시사하고, 이러한 개연성은 이 사건 각 토지에 대한 등기사항전부증명서에 의해서도 충분히 객관성과 합리성이 인정된다고 보인다. 따라서 피고의 세무조사 대상자 선정이 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

라. 기납부세액 공제 누락 주장에 관하여

원고는 2014년 귀속 양도소득세로 5,295,670원을 납부한 바 있는데, 위 금액은 기납부세액으로 공제되지 않았다고 주장한다. 갑 제54호증의 기재에 따르면 원고가 2014년 양도소득세로 5,295,670원을 납부한 사실은 인정된다. 그러나 을 제14호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면 위 금액은 원고가 종합소득세로 납부하여야 할 금액을 양도소득세로 잘못 납부한 사실을 인정할 수 있는바, 결국 2014년 귀속 양도소득세에서 공제되어야 할 기납부세액에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 광주고등법원 2021. 03. 10. 선고 광주고등법원(제주) 2020누1058 판결 | 국세법령정보시스템