요지

(1심 판결과 같음) 조세특례제한법상 상대적으로 높은 매입세액 공제율이 적용되는 ⁠‘중고자동차’에 해당하는지 여부는 제도의 취지를 고려하여 구체적, 개별적으로 그리고 엄격하게 판단하여야 할 것이며, 폐차 요청된 자동차를 매입할 당시 이를 중고자동차로 취득한 것이라 볼 수 없고 재활용폐자원을 취득한 것이라 보아야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 7. 25. 및 2018. 8. 22. 원고에게 한 부가가치세경정청구 거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

 원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 다르지 않고, 제1심 및 당심에서 제출된 증거를 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 원고의 청구를 기각한 제1심의 판단은 정당하다고 인정된다.

 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 제1심판결 제6쪽 13행의 ⁠“시행령”을 ⁠“시행규칙”으로 고쳐 쓰고, 원고가 당심에서 강조하는 주장에 대한 판단을 아래 2.항과 같이 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 추가 판단

 가. 원고의 주장요지

  1) 원고가 사업자로부터 폐차 요청된 중고자동차를 매입하는 경우 세금계산서 발행이 가능하여 110분의 10을 적용한 매입세액을 공제받을 수 있는 것에 비하여, 개인으로부터 폐차 요청된 중고자동차를 매입하는 경우 조세특례제한법상 재활용폐자원에 해당한다고 보아 103분의 3을 적용한 매입세액만을 공제받고 있는바, 양자 모두 취득 시현상을 기준으로 자동차등록원부에 등록되어 운행중인 자동차를 취득한다는 점에서 동일함에도 위와 같이 달리 취급하는 것은 조세공평주의에 위배된다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

  2) 자동차해체재활용업자는 폐차 요청된 자동차라도 이를 수출할 수 있고 자동차해체재활용업자의 수익구조상 통상 고철판매가 40% 정도, 중고부품 판매나 자동차 수출이 60% 정도를 차지하는 점, 전기․전자제품 및 자동차의 자원순환에 관한 법률(이하 ⁠‘전자제품등자원순환법’이라 한다) 제2조 제4호, 자동차관리법 제2조 제5호에 따르면 자동차 취득 시 현상이 압축․파쇄 또는 절단되어 고철 등 재활용폐자원 상태에 해당하지 않는 한 중고자동차로 해석할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 폐차 요청된 자동차라 하더라도 원고가 이를 취득할 당시를 기준으로 본다면 중고자동차에 해당한다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

  3) 위와 같이 중고자동차 수출이 매출에서 상당한 비중을 차지하여 원고가 2014년 1기부터 2017년 2기까지(이하 ⁠‘과세대상기간’이라 한다) 매입한 자동차가 68,000대 가량으로 그중 폐차하거나 수출한 자동차 내역을 단기간에 파악하기 어려운바, 원고는 피고가 1주일 만에 그 내역을 제출하라고 요구하는 바람에 이를 제대로 증명할 수 없었을 뿐이고, 원고가 당심에서 제출한 ⁠‘2015년 1분기 부가가치세 예정신고서’(갑 제32호증) 등의 기재에서 보는 바와 같이 원고가 매입한 중고자동차 중 상당량을 수출하였다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

  4) 인천세관의 ⁠‘중고자동차 수출신고 가이드라인’에 의하면 중간분해(SKD: Semi Knock-Down)¹⁾ 방식의 경우 ⁠‘섀시, 운전실, 차체 등 주요 부분들이 동일 컨테이너에 적입되거나 동일항차에 적재되는 경우에 한해 완성차로 인정’하여 이미 중요 부분이 해체된 경우에도 관세신고에 완성차(중고자동차)로 수출신고를 하도록 규정하고 있는바, 원고가 취득한 폐차 요청된 자동차는 위와 같이 분해가 되지 않은 상태임에도 이를 중고자동차가 아닌 재활용폐자원으로 보는 것은 부당하다(이하 ⁠‘제4주장’이라 한다).

 나. 제1주장에 대한 판단

  구 조세특례제한법 제108조 제1항은 중고자동차를 포함한 재활용폐자원 등의 의제매입세액을 매출세액에서 공제하여 주는 제도로서, 사업자가 세금계산서를 발행할 수 없는 간이과세자 또는 일반인들로부터 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품을 수집하여 판매하는 경우에 취득가액 중 일정액을 매입세액으로 공제하여 줌으로써 재활용이 가능한 폐자원 및 중고품의 수집이 보다 원활하게 이루어지게 하고 재활용을 촉진시키며 환경보전도 도모하려는 것이다.

  그런데 원고가 세금계산서 발행이 가능한 사업자로부터 폐차 요청된 중고자동차를 취득하여 110분의 10을 적용한 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 부가가치세법 제37조의 납부세액계산에 관한 규정에 따른 것이고, 위와 같이 구 조세특례제한법 제108조 제1항은 본래 매입세액 공제를 받을 수 없는 거래에 대하여 취득가액 중 일정액을 매입세액으로 공제해주는 특례규정이므로, 양자를 단순 비교하여 그 공제율에 차이가 나는 것이 조세공평주의에 위배된다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

 다. 제2주장에 대한 판단

  1) 갑 제1호증, 을 제4호증의 각 기재에 의하면, 과세대상기간 동안 원고의 매출현황은 자원매출(고철, 타이어, 비철, 폐유 등) 53.4%, 부품매출(국산차 및 수입차 부품, 컨테이너) 31.1%, 상품매출(차량수출) 13.6% 등으로 이루어진 사실이 인정되고, 한편 전자제품등자원순환법 제2조 제4호가 ⁠‘폐자동차’를 ⁠‘자동차관리법 제2조 제5호에 따라 폐차되는 자동차’라고 정의하고 있으며, 자동차관리법 제2조 제5호는 ⁠‘폐차’를 ⁠‘자동차를 해체하여 국토교통부령으로 정하는 자동차의 장치를 그 성능을 유지할 수 없도록 압축․파쇄 또는 절단하거나 자동차를 해체하지 아니하고 바로 압축․파쇄하는 것을 말한다’라고 규정하고 있는바, 적어도 이러한 압축․파쇄 또는 절단되기 이전에는 자동차의 현상(現狀) 자체는 중고자동차로 볼 여지가 있다.²⁾

  2) 그러나 관계 법령과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 폐차 요청된 자동차를 매입할 당시 이를 중고자동차로 취득한 것이라고 볼 수는 없고 재활용폐자원을 취득한 것이라고 보아야 하고, 단지 폐차되기 전의 현상이 중고자동차라고 하여 원고가 이를 중고자동차로 취득한 것이라고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

  ① 조세특례제한법 시행령 제110조(재활용폐자원등에 대한 부가가치세매입세액공제특례) 제3항은 ⁠‘자동차관리법에 따라 자동차매매업등록을 한 자’(제2호)와 ⁠‘기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자’(제5호)를 구분하고 있다. 조세특례제한법 시행규칙 제50조 제1항에 의하면 위 제5호에서 기획재정부령이 정하는 자란 ⁠‘재생재료수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자’로 규정하고 있고, 자동차관리법 제2조 제9호에 의하면 자동차해체재활용업이란 ⁠‘폐차 요청된 자동차(이륜자동차는 제외한다)의 인수, 재사용 가능한 부품의 회수, 폐차 및 그 말소등록신청의 대행을 업으로 하는 것을 말한다.’고 규정하고 있다. 따라서 원고는 자동차해체재활용업을 하는 자로 조세특례제한법 시행규칙 제50조 제1항에 따라 조세특례제한법 시행령 제110조 제3항 제5호의 재활용폐자원을 수집하는 사업자에 해당하고³⁾, 이는 자동차매매업등록을 한 자(조세특례제한법 시행령 제110조 제3항 제2호)와 구분되는바, 중고자동차 매입공제세율을 적용하기 위하여는 그 중고자동차가 매매 목적으로 취득된 경우여야 하는 것을 전제로 한다고 보인다.

  ② 원고가 취득한 자동차가 폐차 요청된 자동차인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 자동차관리법 제58조 제5항 제2호에 따르면, 자동차해체재활용업자가 준수하여야 할 사항으로 ⁠‘폐차 요청을 받은 경우에는 해당 자동차를 폐차하고, 자동차등록증ㆍ등록 번호판 및 봉인은 다시 사용할 수 없는 상태로 폐기할 것’이 규정되어 있다. 이처럼 원고가 자동차를 취득할 당시부터 해당 자동차는 법률상 폐차되어야만 하는 것으로, 매매목적으로 공급받는 자동차와는 명확하게 구분된다.

  ③ 원고는 폐차 요청된 자동차가 반드시 폐차되어야만 하는 것은 아니라는 취지로 주장하나, 자동차관리법 시행규칙 제142조 제1항에 의하면 폐차 요청받은 경우라도 폐차하여서는 아니 되는 경우로 ⁠‘저당권이 설정되었거나 압류등록이 된 경우. 다만, 이해관계인이 해지증서에 인감증명서를 첨부하여 제출한 경우와 자동차 등록관청이 폐차의뢰서를 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.’(제1호), ⁠‘차대번호 기타 등록사항이 자동차등록원부의 기재내용과 다른 경우’(제2호)가 규정되어 있는바, 이는 해당 자동차에 관하여 설정되어 있는 타인의 권리를 보호할 필요가 있는 경우 등으로 부득이하게 폐차할 수 없는 예외 사항을 규정해 둔 것일 뿐이고, 같은 조 제2항에서는 ⁠‘자동차해체재활용업자는 폐차요청을 받은 자동차가 제1항 각호의 규정에 의한 폐차금지대상인 경우를 제외하고는 폐차를 거부하여서는 아니 된다.’고 규정하고 있다. 따라서 원칙적으로 폐차 요청된 자동차는 폐차되어야 하는 것이고, 원고가 일부 중고자동차를 수출하였다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다.

  ④ 자동차관리법 제65조 제2항에서는 ⁠‘자동차해체재활용업자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 폐차하려는 자동차의 평가액에서 폐차에 드는 비용을 빼고 남은 금액을 그 자동차 소유자에게 지급하여야 한다. 다만, 폐차에 드는 비용이 폐차하는 자동차의 평가액을 초과하는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 초과하는 비용을 징수할 수 있다.’고 규정하고 있다. 이처럼 자동차해체재활용업자는 해당 자동차의 평가액에서 폐차 비용을 제외하고 남은 금액을 지급하게 되는 것이므로, 애초에 자동차 취득 시 지급하는 금액도 판매 목적의 중고자동차의 매매대금과는 다른 방식으로, 즉 해당 자동차가 폐차될 것을 전제로 하여 산정될 것으로 보인다. 따라서 원고의 매입세액을 판매 목적의 중고자동차를 취득하는 경우와 동일한 정도로 공제해 주어야 할 필요가 크다고 볼 수 없다.

  ⑤ 원고는 자동차 취득 시 현상이 압축․파쇄 또는 절단되어 고철 등 재활용폐자원상태에 해당하지 않는 한 중고자동차로 보아야 한다고 주장하나, 이러한 주장에 따르면 자동차사고 등으로 인하여 해당 자동차가 실제 운행할 수 없을 정도로 파손되어 사실상 고철 상태에 이르는 예외적인 경우가 아닌 이상, 자동차해체재활용업자가 폐차요청을 받아 취득하는 자동차는 모두 중고자동차에 해당한다는 결론이 되어 부당하다.

 라. 제3주장에 대한 판단

  1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 이 사건의 경우 원고가 4년의 과세대상기간 동안 스스로 중고자동차가 아닌 재활용폐자원의 매입세액 공제율을 적용하여 부가가치세를 신고․납부하였고, 그 매입세액 공제율 적용 대상(중고자동차 또는 재활용폐자원)의 선택에 따라 약 12억 원의 세액 차이가 발생함에도 2018. 5. 23.에 이르러 이 사건 경정청구를 하고 있는바, 원고의 거래가 재활용폐자원이 아니라 중고자동차 취득을 전제로 한 매입세액 공제율 적용 요건에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고가 부담한다고 보아야 한다.

  2) 갑 제32호증의 기재에 의하면, 원고의 2015년 1분기 부가가치세 예정신고 내용 중 영세율 매출명세서에 직접수출이 304,214,000원, 내국신용장․구매확인서에 의하여 공급하는 재화(간접수출)가 458,060,800원으로 각 기재되어 있고, 첨부서류로 외화획득용 원료기재 구매확인서 및 수출입 신고필증이 함께 제출된 사실이 인정되기는 한다. 그러나 구 조세특례제한법 제108조 제1항 제2호는 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 중고자동차를 취득하여 ⁠“제조 또는 가공하거나 이를 공급”하는 경우에는 취득가액에 109분의 9인 공제율을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있도록 규정하고 있는바, 앞서 다.항에서 살펴본 바와 같이 원고가 과세대상기간 동안 폐차 요청된 자동차를 매입할 당시 이를 중고자동차로 취득한 것이라고 볼 수 없는 이상, 위 인정사실만으로 원고가 109분의 9를 적용한 매입세액을 공제받을 수 있기 위한 전제로 중고자동차를 취득하여 이를 ⁠“제조 또는 가공하거나 공급”하였다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 자료가 없다.

  또한 원고는 폐차 요청된 중고자동차를 일반 개인들로부터 매입한 사실에 관하여 중고차 매입세액 신고서(갑 제20호증)를 제출하였으나, 이는 해당 자동차를 누구로부터 얼마에 매입하였고, 얼마의 매입세액을 공제받았는지에 관한 사실만 기재되어 있을 뿐 중고자동차를 취득하여 이를 제조 또는 가공하거나 공급하였는지를 확인할 수는 없고, 중고자동차를 해외로 수출하였다는 사실에 관하여 수출신고필증(갑 제26호증), 영세율세금계산서(갑 제27호증), 외화획득용원료․기재구매확인서(갑 제28호증) 등을 제출하였으나, 앞서 본 바와 같이 원고가 폐차 요청된 자동차를 중고자동차로 취득한 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 위 각 서류의 신고일자 또는 구매일이 과세대상기간 이후인 2019년도이어서 과세대상기간 동안 원고의 거래 내역에 대한 증빙자료로 보기 어려우므로, 결국 위 증거들만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하다.

  한편 원고 주장과 같이 원고가 과세대상기간 동안 매입한 자동차가 68,000대 가량 이어서 매출액 중 폐차 또는 수출 내역을 단기간에 파악하기 어렵다는 점은 인정되나, 을 제2호증에 의하면 피고가 원고에게 중고자동차의 매입․매출 현황, 수출금액을 확인할 수 있는 서류 등의 제출을 요청한 것은 2018. 6. 27.인데다가 이 사건 제1심 재판에서도 이러한 수출 내역의 증명 여부가 주된 쟁점의 하나로 다투어졌음에도 원고가 당심 변론종결일까지도 이를 증명할 만한 구체적인 자료를 제출하지 못하고 있다[폐차요청된 자동차의 매출액 중 중고부품 판매나 자동차 수출로 인한 부분이 60% 정도(앞서 본 바와 같이 원고의 매출액 중 차량 수출로 인한 상품매출은 13.6%이다)를 차지한다는 점도 자동차해체재활용업협회의 설문조사에 응한 전국의 폐차장 520개 중 133개 업체의 매출 통계수치에 불과할 뿐 원고가 그에 상당한 중고자동차를 수출하였다는 점이 구체적으로 증명되었다고 볼 수는 없다].

  3) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

 마. 제4주장에 대한 판단

  1) 갑 제35, 36호증의 각 기재 및 영상에 의하면, 인천세관이 제정한 ⁠‘중고자동차 수출신고 가이드라인’에서 완전분해(CKD) 방식은 완성차로 불인정하거나 개장검사를 통해 완성차 분류 여부를 결정하는 반면, 중간분해(SKD) 방식은 ⁠‘섀시, 운전실, 차체 등 주요 부분들이 동일 컨테이너에 적입되거나 동일항차에 적재되는 경우에 한해 완성차로 인정’하도록 규정하고 있다. 그러나 중고자동차를 중간분해(SKD) 방식으로 분해하여 이를 수출신고함에 있어서 ⁠‘완성차’(즉 재활용폐자원이 아닌 중고자동차)로서 수출신고를 한다고 하더라도, 이는 관세법상 품목 분류의 목적상 그렇게 분류될 뿐이고(구 조세특례제한법 제108조 제1항이 관세법상의 품목 분류에 따르도록 규정하고 있지도 아니하다), 위와 같은 규정만으로 원고가 수출하였다고 주장하는 자동차를 매입할 당시 이를 재활용폐자원이 아닌 중고자동차로 취득한 것이라고 평가해야 한다고 보기도 어렵다.

  2) 한편 원고는, 폐차 요청된 자동차 매입 당시 해당 자동차 수출을 예상하고 수출말소등록으로 진행하여 109분의 9를 적용한 매입세액 공제를 받는다고 하더라도 9개월 안에 수출이 이루어지지 못하면 수출말소등록된 자동차는 다시 신규등록을 한 뒤 일반말소등록으로 전환하여야 하는데 이에 대해 100만 원 이하의 과태료를 물어야 하는 상황이어서, 원고로서는 자동차 매입 당시 수출 가능 여부를 확정하기 어려워 모두 일반말소등록으로 진행할 수밖에 없는바, 일반말소등록의 경우 재활용폐자원으로 보아 103분의 3을 적용한 매입세액공제를 받도록 하는 행정청의 행정지도가 있어 이를 따랐을 뿐이라고 주장하나, 원고의 이러한 사정을 모두 감안하더라도 원고가 수출한 자동차를 매입할 당시 이를 재활용폐자원이 아닌 중고자동차로 취득한 것이라고 볼 수는 없다.

 3) 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

  그렇다면 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

1) Knock-Down이란, 중고자동차나 정밀기계 등을 부품 단위로 분해한 뒤 수출하여 수입국 공장에서 현지 조립 및 생산하는 방식이다. 완전분해하는 CKD(Complete Knock-Down)와 중간분해하는 SKD(Semi Knock-Down)로 구분된다.

2) 다만, 전자제품등자원순환법 제2조 제4호는 폐자동차를 ⁠‘자동차관리법 제2조 제5호에 따라 폐차된 자동차’가 아니라 ⁠‘자동차관리법 제2조 제5호에 따라 폐차되는 자동차’라고 정의하고 있는바, 아래에서 보는 바와 같이 원칙적으로 폐차 요청된 자동차는 폐차되어야 하는 것으로 해석하는 이상 압축․파쇄 또는 절단되기 이전에라도 자동차의 현상(現狀)과 달리 중고자동차로 평가할 수 없다고 판단된다.

3) 자동차관리법 제2조 제9호는 자동차해체재활용업의 범위에 ⁠‘중고자동차 매매 또는 수출’을 예정하고 있지 아니하다.

출처 : 서울고등법원 2021. 01. 22. 선고 서울고등법원 2020누36528 판결 | 국세법령정보시스템