요지

합병법인의 전체 소득금액에 관하여 공제한도를 적용하게 되면 이 사건과 같이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액의 100%가 공제되는 경우가 발생하게 되고, 또한 결손법인이 흑자법인을 합병하거나 흑자법인이 결손법인을 합병할 경우에 결손금의 공제범위가 달라지는 결과에 이르기도 하는바, 이러한 경우 합병 방식간 과세형평 및 합병을 이용한 조세회피를 방지하고자 하는 구분공제 조항의 입법취지를 잠탈하게 되므로 이 사건 단서 조항을 해석・적용함에 있어서는 구분공제 조항과 충돌되지 않도록 조화롭게 해석하는 것이 마땅함

판결내용

판결 내용은 붙임 참조

상세내용

사 건 2024구합62523 법인세경정거부처분취소

원 고 AAA 주식회사

피 고 BBB 세무서장

변 론 종 결 2024. 8. 27.

판 결 선 고 2024. 11. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 10. 4. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 0,000,000,000원 및 2019 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 지류의 제조, 가공 및 판매업 등을 영위하는 법인으로 2017. 3. 2. CC 주식회사(이하 ⁠‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병하면서 피합병법인의 이월결손금 00,000,000,000원을 승계하였다.

나. 원고는 2018 사업연도 및 2019 사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 아래와 같이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 2018 사업연도 소득 00,000,000,000의 70%를, 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 2019 사업연도 소득 00,000,000,000원의 60%를 각 공제한도로 하여 이월결손금을 공제하는 내용의 신고를 하였다.

다. 원고는 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되고 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다1)) 제13조 단서(이하 ⁠‘이 사건 단서 조항’이라 한다)에서, 내국법인의 당해 각 사업연도 소득금액의 일정 비율(2018년 70%, 2019년 60%)로 이월결손금 공제한도를 규정하고 있으므로, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 포함한 원고 전체의 소득금액에 위 공제한도 비율을 적용한 금액을 공제한도로 적용하고, 이를 전제로, 구 법인세법 제45조 제2항(이하 ⁠‘구분공제 조항’이라 한다)에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액을 초과하지 않는 범위 내에서 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 공제하여야 한다며, 2022. 8. 18. 아래와 같은 산정 과정을 거쳐 도출된 ⁠‘경정청구액’ 란 기재 세액에 대한 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 100분의 70(2018년) 또는 100분의 60(2019년)을 초과하지 않는 범위 내에서 공제하는 것으로 당초의 신고 내용이 적법하다는 이유에서 2022. 10. 4. 위 각 경정청구에 대한 거부처분을 하였다(이하 이들을 합하여 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유에서, 이 사건 단서 조항을 적용함에 있어서는 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 합병법인 전체의 소득금액에 공제한도 비율을 곱한 액수를 공제한도로 삼아 피합병법인의 이월결손금을 공제하여야 한다.

1) 이 사건 단서 조항은 합병법인의 소득금액과 피합병법인의 소득금액을 구분하지 않고 ⁠‘각 사업연도의 소득’의 60% 또는 70%를 ⁠‘전체 이월결손금의 공제한도’로 규정하고 있으므로, 합병법인의 경우에 피합병법인으로부터 승계받은 사업 소득금액의 일정 비율로 제한할 근거가 없다.

2) 구분공제 조항은 합병시 이월결손금을 포괄승계하는 것에 대한 예외적 규정으로서, 이를 이 사건 단서 조항 적용에 있어서 임의로 확장･유추적용할 수 없다. 또한 이 사건 단서 조항과 구분공제 조항은 서로 관련이 없고 그 취지도 달라 별개의 두 조항을 연관지어 합병시 이월결손금 공제한도를 축소해서 해석하는 것은 부당하다.

3) 이 사건 단서 조항을 원고와 같이 해석하더라도, 합병 형태에 따라 공제 범위와 한도가 달라지지 않고 흑자법인은 최소한의 법인세를 부담하므로, 구분공제 조항과 이 사건 단서 조항의 각 입법취지가 몰각되지 않고, 조세회피의 결과가 발생하지도 아니하며, 단지 이월결손금 공제 시점이 달라질 여지가 있을 뿐이다.

4) 2019. 12. 31. 신설된 법인세법 제45조 제5항(이하 ⁠‘이 사건 신설 조항’이라 한다)은 이 사건 단서 조항의 예외조항으로서 창설적 규정이고, 소급 적용을 명시적으로 허용하는 부칙 규정 없이 한 이 사건 처분은 소급과세원칙에 반한다.

나. 관계 법령 및 연혁

별지 관계 법령 기재와 같다. 쟁점이 되는 조항의 내용 및 연혁에 대하여 아래에서 구체적으로 살펴본다.

1) 이 사건 단서 조항이 포함된 구 법인세법 제13조 제1호2)의 개정 연혁

2) 구분공제 조항인 법인세법 제45조 제2항의 주요 개정 연혁

구분공제 조항인 법인세법 제45조 제2항에 관한 주요 개정 연혁은 아래와 같다

(제1항의 개정 연혁 일부도 함께 살펴본다).

3) 이 사건 신설 조항인 법인세법 제45조 제5항

다. 판단

관계 법령의 내용, 연혁, 체계에다가 앞서 든 증거, 을 제1 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정을 더하여 보면, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 대하여 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도 내에서 공제할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

1) 합병을 하였다는 이유만으로 피합병법인의 결손금이 합병법인에게 당연히 승계되는 것은 아니고, 법인세법은 제45조 제1항 및 제2항에서 정한 바와 같이 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우에만 피합병법인으로부터 승계받은 사업의 소득금액 범위 내에서 피합병법인으로부터 승계받은 결손금의 공제를 허용하고 있다.

이러한 결손금 승계 규정은, 기업구조조정을 지원하기 위하여 합병에 따른 법인세 부담을 완화할 필요성 등을 고려하여, 조세회피를 목적으로 하지 않는 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우에 예외적으로 결손금의 승계를 인정하여 과세의 공평을 기하려는 취지이다.

2) 피합병법인의 결손금 승계는 법인세법상 종전에는 인정되지 않다가 1998. 12. 28. 법인세법이 법률 제5581호로 전부 개정되면서 일정한 요건을 갖춘 적격합병으로서 그 당시 제45조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 경우에 피합병법인의 이월결손금 승계를 가능하도록 하였다. 1998. 12. 28. 개정되기 전의 법인세법 제8조 제1항 단서는 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 합병으로서 대통령령이 정하는 합병의 경우에는 결손금을 공제하지 아니하도록 규정하였는데, 1998. 12. 28. 법인세법이 전부 개정되면서 종전의 법인세법 제8조 본문 규정은 과세표준에 관한 제13조로, 종전의 제8조 제1항 단서 규정은 제45조 제3항으로 이동하였으며, 이는 2008. 12. 26.법인세법 개정시 제45조 제2항의 내용으로 개정되었다.3)

1998. 12. 28. 개정 당시에는 피합병법인으로부터 승계한 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 안에서 과세표준 계산 시 이를 공제한다는 규정만 있었으나(제45조 제1항), 2008. 12. 26. 법인세법이 개정되면서 합병법인의 합병등기일 현재 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 아니한다는 규정을 제45조 제1항에 도입하면서 기존의 제45조 제1항에 관한 내용은 제45조 제2항으로 이동하였다.

결국 구분공제 조항은 1998. 12. 28. 법률 제5581호 개정시 도입되었다가, 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 위와 같이 개정되었고, 2009. 12. 31. 개정된 법인세법에서 제44조의3 ⁠‘적격합병시 합병법인에 대한 과세특례’ 규정이 신설되면서 이를 반영해 현재와 같은 형태로 개정된 것이다.

이와 같은 개정 취지로는 ① 흑자법인의 결손법인 합병, 결손법인의 흑자법인 합병 등 합병 형태에 관계없이 결손금 공제범위가 같도록 개선할 필요가 있다는 점, ② 결손금이 많은 법인이 합병법인이 되는 합병의 경우 합병법인의 결손금 공제를 제한하는 규정을 폐지하고, 합병시 합병법인과 피합병법인의 이월결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 하는 것이 타당하다는 점, ③ 합병방식 간 과세형평이 제고되고 합병을 이용한 조세회피를 방지하고자 한다는 점 등을 들 수 있다.

이러한 점을 고려할 때, 구분공제 조항을 해석함에 있어서는 합병법인과 피합병법인의 결손금을 합병 후 각각의 사업에서 발생한 소득금액에서 공제하도록 하겠다는 입법 취지를 고려할 필요가 있다.

3) 한편 구 법인세법 제113조 제3항 제1호4)는, ⁠‘다른 내국법인을 합병하는 법인이 구분공제 조항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 그 이월결손금을 공제받는 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다’는 내용으로 규정하고 있다. 이는 합병법인과 피합병법인 간의 구분경리를 통하여 각각의 이월결손금 역시 해당 합병법인 및 피합병법인의 소득에서 공제할 것을 전제로 하고 있는바, 이에 비추어 보면, 공제한도 역시 합병법인과 피합병법인의 각각의 소득금액을 구분할 것을 전제로 하고 있다고 볼 여지가 충분하다.

4) 이월결손금의 공제한도 비율을 정한 내용의 이 사건 단서 조항은 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정될 당시 도입되었다. 이는 기업의 과도한 결손금 공제를 방지하고 결손금 공제한도를 설정함으로써 과세기반의 잠식을 방지하며 세부담의 형평성을 제고하기 위한 차원에서 마련된 것이다.

그런데 구 법인세법 제13조는 그 표제가 ⁠‘과세표준’으로서, 법인세 과세표준을 계산함에 있어서 각 사업연도의 소득에서 결손금을 공제해야 한다는 일반적 차원의 조항이다. 앞서 본 바와 같이, 1998. 12. 28. 개정 전 법인세법 제8조 제1항 단서에 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병의 경우 결손금을 공제하지 아니한다는 내용이 포함되어 있었으나 1998. 12. 28. 개정으로 그것이 제45조 제3항으로 이동하게 되었고, 이로써 과세표준 계산에 관한 일반적 조항으로서의 면모를 갖게 되었다. 그 이후 여러 차례 법인세법 제13조가 개정되었으나 과세표준 계산에 관한 일반적 관점에서의 면모를 유지한 채 개정이 되었는바, 여기에 합병법인의 이월결손금 공제 방법 및 범위에 관한 내용까지 상정하여 이를 담고 있다고 할 수는 없고, 그에 관하여는 구분경리에 관한 법인세법 제113조 제3항, 합병 시 이월결손금 등 공제에 관한 제45조 제1, 2항에 맡기고 있다고 보아야 한다.

따라서 원고가 주장하는 방식, 즉 합병 전 합병법인의 소득과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 합병 후 합병법인의 전체 소득에 대하여 공제한도비율을 적용하는 방식을 적용하겠다는 방식의 정책적 의도가 이 사건 단서 조항을 포함한 구 법인세법 제13조에 담겨있다고 할 수 없고, 이는 법인세법 제113조 및 제45조의 규정을 토대로 해석되어야 한다.

5) 합병법인의 전체 소득금액에 관하여 공제한도를 적용하게 되면 이 사건과 같이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액의 100%가 공제되는 경우가 발생하게 되고, 또한 결손법인이 흑자법인을 합병하거나 흑자법인이 결손법인을 합병할 경우에 결손금의 공제범위가 달라지는 결과에 이르기도 하는바, 이러한 경우 합병 방식간 과세형평 및 합병을 이용한 조세회피를 방지하고자 하는 구분공제 조항의 입법취지를 잠탈하게 된다. 따라서 이 사건 단서 조항을 해석･적용함에 있어서는 구분공제 조항과 충돌되지 않도록 조화롭게 해석하는 것이 마땅하다.

6) 2019. 12. 31. 법률 제16833호로 법인세법 개정시 도입된 이 사건 신설 조항은 구분공제 조항에 따른 결손금 공제시 합병법인이 승계한 피합병법인 결손금의 경우, 이 사건 단서 조항에도 불구하고 승계사업 소득금액의 100분의 60을 공제한도로 한다는 내용이다. 그에 대한 입법취지에 대하여, 기획재정위원회는 ⁠“개정안은 합병 등에 따라 합병 등 전후 이월결손금 공제가 동일한 한도 내에서 이루어질 수 있도록 명확히 규정하려는 취지로서, 합병법인이 합병 전에는 이월결손금 공제한도가 소득금액의 60%로 적용되는 반면, 합병 후에는 60%의 공제한도 없이 이월결손금이 공제되는 것으로 ⁠‘오해’되고 있으므로 이를 구체적으로 명확히 하려고 한다.”는 것이라고 설명하고 있다(을 제3, 4호증 기획재정위원회 검토보고서 및 심사보고서 참조).

이는 이 사건 신설 조항을 도입함으로써, ① 구분공제 조항이 결손금 공제만을 규정하고 한도 규정을 명시하지 않고 있어 합병 이후 승계사업 소득금액 범위에서 공제한도 없이 결손금이 공제되는 것으로 오해될 소지가 있었으므로 합병시의 결손금 공제에 관한 해석·적용의 혼란을 방지하고, ② 이 사건 신설 조항 도입 이전에도 이 사건 단서 조항, 구분공제 조항 및 구 법인세법 제113조 제3항의 구분경리 조항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금 공제시 승계사업 소득금액에 대하여 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도를 적용하여 왔으므로, 이를 확인하기 위한 차원이라는 점을 명확히 한 것으로 봄이 타당하다.

이처럼 이 사건 신설 조항을 창설적 규정이 아닌 확인적 규정이라고 보는 것은 다른 조항들과의 체계적 해석 측면에 비추어 볼 때, 합리적이라고 보인다. 반면, 원고는 이 사건 신설 조항에서 ⁠‘제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에̌ 도̌ 불̌ 구̌ 하̌ 고̌ ”라고 규정하고 있음에 주목한다. 그러나 이는 원고와 같이 오해하는 것을 방지하고 보다 그 의미를 명확하게 전달하기 위한 차원에서 ⁠‘~에도 불구하고’라는 표현을 사용한 것으로 보일 뿐 위 규정 형식을 취하고 있다고 하여 곧바로 이 사건 신설 조항이 창설적 성격의 규정

이라고 할 수는 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 11. 12. 선고 서울행정법원 2024구합62523 판결 | 국세법령정보시스템