요지

피고는 원고의 2013. 10. 31.자 부동산 양도 관련 취득가액 과대계상혐의로 원고의 위 2013년 양도 관련 양도소득세 과세표준 요소에 관하여 양도소득세 조사를 실시하여 취득가액을 경정하였고, 서울지방국세청장은 이후 위 2013년 양도를 포함한 원고의 2012~2016년 부동산 양도행위들에 대하여 개인사업자 통합조사를 실시한 후 원고가 영리를 목적으로 계속적‧반복적으로 주택을 신축하여 매매함으로써 주택신축판매업을 영위한 것으로 보아 위 2013년 양도로 인한 소득을 사업소득으로 의율하여 경정처분을 하였다. 그렇다면 2차 세무조사는 금지되는 재조사에 해당한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 2. 1. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 종합소득세 320,831,651원(가산세 포함)의 부과처분 중 89,764,643원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 2. 1. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 종합소득세 320,831,650원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 11. 5. 주택임대업으로 사업자등록을 한 후 2011. 11. 7. 취득한 토지에 주택을 신축하여 2012. 6. 8. 판매하는 등 그때부터 2016년까지 같은 방법으로 여러 채의 주택을 신축, 매도하였다.

나. 원고는 2012. 9. 12. 서울 ○○구 ◇◇동 1605-2 토지를 취득한 후 2013. 5. 2. 주택을 신축하여(이하 위 토지와 주택을 통틀어 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다) 2013. 10. 31. 2,470,000,000원에 매도하였고(이하 ⁠‘이 사건 매매’라 한다), 이와 관련하여 2013년 귀속 양도소득세로 31,080,800원을 신고‧납부하였다.

다. 피고는 2016. 3. 2.부터 2016. 3. 21.까지 원고의 이 사건 매매 관련 양도소득세에 대하여 과세표준과 세액을 결정하기 위한 세무조사를 실시하였고(이하 ⁠‘1차 세무조사’라 한다), 이 사건 부동산의 취득가액을 2,389,914,000원에서 2,313,827,276원으로 감액한 후 2013년 귀속 양도소득세를 54,605,449원(가산세 포함)으로 재산정하여 신고세액과의 차액인 23,524,649원을 경정‧고지하였으며, 원고는 이를 모두 납부하였다.

라. 서울지방국세청장은 2017. 11. 28.부터 2018. 1. 5.까지 원고의 2012년부터 2016년까지 5개 과세연도에 관한 개인사업자 통합조사를 실시하였고(이하 ⁠‘2차 세무조사’라 한다), 원고가 2012년부터 2016년까지 주택을 신축하여 판매한 것이 사업소득에 해당한다고 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

1) 중복세무조사 해당 여부

세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는바, 국세기본법령에서 들고 있는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우는 엄격하게 제한하여 해석하여야 한다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결 등 참조).

구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항은 ⁠‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 중복세무조사 금지 원칙을 규정하면서, 각 호에서 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호), 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우(제2호), 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우(제3호), 이의신청, 심사청구, 심판청구, 과세전적부심사 절차에서의 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)(제4호), 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우(제5호), 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(제6호)’를 예외사유로 열거하고 있고, 그 위임을 받아 제정된 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2는 ⁠‘부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우(제1호), 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우(제2호), 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제3호)’를 규

정하고 있다.

이 사건에 관하여 보건대, 위 인정 사실에 의하면 피고는 원고가 이 사건 부동산을 매매한 것과 관련하여 2016. 3. 2. 원고의 2013년 귀속 양도소득세에 관하여 1차 세무조사를 실시하였고, 서울지방국세청장은 2017. 11. 28. 이 사건 매매를 포함한 원고의 일련의 부동산 매매 행위에 대하여 2차 세무조사를 실시한 후 원고가 영리를 목적으로 계속적‧반복적으로 주택을 신축하여 매매함으로써 주택신축판매업을 영위한 것으로 보아 이 사건 매매로 인한 소득을 사업소득으로 의율하여 이 사건 처분을 하였다. 그렇다면 2차 세무조사는 2013년 귀속 소득세라는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 재조사로서, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각 호 및 구 국세기본법 시행령 제63조의2에서 열거하고 있는 재조사가 허용되는 예외사유에 해당하지 않으므로 금지되는 재조사에 해당한다. 따라서 위법한 2차 세무조사에 기하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장에 관한 판단

가) 피고는, 이 사건 처분은 2차 세무조사와 무관하게 당초 경정처분의 소득구분의 오류를 경정한 것에 불과하여 부과권의 제척기간이 경과하지 않은 한 이를 경정할 수 있고, 따라서 2차 세무조사가 위법한지 여부와 상관없이 적법하다고 주장한다.

그러나 이 사건 처분은 2012년부터 2016년까지 있었던 원고의 일련의 주택 매매행위가 1회성 양도로서 양도소득세 부과대상에 해당하는지, 수익을 목적으로 계속적‧반복적으로 행하여진 것으로서 사업소득에 해당하는지에 관한 2차 세무조사 결과를 기초로 이 사건 매매행위로 인하여 발생한 소득을 사업소득으로 보아 이루어진 것으로서, 2차 세무조사가 없었다면 그 소득구분이 변경되지 않았을 것임이 명백하다. 따라서 이 사건 처분은 2차 세무조사에 기한 것으로서, 단순히 당초 경정처분의 오류를 경정한 것에 불과하다고 볼 수 없고, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 다시 피고는 1차 세무조사는 양도소득세에 관하여 이루어진 것이고 2차 세무조사는 종합소득세에 관하여 이루어진 것이므로 같은 세목에 관한 재조사가 아니어서 금지되는 재조사에 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나 국세의 세목이란 구 국세기본법 제2조 제1호 각목의 분류를 의미하고, 양도소득세과 종합소득세는 그 세액 계산 등의 방법이 상이하여 소득세법 제4조에 따라 소득구분이 달라지는 것일 뿐 모두 구 국세기본법 제2조 제1호 가목의 ⁠‘소득세’에 해당하므로, 1차 세무조사와 2차 세무조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사에 해당한다. 따라서 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다) 또한 피고는 1차 세무조사는 양도소득세의 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 취득가액, 필요경비에 대하여 이루어진 것으로서 조사내용이 단순명료하고 조사대상이 한정적이어서 부분 조사를 실시한 경우에 해당하고, 2차 세무조사는 사업소득 과세표준 중 수입금액을 조사한 것으로서 당초 세무조사 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 실시한 것이므로 금지되는 재조사에 해당하지 않는다고 주장한다.

살피건대, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 2. 26. 선 고 2014두12062 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 1차 세무조사와 2차 세무조사가 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 이상 2차 세무조사 당시 조사항목이 1차 세무조사의 내용과 중첩되지 않는다고 하더라도 금지되는 재조사에 해당하고, 달리 1차 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있었다고 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 취소되는 세액의 범위

원고의 2013년 귀속 종합소득세 총 결정세액 320,831,651원 중 기납부세액 89,764,643원을 공제한 차감고지 세액은 231,067,008원이고, 원고는 위 기납부세액 부분이 위법하다고 다투고 있지 아니하므로, 원고의 청구는 위 차감고지 세액 범위 내에서 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 12. 07. 선고 서울행정법원 2020구합83263 판결 | 국세법령정보시스템