요지

원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 공급업체가 실제 용역 제공업체가 아니라는 점에 관하여 알지 못하였거나 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 인정하기에 부족함. 달리 이를 인정할 증거가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 8. 13. 원고에 대하여 한, 2016년 제2기 부가가치세 202,209,560원(가산세 포함), 2017년 제1기 부가가치세 138,427,300원(가산세 포함), 2017년 제2기 부가가치세 93,795,310원(가산세포함), 2018년 제1기 부가가치세 55,931,580원(가산세포함) 및 2019. 8. 14. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 15,267,250원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1998. 9. 10. 근로자 파견업, 특송업무 관련 사업, 화물운송업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 신용카드 배송업을 주요 목적사업으로 하다가, 2015. 7. 24. 주식회사 HJ 동서울HUB터미널(이하 ⁠‘이 사건 터미널’이라 한다)의 운영 위탁 도급업체 입찰을 수주함으로써 2015. 8. 1.부터 이 사건 터미널 위탁 운영을 시작하였다.

나. 원고는 이 사건 터미널 운영을 위해 인력공급업체와 업무 위탁 계약을 체결하여 해당 업체가 택배 분류, 검수 및 상‧하차 작업을 직접 실시하도록 하고, 용역 공급업체로부터 세금계산서를 발급받아 각 과세기간의 매출세액에서 해당 매입세액을 공제한 후 부가가치세를 신고‧납부하였다.

다. 원고는 2016년 제1기부터 2018년 제1기까지 사이에 주식회사 JY, 주식회사 MS24, 주식회사 HS개발, 주식회사 KJ개발, 주식회사 BS개발(이하 위 각 법인을 지칭할 때 ⁠‘주식회사’ 표시를 생략한다) 및 DP로지스(이하 이를 모두 통틀어 ⁠‘이 사건 공급업체’라 한다)와 업무 위탁 계약을 체결하고 세금계산서를 발급받았는데(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다), 이 사건 공급업체는 각 관할 관청인 수원세무서장, 안산세무서장, 대전세무서장, 서대전세무서장으로부터 거짓세금계산서 발급 혐의로 고발되었다.

라. 피고는 2019. 1. 23.부터 2019. 6. 3.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 원고가 이 사건 공급업체가 아닌 다른 업체로부터 용역을 공급받았음에도 이 사건 공급업체로부터 세금계산서를 발급받았다고 보아, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 해당 세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고, 원고에 대하여 2019. 8. 13. 2016년 제2기 부가가치세 202,209,560원(가산세 포함), 2017년 제1기 부가가치세 138,427,300원(가산세 포함), 2017년 제2기 부가가치세 93,795,310원(가산세포함), 2018년 제1기 부가가치세 55,931,580원(가산세 포함)을, 2019. 8. 14. 2016년 제1기 부가가치세 15,267,250원(가산세 포함)을 각 경정‧고지하였다(이하 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2019. 11. 7. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 6. 23. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 주장

원고는 이 사건 공급업체로부터 용역을 제공받았으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다. 가사 이 사건 공급업체의 대표자가 실제운영자와 다르다고 하더라도 DP로지스를 제외한 나머지 공급업체는 법인으로서, 원고에게 용역을 제공한 것은 법인이지 법인의 대표자가 아니므로 그러한 사정만으로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 수 없다.

2) 명의대여 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 주장

가사 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 ① 이 사건 공급업체를 비롯한 모든 용역 공급업체와 사이에 계약 체결 시 사업자등록증, 법인 인감 및 인감증명서, 대표자 인감, 법인 계좌 등을 교부받아 그 대표자가 사업자등록증과 일치하는지 확인하였고, ② 용역대금을 지급할 때도 근로자들의 실제 근무내역을 확인한 후 이 사건 공급업체 명의의 은행계좌로 입금하였으며, ③ 특히 HS개발과 KJ개발, BS개발에 대하여는 역발행 세금계산서를 발행하는 등 원고가 취할 수 있는 최대한의 조치를 취했으므로, 원고에게는 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없어 매입세액공제가 허용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) JY는 2016. 4. 21. 인력 파견업, 택배 상하차 사업 등을 영위할 목적으로 설립된 수원시 소재의 법인으로서 2016. 4. 20. 개업하면서 기타 도급업으로 사업자등록을 하였고, 그 대표자는 윤AA이다. 원고는 2016. 5. 20.부터 2017. 5. 19.까지를 계약기간으로 하여 JY와 업무 위탁 계약을 체결하였고, 당시 JY로부터 수령한 법인 계좌는 2016. 5. 17. 개설되었다. JY는 2016. 5. 31.부터 2017. 1. 12.까지 원고에게 공급대가 합계 1,118,336,160원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 공급대가를 JY의 법인 계좌로 입금하였다. JY는 2017. 6. 30. 폐업하였다.

2) DP로지스는 2016. 5. 2. 정BB이 기타 도급(물류 상하차)업으로 사업자등록을 하여 운영하는 대전 소재 개인 사업체이다. 원고는 2016. 7. 1.부터 2017. 6. 30.까지를 계약기간으로 하여 DP로지스와 업무 위탁 계약을 체결하였고, 당시 정BB로부터 수령한 사업용 계좌는 2016. 6. 3. 개설되었다. DP로지스는 2016. 7. 31.부터 2016. 12. 31.까지 원고에게 공급대가 합계 357,958,220원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 공급대가를 위 사업용 계좌로 입금하였다. DP로지스는 2017. 2. 6. 폐업하였다.

3) MS24는 2016. 10. 21. 인터넷쇼핑몰, 택배물품 상하차 대행업 등을 영위할 목적으로 설립된 대전 소재의 법인으로서 2016. 10. 28. 개업하면서 전자상거래업으로 사업자등록을 하였고, 그 대표자는 1994년생인 손CC이다. 원고는 2016. 11. 18.부터 2017. 11. 18.까지를 계약기간으로 하여 MS24와 업무 위탁 계약을 체결하였고, 당시 MS24로부터 수령한 법인 계좌는 2016. 11. 4. 개설되었다. MS24는 2016. 11. 30.부터 2017. 3. 31.까지 원고에게 공급대가 합계 565,171,300원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 공급대가를 MS24의 법인 계좌로 입금하였다. MS24는 2017. 5. 31. 폐업하였다.

4) HS개발은 2016. 11. 24. 인력공급업, 물품 상하차업 등을 영위할 목적으로 설립된 수원시 소재의 법인으로서 2016. 11. 28. 개업하면서 포장검수 대행업, 물품 상하차업으로 사업자등록을 하였고, 그 대표자는 김DD이다. 원고는 2017. 4. 1.부터 2018.3. 31.까지를 계약기간으로 하여 HS개발과 업무 위탁 계약을 체결하였고, 당시 HS개발로부터 수령한 법인 계좌는 2017. 3. 14. 개설되었다. HS개발은 2017. 4. 11.부터 2017. 7. 31.까지 원고에게 공급대가 합계 670,308,950원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 공급대가를 HS개발의 법인 계좌로 입금하였다. HS개발은 2017. 10. 25. 폐업하였다.

5) KJ개발은 2017. 3. 30. 인력 파견업, 기타 도급업 등을 영위할 목적으로 설립된 안산시 소재의 법인으로서 2017. 4. 5. 개업하면서 기타 도급업으로 사업자등록을 하였고, 그 대표자는 김HH이다. 원고는 2017. 8. 1.부터 2018. 7. 31.까지를 계약기간으로 하여 KJ개발과 업무 위탁 계약을 체결하였고, 당시 KJ개발로부터 수령한 법인 계좌는 2017. 4. 14. 개설되었다. KJ개발은 2017. 8. 7.부터 2018. 4. 30.까지 원고에게 공급대가 합계 805,191,750원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 공급대가를 KJ개발의 법인 계좌로 입금하였다. KJ개발은 2018. 9. 30. 폐업하였다.

6) BS개발은 2017. 8. 23. 인력 파견업, 기타 도급업 등을 영위할 목적으로 설립된 수원시 소재의 법인으로서 2017. 8. 29. 개업하면서 인력공급, 기타 도급업으로 사업자등록을 하였고, 그 대표자는 박FF이다. 원고는 2018. 5. 1.부터 2019. 4. 30.까지를 계약기간으로 하여 BS개발과 업무 위탁 계약을 체결하였고, 당시 BS개발로부터 수령한 법인 계좌는 2017. 9. 1. 개설되었다. BS개발은 2018. 5. 4.부터 2018. 6. 30.까지 원고에게 공급대가 합계 157,368,684원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 공급대가를 BS개발의 법인 계좌로 입금하였다. BS개발은 2018. 12. 31. 폐업하였다.

7) 이 사건 공급업체는 원고로부터 공급대가를 수령한 즉시 전부 또는 대부분을 현금으로 출금하거나 제3자에게 송금하였고, 원고는 HS개발, KJ개발, BS개발에 대하여는 세금계산서를 역발행하는 방법으로 이를 수취하였다.

8) DP로지스를 운영한 정AA은 DP로지스에 대한 세무조사 과정에서, 용역의 공급 없이 원고에 대하여 세금계산서를 발급하였다고 진술하였고, HS개발과 KJ개발의 대표자인 김HH은 지인들이 위 각 법인을 운영하였다고 진술하면서 조사에 응하지 않았다. MS24의 실제 운영자는 지GG이고, 지GG은 타인 명의로 사업자등록을 하여 거짓 세금계산서를 발급한 혐의로 형사처벌을 받은 전력이 있다.

9) 이 사건 공급업체는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하였다는 이유로 조세범처벌법위반 혐의로 고발되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다) 및 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 공급업체는 설립 후 단기간에 걸쳐 고액의 세금계산서를 발행한 후 세금을 납부하지 않고 폐업하였고, 그 존속기간이 최대 1년 6개월을 초과하지 않는 점, ② DP로지스를 운영한 정BB은 원고에 대하여 용역을 공급하지 않고 세금계산서를 발행한 사실을 인정한 점, ③ HS개발과 KJ개발, MS24는 모두 법인의 대표자가 아닌 제3자가 이를 운영한 것으로 보이는데, 거짓 세금계산서를 발행한 혐의로 형사처벌을 받거나 이에 관한 조사를 회피한 점, ④ 이 사건 공급업체 대신 원고에게 실제로 용역을 제공한 현장팀장 등이 이 사건 공급업체의 직원으로서 일한 것이 아닌 이상 원고가 법인인 이 사건 공급업체로부터 용역을 제공받았다고 볼 수 없는 점, ⑤ 이 사건 공급업체에 대한 각 관할 관청의 세무조사 결과 원고에 대한 세금계산서를 비롯하여 위 각 업체가 발행한 세금계산서가 모두 용역의 공급 없이 발행된 거짓 세금계산서인 것으로 조사되었고, 조세범처벌법위반 혐의로 형사고발된 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 공급업체가 아닌 제3자로부터 이 사건 터미널 운영을 위한 용역을 제공받은 것으로 봄이 상당하다. 그렇다면 이 사건 공급업체가 용역의 제공자가 아닌 이상 실제로 용역을 제공한 제3자가 특정되지 않았다고 하더라도 이 사건 세금계산서는 용역을 공급하는 사업자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 선의‧무과실 여부

가) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 등의 특별한 사정이 없는 한 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조).

나) 위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 공급업체가 실제 용역 제공업체가 아니라는 점에 관하여 알지 못하였거나 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 원고가 이 사건 공급업체와 업무 위탁 계약을 체결할 당시 이 사건 공급업체는 모두 설립된 지 최소 1개월에서 최대 9개월이 경과한 신설 법인 또는 사업체였는데, 원고는 특별한 검증절차 없이 단기간동안 최대 11억 원에 이르는 고액의 세금계산서를 발급받았다.

② DP로지스는 개인 사업체이므로 DP로지스로부터 용역을 제공받을 때 또는 인부들의 근로시간에 관한 출근부를 제출받아 용역대가를 지급하고 세금계산서를 발급 받을 때 그 운영자인 정BB과 연락을 취하는 것이 일반적일 것인데, 정BB이 아닌 제3자로부터 용역을 공급받으면서도 정성철과의 관계를 확인하는 등의 조치를 취하지 않았다.

③ MS24는 법인등기부등본 상 인터넷쇼핑몰이 사업목적으로 등재되어 있고, 사업자등록증 상 업태는 도매 및 소매업, 종목은 전자상거래업으로 기재되어 있으며, 그 대표자가 1994년생인바, 원고가 업무 위탁 계약을 체결하면서 제출받은 위와 같은 문서의 기재만으로도 위 법인이 실제 택배 상하차 등 물류 관련 사업을 영위하는 법인인지 의심스러운 사정이 드러남에도 원고는 위 법인에서 실제로 용역을 제공하는지 여부를 확인하는 절차를 거치지 않았다.

④ 원고는 HS개발과 업무위탁 계약을 체결하여 용역을 공급받던 중에 HS개발의 계약기간이 만료되지 않았음에도 KJ개발과 새롭게 업무 위탁 계약을 체결하였다. 그런데 KJ개발은 원고가 HS개발과 업무 위탁 계약을 체결할 무렵 설립되었고, 그 대표자가 동일함에도 소재지는 안산시로서 수원시에 있는 HS개발과 다른 곳에 위치하고 있다. 원고는 HS개발의 계약기간이 만료되지 않았음에도 HS개발과는 2017. 7. 31.까지만 거래하고, 그 직후인 2017. 8. 7.부터 KJ개발과 거래하기 시작하였으며, HS개발은 원고와의 업무 위탁 계약기간이 만료되기 전인 2017. 10.25. 폐업하였다. 그렇다면 계약체결 당시 및 거래 과정에서 이러한 사정을 모두 알 수 있었던 원고로서는 동일한 대표자가 기존의 법인과 같은 용역을 제공하는 별개의 법인을 설립한 이유 및 기존 법인과의 계약기간이 잔존하고 있음에도 거래상대방을 신설법인으로 변경하는 이유 등에 의문을 갖고 이를 미리 확인할 수 있었음에도 이러한 조치를 취하지 않았다.

⑤ 원고가 이 사건 터미널 위탁 운영을 시작한지 얼마 되지 않아 업계의 관행에 관한 지식이 부족하였다고 하더라도 앞서 본 사정만으로도 이 사건 공급업체가 실제 용역 제공업체가 아니라는 점에 관하여 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 판단된다.

3) 소결 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고가 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 할 수 없으므로, 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호, 제32조 제1항 제1호에 따라 이 사건 세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하여야 한다. 따라서 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 12. 07. 선고 서울행정법원 2020구합77961 판결 | 국세법령정보시스템