요지

아파트 신축을 위해 토지를 매입하며 원소유주들의 양도소득세를 대납한 비용을 주임종단기대여금으로 계상하였음이 원장, 계좌내역, 확인서 등에 따라 확인되므로, 법인 폐업 시 확인되는 주임종단기대여금을 가지급금으로 보아 대표자에게 종합소득세를 부과한 것은 부적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2021. 1. 13. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 41,909,665원 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. cc시티건설 주식회사(변경 전 상호: 주식회사 DD시티건설, 이하 ⁠‘이 사건 회사’라 한다)는 2006. 11. 16. 부동산개발사업 및 부동산중개·임대업 등을 목적으로 설립된 주식회사로, 남양주시 ○○동 ○ 일대 ○㎡ 대지에 ○세대 공동주택(아파트)을 신축하여 분양하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하였고, 원고는 이 사건 회사의 대표자 사내이사이다.

 나. 이 사건 회사는 2017. 12. 2. 폐업하며 2017 사업연도 법인세를 기한후신고하였다.

 다. ○○세무서장은 2019. 12. 20. 이 사건 회사에 대한 2017 사업연도 법인세를 결정하며, 이 사건 회사의 표준재무제표상 주주·임원·종업원단기대여금(이하 ⁠‘주임종단기대여금’이라 한다)으로 2,224,800,701원이 계상되어 있음을 확인하고, 위 금액에서 이 사건 회사가 이 사건 사업 추진 중 토지매도인들의 양도소득세를 대납한 것으로 확인된 1,580,106,730원을 토지취득원가로 인정하여 이를 제한 나머지 644,693,971원을 가지급금으로 보아 여기에 이에 대한 인정이자 29,655,922원을 합산한 674,349,893원을 익금산입하였고, 위와 같이 익금산입된 674,349,893원을 이 사건 회사의 대표인 원고에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

 라. 이에 따라 피고는 2021. 1. 13. 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 285,477,470원을 경정·고지하였다.

 마. 원고는 2021. 4. 13. 위 종합소득세 부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

 바. 조세심판원은 2021. 8. 30. 위 2021. 1. 15. 자 종합소득세 부과처분은, 상여로 소득처분되어 총수입금액에 산입된 위 주임종단기대여금 644,693,971원에서 이 사건 회사가 폐업 전 상환한 주임종단기대여금 218,284,555원과 양도소득세 대납이 추가 인정되는 276,866,060원, 합계 495,150,615원과 이에 대한 인정이자를 제외하고, 나머지 주임종단기대여금에 대하여 이 사건 회사의 재무제표와 금융거래조회내역 등을 기초로 주임종단기대여금의 상환 여부와 양도소득세 등 취득부대비용의 지출 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 결정을 하였다.

 바. 이에 ○○세무서장은 위 주임종단기대여금 644,693,971원에서 폐업 전 상환된 218,284,555원, 양도소득세 대납이 추가로 인정된 276,866,060원을 제한 나머지 149,543,356원(이하 ⁠‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 가지급금으로 보아 이에 대한 인정이자와 함께 원고에게 상여 처분하는 것으로 경정하였고, 피고는 원고에 대한 2017년 귀속 종합소득세를 41,909,665원으로 경정·고지하였다(이하 위와 같이 감액경정된 2021. 1. 13. 자 종합소득세 부과처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 이에 대한 판단

 가. 원고 주장의 요지

     이 사건 회사 폐업 당시 표준재무제표상 주임종단기대여금으로 계상된 돈 중에는 이 사건 회사가 이 사건 사업과 관련하여 박EE, 이FF의 부동산을 매수하며 그 양도소득세를 대납해준 돈(이하 ⁠‘이 사건 대납금’이라 한다)이 포함되어 있는바, 이 사건 대납금은 토지취득원가에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 대납금을 가지급금으로 보아 원고에 대하여 상여처분하였는바, 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 인정사실

     갑 제3호증, 제6호증의 1, 7, 제7호증, 제8호증의 2, 제10호증의 1, 2, 제11, 12, 13호증의 각 기재, 증인 이FF, 박EE의 각 일부 증언, 이 법원의 ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 각 과세정보제출명령 결과, 이 법원의 주식회사 하나은행에 대한 2022. 12. 29.자 금융거래정보제출명령 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 각 사실이 인정된다.

  1) 박EE의 지분 소유 및 이 사건 회사와의 매매계약 등

   가) 박EE은 2002. 5. 29. 남양주시 ○○동 ○ 토지(이하 ⁠‘분할 전 ○ 토지라 한다) 중 819.16/5,857 지분에 관하여 2002. 4. 16. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

   나) 박EE은 2002. 6. 15. 이gg에게 분할 전 ○ 토지 중 330.58/5,857 지분을, 이FF(개명 전 성명: 이○○)에게 위 토지 중 165.29/5,857 지분을 각 매도하였고, 2002. 6. 28. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이로 인하여 박EE의 위 토지에 대한 지분은 323.29/5,857(이하 ’이 사건 기존 지분‘이라 한다)로 줄어들었다.

   다) 박EE은 2002. 6. 16. 이gg에게 매도하였던 위 330.58/5,857 지분(이하 ’이 사건 재매수 지분‘이라 한다)을 다시 매수하였고, 2002. 7. 18. 이에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 이로 인하여 박EE의 분할 전 ○ 토지에 대한 지분은 653.87/5,857이 되었다.

   라) 분할 전 ○ 토지는 2002. 11. 14. 남양주시 ○동 ○ 답 630㎡(이하 ⁠‘●● 토지’라 한다), 같은 동 ★ 답 1,462㎡(이하 ⁠‘★ 토지’라 한다) 등으로 분할되었다.

   마) 박EE을 포함한 분할 전 ○ 토지의 공유자들은 2002. 11. 30. ●●토지, ★ 토지 등 분할 전 ○ 토지가 분할된 토지들에 대한 공유물분할 협의에 이르렀고, 그에 따라 박EE은 ●● 토지 중 464.71/630 지분, ★ 토지 중 189.16/1,462 지분을 소유하게 되어 2002. 12. 24. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

   바) 박EE은 2007. 2. 27. 이 사건 회사에 ●● 토지 지분 전부(464.71/630) 및 ★ 토지 지분 전부(189.16/1,462)를 매도하였고, 2007. 5. 21. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐주며 ●● 토지 지분에 관하여는 618,550,000원, ★ 토지 지분에 관하여는 228,800,000원을 각 거래가액으로 신고하였다.

  2) 이FF의 지분 소유 및 이 사건 회사와의 매매계약 등

   가) 이FF은 2002. 6. 15. 박EE으로부터 분할 전 ○ 토지 중 165.29/5,857지분을 매수하였고, 2002. 6. 28. 이에 관한 소유권이전등기를 마쳤으며, 앞서 본 2002. 11. 30. 자 공유물분할에 따라 ●● 토지 중 165.29/630 지분을 소유하게 되어 2002. 12. 24. 이에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

   나) 이FF은 2007. 3. 30. 이 사건 회사에 ●● 토지 지분 전부(165.29/630)와 남양주시 호평동 ◆ 답 965㎡(이하 ⁠‘◆ 토지’라 한다)를 매도하였고, 2007. 5. 21. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐주며 1,540,000,000원을 위 각 부동산 전체거래가액으로 신고하였다.

  3) 이 사건 회사의 소외 곽jj, 김yy과의 매매계약 및 양도소득세 등 대납 등

   가) 이 사건 회사는 2007. 3. 19. 소외 곽jj, 김yy으로부터 남양주시 호평동 ○ 토지 중 각 일부 지분을 매수하기로 하면서 위 매매로 인하여 발생하는 양도소득세 등을 이 사건 회사가 부담하기로 약정하였다.

   나) 이 사건 회사는 2007. 6. 4. 위 양도소득세 부담약정에 따라 곽jj에게 부과된 양도소득세 240,156,870원 및 주민세 24,015,680원, 김yy에게 부과된 양도소득세 119,407,520원, 주민세 11,940,750원을 대신하여 납부하였다.

   다) 원고는 2021. 1. 15. 자 종합소득세 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하며, 위 곽jj, 김yy의 각 매매계약서, 각 양도소득세 부담약정 관련 합의각서 및 각 양도소득세 및 주민세 납부영수증을 제출하며 위 대납액 상당은 가지급금으로 보는 주임종단기대여금에서 제외되어야 한다고 주장하였고, 조세심판원은 원고의 위 부분 주장을 인정하여 위 대납금액 및 이에 상당하는 인정이자를 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 것은 잘못되었다고 판단하였다.

  4) 이 사건 회사의 출금내역 등

   가) 이 사건 회사의 계정별 원장(이하 ⁠‘이 사건 원장’이라 한다)에는 2007. 6. 1. 그 명의의 진흥상호저축은행 계좌에서 주식회사 한국외환은행 계좌(이하 ⁠‘이 사건 계좌’라 한다)로 적요란에 ⁠“이FF ◆, ●● 양도소득세분”으로 기재된 399,132,360원, 적요란에 ⁠“박EE ●●, ★ 양도소득세분”으로 기재된 155,439,090원이 각 송금된 것으로 기재되어 있고, 같은 날 이 사건 계좌로 적요란에 ⁠“박EE 양도소득세분 입금”으로 기재된 23,719,960원이 입금된 것으로 기재되어 있다.

   나) 이 사건 회사는 2007. 6. 4. 이 사건 계좌에서 수표로 530,480,630원(이하 ⁠‘이 사건 수표인출금’이라 한다), 현금으로 443,331,600원(이하 ⁠‘이 사건 현금인출금’이라 한다), 합계 973,812,230원을 인출하였고, 이 사건 원장에는 같은 날 이 사건 계좌에서 973,812,230원이 인출되었다고 기재되어 있고, 그 적요란에는 ⁠“양도세, 주민세납부(곽jj외3)”으로 기재되어 있다.

  5) 양도소득세 등 신고 및 양도소득세 납부내역

   가) 박EE의 ●● 토지 지분 관련

    (1) 박EE과 이 사건 회사의 ●● 토지 지분 매매 관련 양도소득과세표준신고 및 납부계산서(이하 ⁠‘박EE 제1 신고 및 납부계산서’라 한다)가 2007. 6. 29. ○○세무서장에게 제출되었는데, 그 중 양도소득금액 계산명세서는 ⁠‘양도일 2007. 5. 21.,취득일 2002. 7. 18., 양도면적 330.580, 양도가액 440,016,911원, 취득가액 250,000,000원, 양도소득금액 187,148,911원’으로 작성되었고, 위 양도소득금액에 따른 납부세액이 ⁠‘99,710,412원’으로 산정된 것으로 작성되었음에도, 지방소득세 부분에는 과세표준이 ⁠‘162,871,880원’으로, 그에 따라 세율 10%에 따른 지방소득세가 ⁠‘16,287,188원’으로 되어 있다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2024. 3. 5. 자 및 2024. 3. 6. 자 각 과세정보제출명령 결과).

    (2) 2007. 6. 4. 박EE의 ●● 토지 지분 매매에 따른 양도소득세로 99,710,410원이 납부되었다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2022. 7. 19. 자 과세정보제출명령 결과).

   나) 이FF의 ●● 토지 지분 및 ◆ 토지 관련

    (1) 이FF과 이 사건 회사의 ●● 토지 지분 및 ◆ 토지 매매 관련 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서(이하 ⁠‘이FF 신고 및 납부계산서’라 한다)가 2007. 6. 29. ○○세무서장에게 제출되었는데, 이FF이 위 지분 및 토지를 1,540,000,000원에 양도함에 따른 양도소득세 납부세액이 ⁠‘362,847,600원’으로, 지방소득세 납부세액이 ⁠‘36,284,760원’으로 산정되어 있다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2023. 5. 23. 자 과세정보제출명령 결과).

    (2) 2007. 6. 4. 이FF의 위 매매에 따른 양도소득세로 362,847,600원이 납부되었다(이 법원의 송파세무서장에 대한 2022. 7. 28. 자 과세정보제출명령 결과).

   다) 박EE의 ★ 토지 지분 관련

    (1) 박EE과 이 사건 회사의 ★ 토지 지분 매매 관련 양도소득과세표준신고 및 납부계산서(이하 ⁠‘박EE 제2 신고 및 납부계산서’라 한다)가 2007. 6. 30. ○○세무서장에게 제출되었는데, 박EE이 위 지분을 228,800,000원에 양도함에 따른 양도소득세 납부세액이 ⁠‘87,314,684원’으로, 지방소득세 납부세액이 ⁠‘8,731,468원’으로 산정되어 있다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2024. 10. 17. 자 과세정보제출명령 결과).

    (2) 박EE의 ★ 토지 지분 매매에 따른 양도소득세로 2007. 6. 20. 85,964,680원, 2007. 7. 9. 1,350,000원, 합계 87,314,680원이 납부되었다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2024. 11. 4. 자 과세정보제출명령 결과).

  6) 이 사건 회사의 기안서 및 자급집행승인서 작성

   가) 한편, 이 사건 회사에서 사원으로 근무하였던 유mm이 사용하였던 컴퓨터에 작성일자 ⁠‘2007. 6. 1.’, 기안자 ⁠‘사원 유mm’으로 된 아래와 같은 내용의 기안서(이하 ⁠‘이 사건 기안서’라 한다) 파일이 저장되어 있었다.

   나) 위 컴퓨터에는 작성일자 ⁠‘2007. 6. 1.’, 신청인 ⁠‘사원 유mm’으로 되어 ① 집행처 ⁠‘박EE’, 내용 ⁠‘호평동 ●●외 1필지 양도세 및 주민세’, 금액 ⁠‘179,159,050원’, ② 집행처 ⁠‘이FF’, 내용 ⁠‘호평동 ◆외 1필지 양도세 및 주민세’, 금액 ⁠‘399,132,360원’의 집행 승인을 구하는 자금집행승인서(이하 ⁠‘이 사건 자금집행승인서’라 한다) 파일이 저장되어 있었다.

 다. 구체적인 판단

  1) 앞서 본 인정사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사정들이 인정된다.

     ① 이 사건 회사는 곽jj, 김yy과 매매계약을 체결하며 위 매매에 따른 양도소득세 및 주민세를 이 사건 회사가 부담하기로 약정하였고, 그 약정에 따라 2007. 6. 4. 곽jj, 김yy에게 부과된 양도소득세 및 주민세를 대납하였으며, 위 대납금액에 관하여는 주임종단기대여금 항목에 계상하였다. 위와 같은 사실관계는 조세심판원의 결정에서도 인정된 바 있다(위 곽jj, 김yy 대납액 외에도 대납약정에 관한 자료와 납세영수증이 제출된 대납액에 관하여는 원고의 주장이 위 심판청구에서 받아들여졌다).

     ② 박EE 제1 신고 및 납부계산서상 박EE의 ●● 토지 지분에 관한 양도소득세가 99,710,412원으로 산정되어 있고, 이 법원의 송파세무서장에 대한 2022. 7. 19. 자 과세정보제출명령 결과에서 박EE의 위 지분 매매에 따라 2007. 6. 4. 납부된 양도소득세가 99,710,410원이라고 되어 있기는 하나, 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 위 박EE 제1 신고 및 납부계산서, 과세정보제출명령 결과는 박EE의 ●● 토지 지분 중 이 사건 재매수 지분에 상응하여 취득한 330.58/630 지분4)의 양도에 따른 것으로 보이고, 박EE의 ●● 토지 지분 전체에 대한 양도소득세는 박EE 제1 신고 및 납부계산서상 지방소득세 항목의 과세표준으로 기재된 ⁠‘162,871,880원’, 주민세는 지방소득세 항목의 납부할 세목으로 기재된 ⁠‘16,287,188원’으로 보인다.

      ㉠ 박EE은 분할 전 ○ 토지 지분을 2차례에 걸쳐 취득하였고(최초 2002. 5. 29. 취득하였다가 일부 양도하고 남았던 이 사건 기존 지분 및 2002. 7. 18. 다시 취득한 이 사건 재매수 지분), 공유물 분할을 통하여 ●● 토지 지분과 ★ 토지 지분을 취득하게 되었는바, 위 각 지분의 양도에 따른 양도소득세를 산정하기 위해서는 위 2차례에 걸친 각각의 취득에 따른 각 취득금액을 기준으로 양도차익을 계산하여야 한다.

      ㉡ 박EE 제1 신고 및 납부계산서 중 양도소득금액 계산명세서상으로 취득일은 이 사건 재매수 지분 취득일인 2002. 7. 18.로, 양도면적이 그 지분에 상당한 330.580으로 되어 있고, 그 양도가액 440,016,911원은 박EE의 ●● 토지 지분 전체에 대한 거래신고가액 618,550,000원 중 이 사건 재매수 지분 비율에 해당하는 금액이며, 그에 따라 과세표준이 산출되어 있다. 이에 비추어 보면 위 신고 및 납부계산서는 ●● 토지 지분 중 이 사건 재매수 지분에 상응하여 취득한 지분인 330.58/630 지분의 양도소득세를 신고하기 위하여 작성된 것으로 보이고, 이 법원의 ○○세무서장에 대한 2022. 7. 19. 자 과세정보제출명령 결과에 납부된 양도소득세로 회신된 금액도 이 사건 재매수 지분의 양도에 따른 양도소득세인 것으로 보인다.

      ㉢ 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 박EE에 관한 지급금액으로 기재된 양도세 합계 162,871,870원(= 99,710,410원 + 63,161,460원)과 주민세 합계 16,287,180원(= 9,971,040원 + 6,316,140원)은 박EE 제1 신고 및 납부계산서에 지방소득세 과세표준으로 표시된 162,871,880원, 지방소득세 납부할 세액으로 표시된 16,287,188원과 거의 유사하다.

        비록 이 사건 기안서 및 자금집행승인서에는 위 합계액이 ●● 토지 지분 및 ★ 토지 지분에 관한 양도세 및 주민세 합계액인 것처럼 표시되기는 하였으나, ★ 토지 지분 양도에 관한 박EE 제2 신고 및 납부계산서상 ★ 토지 지분에 관한 양도소득세는 87,314,684원, 지방소득세는 8,731,468원으로 산정되어 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 해당 금액과 전혀 다를 뿐 아니라, 박EE의 ★토지 지분 양도에 따른 양도소득세 납부일은 2007. 6. 20. 및 2007. 7. 9.로 아래에서 보는 이 사건 회사가 박EE의 ●● 토지 지분 관련 양도소득세 및 주민세, 이FF 양도소득세 및 주민세를 대납하기 위하여 이 사건 계좌에서 돈을 인출한 2007. 6. 4.과 상당한 시간 차이를 보이는바, 이 사건 기안서 및 자금집행서상 ⁠‘●●’ 부분은 ⁠‘이

사건 재매수 지분에 상응하여 취득한 지분’, ⁠‘★’ 부분은 ⁠‘이 사건 기존 지분에 상응하여 취득한 지분 중 ●● 토지에 관한 부분’의 오기인 것으로 보인다.

     ③ 2007. 6. 4. 이 사건 계좌에서 인출된 돈 중 이 사건 수표인출금 530,480,630원은 같은 날 이 사건 회사가 대납한 김yy의 양도소득세 및 주민세 131,348,270원과 이FF에게 부과된 양도소득세 362,847,600원, 지방소득세 36,284,760원의 합계액과 일치하고, 이 사건 현금인출금 443,331,600원은 같은 날 이 사건 회사가 대납한 곽jj의 양도소득세 및 주민세 264,172,550원과 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 박EE에 관한 양도세로 기재된 162,871,870원, 주민세로 기재된 16,287,180원의 합계액과 일치한다.

     ④ 이 사건 계좌에서 2007. 6. 4. 인출된 973,812,230원에 관하여 이 사건 원장에도 같은 날, 같은 금액이 인출된 것으로 기재되어 있는데, 그 적요란에는 ⁠“양도세, 주민세납부(곽jj외3)”이라 기재되어 있다. 또한, 이 사건 원장에는, ㉠ 2007. 6. 1. 이 사건 회사의 진흥상호저축은행 계좌에서 이 사건 계좌로 399,132,360원이 이체되며 적요란에 ⁠“이FF◆, ●● 양도소득세분”으로 기재된 것으로 되어 있는데 위 금액은 이FF에게 부과된 양도소득세 및 지방소득세 합계액과 같고, ㉡ 같은 날 위 진흥상호저축은행 계좌에서 이 사건 계좌로 155,439,090원이 송금되었고, 이 사건 계좌에 23,719,960원이 입금된 것으로 기재되었고 각 그 적요란에 ⁠“박EE ●●, ★ 양도소득세분”, 박EE 양도소득세분 입금”으로 기재되었는데, 위 합계액 179,159,050원은 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 박EE에 관한 양도세 및 주민세로 기재된 금액의 합계와 동일할 뿐 아니라 위 23,719,960원은 이 사건 기안서상 박EE이 2007. 6. 1. 이 사건 회사 통장으로 입금할 것이 예정되었다고 기재된 금액과 일치한다.

  2) 앞서 본 사정을 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 더하여보면, 이 사건 회사는 박EE으로부터 ●● 토지 지분을, 이FF으로부터 ●● 토지 지분 및 ◆ 토지를 각 매수하면서 그에 따른 양도소득세와 주민세를 대납하기로 약정하고, 2007. 6. 4. 이 사건 계좌에서 곽jj 외 3인, 즉 곽jj, 김yy과 박EE, 이FF에게 부과된 양도소득세, 주민세(다만 박EE에 관하여는 ●● 토지 지분 관련분에 한정)를 대납할 목적으로 이 사건 수표인출금 및 현금인출금을 출금하였고, 같은 날 위 양도소득세 및 주민세를 대납하면서 재무제표상 이를 주임종단기대여금으로 계상한 것으로 보이는바, 위와 같이 이 사건 회사가 박EE, 이FF의 양도소득세 및 주민세를 대

납한 이 사건 대납금 578,291,410원(= 박EE 179,159,050원 + 이FF 399,132,360원)을 가지급금으로 보아 이 사건 회사의 대표인 원고에게 상여로 소득처분하고 이에 대한 종합소득세를 부과한 것은 위법하고, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 가지급금으로 본 이 사건 쟁점금액 149,543,356원이 이 사건 대납금액에 미치지 못하므로, 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2024. 12. 17. 선고 의정부지방법원 2021구합16142 판결 | 국세법령정보시스템